213 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Shewmr4_0086 on replicon NC_008321
Organism: Shewanella sp. MR-4



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_008321  Shewmr4_0086  NAD(P)H dehydrogenase (quinone)  100 
 
 
192 aa  398  1e-110  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0083  NAD(P)H dehydrogenase (quinone)  98.44 
 
 
192 aa  394  1e-109  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0087  NAD(P)H dehydrogenase (quinone)  97.4 
 
 
192 aa  389  1e-107  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1799  NAD(P)H dehydrogenase (quinone)  57.67 
 
 
192 aa  237  1e-61  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.2438  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2525  NAD(P)H dehydrogenase (quinone)  47.59 
 
 
191 aa  205  4e-52  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.280985  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2966  NAD(P)H dehydrogenase (quinone)  49.46 
 
 
192 aa  200  9e-51  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2789  oxidoreductase, putative  49.46 
 
 
201 aa  199  2e-50  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.287976  normal 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_6041  NAD(P)H dehydrogenase (quinone)  50.84 
 
 
216 aa  196  2e-49  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0714  NAD(P)H dehydrogenase (quinone)  46.6 
 
 
191 aa  190  9e-48  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_1807  NAD(P)H dehydrogenase (quinone)  46.99 
 
 
193 aa  184  9e-46  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.308138  normal  0.0910397 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1688  NAD(P)H dehydrogenase (quinone)  46.52 
 
 
205 aa  181  4e-45  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal  0.468133 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3662  NAD(P)H dehydrogenase (quinone)  47.34 
 
 
204 aa  177  8e-44  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.0914759  normal  0.143525 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1013  NAD(P)H dehydrogenase (quinone)  44.44 
 
 
193 aa  176  2e-43  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  hitchhiker  0.00015307  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2732  NAD(P)H dehydrogenase (quinone)  48.15 
 
 
189 aa  174  5e-43  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1730  NAD(P)H dehydrogenase, quinone family  45.21 
 
 
204 aa  174  8e-43  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008255  CHU_0396  quinone family oxidoreductase/NAD(P)H dehydrogenase  42.02 
 
 
192 aa  164  1e-39  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  0.030635  normal  0.183286 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_2640  NAD(P)H dehydrogenase (quinone)  42.25 
 
 
192 aa  159  2e-38  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.236166  normal  0.823408 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_4532  NAD(P)H dehydrogenase (quinone)  41.71 
 
 
192 aa  158  4e-38  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013743  Htur_0623  NAD(P)H dehydrogenase (quinone)  41.49 
 
 
507 aa  157  7e-38  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1408  NAD(P)H dehydrogenase (quinone)  40.86 
 
 
507 aa  147  1e-34  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_0006  NAD(P)H dehydrogenase (quinone)  39.58 
 
 
197 aa  146  1e-34  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.0938548  normal  0.382985 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_6649  NAD(P)H dehydrogenase (quinone)  38.02 
 
 
195 aa  145  5e-34  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_53230  oxidoreductase  39.68 
 
 
207 aa  139  2e-32  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.605908  normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4666  oxidoreductase  40.21 
 
 
207 aa  138  5e-32  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.243756  n/a   
 
 
-
 
NC_007336  Reut_C6105  NAD(P)H dehydrogenase (quinone)  34.02 
 
 
193 aa  127  1e-28  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.399246  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1574  NAD(P)H dehydrogenase (quinone)  35.71 
 
 
194 aa  123  1e-27  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.133884  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_0793  NAD(P)H dehydrogenase (quinone)  34.21 
 
 
197 aa  116  2e-25  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.408316  normal  0.755729 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1192  NAD(P)H dehydrogenase (quinone)  35.6 
 
 
197 aa  116  2e-25  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2227  NAD(P)H dehydrogenase (quinone)  35.08 
 
 
194 aa  109  3e-23  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_1123  NAD(P)H dehydrogenase (quinone)  34.9 
 
 
218 aa  105  5e-22  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  decreased coverage  1.99345e-05 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1387  NAD(P)H dehydrogenase (quinone)  31.77 
 
 
196 aa  102  4e-21  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK3002  quinone family NAD(P)H dehydrogenase  30.16 
 
 
191 aa  101  6e-21  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  0.0168994  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_3317  quinone family NAD(P)H dehydrogenase  30.69 
 
 
191 aa  100  1e-20  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B1921  NAD(P)H dehydrogenase, quinone family  29.47 
 
 
191 aa  100  1e-20  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_3035  NAD(P)H dehydrogenase (quinone)  29.84 
 
 
191 aa  100  1e-20  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.700131  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A3310  NAD(P)H dehydrogenase, quinone family  29.47 
 
 
191 aa  99.8  2e-20  Bacillus cereus B4264  Bacteria  hitchhiker  0.0066019  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_4565  NAD(P)H dehydrogenase (quinone)  32.99 
 
 
192 aa  100  2e-20  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_3099  NAD(P)H dehydrogenase (quinone)  29.63 
 
 
191 aa  99.4  3e-20  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  0.426933  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A3330  NAD(P)H dehydrogenase, quinone family  29.63 
 
 
191 aa  99.4  3e-20  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_3331  NAD(P)H dehydrogenase, quinone family  30.16 
 
 
191 aa  98.6  4e-20  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_3358  quinone family NAD(P)H dehydrogenase  30.16 
 
 
191 aa  95.9  3e-19  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS3112  quinone family NAD(P)H dehydrogenase  30.16 
 
 
191 aa  95.9  3e-19  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.460138  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_1733  NAD(P)H dehydrogenase (quinone)  30.1 
 
 
195 aa  94.7  8e-19  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.130205  normal  0.727599 
 
 
-
 
NC_013174  Jden_2263  NAD(P)H dehydrogenase (quinone)  31.53 
 
 
233 aa  89  4e-17  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  0.193896  normal  0.343868 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_4343  NAD(P)H dehydrogenase (quinone)  31.61 
 
 
193 aa  82.8  3e-15  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.10655  normal  0.634853 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_3280  NAD(P)H dehydrogenase (quinone)  35.86 
 
 
194 aa  82.4  4e-15  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_2320  NAD(P)H dehydrogenase (quinone)  29.12 
 
 
198 aa  81.3  8e-15  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.304506  normal 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0844  NAD(P)H dehydrogenase (quinone)  28.74 
 
 
192 aa  79.7  2e-14  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.275008  normal  0.86473 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_3056  NAD(P)H dehydrogenase (quinone)  34.48 
 
 
194 aa  77.8  9e-14  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008528  OEOE_1767  putative NADPH-quinone reductase (modulator of drug activity B)  30.86 
 
 
189 aa  76.6  2e-13  Oenococcus oeni PSU-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_3256  NAD(P)H dehydrogenase (quinone)  28.65 
 
 
194 aa  74.3  9e-13  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.144602  normal 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3142  NAD(P)H dehydrogenase (quinone)  32.37 
 
 
196 aa  72  5e-12  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal  0.2125 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_5095  quinone family NAD(P)H dehydrogenase  33.33 
 
 
193 aa  70.5  1e-11  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  0.160737  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A5101  NAD(P)H dehydrogenase, quinone family  33.33 
 
 
193 aa  70.5  2e-11  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_4550  NAD(P)H dehydrogenase (quinone)  32.52 
 
 
197 aa  70.5  2e-11  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.617173  normal 
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_5061  hypothetical protein  32.43 
 
 
193 aa  69.7  2e-11  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_3499  NAD(P)H dehydrogenase (quinone)  29.81 
 
 
196 aa  69.7  2e-11  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_3275  NAD(P)H dehydrogenase (quinone)  28.02 
 
 
204 aa  69.7  2e-11  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_4666  NAD(P)H dehydrogenase (quinone)  32.43 
 
 
193 aa  70.1  2e-11  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_4778  NAD(P)H dehydrogenase (quinone)  33.33 
 
 
193 aa  70.1  2e-11  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_5137  NAD(P)H dehydrogenase (quinone)  31.65 
 
 
196 aa  69.7  3e-11  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_1125  ribosyldihydronicotinamide dehydrogenase (quinone)  32.61 
 
 
200 aa  69.7  3e-11  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A5100  NAD(P)H dehydrogenase, quinone family  32.43 
 
 
193 aa  68.9  4e-11  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  0.203676  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS4826  quinone family NAD(P)H dehydrogenase  32.43 
 
 
193 aa  68.6  5e-11  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.109009  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0657  NAD(P)H dehydrogenase (quinone)  29.41 
 
 
196 aa  68.9  5e-11  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  normal  0.578822 
 
 
-
 
NC_006274  BCZK4683  NAD(P)H dehydrogenase (quinone)  32.43 
 
 
193 aa  68.6  5e-11  Bacillus cereus E33L  Bacteria  hitchhiker  0.000925813  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_5191  quinone family NAD(P)H dehydrogenase  32.43 
 
 
193 aa  68.6  5e-11  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  0.174213  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0122  NAD(P)H dehydrogenase (quinone)  28.42 
 
 
218 aa  67  1e-10  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal  0.601025 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B0139  NAD(P)H dehydrogenase, quinone family  33.33 
 
 
193 aa  67.4  1e-10  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  0.277932  normal 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2450  NAD(P)H dehydrogenase (quinone)  28.16 
 
 
199 aa  67  2e-10  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.298237  normal  0.966087 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4162  NAD  29.52 
 
 
203 aa  67  2e-10  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.36876  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4755  NAD(P)H dehydrogenase (quinone)  30.72 
 
 
195 aa  67  2e-10  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.192202  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_4047  NAD(P)H dehydrogenase (quinone)  30.67 
 
 
256 aa  66.2  3e-10  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.984998  hitchhiker  0.00915897 
 
 
-
 
NC_011887  Mnod_7957  NAD(P)H dehydrogenase (quinone)  27.65 
 
 
195 aa  65.9  4e-10  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.507514  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A1917  NAD(P)H dehydrogenase quinone family protein  33.58 
 
 
198 aa  65.9  4e-10  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.048206  normal  0.253839 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_1088  NAD(P)H dehydrogenase (quinone)  29.8 
 
 
261 aa  65.5  5e-10  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0096  NAD(P)H dehydrogenase (quinone)  28.88 
 
 
199 aa  65.5  5e-10  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  unclonable  1.10916e-10  n/a   
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_0534  NAD(P)H dehydrogenase (quinone)  25.76 
 
 
200 aa  65.5  5e-10  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  0.0474001  normal  0.572601 
 
 
-
 
NC_009051  Memar_0894  NAD(P)H dehydrogenase (quinone)  27.89 
 
 
200 aa  64.7  7e-10  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  0.280002  n/a   
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A1308  putative NAD(P)H oxidoreductase(quinone)  30.72 
 
 
213 aa  64.7  8e-10  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  normal  0.274882 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3074  NAD(P)H dehydrogenase (quinone)  35.4 
 
 
197 aa  63.9  1e-09  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.992671  normal 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_3388  NAD(P)H dehydrogenase (quinone)  28.18 
 
 
193 aa  63.2  2e-09  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3534  NAD(P)H dehydrogenase (quinone)  29.17 
 
 
194 aa  63.2  2e-09  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.744175  normal  0.285696 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_3453  NAD(P)H dehydrogenase (quinone)  31.39 
 
 
192 aa  62.4  4e-09  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  decreased coverage  4.56035e-07  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_3697  NAD(P)H dehydrogenase (quinone)  32.85 
 
 
197 aa  62.4  4e-09  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.0869271  normal  0.563531 
 
 
-
 
NC_007336  Reut_C6287  NAD(P)H dehydrogenase (quinone)  37.27 
 
 
198 aa  61.2  8e-09  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_3342  NAD(P)H dehydrogenase (quinone)  30.88 
 
 
230 aa  61.2  9e-09  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.241608  normal  0.325854 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3066  NAD(P)H dehydrogenase (quinone)  31.93 
 
 
198 aa  60.8  1e-08  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2441  NAD(P)H dehydrogenase (quinone)  32.77 
 
 
206 aa  60.8  1e-08  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.543578  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2068  NAD(P)H dehydrogenase (quinone)  36.28 
 
 
198 aa  60.8  1e-08  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4021  Ribosyldihydronicotinamide dehydrogenase (quinone)  27.81 
 
 
261 aa  61.2  1e-08  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.0199607  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6111  NAD(P)H dehydrogenase quinone family protein  28.39 
 
 
262 aa  60.1  2e-08  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal  0.509038 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_3119  NAD(P)H dehydrogenase (quinone)  27.57 
 
 
197 aa  60.1  2e-08  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.415856  normal  0.0316012 
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_0608  NAD(P)H dehydrogenase (quinone)  28.78 
 
 
194 aa  59.7  2e-08  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4963  ribosyldihydronicotinamide dehydrogenase (quinone)  25.83 
 
 
259 aa  60.1  2e-08  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_48440  putative NAD(P)H dehydrogenase  30.41 
 
 
201 aa  60.5  2e-08  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  hitchhiker  1.54354e-09  normal  0.129613 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1713  NAD(P)H dehydrogenase (quinone)  27.81 
 
 
268 aa  59.7  3e-08  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_5496  NAD(P)H dehydrogenase (quinone)  29.61 
 
 
261 aa  59.3  3e-08  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  normal  0.993327 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_0029  NAD(P)H dehydrogenase (quinone)  35.82 
 
 
199 aa  59.3  3e-08  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_65760  NAD(P)H quinone oxidoreductase  28.57 
 
 
234 aa  59.3  4e-08  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.299621  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>