158 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rleg_0016 on replicon NC_012850
Organism: Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_012850  Rleg_0016  transcriptional regulator, XRE family  100 
 
 
138 aa  282  1e-75  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000711578 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_0443  transcriptional regulator  89.29 
 
 
140 aa  250  6e-66  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  unclonable  5.54716e-05  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0014  transcriptional regulator, XRE family  90.65 
 
 
139 aa  240  5e-63  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.881591  normal  0.120221 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0045  XRE family transcriptional regulator  89.93 
 
 
139 aa  239  7e-63  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  decreased coverage  7.42068e-06  hitchhiker  6.14145e-11 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0753  XRE family transcriptional regulator  80.88 
 
 
135 aa  226  9e-59  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.057083  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_2071  Cro/CI family transcriptional regulator  78.83 
 
 
137 aa  213  9e-55  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.0247654  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR2159  Cro/CI family transcriptional regulator  78.83 
 
 
137 aa  213  9e-55  Brucella suis 1330  Bacteria  unclonable  3.14405e-06  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3923  XRE family transcriptional regulator  73.88 
 
 
140 aa  207  4e-53  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.680179  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1815  XRE family transcriptional regulator  66.17 
 
 
137 aa  184  3e-46  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.0843474  normal  0.166838 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_0026  XRE family transcriptional regulator  63.24 
 
 
139 aa  182  9e-46  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0237  XRE family transcriptional regulator  65.44 
 
 
139 aa  182  1e-45  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0019  XRE family transcriptional regulator  63.24 
 
 
139 aa  182  2e-45  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  normal  0.0558597 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_2892  transcriptional regulator, XRE family  60.28 
 
 
166 aa  181  4e-45  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.203012 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0473  XRE family transcriptional regulator  62.22 
 
 
138 aa  180  5e-45  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal  0.54052 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0447  transcriptional regulator, XRE family  63.7 
 
 
139 aa  177  6e-44  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0595  XRE family transcriptional regulator  64.12 
 
 
139 aa  176  7e-44  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.958783  normal 
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_1248  DNA-binding protein  63.43 
 
 
137 aa  172  2e-42  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  0.821781  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0051  XRE family transcriptional regulator  62.79 
 
 
138 aa  172  2e-42  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_1061  XRE family transcriptional regulator  61.15 
 
 
155 aa  169  2e-41  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.161431  normal  0.803902 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_3622  XRE family transcriptional regulator  56.93 
 
 
147 aa  165  2e-40  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_3038  XRE family transcriptional regulator  57.89 
 
 
140 aa  159  1e-38  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4530  XRE family transcriptional regulator  54.81 
 
 
152 aa  157  3e-38  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3208  transcriptional regulator, XRE family  57.14 
 
 
141 aa  152  1e-36  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_2959  transcriptional regulator, XRE family  56.2 
 
 
141 aa  149  1e-35  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.676432  normal  0.753241 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_0021  XRE family transcriptional regulator  52.55 
 
 
161 aa  147  3e-35  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_3177  XRE family transcriptional regulator  53.28 
 
 
142 aa  147  4e-35  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.0647326  normal  0.0138701 
 
 
-
 
NC_011371  Rleg2_6504  transcriptional regulator, XRE family  54.26 
 
 
152 aa  145  2e-34  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011982  Avi_8067  transcriptional regulator  53.79 
 
 
146 aa  145  3e-34  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.262846  n/a   
 
 
-
 
NC_011981  Avi_7073  transcriptional regulator  55.22 
 
 
138 aa  144  5e-34  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012852  Rleg_6091  transcriptional regulator, XRE family  54.26 
 
 
152 aa  143  8e-34  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_0230  transcriptional regulator, XRE family  52.31 
 
 
137 aa  143  9e-34  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.737224  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3775  XRE family transcriptional regulator  50.39 
 
 
210 aa  140  8e-33  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0834  XRE family transcriptional regulator  49.62 
 
 
145 aa  136  9e-32  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.211274  normal  0.760334 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_2104  transcriptional regulator, XRE family  46.1 
 
 
174 aa  135  1e-31  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0329  XRE family transcriptional regulator  48.03 
 
 
171 aa  135  2e-31  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.846996  normal 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0026  XRE family transcriptional regulator  45.86 
 
 
144 aa  133  8e-31  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.153059  normal  0.660956 
 
 
-
 
NC_010335  Caul_5225  XRE family transcriptional regulator  51.49 
 
 
140 aa  132  2e-30  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_2935  XRE family transcriptional regulator  49.61 
 
 
128 aa  120  9e-27  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3598  XRE family transcriptional regulator  48.55 
 
 
156 aa  115  2e-25  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  hitchhiker  0.00212083  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2278  XRE family transcriptional regulator  45.67 
 
 
136 aa  114  3e-25  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.504941  normal 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_1388  XRE family transcriptional regulator  47.62 
 
 
119 aa  113  1e-24  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal  0.346177 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_2775  putative transcriptional regulator  44.88 
 
 
123 aa  111  4e-24  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_1149  XRE family transcriptional regulator  47.32 
 
 
120 aa  110  5e-24  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.016899  hitchhiker  2.34075e-06 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2806  putative transcriptional regulatory protein  47.54 
 
 
131 aa  109  1e-23  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_1909  XRE family transcriptional regulator  44.35 
 
 
123 aa  108  3e-23  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_1232  XRE family transcriptional regulator  42.86 
 
 
126 aa  108  3e-23  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.236768  normal  0.265611 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_1502  XRE family transcriptional regulator  42.52 
 
 
136 aa  105  1e-22  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.662366  normal 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_3762  transcriptional regulator, XRE family  47.46 
 
 
135 aa  106  1e-22  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.117326  normal 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_1892  XRE family transcriptional regulator  43.31 
 
 
120 aa  105  2e-22  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_0675  XRE family transcriptional regulator  43.31 
 
 
120 aa  105  2e-22  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  decreased coverage  0.00325967 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_0540  XRE family transcriptional regulator  43.31 
 
 
120 aa  105  2e-22  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011991  Avi_9533  transcriptional regulator Cro/CI family  44.27 
 
 
141 aa  105  2e-22  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.140693  n/a   
 
 
-
 
NC_011366  Rleg2_6040  transcriptional regulator, XRE family  43.08 
 
 
134 aa  105  3e-22  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal  0.591688 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4834  transcriptional regulator, XRE family  46.28 
 
 
135 aa  104  3e-22  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.592449  normal 
 
 
-
 
NC_012858  Rleg_7198  transcriptional regulator, XRE family  43.75 
 
 
134 aa  103  6e-22  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal  0.0637638 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_3578  XRE family transcriptional regulator  43.27 
 
 
140 aa  103  8e-22  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3125  XRE family transcriptional regulator  44.53 
 
 
162 aa  103  9e-22  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.412901  normal 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_0971  transcriptional regulator, XRE family  43.31 
 
 
135 aa  102  1e-21  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.508784  normal 
 
 
-
 
NC_010511  M446_2456  XRE family transcriptional regulator  43.31 
 
 
134 aa  103  1e-21  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.214066  normal  0.20041 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_2160  transcriptional regulator, XRE family  43.85 
 
 
134 aa  103  1e-21  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.468793  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_1020  XRE family transcriptional regulator  43.41 
 
 
149 aa  102  2e-21  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.638142  normal 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1041  helix-turn-helix domain-containing protein  43.31 
 
 
142 aa  102  2e-21  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  normal  0.0368815 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_1168  transcriptional regulator, XRE family  43.31 
 
 
142 aa  102  2e-21  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.092853  normal 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1563  transcriptional regulator, XRE family  44.8 
 
 
135 aa  101  3e-21  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_0066  XRE family transcriptional regulator  43.31 
 
 
146 aa  98.6  2e-20  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.0319384  normal 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_0154  helix-turn-helix domain-containing protein  40.16 
 
 
134 aa  97.1  7e-20  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_0155  helix-turn-helix domain-containing protein  40.94 
 
 
135 aa  96.7  1e-19  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3242  XRE family transcriptional regulator  38.64 
 
 
149 aa  95.9  2e-19  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_3522  helix-turn-helix domain-containing protein  43.48 
 
 
135 aa  94.7  4e-19  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007799  ECH_1118  putative transcriptional regulator  38.03 
 
 
213 aa  94.7  4e-19  Ehrlichia chaffeensis str. Arkansas  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4795  transcriptional regulator, XRE family  40.16 
 
 
134 aa  93.6  8e-19  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.0939257  normal 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_2727  transcriptional regulator, XRE family  39.39 
 
 
133 aa  92.8  1e-18  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008042  TM1040_3777  XRE family transcriptional regulator  40.3 
 
 
125 aa  92.4  2e-18  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_2429  XRE family transcriptional regulator  39.06 
 
 
143 aa  91.3  4e-18  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.214939  normal 
 
 
-
 
NC_007354  Ecaj_0894  transcriptional regulator  37.32 
 
 
215 aa  90.9  6e-18  Ehrlichia canis str. Jake  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0278  XRE family transcriptional regulator  38.28 
 
 
145 aa  90.5  6e-18  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_4093  transcriptional regulator, XRE family  46.43 
 
 
121 aa  88.2  3e-17  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_2505  XRE family transcriptional regulator  42.19 
 
 
128 aa  87.8  5e-17  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_6290  transcriptional regulator, XRE family  40.48 
 
 
121 aa  87  7e-17  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3398  XRE family transcriptional regulator  42.54 
 
 
180 aa  86.3  1e-16  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_4413  transcriptional regulator, XRE family  39.06 
 
 
121 aa  84.3  6e-16  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.465238  normal 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_3790  XRE family transcriptional regulator  39.69 
 
 
129 aa  83.6  8e-16  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  hitchhiker  2.1488e-06 
 
 
-
 
NC_007798  NSE_0230  DNA-binding protein  38.06 
 
 
144 aa  83.2  1e-15  Neorickettsia sennetsu str. Miyayama  Bacteria  normal  0.0592162  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_1221  XRE family transcriptional regulator  36.72 
 
 
127 aa  75.9  2e-13  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.309245  normal  0.121494 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_3608  XRE family transcriptional regulator  42.42 
 
 
130 aa  72.8  1e-12  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_2958  transcriptional regulator HTH family  35.54 
 
 
134 aa  69.3  2e-11  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0591  XRE family transcriptional regulator  42.86 
 
 
113 aa  67  8e-11  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_5909  transcriptional regulator, XRE family  41.33 
 
 
149 aa  65.5  2e-10  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.27764  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1458  transcriptional regulator, XRE family  48.44 
 
 
114 aa  64.7  4e-10  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_4492  XRE family transcriptional regulator  38.36 
 
 
135 aa  64.7  4e-10  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009621  Smed_6073  XRE family transcriptional regulator  45.31 
 
 
148 aa  63.5  9e-10  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_3505  transcriptional regulator, XRE family  28.46 
 
 
135 aa  58.2  4e-08  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  normal  0.497351 
 
 
-
 
NC_010510  Mrad2831_6062  XRE family transcriptional regulator  39.44 
 
 
138 aa  57.8  5e-08  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_5734  XRE family transcriptional regulator  35.38 
 
 
124 aa  57.4  6e-08  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010511  M446_5287  XRE family transcriptional regulator  34.67 
 
 
149 aa  57  8e-08  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.511676  normal  0.279945 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_3305  helix-turn-helix domain-containing protein  29.23 
 
 
135 aa  56.6  1e-07  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.875341  normal  0.568841 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_3628  transcriptional regulator, XRE family  29.23 
 
 
135 aa  56.6  1e-07  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.422451  normal  0.286276 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_2415  XRE family transcriptional regulator  43.55 
 
 
108 aa  54.7  4e-07  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.747648  normal  0.205429 
 
 
-
 
NC_009467  Acry_3193  XRE family transcriptional regulator  26.92 
 
 
185 aa  52.8  1e-06  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.324962  n/a   
 
 
-
 
NC_009467  Acry_3148  XRE family transcriptional regulator  26.92 
 
 
185 aa  52.8  1e-06  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>