27 Unclonable genes were found for selected organism/s



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Locus tag

Gene type

Replicon accession

From

To

Strand

Gene Length

Product

Protein accession

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Organism name

Kingdom

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
Bamb_0229  CDS  NC_008390  264604  265524  921  LysR family transcriptional regulator  YP_772123  unclonable  3.69009e-09  n/a    Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria 
 
 
-
 
Bamb_0364  CDS  NC_008390  404330  405241  912  hypothetical protein  YP_772258  unclonable  6.27109e-09  n/a    Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria 
 
 
-
 
Bamb_0468  CDS  NC_008390  531100  532296  1197  cell division protein FtsZ  YP_772361  unclonable  2.08487e-08  n/a    Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria 
 
 
-
 
Bamb_0975  CDS  NC_008390  1064836  1065159  324  4Fe-4S ferredoxin iron-sulfur binding domain-containing protein  YP_772868  unclonable  4.29324e-10  n/a    Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria 
 
 
-
 
Bamb_1260  CDS  NC_008390  1376276  1380223  3948  cellulose synthase domain-containing protein  YP_773152  unclonable  0.00414022  n/a    Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria 
 
 
-
 
Bamb_1934  CDS  NC_008390  2131194  2132249  1056  pyridoxal-5'-phosphate-dependent enzyme, beta subunit  YP_773824  unclonable  1.79366e-08  n/a    Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria 
 
 
-
 
Bamb_2288  CDS  NC_008390  2524217  2524594  378  preprotein translocase subunit SecG  YP_774178  unclonable  6.73415e-10  n/a    Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria 
 
 
-
 
Bamb_4120  CDS  NC_008391  1041944  1042435  492  hypothetical protein  YP_776007  unclonable  1.09013e-10  hitchhiker  0.0081168  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria 
 
 
-
 
Bamb_4350  CDS  NC_008391  1277797  1278123  327  hypothetical protein  YP_776236  normal  unclonable  3.33846e-06  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria 
 
 
-
 
Bamb_4351  CDS  NC_008391  1278139  1279320  1182  cytochrome P450-like protein  YP_776237  normal  unclonable  5.24199e-06  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria 
 
 
-
 
Bamb_4352  CDS  NC_008391  1279485  1279748  264  hypothetical protein  YP_776238  normal  unclonable  4.03824e-06  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria 
 
 
-
 
Bamb_4353  CDS  NC_008391  1280081  1280941  861  PEP phosphonomutase  YP_776239  normal  unclonable  4.93526e-06  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria 
 
 
-
 
Bamb_4354  CDS  NC_008391  1281342  1282202  861  RpiR family transcriptional regulator  YP_776240  normal  0.339513  unclonable  4.24592e-06  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria 
 
 
-
 
Bamb_4355  CDS  NC_008391  1282258  1282611  354  hypothetical protein  YP_776241  normal  0.0513241  unclonable  3.51015e-06  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria 
 
 
-
 
Bamb_4356  CDS  NC_008391  1282837  1283499  663  two component transcriptional regulator  YP_776242  hitchhiker  0.00111042  unclonable  4.37588e-06  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria 
 
 
-
 
Bamb_4357  CDS  NC_008391  1283496  1284872  1377  periplasmic sensor signal transduction histidine kinase  YP_776243  hitchhiker  1.14485e-05  unclonable  6.40449e-06  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria 
 
 
-
 
Bamb_4358  CDS  NC_008391  1285083  1285529  447  MarR family transcriptional regulator  YP_776244  hitchhiker  2.02613e-07  unclonable  4.93526e-06  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria 
 
 
-
 
Bamb_4359  CDS  NC_008391  1285568  1285936  369  antibiotic biosynthesis monooxygenase  YP_776245  decreased coverage  1.89574e-08  unclonable  4.50981e-06  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria 
 
 
-
 
Bamb_4360  CDS  NC_008391  1286725  1287618  894  Beta-lactamase  YP_776246  hitchhiker  1.08699e-05  unclonable  5.62292e-06  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria 
 
 
-
 
Bamb_4434  CDS  NC_008391  1370047  1371603  1557  hypothetical protein  YP_776319  unclonable  3.30507e-08  unclonable  1.65626e-05  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria 
 
 
-
 
Bamb_4655  CDS  NC_008391  1637826  1638377  552  HD phosphohydrolase-like protein  YP_776539  unclonable  2.24094e-10  normal  0.0225387  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria 
 
 
-
 
Bamb_4656  CDS  NC_008391  1638382  1639836  1455  aldehyde dehydrogenase  YP_776540  unclonable  1.88591e-08  normal  0.0270817  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria 
 
 
-
 
Bamb_R0007  rRNA  NC_008390  290626  292151  1526  16S ribosomal RNA    unclonable  7.4395e-08  n/a    Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria 
 
 
-
 
Bamb_R0034  tRNA  NC_008390  1064655  1064730  76  tRNA-Asn    unclonable  1.29233e-10  n/a    Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria 
 
 
-
 
Bamb_R0067  rRNA  NC_008390  2491545  2493070  1526  16S ribosomal RNA    unclonable  7.51539e-08  n/a    Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria 
 
 
-
 
Bamb_R0068  tRNA  NC_008390  2524022  2524106  85  tRNA-Leu    unclonable  1.44281e-10  n/a    Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria 
 
 
-
 
Bamb_R0084  rRNA  NC_008391  1635784  1637309  1526  16S ribosomal RNA    unclonable  6.08912e-08  normal  0.0264011  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>