50 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Francci3_R0016 on replicon NC_007777
Organism: Frankia sp. CcI3



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007777  Francci3_R0016  tRNA-Met  100 
 
 		 77 bp  153  7e-36  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_R0047  tRNA-Met  100 
 
 		 77 bp  151  3e-35  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.921613  normal  0.522755 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_R0010  tRNA-Met  97.26 
 
 		 74 bp  129  1.0000000000000001e-28  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.159974  normal  0.242309 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_R0018  tRNA-Met  98.63 
 
 		 73 bp  129  1.0000000000000001e-28  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_R0072  tRNA-Met  97.3 
 
 		 73 bp  123  6e-27  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.916606  n/a   
 
 
-
 
NC_009953  Sare_R0053  tRNA-Met  97.26 
 
 		 73 bp  121  1.9999999999999998e-26  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  1  normal  0.796609 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_R0051  tRNA-Met  97.26 
 
 		 73 bp  121  1.9999999999999998e-26  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_R0010  tRNA-Met  95.95 
 
 		 76 bp  115  2.0000000000000002e-24  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.373592  normal  1 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_R0068  tRNA-Met  98.36 
 
 		 77 bp  113  6e-24  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_03520  tRNA-Met  94.52 
 
 		 73 bp  105  1e-21  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.673814  normal  1 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_R0052  tRNA-Met  93.15 
 
 		 74 bp  105  1e-21  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.959791  n/a   
 
 
-
 
NC_014211  Ndas_R0067  tRNA-Met  93.42 
 
 		 76 bp  103  6e-21  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.268357  normal  0.588554 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_R0010  tRNA-Met  91.89 
 
 		 77 bp  99.6  9e-20  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.253783  normal  1 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_R0014  tRNA-Met  95.45 
 
 		 73 bp  99.6  9e-20  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.0720319  normal  1 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_R0051  tRNA-Met  91.89 
 
 		 76 bp  91.7  2e-17  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008578  Acel_R0013  tRNA-Met  91.38 
 
 		 74 bp  75.8  0.000000000001  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_R0053  tRNA-Met  91.49 
 
 		 73 bp  61.9  0.00000002  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_R0022  tRNA-Met  87.5 
 
 		 77 bp  56  0.000001  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_R0016  tRNA-Met  87.5 
 
 		 74 bp  56  0.000001  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  hitchhiker  0.00509711  n/a   
 
 
-
 
NC_010803  Clim_R0028  tRNA-Met  87.5 
 
 		 74 bp  56  0.000001  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000152188  n/a   
 
 
-
 
NC_007514  Cag_t30  tRNA-Met  87.5 
 
 		 77 bp  56  0.000001  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  hitchhiker  0.00107522  n/a   
 
 
-
 
NC_007512  Plut_R0039  tRNA-Met  87.5 
 
 		 74 bp  56  0.000001  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  hitchhiker  0.000000000067349  normal  0.10104 
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_14007  tRNA-Met  84.29 
 
 		 77 bp  52  0.00002  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  1  normal  0.0236309 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_R0053  tRNA-Met  86.21 
 
 		 77 bp  52  0.00002  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  0.568663 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_R0007  tRNA-Met  85.71 
 
 		 77 bp  48.1  0.0003  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_06700  tRNA-Met  85.71 
 
 		 77 bp  48.1  0.0003  Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_R0014  tRNA-Met  82.89 
 
 		 77 bp  48.1  0.0003  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  decreased coverage  0.00000000605229  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_R0018  tRNA-Met  88.1 
 
 		 76 bp  44.1  0.005  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.689825  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_R0017  tRNA-Met  88.1 
 
 		 76 bp  44.1  0.005  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.0140072  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E3658  tRNA-Met  88.1 
 
 		 78 bp  44.1  0.005  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.458694  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4382  tRNA-Met  88.1 
 
 		 78 bp  44.1  0.005  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.156688  normal  1 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3569  tRNA-Met  88.1 
 
 		 76 bp  44.1  0.005  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  0.349601 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B3399  tRNA-Met  88.1 
 
 		 76 bp  44.1  0.005  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.143765  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_R0015  tRNA-Met  88.1 
 
 		 76 bp  44.1  0.005  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.74849  normal  1 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_R0013  tRNA-Met  88.1 
 
 		 76 bp  44.1  0.005  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.046309  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_R0025  tRNA-Met  88.1 
 
 		 76 bp  44.1  0.005  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008528  OEOE_t1220  tRNA-Met  88.1 
 
 		 74 bp  44.1  0.005  Oenococcus oeni PSU-1  Bacteria  normal  0.400945  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_R0080  tRNA-Met  88.1 
 
 		 76 bp  44.1  0.005  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.0819155  normal  0.0971338 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A4687  tRNA-Met  88.1 
 
 		 76 bp  44.1  0.005  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  0.00526927  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A4699  tRNA-Met  88.1 
 
 		 78 bp  44.1  0.005  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  0.744605  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_5058  tRNA-Met  88.1 
 
 		 76 bp  44.1  0.005  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_5070  tRNA-Met  88.1 
 
 		 76 bp  44.1  0.005  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.0389718  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3403  tRNA-Met  88.1 
 
 		 76 bp  44.1  0.005  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_R0029  tRNA-Met  88.1 
 
 		 76 bp  44.1  0.005  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3363  tRNA-Met  88.1 
 
 		 78 bp  44.1  0.005  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.130991  normal  1 
 
 
-
 
CP001509  ECD_t00056  tRNA-Ile  88.1 
 
 		 76 bp  44.1  0.005  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.366108  n/a   
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_R0046  tRNA-Met  88.1 
 
 		 77 bp  44.1  0.005  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  hitchhiker  0.00480541  normal  1 
 
 
-
 
NC_011059  Paes_R0024  tRNA-Met  88.1 
 
 		 77 bp  44.1  0.005  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  unclonable  0.00000000000329716  normal  1 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3473  tRNA-Met  88.1 
 
 		 76 bp  44.1  0.005  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.103015  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3467  tRNA-Met  88.1 
 
 		 76 bp  44.1  0.005  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000154969 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>