More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Sde_2516 on replicon NC_007912
Organism: Saccharophagus degradans 2-40



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_007912  Sde_2516  soluble pyridine nucleotide transhydrogenase  100 
 
 
465 aa  957  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_3303  soluble pyridine nucleotide transhydrogenase  42.04 
 
 
462 aa  362  8e-99  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    decreased coverage  0.00106265 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_2047  pyridine nucleotide-disulphide oxidoreductase dimerization region  41.39 
 
 
467 aa  343  3e-93  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.154966  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_5462  soluble pyridine nucleotide transhydrogenase  40.79 
 
 
471 aa  341  2e-92  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.0855714  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_3223  soluble pyridine nucleotide transhydrogenase  40.27 
 
 
463 aa  337  3e-91  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  normal  0.199008 
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_12727  soluble pyridine nucleotide transhydrogenase  40.95 
 
 
468 aa  336  4e-91  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_2448  soluble pyridine nucleotide transhydrogenase  40.73 
 
 
471 aa  335  9e-91  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  normal  0.518866 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_1462  soluble pyridine nucleotide transhydrogenase  39.87 
 
 
502 aa  331  2e-89  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal  0.0372006 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_0212  soluble pyridine nucleotide transhydrogenase  40.22 
 
 
476 aa  330  4e-89  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_5306  soluble pyridine nucleotide transhydrogenase  41.65 
 
 
477 aa  328  1e-88  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_3945  soluble pyridine nucleotide transhydrogenase  40.39 
 
 
481 aa  326  7e-88  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.332023  normal  0.0692288 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1719  soluble pyridine nucleotide transhydrogenase  39.48 
 
 
464 aa  326  7e-88  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.0974339  normal  0.028819 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_3883  soluble pyridine nucleotide transhydrogenase  39.96 
 
 
470 aa  326  7e-88  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  0.616657  normal 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_2476  soluble pyridine nucleotide transhydrogenase  40.18 
 
 
474 aa  323  5e-87  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_3447  soluble pyridine nucleotide transhydrogenase  38.5 
 
 
501 aa  323  5e-87  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  normal  0.587426 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1509  soluble pyridine nucleotide transhydrogenase  39.29 
 
 
469 aa  322  9e-87  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03582  soluble pyridine nucleotide transhydrogenase  38.01 
 
 
473 aa  320  2e-86  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.747985  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_6317  soluble pyridine nucleotide transhydrogenase  40.27 
 
 
467 aa  320  4e-86  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.0419159  normal  0.418244 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1923  soluble pyridine nucleotide transhydrogenase  38.56 
 
 
463 aa  320  5e-86  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_5091  pyridine nucleotide-disulphide oxidoreductase dimerization region  38.91 
 
 
466 aa  317  2e-85  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.412969  normal 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1577  soluble pyridine nucleotide transhydrogenase  39.96 
 
 
463 aa  316  4e-85  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  decreased coverage  0.00876863  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_3972  soluble pyridine nucleotide transhydrogenase  40.22 
 
 
476 aa  316  5e-85  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.0781763  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1707  soluble pyridine nucleotide transhydrogenase  39.07 
 
 
469 aa  316  6e-85  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_3894  soluble pyridine nucleotide transhydrogenase  40.22 
 
 
476 aa  316  7e-85  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.199328  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_3831  soluble pyridine nucleotide transhydrogenase  40.22 
 
 
476 aa  315  1e-84  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_0843  soluble pyridine nucleotide transhydrogenase  38.31 
 
 
472 aa  312  7e-84  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1668  soluble pyridine nucleotide transhydrogenase  37.72 
 
 
464 aa  310  4e-83  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0334  soluble pyridine nucleotide transhydrogenase  38.1 
 
 
466 aa  309  8e-83  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00265  soluble pyridine nucleotide transhydrogenase  39.7 
 
 
476 aa  307  3e-82  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2890  soluble pyridine nucleotide transhydrogenase  37.42 
 
 
471 aa  307  3e-82  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.784387  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3591  soluble pyridine nucleotide transhydrogenase  38.07 
 
 
464 aa  306  4e-82  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal  0.343336 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2151  soluble pyridine nucleotide transhydrogenase  38.07 
 
 
464 aa  306  4e-82  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.148708  decreased coverage  0.00883462 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1692  soluble pyridine nucleotide transhydrogenase  37.99 
 
 
464 aa  306  8e-82  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal  0.215126 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3862  soluble pyridine nucleotide transhydrogenase  37.93 
 
 
464 aa  305  9e-82  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2106  soluble pyridine nucleotide transhydrogenase  39.15 
 
 
464 aa  305  2e-81  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1901  soluble pyridine nucleotide transhydrogenase  38.94 
 
 
477 aa  304  2e-81  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.961651  decreased coverage  0.000428846 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_25390  soluble pyridine nucleotide transhydrogenase  36.77 
 
 
464 aa  304  3e-81  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2169  soluble pyridine nucleotide transhydrogenase  36.56 
 
 
464 aa  303  4e-81  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.68656  n/a   
 
 
-
 
NC_014148  Plim_3567  pyridine nucleotide-disulfide oxidoreductase dimerization region  36.82 
 
 
476 aa  303  4e-81  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  0.593485  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_4078  soluble pyridine nucleotide transhydrogenase  37.42 
 
 
466 aa  303  5e-81  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_0137  soluble pyridine nucleotide transhydrogenase  37.42 
 
 
466 aa  303  5e-81  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  0.647839  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A0118  soluble pyridine nucleotide transhydrogenase  37.42 
 
 
466 aa  303  5e-81  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  0.483779  normal  0.676164 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0128  soluble pyridine nucleotide transhydrogenase  37.99 
 
 
468 aa  301  1e-80  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.964966  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002152  soluble pyridine nucleotide transhydrogenase  37.39 
 
 
466 aa  301  2e-80  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.0102006  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_14670  soluble pyridine nucleotide transhydrogenase  37.72 
 
 
464 aa  300  3e-80  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0188  soluble pyridine nucleotide transhydrogenase  37.58 
 
 
468 aa  300  4e-80  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0914  soluble pyridine nucleotide transhydrogenase  37.96 
 
 
470 aa  300  4e-80  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.75336  normal 
 
 
-
 
NC_012892  B21_03796  hypothetical protein  37.72 
 
 
466 aa  300  4e-80  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.0623556  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_03847  soluble pyridine nucleotide transhydrogenase  37.72 
 
 
466 aa  300  4e-80  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.0805855  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1603  soluble pyridine nucleotide transhydrogenase  37.58 
 
 
464 aa  299  6e-80  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.073582  normal  0.0278892 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_4024  soluble pyridine nucleotide transhydrogenase  37.72 
 
 
466 aa  298  1e-79  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.257057  normal  0.0391743 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_4054  soluble pyridine nucleotide transhydrogenase  37.72 
 
 
466 aa  298  1e-79  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  normal  0.0478182 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A4196  soluble pyridine nucleotide transhydrogenase  37.72 
 
 
466 aa  298  1e-79  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  0.194644  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A4336  soluble pyridine nucleotide transhydrogenase  37.72 
 
 
470 aa  298  2e-79  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_4774  soluble pyridine nucleotide transhydrogenase  37.8 
 
 
465 aa  297  2e-79  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.125317  hitchhiker  0.00386206 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4454  soluble pyridine nucleotide transhydrogenase  37.72 
 
 
470 aa  298  2e-79  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000116536 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A4457  soluble pyridine nucleotide transhydrogenase  37.72 
 
 
470 aa  298  2e-79  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  hitchhiker  1.63377e-07 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4408  soluble pyridine nucleotide transhydrogenase  37.5 
 
 
466 aa  298  2e-79  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.0258323  normal  0.0356369 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_0194  soluble pyridine nucleotide transhydrogenase  37.37 
 
 
468 aa  298  2e-79  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A4531  soluble pyridine nucleotide transhydrogenase  37.72 
 
 
470 aa  298  2e-79  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.455944  hitchhiker  5.33814e-06 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B4367  soluble pyridine nucleotide transhydrogenase  37.72 
 
 
470 aa  298  2e-79  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4502  soluble pyridine nucleotide transhydrogenase  37.5 
 
 
466 aa  297  3e-79  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.0108138  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_4024  pyridine nucleotide-disulphide oxidoreductase dimerization region  37.5 
 
 
466 aa  297  3e-79  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2370  soluble pyridine nucleotide transhydrogenase  36.24 
 
 
466 aa  297  3e-79  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  1.13082e-10  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_5422  soluble pyridine nucleotide transhydrogenase  37.5 
 
 
466 aa  297  3e-79  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  normal  0.349391 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E4447  soluble pyridine nucleotide transhydrogenase  37.5 
 
 
466 aa  297  3e-79  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3787  soluble pyridine nucleotide transhydrogenase  37.91 
 
 
468 aa  296  5e-79  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_1333  soluble pyridine nucleotide transhydrogenase  38.11 
 
 
547 aa  295  1e-78  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  0.201704  normal 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_1036  soluble pyridine nucleotide transhydrogenase  37.89 
 
 
547 aa  293  5e-78  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  0.746079  normal 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0118  soluble pyridine nucleotide transhydrogenase  36.23 
 
 
476 aa  286  8e-76  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.0589234  normal  0.30721 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_0951  soluble pyridine nucleotide transhydrogenase  38.02 
 
 
546 aa  284  2e-75  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  hitchhiker  5.60958e-06  hitchhiker  0.00448412 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1805  soluble pyridine nucleotide transhydrogenase  39.1 
 
 
466 aa  283  4e-75  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_2776  dihydrolipoamide dehydrogenase  33.7 
 
 
459 aa  248  1e-64  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  0.0539747 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_2801  dihydrolipoamide dehydrogenase  34.28 
 
 
459 aa  247  4e-64  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_2575  dihydrolipoamide dehydrogenase  33.41 
 
 
459 aa  245  1e-63  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  hitchhiker  0.0023205  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B2511  dihydrolipoamide dehydrogenase  33.19 
 
 
459 aa  244  2e-63  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  normal  0.136342 
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_2536  dihydrolipoamide dehydrogenase  34.06 
 
 
459 aa  244  3e-63  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A2782  dihydrolipoamide dehydrogenase  33.41 
 
 
459 aa  243  5e-63  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK2502  dihydrolipoamide dehydrogenase  33.12 
 
 
459 aa  242  1e-62  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A2822  dihydrolipoamide dehydrogenase  33.41 
 
 
459 aa  240  5e-62  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  0.0920611  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_2773  dihydrolipoamide dehydrogenase  32.97 
 
 
459 aa  236  8e-61  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS2585  dihydrolipoamide dehydrogenase  32.97 
 
 
459 aa  236  8e-61  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.295349  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1030  dihydrolipoamide dehydrogenase  31.39 
 
 
476 aa  219  6e-56  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.784148  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1510  dihydrolipoamide dehydrogenase  31.39 
 
 
476 aa  219  6e-56  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.647996  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1763  dihydrolipoamide dehydrogenase  32.87 
 
 
459 aa  219  1e-55  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  0.733287  normal 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1486  dihydrolipoamide dehydrogenase  31.11 
 
 
476 aa  217  3e-55  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.975022  hitchhiker  0.00623097 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1392  dihydrolipoamide dehydrogenase  30.9 
 
 
476 aa  217  3e-55  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2554  dihydrolipoamide dehydrogenase  30.95 
 
 
476 aa  217  4e-55  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.40022  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1745  dihydrolipoamide dehydrogenase  30.95 
 
 
476 aa  216  5e-55  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00176702 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1432  dihydrolipoamide dehydrogenase  30.69 
 
 
476 aa  216  8e-55  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.21637  normal  0.141964 
 
 
-
 
NC_002620  TC0846  dihydrolipoamide dehydrogenase  30.75 
 
 
465 aa  215  1e-54  Chlamydia muridarum Nigg  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4651  dihydrolipoamide dehydrogenase  30.95 
 
 
476 aa  214  2e-54  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.183592  normal  0.254899 
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_1926  dihydrolipoamide dehydrogenase  30.74 
 
 
476 aa  215  2e-54  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007512  Plut_0784  dihydrolipoamide dehydrogenase  31.6 
 
 
472 aa  214  2e-54  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_2038  dihydrolipoamide dehydrogenase  32.82 
 
 
450 aa  215  2e-54  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1642  dihydrolipoamide dehydrogenase  31.09 
 
 
476 aa  215  2e-54  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.370947  normal  0.099089 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_1719  dihydrolipoamide dehydrogenase  31.58 
 
 
476 aa  214  3e-54  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_6035  dihydrolipoamide dehydrogenase  29.07 
 
 
466 aa  213  4e-54  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013162  Coch_2179  dihydrolipoamide dehydrogenase  30.8 
 
 
468 aa  213  5e-54  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_4513  dihydrolipoamide dehydrogenase  30 
 
 
465 aa  213  8e-54  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  0.0173943  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>