109 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene CPS_3228 on replicon NC_003910
Organism: Colwellia psychrerythraea 34H



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_003910  CPS_3228  hypothetical protein  100 
 
 		 156 aa  311  2.9999999999999996e-84  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.199941  n/a   
 
 
-
 
NC_009456  VC0395_0526  hypothetical protein  41.25 
 
 		 160 aa  98.2  4e-20  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0366  hypothetical protein  45.3 
 
 		 128 aa  90.5  9e-18  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_05955  hypothetical protein  37.69 
 
 		 179 aa  85.5  2e-16  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000219  hypothetical protein  52.7 
 
 		 177 aa  84.3  5e-16  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011313  VSAL_II0409  hypothetical protein  53.09 
 
 		 135 aa  82.8  0.000000000000001  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  decreased coverage  0.000857637  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_2973  hypothetical protein  48.19 
 
 		 124 aa  76.6  0.0000000000001  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.606536  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1264  RNA-binding S4  49.3 
 
 		 76 aa  67.8  0.00000000005  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0001495 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2642  RNA-binding S4 domain-containing protein  50.75 
 
 		 76 aa  67.8  0.00000000005  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.0497559  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3069  RNA-binding S4 domain-containing protein  51.61 
 
 		 77 aa  68.2  0.00000000005  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  hitchhiker  0.000000897832  hitchhiker  0.000868663 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2468  RNA-binding S4 domain-containing protein  55.17 
 
 		 76 aa  66.6  0.0000000001  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  unclonable  0.00000314319 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2454  RNA-binding S4 domain-containing protein  54.1 
 
 		 76 aa  65.9  0.0000000002  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  unclonable  0.0000000000184888 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2524  RNA-binding S4 domain-containing protein  54.1 
 
 		 76 aa  65.9  0.0000000002  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.0627424  unclonable  0.0000273439 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2616  RNA-binding S4 domain-containing protein  54.1 
 
 		 76 aa  65.9  0.0000000002  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.00000000166621 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2457  RNA-binding S4 domain-containing protein  53.45 
 
 		 77 aa  64.7  0.0000000005  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1650  RNA-binding S4 domain-containing protein  50.82 
 
 		 76 aa  63.2  0.000000001  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.944903  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1635  RNA-binding S4 domain-containing protein  50.82 
 
 		 76 aa  63.2  0.000000001  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.0673485  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1672  RNA-binding S4 domain-containing protein  50.82 
 
 		 76 aa  63.2  0.000000001  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.0473065  normal  0.414698 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2708  RNA-binding S4 domain protein  50.82 
 
 		 76 aa  63.2  0.000000001  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.368118  hitchhiker  0.000000707392 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2510  RNA-binding S4  55.17 
 
 		 76 aa  62  0.000000003  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_0003  RNA-binding S4 domain-containing protein  50 
 
 		 71 aa  60.1  0.00000001  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_1224  hypothetical protein  52.63 
 
 		 73 aa  59.7  0.00000001  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  0.0985687 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1167  hypothetical protein  51.79 
 
 		 70 aa  59.3  0.00000002  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  hitchhiker  0.00521353  normal  0.0222508 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1527  RNA-binding S4 domain-containing protein  45.9 
 
 		 79 aa  58.9  0.00000003  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1581  RNA-binding S4 domain-containing protein  46.15 
 
 		 77 aa  58.5  0.00000003  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.0305147  normal  0.476483 
 
 
-
 
NC_007575  Suden_1502  RNA-binding S4  49.09 
 
 		 67 aa  58.2  0.00000004  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_1835  hypothetical protein  60.87 
 
 		 50 aa  56.6  0.0000001  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_0002  RNA-binding S4 domain protein  41.54 
 
 		 70 aa  56.2  0.0000002  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  hitchhiker  0.000000678168  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_0003  S4 domain-containing protein  43.08 
 
 		 68 aa  55.5  0.0000003  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_0003  S4 domain-containing protein  43.08 
 
 		 68 aa  55.5  0.0000003  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0173  S4 domain protein YaaA  44.07 
 
 		 72 aa  55.1  0.0000003  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.563705  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU0464  S4 domain-containing protein  44.26 
 
 		 71 aa  53.1  0.000001  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.0103248  n/a   
 
 
-
 
NC_013515  Smon_0041  RNA-binding S4 domain protein  43.75 
 
 		 67 aa  53.5  0.000001  Streptobacillus moniliformis DSM 12112  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_2932  hypothetical protein  40 
 
 		 70 aa  52.8  0.000002  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.503316  n/a   
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_1647  RNA-binding S4  40 
 
 		 66 aa  52  0.000003  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  0.396094  normal  0.423975 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_3013  hypothetical protein  41.67 
 
 		 70 aa  52  0.000003  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  hitchhiker  0.000000402743  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A1280  hypothetical protein  41.67 
 
 		 70 aa  52  0.000003  Yersinia pestis Angola  Bacteria  hitchhiker  0.00000730954  normal  1 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_3151  hypothetical protein  41.67 
 
 		 70 aa  52  0.000003  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  hitchhiker  0.0026915  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_1515  RNA-binding S4 domain protein  45 
 
 		 68 aa  52  0.000003  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  0.686645 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1346  hypothetical protein  40 
 
 		 70 aa  51.6  0.000004  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.167317  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2636  putative RNA-binding protein  42.37 
 
 		 69 aa  51.2  0.000006  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  0.0140325  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_00478  predicted RNA-binding protein  40.98 
 
 		 70 aa  50.4  0.000008  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.226593  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3085  conserved hypothetical protein  40.98 
 
 		 70 aa  50.4  0.000008  Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  0.000297466  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0569  hypothetical protein  40.98 
 
 		 70 aa  50.4  0.000008  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.0000593229  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3094  hypothetical protein  40.98 
 
 		 70 aa  50.4  0.000008  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.0341601  normal  1 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0573  hypothetical protein  40.98 
 
 		 70 aa  50.4  0.000008  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.0326332  normal  1 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E0446  hypothetical protein  40.98 
 
 		 70 aa  50.4  0.000008  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  hitchhiker  0.00000152535  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_0629  hypothetical protein  40.98 
 
 		 70 aa  50.4  0.000008  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.0306723  normal  0.860883 
 
 
-
 
NC_012892  B21_00483  hypothetical protein  40.98 
 
 		 70 aa  50.4  0.000008  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.325601  n/a   
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_3643  RNA-binding S4 domain-containing protein  35 
 
 		 80 aa  50.4  0.000009  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.252029  normal  1 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_0003  RNA-binding S4  45.28 
 
 		 64 aa  50.1  0.00001  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  hitchhiker  0.000218407  n/a   
 
 
-
 
NC_014148  Plim_0053  RNA-binding S4 domain protein  47.06 
 
 		 74 aa  49.7  0.00001  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  0.525969  n/a   
 
 
-
 
NC_008531  LEUM_0003  S4-like RNA binding protein  37.97 
 
 		 148 aa  48.9  0.00002  Leuconostoc mesenteroides subsp. mesenteroides ATCC 8293  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_06080  hypothetical protein  38.1 
 
 		 80 aa  49.3  0.00002  Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_3096  RNA-binding S4  33.33 
 
 		 72 aa  48.9  0.00003  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008541  Arth_1328  RNA-binding S4 domain-containing protein  37.93 
 
 		 92 aa  48.5  0.00003  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_3156  RNA-binding S4 domain-containing protein  33.33 
 
 		 72 aa  48.9  0.00003  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.914223  normal  0.39579 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_3116  RNA-binding S4 domain-containing protein  33.33 
 
 		 72 aa  48.9  0.00003  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.147068  normal  1 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A0594  hypothetical protein  37.7 
 
 		 70 aa  48.1  0.00004  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.705899  normal  0.0117354 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B0587  hypothetical protein  37.7 
 
 		 70 aa  48.1  0.00004  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.187863  n/a   
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_0126  RNA-binding S4 domain protein  40.35 
 
 		 76 aa  48.1  0.00005  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.564525  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0098  RNA-binding S4  37.1 
 
 		 65 aa  47.8  0.00006  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.000000456096  normal  0.262898 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_2770  RNA-binding S4 domain-containing protein  36.36 
 
 		 78 aa  47.8  0.00006  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.013443  normal  0.790943 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_00030  RNA-binding S4 domain protein  40 
 
 		 72 aa  47.8  0.00006  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_0112  RNA-binding S4 domain protein  37.29 
 
 		 80 aa  47.8  0.00006  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  0.361623  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_2373  RNA-binding S4  36.92 
 
 		 68 aa  47.4  0.00007  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0342  RNA-binding S4 domain-containing protein  38.33 
 
 		 65 aa  47.4  0.00007  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.00000486446  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C0649  hypothetical protein  37.7 
 
 		 70 aa  47  0.00009  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A0586  hypothetical protein  37.7 
 
 		 70 aa  47  0.00009  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  0.0256741 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A0589  hypothetical protein  37.7 
 
 		 70 aa  47  0.00009  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.725964  normal  0.31098 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_1365  RNA-binding S4 domain protein  36.21 
 
 		 77 aa  47  0.00009  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    decreased coverage  0.000000000000548467 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0618  RNA-binding S4 domain-containing protein  41.38 
 
 		 70 aa  47  0.0001  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.109181  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_1693  RNA-binding S4 domain-containing protein  36.21 
 
 		 84 aa  46.6  0.0001  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.0200012  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_5767  hypothetical protein  32.31 
 
 		 72 aa  47  0.0001  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  0.401314 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_0003  RNA-binding S4 domain-containing protein  36.36 
 
 		 70 aa  46.6  0.0001  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  0.212549  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0985  hypothetical protein  39.62 
 
 		 70 aa  45.8  0.0002  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.523788  normal  0.0666799 
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1550  S4 domain protein YaaA  36.51 
 
 		 71 aa  45.8  0.0003  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  0.715034  n/a   
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_1607  RNA-binding S4 domain protein  33.96 
 
 		 76 aa  45.1  0.0004  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  1  normal  0.932623 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0414  RNA-binding S4 domain protein  39.62 
 
 		 65 aa  44.7  0.0005  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_013171  Apre_0003  S4 domain-containing protein  41.38 
 
 		 68 aa  44.3  0.0006  Anaerococcus prevotii DSM 20548  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008817  P9515_09031  hypothetical protein  39.62 
 
 		 82 aa  43.1  0.001  Prochlorococcus marinus str. MIT 9515  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_6671  hypothetical protein  37.88 
 
 		 73 aa  43.9  0.001  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.111612  normal  0.0976686 
 
 
-
 
NC_009976  P9211_09391  S4 domain-containing protein  32.26 
 
 		 69 aa  43.5  0.001  Prochlorococcus marinus str. MIT 9211  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000185916 
 
 
-
 
NC_008527  LACR_2237  hypothetical protein  37.1 
 
 		 120 aa  42.7  0.002  Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_2293  RNA-binding S4 domain protein  37.29 
 
 		 70 aa  42.7  0.002  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  1  normal  0.26047 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_0003  RNA-binding S4 domain protein  36.21 
 
 		 71 aa  42.4  0.002  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  0.241542  n/a   
 
 
-
 
NC_013521  Sked_22660  hypothetical protein  30.91 
 
 		 72 aa  42  0.003  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  0.294703  normal  0.222073 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_1301  RNA-binding S4 domain protein  37.5 
 
 		 77 aa  41.6  0.004  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  0.517293  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_2003  RNA-binding S4 domain protein  35.38 
 
 		 74 aa  41.6  0.004  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0110  hypothetical protein  31.75 
 
 		 70 aa  41.2  0.005  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0613  hypothetical protein  36.36 
 
 		 87 aa  41.2  0.005  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1092  hypothetical protein  36.36 
 
 		 87 aa  41.2  0.005  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.0115858  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2211  hypothetical protein  38.33 
 
 		 135 aa  41.2  0.005  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.0528785  normal  0.850327 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1051  hypothetical protein  36.36 
 
 		 87 aa  41.2  0.005  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.751549  normal  0.509643 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0798  hypothetical protein  41.51 
 
 		 72 aa  41.2  0.005  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  0.123896 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_0414  RNA-binding S4 domain protein  45.24 
 
 		 65 aa  41.2  0.005  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.0499509  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_3539  RNA-binding S4 domain-containing protein  37.74 
 
 		 67 aa  41.6  0.005  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  0.0130697 
 
 
-
 
NC_007335  PMN2A_0383  RNA-binding S4  37.74 
 
 		 72 aa  40.8  0.007  Prochlorococcus marinus str. NATL2A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_0003  S4-like RNA binding protein  36.84 
 
 		 73 aa  40.4  0.008  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  hitchhiker  0.000208957  normal  1 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_0003  S4 domain protein YaaA  30.77 
 
 		 76 aa  40.8  0.008  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  0.0313437  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>