More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Smed_3445 on replicon NC_009636
Organism: Sinorhizobium medicae WSM419



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009636  Smed_3445  30S ribosomal protein S15  100 
 
 		 89 aa  181  4.0000000000000006e-45  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_4063  30S ribosomal protein S15  86.52 
 
 		 89 aa  163  5.9999999999999996e-40  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_4383  30S ribosomal protein S15  86.52 
 
 		 89 aa  163  9e-40  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.846173 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_0173  30S ribosomal protein S15  84.27 
 
 		 89 aa  157  6e-38  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.401011  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_3631  ribosomal protein S15  79.78 
 
 		 89 aa  147  5e-35  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.0462627  normal  0.0107492 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3934  30S ribosomal protein S15  76.4 
 
 		 89 aa  145  2.0000000000000003e-34  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.281192  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2919  30S ribosomal protein S15  75.28 
 
 		 89 aa  142  2e-33  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.653515  normal  0.312513 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_2994  30S ribosomal protein S15  74.16 
 
 		 89 aa  142  2e-33  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_1111  30S ribosomal protein S15  74.16 
 
 		 89 aa  140  5e-33  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.185363  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2773  30S ribosomal protein S15  74.16 
 
 		 89 aa  140  5e-33  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0289  30S ribosomal protein S15  77.53 
 
 		 89 aa  140  6e-33  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  0.043506 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_0081  30S ribosomal protein S15  75.28 
 
 		 89 aa  139  9.999999999999999e-33  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3784  30S ribosomal protein S15  75.28 
 
 		 89 aa  139  1.9999999999999998e-32  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.116654  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0060  30S ribosomal protein S15  78.65 
 
 		 89 aa  138  1.9999999999999998e-32  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.624309  normal  1 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_0542  30S ribosomal protein S15  73.03 
 
 		 89 aa  138  1.9999999999999998e-32  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.243245  normal  0.231043 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_3809  SSU ribosomal protein S15P  76.4 
 
 		 89 aa  139  1.9999999999999998e-32  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  0.017638 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0744  30S ribosomal protein S15  74.16 
 
 		 89 aa  138  3e-32  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.146353  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_2896  30S ribosomal protein S15  76.4 
 
 		 89 aa  137  6e-32  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0437  30S ribosomal protein S15  75.28 
 
 		 89 aa  136  7.999999999999999e-32  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4508  30S ribosomal protein S15  75.28 
 
 		 89 aa  136  1e-31  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  0.264804 
 
 
-
 
NC_004310  BR2168  30S ribosomal protein S15  74.16 
 
 		 89 aa  135  1e-31  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.716102  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_4030  30S ribosomal protein S15  73.03 
 
 		 89 aa  136  1e-31  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.27506  normal  1 
 
 
-
 
NC_009505  BOV_2080  30S ribosomal protein S15  74.16 
 
 		 126 aa  135  1e-31  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.0185155  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4397  30S ribosomal protein S15  74.16 
 
 		 89 aa  134  3.0000000000000003e-31  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.854765  normal  1 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_0269  30S ribosomal protein S15  71.91 
 
 		 89 aa  134  3.0000000000000003e-31  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.0214678 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_4028  30S ribosomal protein S15  74.16 
 
 		 89 aa  134  3.0000000000000003e-31  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.776688  normal  0.268185 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_3193  30S ribosomal protein S15  73.03 
 
 		 89 aa  134  4e-31  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  hitchhiker  0.00194624  normal  0.0112652 
 
 
-
 
NC_010511  M446_4915  30S ribosomal protein S15  75.28 
 
 		 89 aa  134  6.0000000000000005e-31  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.484289  normal  0.692598 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_2760  30S ribosomal protein S15  71.91 
 
 		 89 aa  133  8e-31  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  hitchhiker  0.00582272  normal  1 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0027  30S ribosomal protein S15  74.16 
 
 		 89 aa  133  9e-31  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  0.134975 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0483  30S ribosomal protein S15  74.16 
 
 		 89 aa  132  9.999999999999999e-31  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.397496  normal  0.210861 
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_1257  ribosomal protein S15  69.66 
 
 		 89 aa  132  1.9999999999999998e-30  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_0034  30S ribosomal protein S15  74.16 
 
 		 89 aa  132  1.9999999999999998e-30  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0604  30S ribosomal protein S15  73.03 
 
 		 89 aa  131  3e-30  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_2483  30S ribosomal protein S15  70.79 
 
 		 89 aa  131  3e-30  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.629413  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_0940  30S ribosomal protein S15  75.28 
 
 		 89 aa  131  3e-30  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  0.628932 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0040  30S ribosomal protein S15  73.03 
 
 		 89 aa  131  3e-30  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.431761  normal  0.280394 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0228  30S ribosomal protein S15  73.03 
 
 		 89 aa  130  3.9999999999999996e-30  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  decreased coverage  0.00134414  normal  0.416814 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_2074  30S ribosomal protein S15  68.54 
 
 		 89 aa  129  1.0000000000000001e-29  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  0.446463 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_3049  SSU ribosomal protein S15P  69.66 
 
 		 89 aa  126  1.0000000000000001e-28  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_3723  SSU ribosomal protein S15P  65.17 
 
 		 89 aa  124  6e-28  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_2052  30S ribosomal protein S15  66.29 
 
 		 89 aa  122  1e-27  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_42790  30S ribosomal protein S15  64.04 
 
 		 89 aa  121  3e-27  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.441707  n/a   
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_0791  30S ribosomal protein S15  64.77 
 
 		 95 aa  121  4e-27  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  hitchhiker  0.000412622  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1030  ribosomal protein S15  64.04 
 
 		 89 aa  120  8e-27  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.168108  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_62720  30S ribosomal protein S15  62.92 
 
 		 89 aa  120  8e-27  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.460956  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5458  30S ribosomal protein S15  62.92 
 
 		 89 aa  120  8e-27  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.259891  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2449  SSU ribosomal protein S15P  64.04 
 
 		 89 aa  119  9.999999999999999e-27  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.0751959  normal  0.780373 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_1160  30S ribosomal protein S15  62.92 
 
 		 89 aa  119  9.999999999999999e-27  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  decreased coverage  0.0000000129722  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_3671  30S ribosomal protein S15  65.52 
 
 		 88 aa  119  9.999999999999999e-27  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  decreased coverage  0.0000000549892  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_2419  ribosomal protein S15  64.04 
 
 		 89 aa  119  1.9999999999999998e-26  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.746866  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3605  30S ribosomal protein S15  62.92 
 
 		 89 aa  119  1.9999999999999998e-26  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.228641  normal  1 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002612  SSU ribosomal protein S15p (S13e)  66.29 
 
 		 89 aa  118  1.9999999999999998e-26  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1464  ribosomal protein S15  61.8 
 
 		 89 aa  118  1.9999999999999998e-26  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_0442  ribosomal protein S15  64.04 
 
 		 89 aa  118  3e-26  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013721  HMPREF0424_0212  ribosomal protein S15  65.17 
 
 		 89 aa  118  3e-26  Gardnerella vaginalis 409-05  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_0490  ribosomal protein S15  62.92 
 
 		 89 aa  118  3e-26  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  1  normal  0.515865 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0601  30S ribosomal protein S15  64.04 
 
 		 89 aa  117  4.9999999999999996e-26  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.831516  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1128  ribosomal protein S15  66.67 
 
 		 88 aa  117  7e-26  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_4709  30S ribosomal protein S15  61.8 
 
 		 89 aa  116  9e-26  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00644247 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A0177  30S ribosomal protein S15  64.04 
 
 		 89 aa  116  9e-26  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4574  30S ribosomal protein S15  61.8 
 
 		 89 aa  116  9e-26  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.0323645  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0724  30S ribosomal protein S15  61.8 
 
 		 89 aa  116  9.999999999999999e-26  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  0.0155068 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_1438  30S ribosomal protein S15  62.92 
 
 		 89 aa  116  9.999999999999999e-26  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000000000724827 
 
 
-
 
NC_013165  Shel_10950  SSU ribosomal protein S15P  61.36 
 
 		 95 aa  115  9.999999999999999e-26  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  0.0134595  unclonable  0.00000000142351 
 
 
-
 
NC_013204  Elen_1629  ribosomal protein S15  61.36 
 
 		 95 aa  116  9.999999999999999e-26  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  0.232909  hitchhiker  0.0000867446 
 
 
-
 
NC_008346  Swol_0905  30S ribosomal protein S15  62.92 
 
 		 89 aa  115  9.999999999999999e-26  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  0.713518  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4709  30S ribosomal protein S15  61.8 
 
 		 89 aa  116  9.999999999999999e-26  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.217974  normal  0.177644 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3602  30S ribosomal protein S15  62.92 
 
 		 89 aa  115  1.9999999999999998e-25  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  0.0288609 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_3846  30S ribosomal protein S15  60.67 
 
 		 89 aa  115  1.9999999999999998e-25  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_2206  30S ribosomal protein S15  62.92 
 
 		 89 aa  115  1.9999999999999998e-25  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.442595  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1746  30S ribosomal protein S15  59.55 
 
 		 89 aa  115  1.9999999999999998e-25  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.0497945  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS3659  30S ribosomal protein S15  60.67 
 
 		 89 aa  115  1.9999999999999998e-25  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  decreased coverage  0.000386008  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_3549  30S ribosomal protein S15  60.67 
 
 		 89 aa  115  1.9999999999999998e-25  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK3567  30S ribosomal protein S15  60.67 
 
 		 89 aa  115  1.9999999999999998e-25  Bacillus cereus E33L  Bacteria  decreased coverage  0.000000530871  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3462  30S ribosomal protein S15  62.92 
 
 		 89 aa  115  1.9999999999999998e-25  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_3945  30S ribosomal protein S15  60.67 
 
 		 89 aa  115  1.9999999999999998e-25  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_3819  30S ribosomal protein S15  60.67 
 
 		 89 aa  115  1.9999999999999998e-25  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    unclonable  6.73221e-63 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_0811  30S ribosomal protein S15  61.8 
 
 		 89 aa  115  1.9999999999999998e-25  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.126054  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A3906  30S ribosomal protein S15  60.67 
 
 		 89 aa  115  1.9999999999999998e-25  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_2460  30S ribosomal protein S15  60.67 
 
 		 89 aa  115  1.9999999999999998e-25  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  hitchhiker  0.0021133  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_01764  30S ribosomal protein S15  64.04 
 
 		 89 aa  115  1.9999999999999998e-25  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  hitchhiker  0.00913478  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3343  30S ribosomal protein S15  62.92 
 
 		 89 aa  115  1.9999999999999998e-25  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.644233  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_3630  30S ribosomal protein S15  60.67 
 
 		 89 aa  115  1.9999999999999998e-25  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.0989611  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B1338  30S ribosomal protein S15  60.67 
 
 		 89 aa  115  1.9999999999999998e-25  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  1  normal  0.0311618 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A3855  30S ribosomal protein S15  60.67 
 
 		 89 aa  115  1.9999999999999998e-25  Bacillus cereus AH187  Bacteria  hitchhiker  0.0000000193325  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0967  30S ribosomal protein S15  66.67 
 
 		 88 aa  115  1.9999999999999998e-25  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  hitchhiker  0.00000000355811  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA1310  ribosomal protein S15  64.04 
 
 		 89 aa  115  3e-25  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_4487  ribosomal protein S15  60.67 
 
 		 89 aa  114  3e-25  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_1145  30S ribosomal protein S15  61.8 
 
 		 89 aa  115  3e-25  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.150061  normal  0.144917 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4485  30S ribosomal protein S15  62.92 
 
 		 89 aa  114  3e-25  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4177  30S ribosomal protein S15  60.67 
 
 		 89 aa  114  3e-25  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.418521  normal  1 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_23390  SSU ribosomal protein S15P  64.04 
 
 		 89 aa  115  3e-25  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  1  normal  0.103973 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1698  30S ribosomal protein S15  62.92 
 
 		 89 aa  114  3e-25  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_1233  30S ribosomal protein S15  61.8 
 
 		 89 aa  114  3e-25  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
CP001509  ECD_03032  30S ribosomal protein S15  62.92 
 
 		 89 aa  114  3.9999999999999997e-25  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0540  ribosomal protein S15  62.92 
 
 		 89 aa  114  3.9999999999999997e-25  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0492  30S ribosomal protein S15  61.8 
 
 		 89 aa  114  3.9999999999999997e-25  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.156818  normal  0.162774 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0588  30S ribosomal protein S15  61.8 
 
 		 89 aa  114  3.9999999999999997e-25  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.258599  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E3606  30S ribosomal protein S15  62.92 
 
 		 89 aa  114  3.9999999999999997e-25  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>