299 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Sala_R0052 on replicon NC_008048
Organism: Sphingopyxis alaskensis RB2256



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008048  Sala_R0052  tRNA-Glu  100 
 
 		 76 bp  151  3e-35  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  0.662201 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_R0006  tRNA-Glu  97.37 
 
 		 76 bp  135  1.9999999999999998e-30  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  0.439898 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_R0055  tRNA-Glu  96.05 
 
 		 76 bp  127  4.0000000000000003e-28  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_R0011  tRNA-Glu  98.48 
 
 		 76 bp  123  6e-27  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000477421 
 
 
-
 
NC_010511  M446_R0024  tRNA-Glu  98.48 
 
 		 76 bp  123  6e-27  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.574829  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_R0050  tRNA-Glu  98.48 
 
 		 76 bp  123  6e-27  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.190647  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_R0034  tRNA-Glu  93.94 
 
 		 76 bp  99.6  9e-20  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_R0012  tRNA-Glu  93.94 
 
 		 76 bp  99.6  9e-20  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  0.12218 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_R0004  tRNA-Glu  93.94 
 
 		 76 bp  99.6  9e-20  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_R0042  tRNA-Glu  92.11 
 
 		 75 bp  95.6  1e-18  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.0336501  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_R0023  tRNA-Glu  94.64 
 
 		 76 bp  87.7  3e-16  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.707978  normal  0.384279 
 
 
-
 
NC_010511  M446_R0084  tRNA-Glu  94.64 
 
 		 76 bp  87.7  3e-16  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_R0094  tRNA-Glu  94.64 
 
 		 76 bp  87.7  3e-16  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.115481  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_R0043  tRNA-Glu  90.79 
 
 		 75 bp  87.7  3e-16  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.0132709  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_R0051  tRNA-Glu  90.79 
 
 		 75 bp  87.7  3e-16  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  0.41574 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_R0053  tRNA-Glu  94.64 
 
 		 76 bp  87.7  3e-16  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008599  CFF8240_1672  tRNA-Glu  90.79 
 
 		 75 bp  87.7  3e-16  Campylobacter fetus subsp. fetus 82-40  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_R0029  tRNA-Glu  93.1 
 
 		 76 bp  83.8  0.000000000000005  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.0884882  hitchhiker  0.000705455 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_R0030  tRNA-Glu  93.1 
 
 		 76 bp  83.8  0.000000000000005  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.0242042  hitchhiker  0.000684647 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_R0032  tRNA-Glu  93.1 
 
 		 76 bp  83.8  0.000000000000005  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  decreased coverage  0.00151707  hitchhiker  0.000680514 
 
 
-
 
NC_007798  NSE_0391  tRNA-Glu  89.86 
 
 		 73 bp  81.8  0.00000000000002  Neorickettsia sennetsu str. Miyayama  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_R0070  tRNA-Glu  92.86 
 
 		 76 bp  79.8  0.00000000000008  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.251867  normal  0.130321 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_R0030  tRNA-Glu  92.86 
 
 		 76 bp  79.8  0.00000000000008  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.437879  normal  0.359781 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_R0022  tRNA-Glu  92.86 
 
 		 76 bp  79.8  0.00000000000008  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009715  CCV52592_2134  tRNA-Glu  89.47 
 
 		 75 bp  79.8  0.00000000000008  Campylobacter curvus 525.92  Bacteria  hitchhiker  0.00397523  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_R0002  tRNA-Glu  92.86 
 
 		 76 bp  79.8  0.00000000000008  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.12539  normal  0.0346433 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_R0059  tRNA-Glu  87.84 
 
 		 76 bp  75.8  0.000000000001  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.327246  normal  1 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_R0002  tRNA-Glu  87.84 
 
 		 76 bp  75.8  0.000000000001  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  1  normal  0.509318 
 
 
-
 
NC_011059  Paes_R0029  tRNA-Glu  95.56 
 
 		 74 bp  73.8  0.000000000005  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  0.259025  normal  1 
 
 
-
 
NC_002976  SERP_tRNA-Glu-3  tRNA-Glu  93.75 
 
 		 75 bp  71.9  0.00000000002  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_R0001  tRNA-Glu  93.75 
 
 		 75 bp  71.9  0.00000000002  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003912  CJE_tRNA-Glu-1  tRNA-Glu  88.16 
 
 		 75 bp  71.9  0.00000000002  Campylobacter jejuni RM1221  Bacteria  normal  0.990539  n/a   
 
 
-
 
NC_009802  CCC13826_2209  tRNA-Glu  88.16 
 
 		 77 bp  71.9  0.00000000002  Campylobacter concisus 13826  Bacteria  normal  0.35059  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_R0027  tRNA-Glu  89.71 
 
 		 75 bp  71.9  0.00000000002  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.251037  normal  1 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_R0034  tRNA-Glu  91.07 
 
 		 76 bp  71.9  0.00000000002  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008787  CJJ81176_1710  tRNA-Glu  88.16 
 
 		 75 bp  71.9  0.00000000002  Campylobacter jejuni subsp. jejuni 81-176  Bacteria  normal  0.48567  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_R0064  tRNA-Glu  93.75 
 
 		 76 bp  71.9  0.00000000002  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  0.554799  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_R0073  tRNA-Glu  93.75 
 
 		 76 bp  71.9  0.00000000002  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  0.0122023  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_R0097  tRNA-Glu  93.75 
 
 		 76 bp  71.9  0.00000000002  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  unclonable  0.000000000640462  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_R0099  tRNA-Glu  93.75 
 
 		 76 bp  71.9  0.00000000002  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  unclonable  0.000000000545128  n/a   
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_R0001  tRNA-Glu  93.75 
 
 		 75 bp  71.9  0.00000000002  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  0.0190537  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_R0066  tRNA-Glu  88.89 
 
 		 76 bp  69.9  0.00000000008  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  hitchhiker  0.000000193579  n/a   
 
 
-
 
NC_002976  SERP_tRNA-Glu-1  tRNA-Glu  93.33 
 
 		 72 bp  65.9  0.000000001  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002976  SERP_tRNA-Glu-2  tRNA-Glu  93.33 
 
 		 72 bp  65.9  0.000000001  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012039  Cla_1490  tRNA-Glu  87.67 
 
 		 72 bp  65.9  0.000000001  Campylobacter lari RM2100  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_R0030  tRNA-Glu  93.33 
 
 		 72 bp  65.9  0.000000001  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  hitchhiker  0.0000403372  n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_R0077  tRNA-Glu  93.33 
 
 		 72 bp  65.9  0.000000001  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012039  Cla_0046  tRNA-Glu  87.67 
 
 		 72 bp  65.9  0.000000001  Campylobacter lari RM2100  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_R0077  tRNA-Glu  93.33 
 
 		 72 bp  65.9  0.000000001  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_R0030  tRNA-Glu  93.33 
 
 		 72 bp  65.9  0.000000001  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  hitchhiker  0.000000352546  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_t00064  tRNA-Glu  86.76 
 
 		 76 bp  63.9  0.000000005  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.0611511  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_t00073  tRNA-Glu  86.76 
 
 		 76 bp  63.9  0.000000005  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.101192  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_R0028  tRNA-Glu  86.76 
 
 		 76 bp  63.9  0.000000005  Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  0.000000151808  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_R0089  tRNA-Glu  86.76 
 
 		 76 bp  63.9  0.000000005  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.0392203  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_R0112  tRNA-Glu  86.76 
 
 		 76 bp  63.9  0.000000005  Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  0.000205577  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_t31  tRNA-Glu  86.76 
 
 		 73 bp  63.9  0.000000005  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  0.281788 
 
 
-
 
NC_002947  PP_t38  tRNA-Glu  86.76 
 
 		 73 bp  63.9  0.000000005  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.444842  normal  0.0196237 
 
 
-
 
NC_002947  PP_t40  tRNA-Glu  86.76 
 
 		 73 bp  63.9  0.000000005  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.1195  normal  0.0190117 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_5658  tRNA-Glu  91.67 
 
 		 75 bp  63.9  0.000000005  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  hitchhiker  0.000000000540002  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_5673  tRNA-Glu  91.67 
 
 		 75 bp  63.9  0.000000005  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  hitchhiker  0.000000836354  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2336  tRNA-Glu  86.76 
 
 		 78 bp  63.9  0.000000005  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.0131684  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_t20  tRNA-Glu  86.76 
 
 		 76 bp  63.9  0.000000005  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_t22  tRNA-Glu  86.76 
 
 		 76 bp  63.9  0.000000005  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_t30  tRNA-Glu  86.76 
 
 		 76 bp  63.9  0.000000005  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.111782  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_t32  tRNA-Glu  86.76 
 
 		 76 bp  63.9  0.000000005  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.0584269  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  tRNA-Glu-2  tRNA-Glu  91.67 
 
 		 78 bp  63.9  0.000000005  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  hitchhiker  0.00000143078  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_R0056  tRNA-Glu  89.29 
 
 		 73 bp  63.9  0.000000005  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.116328  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_R0081  tRNA-Glu  86.76 
 
 		 76 bp  63.9  0.000000005  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.863726  normal  0.5241 
 
 
-
 
NC_006274  tRNA-Glu-2  tRNA-Glu  91.67 
 
 		 78 bp  63.9  0.000000005  Bacillus cereus E33L  Bacteria  hitchhiker  0.0000147192  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  tRNA-Glu-3  tRNA-Glu  91.67 
 
 		 78 bp  63.9  0.000000005  Bacillus cereus E33L  Bacteria  hitchhiker  0.00000000240396  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_R0044  tRNA-Glu  91.67 
 
 		 75 bp  63.9  0.000000005  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  hitchhiker  0.0000245211  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  tRNA-Glu-7  tRNA-Glu  91.67 
 
 		 78 bp  63.9  0.000000005  Bacillus cereus E33L  Bacteria  hitchhiker  0.00000000806398  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_RNA37  tRNA-Glu  86.76 
 
 		 76 bp  63.9  0.000000005  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  0.244013 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_RNA39  tRNA-Glu  86.76 
 
 		 76 bp  63.9  0.000000005  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.783995  normal  0.143525 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_RNA58  tRNA-Glu  86.76 
 
 		 76 bp  63.9  0.000000005  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.237213  normal  0.68605 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_RNA60  tRNA-Glu  86.76 
 
 		 76 bp  63.9  0.000000005  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.095942  normal  0.6882 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_R33  tRNA-Glu  86.76 
 
 		 76 bp  63.9  0.000000005  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_R35  tRNA-Glu  86.76 
 
 		 76 bp  63.9  0.000000005  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_R62  tRNA-Glu  86.76 
 
 		 76 bp  63.9  0.000000005  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_R64  tRNA-Glu  86.76 
 
 		 76 bp  63.9  0.000000005  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.98827 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_R66  tRNA-Glu  86.76 
 
 		 76 bp  63.9  0.000000005  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_R0035  tRNA-Glu  91.67 
 
 		 75 bp  63.9  0.000000005  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  unclonable  0.00000000414108  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  tRNA-Glu-3  tRNA-Glu  91.67 
 
 		 75 bp  63.9  0.000000005  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  hitchhiker  0.00000000044884  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  tRNA-Glu-4  tRNA-Glu  91.67 
 
 		 75 bp  63.9  0.000000005  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  hitchhiker  0.000000000436983  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1998  tRNA-Glu  86.76 
 
 		 78 bp  63.9  0.000000005  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1996  tRNA-Glu  86.76 
 
 		 78 bp  63.9  0.000000005  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_R0074  tRNA-Glu  86.76 
 
 		 76 bp  63.9  0.000000005  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  0.562141 
 
 
-
 
NC_009707  JJD26997_0182  tRNA-Glu  86.84 
 
 		 75 bp  63.9  0.000000005  Campylobacter jejuni subsp. doylei 269.97  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_27600  tRNA-Glu  86.76 
 
 		 73 bp  63.9  0.000000005  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.0544848  hitchhiker  0.00250338 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_R0056  tRNA-Glu  86.76 
 
 		 76 bp  63.9  0.000000005  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_R0047  tRNA-Glu  86.76 
 
 		 73 bp  63.9  0.000000005  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.877641  normal  0.62194 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_R0046  tRNA-Glu  86.76 
 
 		 73 bp  63.9  0.000000005  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  1  normal  0.282187 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_R0008  tRNA-Glu  86.76 
 
 		 76 bp  63.9  0.000000005  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.029159  normal  0.0288609 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_R0067  tRNA-Glu  86.76 
 
 		 76 bp  63.9  0.000000005  Enterobacter sp. 638  Bacteria  hitchhiker  0.000550936  normal  0.0102746 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_R0087  tRNA-Glu  86.76 
 
 		 76 bp  63.9  0.000000005  Enterobacter sp. 638  Bacteria  hitchhiker  0.00145961  normal  0.0492727 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_R0107  tRNA-Glu  86.76 
 
 		 76 bp  63.9  0.000000005  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.0341166  normal  0.0810814 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_R0028  tRNA-Glu  86.76 
 
 		 76 bp  63.9  0.000000005  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.0423864  normal  0.609581 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_R0030  tRNA-Glu  86.76 
 
 		 76 bp  63.9  0.000000005  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.044277  normal  0.615022 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_R0048  tRNA-Glu  86.76 
 
 		 76 bp  63.9  0.000000005  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  0.670571 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_R0050  tRNA-Glu  86.76 
 
 		 76 bp  63.9  0.000000005  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  0.652046 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>