73 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Ssed_3979 on replicon NC_009831
Organism: Shewanella sediminis HAW-EB3



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_008345  Sfri_0539  hypothetical protein  62.52 
 
 
555 aa  723  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0830  protein of unknown function DUF342  66.01 
 
 
562 aa  764  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  hitchhiker  2.04321e-07 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0674  hypothetical protein  63.96 
 
 
563 aa  748  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  normal  0.0199689 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3273  hypothetical protein  64.14 
 
 
563 aa  748  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00316716 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3451  hypothetical protein  63.96 
 
 
563 aa  748  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  normal  0.0113855 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0568  hypothetical protein  66.31 
 
 
556 aa  769  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  normal  0.235837 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2978  hypothetical protein  63.24 
 
 
555 aa  707  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4141  hypothetical protein  72.43 
 
 
556 aa  846  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  normal  0.5265 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3531  hypothetical protein  65.83 
 
 
562 aa  757  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3231  hypothetical protein  70.45 
 
 
556 aa  817  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_004347  SO_0826  hypothetical protein  61.98 
 
 
563 aa  716  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3165  hypothetical protein  65.83 
 
 
562 aa  761  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0837  hypothetical protein  66.01 
 
 
562 aa  764  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0596  hypothetical protein  63.9 
 
 
554 aa  738  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0805  hypothetical protein  66.01 
 
 
562 aa  763  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3979  hypothetical protein  100 
 
 
556 aa  1138  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I1695  hypothetical protein  35.73 
 
 
562 aa  275  1e-72  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3684  hypothetical protein  34.71 
 
 
562 aa  271  2e-71  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000996  predicted polymerase  33.96 
 
 
559 aa  265  2e-69  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.717686  n/a   
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_07053  hypothetical protein  31.46 
 
 
566 aa  239  7e-62  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009456  VC0395_0158  hypothetical protein  32.08 
 
 
556 aa  238  2e-61  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011313  VSAL_II0010  hypothetical protein  30.75 
 
 
547 aa  228  2e-58  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.736924  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2173  hypothetical protein  27.49 
 
 
552 aa  221  4e-56  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.819375  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1709  hypothetical protein  28.05 
 
 
534 aa  210  7e-53  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_02406  hypothetical protein  29.7 
 
 
551 aa  203  5e-51  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.122562  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_3025  hypothetical protein  30.7 
 
 
546 aa  203  5e-51  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  0.487513  normal 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_3642  hypothetical protein  27.47 
 
 
544 aa  188  2e-46  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  decreased coverage  3.93022e-06  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU0512  hypothetical protein  30.41 
 
 
546 aa  187  3e-46  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0671  protein of unknown function DUF342  29.03 
 
 
545 aa  184  3e-45  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  6.38243e-32 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_16620  predicted polymerase, contains PALM domain, HD hydrolase domain and Zn-ribbon domain  27.49 
 
 
611 aa  170  5e-41  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2455  hypothetical protein  27.66 
 
 
538 aa  157  3e-37  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_1423  protein of unknown function DUF342  32.19 
 
 
622 aa  156  9e-37  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  hitchhiker  5.79847e-05  normal  0.370296 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_0498  hypothetical protein  28.03 
 
 
542 aa  155  2e-36  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  0.578621  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_0090  protein of unknown function DUF342  25.57 
 
 
565 aa  153  7e-36  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0872  hypothetical protein  32.56 
 
 
541 aa  153  7e-36  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.0262539  normal 
 
 
-
 
NC_013522  Taci_1305  protein of unknown function DUF342  31.4 
 
 
530 aa  147  5e-34  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  normal  0.431943  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_0879  hypothetical protein  31.5 
 
 
467 aa  147  6e-34  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  hitchhiker  0.00425584  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1663  hypothetical protein  27.45 
 
 
459 aa  132  2e-29  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  hitchhiker  1.75912e-05  n/a   
 
 
-
 
NC_014150  Bmur_0176  protein of unknown function DUF342  26.12 
 
 
660 aa  131  3e-29  Brachyspira murdochii DSM 12563  Bacteria  hitchhiker  5.13292e-05  n/a   
 
 
-
 
NC_002967  TDE2682  hypothetical protein  24.84 
 
 
656 aa  130  8e-29  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  normal  0.254687  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_2021  protein of unknown function DUF342  24.69 
 
 
463 aa  129  1e-28  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_2143  protein of unknown function DUF342  24.49 
 
 
461 aa  124  6e-27  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  0.0160634  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_2684  hypothetical protein  25.78 
 
 
532 aa  122  1e-26  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_1511  hypothetical protein  26.09 
 
 
527 aa  104  4e-21  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013522  Taci_0219  protein of unknown function DUF342  26.2 
 
 
501 aa  103  5e-21  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  normal  0.102298  n/a   
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_1534  hypothetical protein  25.44 
 
 
456 aa  102  2e-20  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  normal  0.196772  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_0473  hypothetical protein  25.72 
 
 
467 aa  101  4e-20  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_1231  hypothetical protein  25.76 
 
 
462 aa  101  4e-20  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2234  hypothetical protein  26.96 
 
 
484 aa  100  6e-20  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.260747  n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_0194  hypothetical protein  24.58 
 
 
455 aa  99.4  1e-19  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_0881  hypothetical protein  24.46 
 
 
462 aa  99.4  2e-19  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  hitchhiker  0.000540176  n/a   
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_0192  hypothetical protein  28.35 
 
 
455 aa  97.1  8e-19  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_0028  protein of unknown function DUF342  27.06 
 
 
525 aa  94.7  4e-18  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_3178  hypothetical protein  23.89 
 
 
529 aa  88.2  4e-16  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2246  protein of unknown function DUF342  23.78 
 
 
520 aa  88.2  4e-16  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_0452  protein of unknown function DUF342  32.98 
 
 
603 aa  86.3  1e-15  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011728  BbuZS7_0273  hypothetical protein  21.52 
 
 
634 aa  86.3  1e-15  Borrelia burgdorferi ZS7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014150  Bmur_0389  protein of unknown function DUF342  24.18 
 
 
578 aa  83.6  8e-15  Brachyspira murdochii DSM 12563  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_1361  polymerase  26.17 
 
 
653 aa  84  8e-15  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002967  TDE1398  hypothetical protein  21.53 
 
 
728 aa  81.6  3e-14  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_2410  hypothetical protein  23.8 
 
 
530 aa  81.6  3e-14  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_0823  hypothetical protein  30.08 
 
 
691 aa  80.9  6e-14  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  hitchhiker  0.00604121  normal  0.0176105 
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_0657  hypothetical protein  24.68 
 
 
509 aa  80.5  7e-14  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_0394  hypothetical protein  27.63 
 
 
543 aa  79.7  1e-13  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  decreased coverage  0.000249945  normal  0.153411 
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_1256  protein of unknown function DUF342  22.59 
 
 
378 aa  75.1  3e-12  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  0.912515  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_1534  polymerase  24.21 
 
 
629 aa  73.9  7e-12  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  0.451593  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_1859  hypothetical protein  34.19 
 
 
603 aa  73.2  1e-11  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_0251  protein of unknown function DUF342  25.77 
 
 
381 aa  72.4  2e-11  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.0226778 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_1718  hypothetical protein  25.34 
 
 
371 aa  68.2  4e-10  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  0.0679747  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_4099  protein of unknown function DUF342  29.38 
 
 
598 aa  67.8  6e-10  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  unclonable  3.08473e-11  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_1631  hypothetical protein  25.35 
 
 
378 aa  56.6  1e-06  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.83823  normal 
 
 
-
 
NC_010424  Daud_0429  hypothetical protein  27.27 
 
 
574 aa  55.1  3e-06  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_2318  hypothetical protein  24.67 
 
 
371 aa  47.8  0.0005  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00575561 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>