More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Bamb_5839 on replicon NC_008392
Organism: Burkholderia ambifaria AMMD



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_010557  BamMC406_5622  polar amino acid ABC transporter, inner membrane subunit  99.58 
 
 
240 aa  464  9.999999999999999e-131  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.129998  normal  0.660092 
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_5839  polar amino acid ABC transporter, inner membrane subunit  100 
 
 
240 aa  465  9.999999999999999e-131  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_5750  amino acid ABC transporter permease  96.25 
 
 
240 aa  431  1e-120  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6114  polar amino acid ABC transporter, inner membrane subunit  96.25 
 
 
240 aa  431  1e-120  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  normal  0.606867 
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6596  polar amino acid ABC transporter, inner membrane subunit  96.25 
 
 
240 aa  427  1e-119  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal  0.20911 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_5101  polar amino acid ABC transporter, inner membrane subunit  88.75 
 
 
240 aa  421  1e-117  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.0381438  decreased coverage  0.00220155 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1828  ABC amino acid transporter, inner membrane subunit  86.67 
 
 
240 aa  413  1e-114  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.300709  normal  0.358336 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4835  polar amino acid ABC transporter, inner membrane subunit  85.42 
 
 
240 aa  410  1e-113  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.716985  normal  0.137601 
 
 
-
 
NC_012858  Rleg_6914  polar amino acid ABC transporter, inner membrane subunit  69.4 
 
 
241 aa  320  1.9999999999999998e-86  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011366  Rleg2_5921  polar amino acid ABC transporter, inner membrane subunit  68.53 
 
 
241 aa  316  2e-85  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.610786  normal  0.165756 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1257  polar amino acid ABC transporter, inner membrane subunit  63.68 
 
 
240 aa  280  2e-74  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2651  polar amino acid ABC transporter, inner membrane subunit  60.68 
 
 
240 aa  277  1e-73  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.0430594  n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3519  polar amino acid ABC transporter, inner membrane subunit  53.62 
 
 
240 aa  237  1e-61  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.405389  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_5165  polar amino acid ABC transporter, inner membrane subunit  58.59 
 
 
232 aa  231  1e-59  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_4049  polar amino acid ABC transporter, inner membrane subunit  50.64 
 
 
238 aa  227  1e-58  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3872  polar amino acid ABC transporter, inner membrane subunit  50.65 
 
 
238 aa  224  7e-58  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.171228  n/a   
 
 
-
 
NC_011981  Avi_7240  ABC transporter membrane spanning protein (nopaline)  51.75 
 
 
256 aa  221  9.999999999999999e-57  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.0593694  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_4486  polar amino acid ABC transporter, inner membrane subunit  58.45 
 
 
232 aa  211  5.999999999999999e-54  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.358946  normal  0.0242594 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_2560  polar amino acid ABC transporter, inner membrane subunit  49.75 
 
 
230 aa  172  2.9999999999999996e-42  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.645171  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2377  ABC His/Glu/Gln/Arg/opine transporter, inner membrane subunit  42.86 
 
 
243 aa  170  2e-41  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.413222  normal 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_003971  arginine/ornithine ABC transporter permease protein AotQ  38.89 
 
 
246 aa  170  2e-41  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_1589  polar amino acid ABC transporter, inner membrane subunit  41.28 
 
 
267 aa  169  4e-41  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_01551  ABC transporter permease protein  38.46 
 
 
246 aa  169  5e-41  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_2073  polar amino acid ABC transporter, inner membrane subunit  43.48 
 
 
246 aa  168  5e-41  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2252  amino acid ABC transporter permease  46.07 
 
 
232 aa  167  1e-40  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II1410  histidine ABC transporter, permease protein  43.3 
 
 
229 aa  167  1e-40  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.157931  n/a   
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4638  amino acid ABC transporter permease  42.41 
 
 
229 aa  167  1e-40  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_5464  polar amino acid ABC transporter, inner membrane subunit  42.41 
 
 
229 aa  167  1e-40  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_3725  polar amino acid ABC transporter, inner membrane subunit  42.41 
 
 
229 aa  167  1e-40  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  normal  0.0898326 
 
 
-
 
NC_004310  BR0953  amino acid ABC transporter, permease protein  39.73 
 
 
240 aa  166  2e-40  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.578847  n/a   
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_3607  polar amino acid ABC transporter, inner membrane subunit  42.41 
 
 
229 aa  166  2.9999999999999998e-40  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.488418  normal 
 
 
-
 
NC_011981  Avi_7394  ABC transporter membrane spanning protein  36.86 
 
 
240 aa  166  4e-40  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.330237  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E2686  histidine ABC transporter, permease protein HisQ  42.58 
 
 
228 aa  166  4e-40  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.503163  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_3448  histidine ABC transporter, permease protein HisQ  42.58 
 
 
228 aa  166  4e-40  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.869706  normal 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_2236  polar amino acid ABC transporter, inner membrane subunit  39.27 
 
 
240 aa  165  5e-40  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A1355  His/Glu/Gln/Arg/opine ABC transporter permease  43.3 
 
 
229 aa  165  5.9999999999999996e-40  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.556  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA1240  histidine ABC transporter, permease protein  43.3 
 
 
229 aa  165  5.9999999999999996e-40  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.842706  n/a   
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_0210  histidine ABC transporter, permease protein  43.3 
 
 
229 aa  165  5.9999999999999996e-40  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_0483  histidine ABC transporter, permease protein  43.3 
 
 
229 aa  165  5.9999999999999996e-40  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.158807  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A1089  histidine ABC transporter, permease protein  43.3 
 
 
229 aa  165  5.9999999999999996e-40  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.518061  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1563  polar amino acid ABC transporter, inner membrane subunit  38.7 
 
 
237 aa  164  9e-40  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.086799  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_02233  histidine/lysine/arginine/ornithine transporter subunit  42.11 
 
 
228 aa  163  2.0000000000000002e-39  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1348  polar amino acid ABC transporter, inner membrane subunit  42.11 
 
 
228 aa  163  2.0000000000000002e-39  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.120013  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_02193  hypothetical protein  42.11 
 
 
228 aa  163  2.0000000000000002e-39  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2464  histidine ABC transporter, permease protein HisQ  42.11 
 
 
228 aa  163  3e-39  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.796861  normal 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2458  histidine ABC transporter, permease protein HisQ  42.11 
 
 
228 aa  163  3e-39  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_3796  polar amino acid ABC transporter, inner membrane subunit  41.52 
 
 
229 aa  163  3e-39  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.719623  normal  0.0561262 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1344  polar amino acid ABC transporter, inner membrane subunit  42.11 
 
 
228 aa  163  3e-39  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.917469  normal 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_2602  histidine ABC transporter, permease protein HisQ  42.11 
 
 
228 aa  163  3e-39  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.311053  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1453  amino acid ABC transporter, permease protein  39.65 
 
 
260 aa  162  4.0000000000000004e-39  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.00000000402633  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5892  ABC transporter permease  39.32 
 
 
231 aa  162  4.0000000000000004e-39  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.311155  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_68080  ABC transporter permease  39.32 
 
 
231 aa  162  5.0000000000000005e-39  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.382503  normal  0.0204508 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0885  polar amino acid ABC transporter, inner membrane subunit  40.18 
 
 
229 aa  162  5.0000000000000005e-39  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal  0.524811 
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A1440  His/Glu/Gln/Arg/opine ABC transporter permease  44.76 
 
 
371 aa  161  7e-39  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1114  polar amino acid ABC transporter, inner membrane subunit  40.18 
 
 
229 aa  161  9e-39  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.384644  normal 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_2782  amino acid ABC transporter permease  41.98 
 
 
238 aa  161  9e-39  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_4137  amino acid ABC transporter, permease protein  39.38 
 
 
237 aa  161  1e-38  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3875  amino acid ABC transporter permease  40.35 
 
 
242 aa  160  1e-38  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal  0.426238 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1209  amino acid ABC transporter permease  41.41 
 
 
242 aa  160  1e-38  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal  0.638371 
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_1247  histidine transport system permease protein  39.29 
 
 
229 aa  160  2e-38  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.520623  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0889  amino acid ABC transporter, permease protein  39.73 
 
 
229 aa  160  2e-38  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_1089  histidine ABC transporter, permease protein HisQ  39.29 
 
 
229 aa  160  2e-38  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_1094  histidine ABC transporter, permease protein HisQ  39.29 
 
 
229 aa  160  2e-38  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.914927  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A0987  histidine ABC transporter, permease protein  39.29 
 
 
229 aa  159  3e-38  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.689242  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I1959  arginine/ornithine periplasmic binding protein-dependent transporter, inner membrane component  37.44 
 
 
246 aa  159  3e-38  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.450154  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_1580  histidine ABC transporter, permease protein  39.29 
 
 
229 aa  159  3e-38  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.280205  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A3017  histidine ABC transporter, permease protein  39.29 
 
 
229 aa  159  3e-38  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.606762  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1827  arginine/ornithine ABC transporter, permease protein  41.06 
 
 
229 aa  157  1e-37  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.883387  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3570  amino acid ABC transporter permease  41.06 
 
 
229 aa  157  1e-37  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.906452  normal 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2567  polar amino acid ABC transporter, inner membrane subunit  41.63 
 
 
229 aa  157  1e-37  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.386415  n/a   
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_5068  polar amino acid ABC transporter, inner membrane subunit  41.45 
 
 
240 aa  157  1e-37  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.458442  normal 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A2703  histidine ABC transporter permease HisQ  41.15 
 
 
228 aa  157  2e-37  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_1791  polar amino acid ABC transporter, inner membrane subunit  43.06 
 
 
229 aa  157  2e-37  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.369418  normal 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A2540  histidine ABC transporter permease protein HisQ  41.15 
 
 
228 aa  157  2e-37  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.512507  normal 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A2582  histidine ABC transporter permease HisQ  41.15 
 
 
228 aa  157  2e-37  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  normal  0.114361 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C2594  histidine ABC transporter permease HisQ  41.15 
 
 
228 aa  157  2e-37  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B2494  histidine ABC transporter, permease protein HisQ  41.15 
 
 
228 aa  156  2e-37  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.174518  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2857  polar amino acid ABC transporter, inner membrane subunit  41.63 
 
 
228 aa  156  3e-37  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.224945  normal  0.227891 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3990  polar amino acid ABC transporter, inner membrane subunit  41.55 
 
 
229 aa  156  3e-37  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal  0.456811 
 
 
-
 
NC_002947  PP_4485  polar amino acid ABC transporter inner membrane subunit  41.55 
 
 
229 aa  155  5.0000000000000005e-37  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4291  amino acid ABC transporter permease  41.06 
 
 
229 aa  155  5.0000000000000005e-37  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3774  polar amino acid ABC transporter, inner membrane subunit  41.06 
 
 
229 aa  155  5.0000000000000005e-37  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.134573  hitchhiker  0.00153221 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1430  polar amino acid ABC transporter, inner membrane subunit  41.55 
 
 
229 aa  155  5.0000000000000005e-37  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.0905208  normal  0.971438 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_5003  polar amino acid ABC transporter, inner membrane subunit  43.3 
 
 
229 aa  155  7e-37  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal  0.750872 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2927  ABC lysine/arginine/ornithine transporter, innermembrane subunit  42.11 
 
 
233 aa  154  1e-36  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal  0.26673 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_1539  polar amino acid ABC transporter, inner membrane subunit  39.52 
 
 
228 aa  154  1e-36  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A0352  histidine transport system permease HisQ  39.52 
 
 
228 aa  154  1e-36  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  0.179299  normal 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_1429  histidine ABC transporter, permease protein HisQ  39.52 
 
 
228 aa  154  1e-36  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  0.0521843  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0174  polar amino acid ABC transporter, inner membrane subunit  40.25 
 
 
241 aa  152  5e-36  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal  0.390949 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_26230  histidine transport system permease protein  40.87 
 
 
229 aa  152  5e-36  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.0832582  normal  0.643473 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1377  polar amino acid ABC transporter, inner membrane subunit  39.01 
 
 
229 aa  151  7e-36  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4840  polar amino acid ABC transporter, inner membrane subunit  39.91 
 
 
225 aa  152  7e-36  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.545995  normal  0.251621 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4287  ABC polar amino acid transporter, inner membrane subunit  39.72 
 
 
229 aa  150  1e-35  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2915  polar amino acid ABC transporter, inner membrane subunit  42.03 
 
 
229 aa  151  1e-35  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal  0.149871 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A3391  ABC basic amino acid transporter, inner membrane subunit  42.38 
 
 
229 aa  150  1e-35  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4285  polar amino acid ABC transporter, inner membrane subunit  42.01 
 
 
225 aa  150  1e-35  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.0276895  normal 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1122  polar amino acid ABC transporter, inner membrane subunit  40.62 
 
 
229 aa  150  2e-35  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6801  polar amino acid ABC transporter, inner membrane subunit  41.1 
 
 
225 aa  150  2e-35  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.793236  normal 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1524  amino acid ABC transporter permease  40 
 
 
229 aa  150  2e-35  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_2789  polar amino acid ABC transporter, inner membrane subunit  39.71 
 
 
229 aa  150  2e-35  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.113989  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>