46 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Swoo_1517 on replicon NC_010506
Organism: Shewanella woodyi ATCC 51908



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_010506  Swoo_1517  DoxX family protein  100 
 
 
138 aa  277  4e-74  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  unclonable  1.29276e-08  hitchhiker  0.00151008 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1387  hypothetical protein  71.65 
 
 
128 aa  187  4e-47  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3329  hypothetical protein  73.98 
 
 
129 aa  167  3e-41  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.517461  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2327  DoxX  41.75 
 
 
135 aa  75.5  2e-13  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.0405527  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_2341  DoxX  30.34 
 
 
152 aa  54.7  4e-07  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.201028  normal  0.120907 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_2109  DoxX  29.17 
 
 
150 aa  52.4  2e-06  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2360  DoxX family protein  36.13 
 
 
136 aa  52  3e-06  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.413665  normal  0.233009 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1934  DoxX family protein  34.06 
 
 
155 aa  50.8  6e-06  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.467271  normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3837  SURF4 domain-containing protein  34.06 
 
 
137 aa  50.4  8e-06  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.332195  normal  0.973533 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3706  DoxX family protein  35.78 
 
 
137 aa  50.4  9e-06  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_003295  RSc2500  hypothetical protein  33.33 
 
 
136 aa  50.1  1e-05  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.831259  normal  0.0755951 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1209  hypothetical protein  30.71 
 
 
137 aa  49.7  1e-05  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0177047  normal  0.393618 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3205  DoxX family protein  32.5 
 
 
137 aa  48.9  2e-05  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2498  DoxX  28.06 
 
 
149 aa  48.9  2e-05  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0014  hypothetical protein  29.37 
 
 
142 aa  49.3  2e-05  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.133834  normal  0.506679 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4045  DoxX family protein  33.06 
 
 
135 aa  48.5  3e-05  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal  0.0512358 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3877  hypothetical protein  26.24 
 
 
151 aa  48.1  4e-05  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.52615  normal  0.304969 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_3057  DoxX family protein  30.97 
 
 
149 aa  47.4  6e-05  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5841  DoxX  26.79 
 
 
134 aa  47  9e-05  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013158  Huta_2817  DoxX family protein  27.88 
 
 
138 aa  47  0.0001  Halorhabdus utahensis DSM 12940  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_2945  DoxX  25.52 
 
 
150 aa  46.6  0.0001  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5222  DoxX family protein  31.5 
 
 
144 aa  45.8  0.0002  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_1454  DoxX family protein  33.03 
 
 
136 aa  45.4  0.0003  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2764  DoxX family protein  31.93 
 
 
136 aa  45.4  0.0003  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal  0.843077 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1200  DoxX  27.19 
 
 
139 aa  44.7  0.0004  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5400  DoxX family protein  30.95 
 
 
137 aa  44.7  0.0005  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.0358694  normal  0.0708806 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3552  DoxX family protein  30.97 
 
 
137 aa  44.3  0.0005  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.583897  normal  0.164311 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4121  DoxX  26.02 
 
 
129 aa  43.1  0.001  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.575367  normal 
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_6086  DoxX family protein  29.92 
 
 
137 aa  43.5  0.001  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.0786046  normal 
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_2087  DoxX  29.09 
 
 
119 aa  43.1  0.001  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_5848  DoxX family protein  29.92 
 
 
137 aa  43.5  0.001  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2385  DoxX family protein  26.09 
 
 
131 aa  42  0.003  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.0905931  normal  0.641291 
 
 
-
 
NC_012892  B21_02399  hypothetical protein  30.33 
 
 
164 aa  41.6  0.004  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_02435  predicted inner membrane protein  30.33 
 
 
164 aa  41.6  0.004  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4540  membrane protein, DoxX  26.42 
 
 
151 aa  41.6  0.004  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal  0.656597 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_3775  putative inner membrane protein YphA  30.33 
 
 
140 aa  41.2  0.005  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1125  DoxX family protein  30.33 
 
 
140 aa  41.2  0.005  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3348  DoxX  30.58 
 
 
146 aa  41.2  0.005  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.0716703  normal 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2696  putative inner membrane protein YphA  30.33 
 
 
140 aa  41.2  0.005  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1134  DoxX family protein  30.33 
 
 
140 aa  41.2  0.005  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_2828  hypothetical protein  30.33 
 
 
140 aa  41.2  0.005  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2695  hypothetical protein  30.33 
 
 
155 aa  41.2  0.005  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0915  DoxX  26.42 
 
 
150 aa  40.8  0.006  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.714989  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1397  DoxX family protein  26.42 
 
 
150 aa  40.8  0.006  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.995352  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1308  DoxX family protein  26.42 
 
 
148 aa  40.4  0.009  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.369686  normal  0.451433 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1375  DoxX family protein  25.47 
 
 
150 aa  40.4  0.009  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.196615  normal  0.0938107 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>