145 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rpal_0447 on replicon NC_011004
Organism: Rhodopseudomonas palustris TIE-1



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_011004  Rpal_0447  transcriptional regulator, XRE family  100 
 
 		 139 aa  282  1.0000000000000001e-75  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0595  XRE family transcriptional regulator  94.96 
 
 		 139 aa  270  6e-72  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.958783  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0237  XRE family transcriptional regulator  94.93 
 
 		 139 aa  264  2e-70  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0473  XRE family transcriptional regulator  89.05 
 
 		 138 aa  248  3e-65  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  0.54052 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_0026  XRE family transcriptional regulator  88.81 
 
 		 139 aa  243  4.9999999999999997e-64  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0019  XRE family transcriptional regulator  86.13 
 
 		 139 aa  243  6e-64  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  0.0558597 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0051  XRE family transcriptional regulator  84.17 
 
 		 138 aa  229  7.000000000000001e-60  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1815  XRE family transcriptional regulator  70.99 
 
 		 137 aa  192  1e-48  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.0843474  normal  0.166838 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_0443  transcriptional regulator  65.44 
 
 		 140 aa  184  5e-46  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  unclonable  0.0000554716  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_0016  transcriptional regulator, XRE family  63.7 
 
 		 138 aa  177  5.999999999999999e-44  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000711578 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0753  XRE family transcriptional regulator  62.96 
 
 		 135 aa  177  5.999999999999999e-44  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.057083  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0045  XRE family transcriptional regulator  64.18 
 
 		 139 aa  175  2e-43  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  decreased coverage  0.00000742068  hitchhiker  0.0000000000614145 
 
 
-
 
NC_004310  BR2159  Cro/CI family transcriptional regulator  63.36 
 
 		 137 aa  173  7e-43  Brucella suis 1330  Bacteria  unclonable  0.00000314405  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_2071  Cro/CI family transcriptional regulator  63.36 
 
 		 137 aa  173  7e-43  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.0247654  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_2892  transcriptional regulator, XRE family  58.57 
 
 		 166 aa  171  2.9999999999999996e-42  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.203012 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0014  transcriptional regulator, XRE family  64.66 
 
 		 139 aa  167  4e-41  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.881591  normal  0.120221 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3923  XRE family transcriptional regulator  61.72 
 
 		 140 aa  165  2e-40  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.680179  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_1061  XRE family transcriptional regulator  60.29 
 
 		 155 aa  160  5.0000000000000005e-39  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.161431  normal  0.803902 
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_1248  DNA-binding protein  57.35 
 
 		 137 aa  157  5e-38  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  0.821781  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_3622  XRE family transcriptional regulator  57.46 
 
 		 147 aa  155  2e-37  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4530  XRE family transcriptional regulator  54.23 
 
 		 152 aa  146  9e-35  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_3177  XRE family transcriptional regulator  55.38 
 
 		 142 aa  144  5e-34  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.0647326  normal  0.0138701 
 
 
-
 
NC_012852  Rleg_6091  transcriptional regulator, XRE family  54.41 
 
 		 152 aa  142  2e-33  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_0230  transcriptional regulator, XRE family  51.52 
 
 		 137 aa  141  3e-33  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.737224  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_3038  XRE family transcriptional regulator  48.91 
 
 		 140 aa  137  3e-32  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011371  Rleg2_6504  transcriptional regulator, XRE family  52.59 
 
 		 152 aa  138  3e-32  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_0021  XRE family transcriptional regulator  50 
 
 		 161 aa  136  8.999999999999999e-32  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_2959  transcriptional regulator, XRE family  50.38 
 
 		 141 aa  135  1e-31  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.676432  normal  0.753241 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0026  XRE family transcriptional regulator  52.24 
 
 		 144 aa  136  1e-31  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.153059  normal  0.660956 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3208  transcriptional regulator, XRE family  48.85 
 
 		 141 aa  134  4e-31  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0329  XRE family transcriptional regulator  52.99 
 
 		 171 aa  134  4e-31  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.846996  normal  1 
 
 
-
 
NC_011981  Avi_7073  transcriptional regulator  46.32 
 
 		 138 aa  132  9.999999999999999e-31  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0834  XRE family transcriptional regulator  52.9 
 
 		 145 aa  132  1.9999999999999998e-30  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.211274  normal  0.760334 
 
 
-
 
NC_010335  Caul_5225  XRE family transcriptional regulator  51.13 
 
 		 140 aa  127  4.0000000000000003e-29  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_2104  transcriptional regulator, XRE family  45.14 
 
 		 174 aa  125  2.0000000000000002e-28  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011982  Avi_8067  transcriptional regulator  50 
 
 		 146 aa  119  1.9999999999999998e-26  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.262846  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3775  XRE family transcriptional regulator  46.88 
 
 		 210 aa  116  7.999999999999999e-26  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_2935  XRE family transcriptional regulator  48.09 
 
 		 128 aa  114  3.9999999999999997e-25  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_1149  XRE family transcriptional regulator  50.42 
 
 		 120 aa  110  6e-24  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.016899  hitchhiker  0.00000234075 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2278  XRE family transcriptional regulator  44.85 
 
 		 136 aa  109  1.0000000000000001e-23  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.504941  normal  1 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3598  XRE family transcriptional regulator  43.97 
 
 		 156 aa  108  2.0000000000000002e-23  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  hitchhiker  0.00212083  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2806  putative transcriptional regulatory protein  44.78 
 
 		 131 aa  107  7.000000000000001e-23  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011991  Avi_9533  transcriptional regulator Cro/CI family  47.29 
 
 		 141 aa  106  1e-22  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.140693  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_1388  XRE family transcriptional regulator  45 
 
 		 119 aa  105  2e-22  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  0.346177 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_1232  XRE family transcriptional regulator  45 
 
 		 126 aa  102  1e-21  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.236768  normal  0.265611 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_2775  putative transcriptional regulator  45 
 
 		 123 aa  103  1e-21  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_3762  transcriptional regulator, XRE family  44.85 
 
 		 135 aa  102  1e-21  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.117326  normal  1 
 
 
-
 
NC_011366  Rleg2_6040  transcriptional regulator, XRE family  41.86 
 
 		 134 aa  99.8  1e-20  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.591688 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4834  transcriptional regulator, XRE family  47.69 
 
 		 135 aa  99.8  1e-20  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.592449  normal  1 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_1892  XRE family transcriptional regulator  43.33 
 
 		 120 aa  98.6  2e-20  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012858  Rleg_7198  transcriptional regulator, XRE family  41.35 
 
 		 134 aa  99  2e-20  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.0637638 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_1502  XRE family transcriptional regulator  36.57 
 
 		 136 aa  98.6  2e-20  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.662366  normal  1 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_0540  XRE family transcriptional regulator  43.33 
 
 		 120 aa  98.6  2e-20  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_0675  XRE family transcriptional regulator  43.33 
 
 		 120 aa  98.6  2e-20  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.00325967 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_3578  XRE family transcriptional regulator  45.3 
 
 		 140 aa  99.4  2e-20  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_0971  transcriptional regulator, XRE family  45.11 
 
 		 135 aa  97.4  6e-20  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.508784  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_1168  transcriptional regulator, XRE family  45.11 
 
 		 142 aa  97.1  7e-20  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.092853  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1041  helix-turn-helix domain-containing protein  45.11 
 
 		 142 aa  97.1  8e-20  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  0.0368815 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_0154  helix-turn-helix domain-containing protein  41.41 
 
 		 134 aa  96.3  1e-19  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3125  XRE family transcriptional regulator  44.62 
 
 		 162 aa  96.7  1e-19  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.412901  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_2160  transcriptional regulator, XRE family  43.85 
 
 		 134 aa  95.9  2e-19  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.468793  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_2456  XRE family transcriptional regulator  45.38 
 
 		 134 aa  95.9  2e-19  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.214066  normal  0.20041 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1563  transcriptional regulator, XRE family  44.35 
 
 		 135 aa  95.1  2e-19  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_3522  helix-turn-helix domain-containing protein  45.31 
 
 		 135 aa  94.7  3e-19  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_0066  XRE family transcriptional regulator  40 
 
 		 146 aa  95.1  3e-19  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.0319384  normal  1 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_1909  XRE family transcriptional regulator  40.52 
 
 		 123 aa  94.7  4e-19  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4795  transcriptional regulator, XRE family  42.97 
 
 		 134 aa  93.6  8e-19  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.0939257  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_1020  XRE family transcriptional regulator  40.6 
 
 		 149 aa  93.6  9e-19  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.638142  normal  1 
 
 
-
 
NC_007799  ECH_1118  putative transcriptional regulator  37.96 
 
 		 213 aa  93.2  1e-18  Ehrlichia chaffeensis str. Arkansas  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007354  Ecaj_0894  transcriptional regulator  37.86 
 
 		 215 aa  92.4  2e-18  Ehrlichia canis str. Jake  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_2727  transcriptional regulator, XRE family  42.42 
 
 		 133 aa  90.9  6e-18  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3242  XRE family transcriptional regulator  36.81 
 
 		 149 aa  89.7  1e-17  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_4093  transcriptional regulator, XRE family  62.86 
 
 		 121 aa  89  2e-17  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0278  XRE family transcriptional regulator  35.11 
 
 		 145 aa  88.2  3e-17  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_0155  helix-turn-helix domain-containing protein  40.44 
 
 		 135 aa  87  7e-17  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_4413  transcriptional regulator, XRE family  61.43 
 
 		 121 aa  86.7  9e-17  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.465238  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_2429  XRE family transcriptional regulator  38.93 
 
 		 143 aa  85.5  2e-16  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.214939  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_6290  transcriptional regulator, XRE family  57.97 
 
 		 121 aa  81.6  0.000000000000004  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008042  TM1040_3777  XRE family transcriptional regulator  37.27 
 
 		 125 aa  79.7  0.00000000000001  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_2505  XRE family transcriptional regulator  37.01 
 
 		 128 aa  78.6  0.00000000000003  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_3790  XRE family transcriptional regulator  55.22 
 
 		 129 aa  77.8  0.00000000000004  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000021488 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3398  XRE family transcriptional regulator  38.85 
 
 		 180 aa  77  0.00000000000008  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_1221  XRE family transcriptional regulator  35.88 
 
 		 127 aa  74.3  0.0000000000006  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.309245  normal  0.121494 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_3608  XRE family transcriptional regulator  50 
 
 		 130 aa  72  0.000000000002  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009621  Smed_6073  XRE family transcriptional regulator  44.44 
 
 		 148 aa  68.6  0.00000000002  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1458  transcriptional regulator, XRE family  33.06 
 
 		 114 aa  67  0.00000000008  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0591  XRE family transcriptional regulator  45 
 
 		 113 aa  66.6  0.00000000009  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007798  NSE_0230  DNA-binding protein  29.77 
 
 		 144 aa  65.1  0.0000000003  Neorickettsia sennetsu str. Miyayama  Bacteria  normal  0.0592162  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_4492  XRE family transcriptional regulator  29.46 
 
 		 135 aa  62  0.000000003  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_5909  transcriptional regulator, XRE family  35.56 
 
 		 149 aa  61.2  0.000000005  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.27764  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_5287  XRE family transcriptional regulator  30.43 
 
 		 149 aa  57  0.00000009  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.511676  normal  0.279945 
 
 
-
 
NC_009621  Smed_6134  XRE family transcriptional regulator  33.33 
 
 		 139 aa  55.8  0.0000002  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.577442 
 
 
-
 
NC_010510  Mrad2831_6062  XRE family transcriptional regulator  36.11 
 
 		 138 aa  55.1  0.0000003  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_2415  XRE family transcriptional regulator  51.06 
 
 		 108 aa  54.3  0.0000005  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.747648  normal  0.205429 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_3628  transcriptional regulator, XRE family  26.56 
 
 		 135 aa  54.3  0.0000006  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.422451  normal  0.286276 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_3305  helix-turn-helix domain-containing protein  26.56 
 
 		 135 aa  54.3  0.0000006  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.875341  normal  0.568841 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_2958  transcriptional regulator HTH family  30.95 
 
 		 134 aa  53.9  0.0000006  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_3505  transcriptional regulator, XRE family  25.78 
 
 		 135 aa  53.9  0.0000006  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  0.497351 
 
 
-
 
NC_002978  WD0255  transcriptional regulator, putative  28.69 
 
 		 308 aa  51.2  0.000005  Wolbachia endosymbiont of Drosophila melanogaster  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_5734  XRE family transcriptional regulator  32.88 
 
 		 124 aa  51.2  0.000005  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>