More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene DhcVS_742 on replicon NC_013552
Organism: Dehalococcoides sp. VS



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_002936  DET0838  phosphoribosylamine--glycine ligase  89.78 
 
 		 425 aa  691    Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  normal  0.083606  n/a   
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_742  phosphoribosylamine-glycine ligase  100 
 
 		 372 aa  758    Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0526  phosphoribosylamine--glycine ligase  53.72 
 
 		 419 aa  393  1e-108  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_1774  phosphoribosylamine--glycine ligase  52.17 
 
 		 428 aa  379  1e-104  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  hitchhiker  0.0000323466  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_23090  phosphoribosylamine--glycine ligase  48.49 
 
 		 425 aa  366  1e-100  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  0.121893  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_2361  phosphoribosylamine--glycine ligase  48.9 
 
 		 422 aa  365  1e-100  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_1628  phosphoribosylamine--glycine ligase  50.14 
 
 		 425 aa  358  6e-98  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_3467  phosphoribosylamine--glycine ligase  47.67 
 
 		 423 aa  356  2.9999999999999997e-97  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0266  phosphoribosylamine--glycine ligase  49.04 
 
 		 427 aa  356  3.9999999999999996e-97  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  hitchhiker  0.000213794  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_1245  phosphoribosylamine--glycine ligase  48.9 
 
 		 419 aa  355  5.999999999999999e-97  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  0.495633  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_1140  phosphoribosylamine--glycine ligase  52.21 
 
 		 430 aa  355  8.999999999999999e-97  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0555  phosphoribosylamine--glycine ligase  47.54 
 
 		 431 aa  353  2e-96  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2988  phosphoribosylamine--glycine ligase  47.25 
 
 		 428 aa  353  2.9999999999999997e-96  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4453  phosphoribosylamine--glycine ligase  47.54 
 
 		 429 aa  352  8.999999999999999e-96  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.0221711  hitchhiker  0.000392069 
 
 
-
 
CP001509  ECD_03882  phosphoribosylamine-glycine ligase  47.81 
 
 		 429 aa  351  1e-95  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  decreased coverage  0.000860274  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_03835  hypothetical protein  47.81 
 
 		 429 aa  351  1e-95  Escherichia coli BL21  Bacteria  decreased coverage  0.000931477  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_1427  phosphoribosylamine--glycine ligase  48.08 
 
 		 591 aa  351  1e-95  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_4020  phosphoribosylamine--glycine ligase  47.81 
 
 		 429 aa  350  2e-95  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  decreased coverage  0.0000927217  normal  0.0101467 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4548  phosphoribosylamine--glycine ligase  47.81 
 
 		 429 aa  350  2e-95  Escherichia coli E24377A  Bacteria  decreased coverage  0.00000304372  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A4239  phosphoribosylamine--glycine ligase  47.81 
 
 		 429 aa  350  2e-95  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  0.00124381  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_0735  phosphoribosylamine/glycine ligase  50.41 
 
 		 425 aa  350  2e-95  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  0.525706  normal  1 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0360  Phosphoribosylamine--glycine ligase  47.12 
 
 		 430 aa  350  3e-95  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0612  phosphoribosylamine--glycine ligase  46.7 
 
 		 430 aa  349  5e-95  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  hitchhiker  0.00000692344  hitchhiker  0.00000110971 
 
 
-
 
NC_002939  GSU0610  phosphoribosylamine--glycine ligase  46.15 
 
 		 423 aa  348  1e-94  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  unclonable  0.00101284  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_1480  phosphoribosylamine/glycine ligase  44.93 
 
 		 419 aa  347  1e-94  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS0286  phosphoribosylamine--glycine ligase  47.79 
 
 		 423 aa  347  2e-94  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK0274  phosphoribosylamine--glycine ligase  47.79 
 
 		 423 aa  347  2e-94  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_0299  phosphoribosylamine--glycine ligase  47.79 
 
 		 423 aa  347  2e-94  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3988  phosphoribosylamine/glycine ligase  47.27 
 
 		 429 aa  347  3e-94  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.0361396  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_0331  phosphoribosylamine--glycine ligase  47.51 
 
 		 423 aa  346  3e-94  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_0271  phosphoribosylamine--glycine ligase  47.79 
 
 		 423 aa  346  3e-94  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_5474  phosphoribosylamine--glycine ligase  46.72 
 
 		 429 aa  347  3e-94  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.13476  normal  1 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E4496  phosphoribosylamine--glycine ligase  47.27 
 
 		 429 aa  347  3e-94  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  hitchhiker  0.0000225394  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0438  phosphoribosylamine--glycine ligase  45.88 
 
 		 430 aa  345  6e-94  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  0.199076  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_0264  phosphoribosylamine--glycine ligase  47.79 
 
 		 430 aa  344  1e-93  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  0.46971  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03941  Phosphoribosylamine-glycine ligase  47.95 
 
 		 430 aa  344  1e-93  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0909  phosphoribosylamine--glycine ligase  47.11 
 
 		 432 aa  344  1e-93  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A0345  phosphoribosylamine--glycine ligase  47.51 
 
 		 423 aa  345  1e-93  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_3219  phosphoribosylamine--glycine ligase  47.4 
 
 		 429 aa  343  2e-93  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  0.708681 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A0372  phosphoribosylamine--glycine ligase  47.24 
 
 		 423 aa  343  2.9999999999999997e-93  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_0280  phosphoribosylamine--glycine ligase  47.51 
 
 		 423 aa  342  5e-93  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0215  phosphoribosylamine--glycine ligase  48.08 
 
 		 430 aa  342  5e-93  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.0406099  normal  0.0125796 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B4975  phosphoribosylamine--glycine ligase  47.24 
 
 		 423 aa  342  7e-93  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_2759  phosphoribosylamine--glycine ligase  46.88 
 
 		 431 aa  342  8e-93  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A4386  phosphoribosylamine--glycine ligase  46.99 
 
 		 429 aa  341  1e-92  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  0.677738 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_3845  phosphoribosylamine--glycine ligase  46.43 
 
 		 423 aa  341  1e-92  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  unclonable  0.00000000183828  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_3844  phosphoribosylamine--glycine ligase  45.33 
 
 		 428 aa  340  2e-92  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  hitchhiker  0.000315171  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_0328  phosphoribosylamine--glycine ligase  47.24 
 
 		 423 aa  340  2e-92  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_0278  phosphoribosylamine--glycine ligase  46.96 
 
 		 423 aa  340  2e-92  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_06880  phosphoribosylamine--glycine ligase  48.88 
 
 		 426 aa  340  2e-92  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.285428  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4506  phosphoribosylamine--glycine ligase  46.99 
 
 		 429 aa  340  2.9999999999999998e-92  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  0.0278032 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A0464  phosphoribosylamine--glycine ligase  45.33 
 
 		 428 aa  340  2.9999999999999998e-92  Yersinia pestis Angola  Bacteria  hitchhiker  0.00032027  normal  0.0111484 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A4508  phosphoribosylamine--glycine ligase  46.72 
 
 		 429 aa  339  4e-92  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  0.0778373 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B4419  phosphoribosylamine--glycine ligase  46.72 
 
 		 429 aa  339  5e-92  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.160091  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3862  phosphoribosylamine--glycine ligase  47.25 
 
 		 429 aa  339  5e-92  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.256361  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A3260  phosphoribosylamine--glycine ligase  47.83 
 
 		 432 aa  338  5.9999999999999996e-92  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.207571  normal  1 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_0356  phosphoribosylamine--glycine ligase  45.33 
 
 		 428 aa  339  5.9999999999999996e-92  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.0104682  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3708  phosphoribosylamine--glycine ligase  46.43 
 
 		 428 aa  338  8e-92  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.0202463  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_0312  phosphoribosylamine/glycine ligase  51.77 
 
 		 426 aa  337  9.999999999999999e-92  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0612  phosphoribosylamine--glycine ligase  47.77 
 
 		 430 aa  338  9.999999999999999e-92  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.147919  normal  1 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A4582  phosphoribosylamine--glycine ligase  46.45 
 
 		 429 aa  338  9.999999999999999e-92  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.213422  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5575  phosphoribosylamine--glycine ligase  47.62 
 
 		 429 aa  337  1.9999999999999998e-91  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_64220  phosphoribosylamine--glycine ligase  47.34 
 
 		 429 aa  337  1.9999999999999998e-91  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.88359  normal  1 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0394  phosphoribosylamine--glycine ligase  47.14 
 
 		 431 aa  337  1.9999999999999998e-91  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_2043  phosphoribosylamine--glycine ligase  50.83 
 
 		 421 aa  336  2.9999999999999997e-91  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  1  normal  0.453314 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0784  phosphoribosylamine--glycine ligase  46.28 
 
 		 422 aa  337  2.9999999999999997e-91  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.110869  normal  0.244609 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2652  phosphoribosylamine--glycine ligase  46.15 
 
 		 429 aa  336  2.9999999999999997e-91  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002184  phosphoribosylamine--glycine ligase  46.43 
 
 		 429 aa  336  2.9999999999999997e-91  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.25624  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3451  phosphoribosylamine--glycine ligase  46.85 
 
 		 428 aa  336  3.9999999999999995e-91  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.264337  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1300  phosphoribosylamine--glycine ligase  47.54 
 
 		 432 aa  335  7e-91  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.617554  normal  0.088058 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2231  phosphoribosylamine--glycine ligase  46.7 
 
 		 423 aa  334  1e-90  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0431  phosphoribosylamine--glycine ligase  46.2 
 
 		 433 aa  333  2e-90  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2843  phosphoribosylamine--glycine ligase  45.5 
 
 		 430 aa  334  2e-90  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.294227  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3457  phosphoribosylamine--glycine ligase  45.33 
 
 		 423 aa  333  3e-90  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.021302  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2212  phosphoribosylamine--glycine ligase  44.66 
 
 		 426 aa  333  3e-90  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0177  phosphoribosylamine/glycine ligase  46.3 
 
 		 429 aa  333  3e-90  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.348487  normal  1 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2591  phosphoribosylamine--glycine ligase  45.88 
 
 		 423 aa  333  3e-90  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A0434  phosphoribosylamine--glycine ligase  45.88 
 
 		 424 aa  332  5e-90  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_3523  phosphoribosylamine--glycine ligase  45.33 
 
 		 423 aa  332  5e-90  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  0.0437232 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_2180  phosphoribosylamine--glycine ligase  45.75 
 
 		 419 aa  332  5e-90  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  0.900628  n/a   
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_0779  phosphoribosylamine/glycine ligase  47.93 
 
 		 428 aa  332  6e-90  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  decreased coverage  0.00193673  n/a   
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_1753  phosphoribosylamine--glycine ligase  45.88 
 
 		 437 aa  332  6e-90  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  0.528627  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_1626  phosphoribosylamine--glycine ligase  46.85 
 
 		 432 aa  332  6e-90  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2389  phosphoribosylamine--glycine ligase  46.01 
 
 		 422 aa  332  7.000000000000001e-90  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4698  phosphoribosylamine--glycine ligase  47.91 
 
 		 430 aa  332  8e-90  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.744432  normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0292  phosphoribosylamine--glycine ligase  45.88 
 
 		 427 aa  332  9e-90  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  hitchhiker  0.00181025  normal  0.0133648 
 
 
-
 
NC_003295  RSc2191  phosphoribosylamine--glycine ligase  45.45 
 
 		 422 aa  331  1e-89  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0295  phosphoribosylamine--glycine ligase  46.47 
 
 		 430 aa  331  1e-89  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0224  phosphoribosylamine--glycine ligase  45.88 
 
 		 428 aa  331  1e-89  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.0267401  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_2904  phosphoribosylamine--glycine ligase  45.05 
 
 		 423 aa  331  1e-89  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.00000288348  normal  0.785686 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00211  phosphoribosylamine--glycine ligase  45.88 
 
 		 429 aa  331  1e-89  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_3665  phosphoribosylamine--glycine ligase  44.35 
 
 		 428 aa  331  1e-89  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2065  phosphoribosylamine--glycine ligase  46.28 
 
 		 425 aa  331  1e-89  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  0.19426 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2333  phosphoribosylamine--glycine ligase  44.66 
 
 		 426 aa  331  1e-89  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.0928506  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0707  phosphoribosylamine--glycine ligase  48.04 
 
 		 429 aa  330  2e-89  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4613  phosphoribosylamine--glycine ligase  46.93 
 
 		 431 aa  330  2e-89  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  0.302277 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1989  phosphoribosylamine--glycine ligase  46.01 
 
 		 422 aa  330  2e-89  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.187802  normal  1 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_0991  phosphoribosylamine--glycine ligase  48.09 
 
 		 425 aa  330  2e-89  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1699  phosphoribosylamine--glycine ligase  46.72 
 
 		 427 aa  330  2e-89  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.251383  normal  0.989876 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4876  phosphoribosylamine--glycine ligase  47.35 
 
 		 431 aa  330  2e-89  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>