116 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Smed_2714 on replicon NC_009636
Organism: Sinorhizobium medicae WSM419



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_009636  Smed_2714  bile acid:sodium symporter  100 
 
 
331 aa  644  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.476045  normal 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3619  Bile acid:sodium symporter  70.36 
 
 
344 aa  460  1e-128  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3320  Bile acid:sodium symporter  69.76 
 
 
334 aa  453  1e-126  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5029  hypothetical protein  68.09 
 
 
330 aa  441  1e-123  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_2148  bile acid:sodium symporter  64.91 
 
 
344 aa  391  1e-108  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1029  sodium/bile acid symporter family protein  63.01 
 
 
321 aa  373  1e-102  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR1064  sodium/bile acid symporter family protein  63.01 
 
 
321 aa  373  1e-102  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.763791  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_0532  sodium/bile acid symporter family protein  58.39 
 
 
382 aa  342  5e-93  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.180228  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_0352  sodium/bile acid symporter family protein  58.15 
 
 
346 aa  342  6e-93  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.446247  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_2255  sodium/bile acid symporter family protein  58.39 
 
 
346 aa  342  7e-93  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA3390  sodium/bile acid symporter family protein  58.39 
 
 
346 aa  342  7e-93  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_0339  sodium/bile acid symporter family protein  58.39 
 
 
346 aa  342  7e-93  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A2029  sodium/bile acid symporter family protein  58.39 
 
 
346 aa  342  7e-93  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A3064  sodium/bile acid symporter family protein  58.39 
 
 
346 aa  342  7e-93  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0112  hypothetical protein  55.38 
 
 
328 aa  340  2e-92  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  normal  0.0657186 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2965  bile acid:sodium symporter  58.51 
 
 
343 aa  336  3e-91  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3262  hypothetical protein  57.86 
 
 
333 aa  335  6e-91  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.528574  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0302  sodium/bile acid symporter family protein  59.01 
 
 
394 aa  334  1e-90  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2501  bile acid:sodium symporter  57.96 
 
 
324 aa  333  3e-90  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_2484  bile acid:sodium symporter  54.29 
 
 
331 aa  327  2e-88  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.846841  normal 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_38320  bile acid/Na+ symporter family transporter  58.06 
 
 
333 aa  326  4e-88  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal  0.0277216 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0152  bile acid:sodium symporter  58.02 
 
 
340 aa  325  5e-88  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal  0.20925 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2880  bile acid:sodium symporter  58.26 
 
 
347 aa  324  1e-87  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_4937  Bile acid:sodium symporter  55.05 
 
 
335 aa  324  1e-87  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_3465  bile acid:sodium symporter  52.13 
 
 
348 aa  324  1e-87  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  normal  0.440703 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_3017  bile acid:sodium symporter  57.94 
 
 
347 aa  324  1e-87  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_04030  bile acid/sodium symporter  55 
 
 
334 aa  324  2e-87  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2970  bile acid:sodium symporter  58.57 
 
 
343 aa  323  3e-87  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2356  bile acid:sodium symporter  58.57 
 
 
343 aa  323  3e-87  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.385828  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2990  bile acid:sodium symporter  58.57 
 
 
343 aa  322  4e-87  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3177  bile acid:sodium symporter  54.21 
 
 
347 aa  322  5e-87  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.98524  normal  0.0121029 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A6319  bile acid/sodium symporter  58.57 
 
 
343 aa  321  9e-87  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2565  bile acid/Na+ symporter family protein  53.48 
 
 
332 aa  319  3e-86  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  hitchhiker  8.97855e-06  normal 
 
 
-
 
NC_009429  Rsph17025_3572  hypothetical protein  64.84 
 
 
328 aa  318  8e-86  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_3641  sodium:bile acid symporter family protein  53.48 
 
 
332 aa  318  8e-86  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  hitchhiker  2.61961e-06  normal 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A4282  putative sodium/bile acid symporter family protein  57.23 
 
 
342 aa  317  1e-85  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal  0.175014 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_2697  bile acid/Na+ symporter family protein  53.48 
 
 
332 aa  317  1e-85  Escherichia coli E24377A  Bacteria  unclonable  2.09356e-12  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_0321  Bile acid:sodium symporter  55.03 
 
 
323 aa  317  1e-85  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  normal  0.15131 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E2770  sodium:bile acid symporter family protein  53.48 
 
 
332 aa  317  2e-85  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  hitchhiker  2.64758e-11  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1269  bile acid:sodium symporter  53.16 
 
 
332 aa  316  4e-85  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  unclonable  9.08139e-08  hitchhiker  0.000128844 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2544  bile acid/Na+ symporter family protein  53.16 
 
 
332 aa  316  4e-85  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  9.83747e-12  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1252  Bile acid:sodium symporter  53.16 
 
 
332 aa  316  4e-85  Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  0.000190028  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_02309  predicted inner membrane protein  53.16 
 
 
332 aa  316  4e-85  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  unclonable  8.32535e-07  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_02270  hypothetical protein  53.16 
 
 
332 aa  316  4e-85  Escherichia coli BL21  Bacteria  unclonable  8.38069e-07  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1906  Bile acid:sodium symporter  52.05 
 
 
331 aa  313  2e-84  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2904  bile acid:sodium symporter  53.96 
 
 
334 aa  311  7e-84  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.731183  normal 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0427  Bile acid:sodium symporter  57.14 
 
 
342 aa  310  2e-83  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal  0.866752 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2144  Bile acid:sodium symporter  51.57 
 
 
333 aa  308  8e-83  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_2738  hypothetical protein  55.03 
 
 
329 aa  306  3e-82  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.889143  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_2877  bile acid/Na+ symporter family protein  54.91 
 
 
333 aa  306  3e-82  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_3402  hypothetical protein  55.03 
 
 
329 aa  306  3e-82  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.431314  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2812  bile acid:sodium symporter  54.91 
 
 
333 aa  305  5e-82  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.885659  normal  0.695799 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2382  bile acid:sodium symporter  54.94 
 
 
330 aa  305  7e-82  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A2618  bile acid/Na+ symporter family protein  51.58 
 
 
332 aa  304  2e-81  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B2569  transporter, bile acid/Na+ symporter family  51.27 
 
 
332 aa  302  4e-81  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  hitchhiker  0.000515206  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A2660  transporter bile acid/Na+ symporter family  51.27 
 
 
332 aa  302  4e-81  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C2684  bile acid/Na+ symporter family transporter  50.95 
 
 
332 aa  301  8e-81  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.68374  normal 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_0866  bile acid:sodium symporter  53.63 
 
 
339 aa  299  4e-80  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.964069  normal  0.299881 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A2790  bile acid/Na+ symporter family transporter  50.95 
 
 
332 aa  298  6e-80  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3255  bile acid:sodium symporter  54.23 
 
 
332 aa  298  8e-80  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal  0.50904 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_2334  Bile acid:sodium symporter  49.23 
 
 
329 aa  298  1e-79  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.87771  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_2034  Bile acid:sodium symporter  50.15 
 
 
330 aa  298  1e-79  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.639895  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3442  bile acid:sodium symporter  52.24 
 
 
330 aa  296  4e-79  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.176045  hitchhiker  0.000533491 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2937  bile acid:sodium symporter  49.84 
 
 
331 aa  293  2e-78  Enterobacter sp. 638  Bacteria  hitchhiker  0.00230251  normal  0.120648 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_0247  bile acid:sodium symporter  54.69 
 
 
324 aa  294  2e-78  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2250  hypothetical protein  51.88 
 
 
332 aa  292  6e-78  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  hitchhiker  2.288e-05 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_3716  Bile acid:sodium symporter  52.09 
 
 
343 aa  286  3e-76  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.0440669 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_1880  putative sodium/bile acid symporter family protein  51.1 
 
 
342 aa  286  4e-76  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_1994  hypothetical protein  50.79 
 
 
342 aa  284  1e-75  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A2266  putative sodium/bile acid symporter family protein  50.47 
 
 
342 aa  283  2e-75  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_4465  bile acid:sodium symporter  53.12 
 
 
333 aa  283  3e-75  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010655  Amuc_0139  hypothetical protein  49.06 
 
 
326 aa  281  8e-75  Akkermansia muciniphila ATCC BAA-835  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_1098  bile acid:sodium symporter  51.13 
 
 
336 aa  279  4e-74  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.981697  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_4204  bile acid:sodium symporter  52.94 
 
 
330 aa  274  2e-72  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal  0.360906 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0527  hypothetical protein  45.4 
 
 
363 aa  272  6e-72  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  hitchhiker  5.23356e-05 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1364  hypothetical protein  45.95 
 
 
340 aa  271  9e-72  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.953103  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_2649  bile acid:sodium symporter  55.74 
 
 
335 aa  270  2e-71  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal  0.19525 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_4216  Bile acid:sodium symporter  50 
 
 
329 aa  263  2e-69  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0525  bile acid:sodium symporter  49.53 
 
 
336 aa  258  7e-68  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0585  lipoprotein transmembrane  44.44 
 
 
341 aa  258  1e-67  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2484  bile acid:sodium symporter  45.82 
 
 
328 aa  256  3e-67  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.284228  n/a   
 
 
-
 
NC_008687  Pden_4379  bile acid:sodium symporter  48.9 
 
 
322 aa  256  4e-67  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal  0.603742 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2813  Bile acid:sodium symporter  44.04 
 
 
343 aa  253  4e-66  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013174  Jden_0326  Bile acid:sodium symporter  44.38 
 
 
325 aa  252  5e-66  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  normal  0.0453748 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2407  Bile acid:sodium symporter  43.73 
 
 
343 aa  252  7e-66  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.195437  normal 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_17200  predicted Na+-dependent transporter  49.19 
 
 
328 aa  250  3e-65  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_4831  putative symporter family protein  48.16 
 
 
332 aa  245  9e-64  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.900242  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc2538  lipoprotein transmembrane  44.52 
 
 
358 aa  237  2e-61  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal  0.405057 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_1125  Bile acid:sodium symporter  46.71 
 
 
341 aa  234  1e-60  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_3613  bile acid:sodium symporter  41.09 
 
 
338 aa  232  8e-60  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.423949  hitchhiker  0.00964207 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_0807  Bile acid:sodium symporter  42.94 
 
 
357 aa  227  2e-58  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.308554 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_3205  Bile acid:sodium symporter  42.9 
 
 
328 aa  223  5e-57  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  hitchhiker  2.45995e-06 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_2427  bile acid:sodium symporter  39.58 
 
 
335 aa  219  5e-56  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.0574524  normal  0.0414588 
 
 
-
 
NC_014148  Plim_2103  Bile acid:sodium symporter  39.1 
 
 
348 aa  216  4e-55  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_3818  bile acid:sodium symporter  41.82 
 
 
332 aa  209  6e-53  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.530909  normal  0.405756 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_2181  bile acid:sodium symporter  42.44 
 
 
323 aa  204  2e-51  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0648  transporter, putative  38.46 
 
 
342 aa  202  5e-51  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_0909  transporter, sodium/bile acid symporter family  46.18 
 
 
326 aa  198  1e-49  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  0.582064  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_1861  hypothetical protein  45.2 
 
 
332 aa  190  3e-47  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.0440026  normal 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0747  transporter, putative  39.08 
 
 
342 aa  188  1e-46  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>