134 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene RPB_0595 on replicon NC_007778
Organism: Rhodopseudomonas palustris HaA2



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007778  RPB_0595  XRE family transcriptional regulator  100 
 
 		 139 aa  283  8e-76  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.958783  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0447  transcriptional regulator, XRE family  94.96 
 
 		 139 aa  270  6e-72  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0237  XRE family transcriptional regulator  94.24 
 
 		 139 aa  268  2e-71  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0019  XRE family transcriptional regulator  88.32 
 
 		 139 aa  249  1e-65  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  0.0558597 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0473  XRE family transcriptional regulator  91.79 
 
 		 138 aa  248  1e-65  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  0.54052 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_0026  XRE family transcriptional regulator  89.05 
 
 		 139 aa  249  1e-65  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0051  XRE family transcriptional regulator  86.13 
 
 		 138 aa  229  9e-60  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1815  XRE family transcriptional regulator  71.76 
 
 		 137 aa  193  8.000000000000001e-49  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.0843474  normal  0.166838 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_0443  transcriptional regulator  65.91 
 
 		 140 aa  183  7e-46  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  unclonable  0.0000554716  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0753  XRE family transcriptional regulator  64.12 
 
 		 135 aa  179  1e-44  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.057083  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0045  XRE family transcriptional regulator  63.97 
 
 		 139 aa  177  4.999999999999999e-44  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  decreased coverage  0.00000742068  hitchhiker  0.0000000000614145 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_0016  transcriptional regulator, XRE family  64.12 
 
 		 138 aa  176  7e-44  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000711578 
 
 
-
 
NC_004310  BR2159  Cro/CI family transcriptional regulator  64.12 
 
 		 137 aa  175  2e-43  Brucella suis 1330  Bacteria  unclonable  0.00000314405  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_2071  Cro/CI family transcriptional regulator  64.12 
 
 		 137 aa  175  2e-43  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.0247654  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_2892  transcriptional regulator, XRE family  58.22 
 
 		 166 aa  172  9.999999999999999e-43  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.203012 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0014  transcriptional regulator, XRE family  64.12 
 
 		 139 aa  167  3e-41  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.881591  normal  0.120221 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3923  XRE family transcriptional regulator  60.94 
 
 		 140 aa  165  2e-40  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.680179  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_1061  XRE family transcriptional regulator  60.43 
 
 		 155 aa  160  4.0000000000000004e-39  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.161431  normal  0.803902 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_3622  XRE family transcriptional regulator  57.58 
 
 		 147 aa  155  2e-37  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_1248  DNA-binding protein  54.96 
 
 		 137 aa  153  9e-37  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  0.821781  n/a   
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4530  XRE family transcriptional regulator  53.73 
 
 		 152 aa  142  1e-33  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012852  Rleg_6091  transcriptional regulator, XRE family  54.07 
 
 		 152 aa  141  3e-33  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_3177  XRE family transcriptional regulator  53.91 
 
 		 142 aa  140  5e-33  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.0647326  normal  0.0138701 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_0230  transcriptional regulator, XRE family  50.76 
 
 		 137 aa  140  7e-33  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.737224  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_3038  XRE family transcriptional regulator  48.85 
 
 		 140 aa  138  1.9999999999999998e-32  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011371  Rleg2_6504  transcriptional regulator, XRE family  52.24 
 
 		 152 aa  137  4.999999999999999e-32  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_2959  transcriptional regulator, XRE family  52.67 
 
 		 141 aa  137  4.999999999999999e-32  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.676432  normal  0.753241 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3208  transcriptional regulator, XRE family  49.62 
 
 		 141 aa  136  1e-31  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_0021  XRE family transcriptional regulator  51.47 
 
 		 161 aa  135  2e-31  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0026  XRE family transcriptional regulator  52.67 
 
 		 144 aa  133  7.000000000000001e-31  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.153059  normal  0.660956 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0329  XRE family transcriptional regulator  53.44 
 
 		 171 aa  133  9e-31  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.846996  normal  1 
 
 
-
 
NC_011981  Avi_7073  transcriptional regulator  47.33 
 
 		 138 aa  130  5e-30  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0834  XRE family transcriptional regulator  52.31 
 
 		 145 aa  130  6e-30  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.211274  normal  0.760334 
 
 
-
 
NC_010335  Caul_5225  XRE family transcriptional regulator  51.11 
 
 		 140 aa  126  8.000000000000001e-29  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_2104  transcriptional regulator, XRE family  45.83 
 
 		 174 aa  126  9.000000000000001e-29  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011982  Avi_8067  transcriptional regulator  49.22 
 
 		 146 aa  118  3e-26  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.262846  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3775  XRE family transcriptional regulator  46.88 
 
 		 210 aa  117  7e-26  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_2935  XRE family transcriptional regulator  47.33 
 
 		 128 aa  113  7.999999999999999e-25  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_1149  XRE family transcriptional regulator  49.58 
 
 		 120 aa  111  4.0000000000000004e-24  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.016899  hitchhiker  0.00000234075 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3598  XRE family transcriptional regulator  45.07 
 
 		 156 aa  110  5e-24  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  hitchhiker  0.00212083  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2278  XRE family transcriptional regulator  42.65 
 
 		 136 aa  106  9.000000000000001e-23  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.504941  normal  1 
 
 
-
 
NC_011991  Avi_9533  transcriptional regulator Cro/CI family  46.51 
 
 		 141 aa  105  3e-22  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.140693  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2806  putative transcriptional regulatory protein  43.28 
 
 		 131 aa  105  3e-22  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_1388  XRE family transcriptional regulator  44.17 
 
 		 119 aa  104  5e-22  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  0.346177 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_1232  XRE family transcriptional regulator  45 
 
 		 126 aa  103  1e-21  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.236768  normal  0.265611 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_3762  transcriptional regulator, XRE family  44.12 
 
 		 135 aa  102  2e-21  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.117326  normal  1 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_2775  putative transcriptional regulator  44.17 
 
 		 123 aa  100  6e-21  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_1892  XRE family transcriptional regulator  42.5 
 
 		 120 aa  97.4  5e-20  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_0540  XRE family transcriptional regulator  42.5 
 
 		 120 aa  97.4  5e-20  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_0675  XRE family transcriptional regulator  42.5 
 
 		 120 aa  97.4  5e-20  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.00325967 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_1502  XRE family transcriptional regulator  35.82 
 
 		 136 aa  97.4  6e-20  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.662366  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_3578  XRE family transcriptional regulator  44.07 
 
 		 140 aa  97.4  6e-20  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4834  transcriptional regulator, XRE family  44.62 
 
 		 135 aa  97.4  6e-20  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.592449  normal  1 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_1909  XRE family transcriptional regulator  42.24 
 
 		 123 aa  96.3  1e-19  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011366  Rleg2_6040  transcriptional regulator, XRE family  40.31 
 
 		 134 aa  96.7  1e-19  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.591688 
 
 
-
 
NC_012858  Rleg_7198  transcriptional regulator, XRE family  40.31 
 
 		 134 aa  95.5  2e-19  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.0637638 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_0154  helix-turn-helix domain-containing protein  40.62 
 
 		 134 aa  95.9  2e-19  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_0971  transcriptional regulator, XRE family  41.98 
 
 		 135 aa  95.5  2e-19  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.508784  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_1168  transcriptional regulator, XRE family  41.98 
 
 		 142 aa  95.1  3e-19  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.092853  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1041  helix-turn-helix domain-containing protein  41.98 
 
 		 142 aa  94.7  3e-19  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  0.0368815 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3125  XRE family transcriptional regulator  42.19 
 
 		 162 aa  94.4  5e-19  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.412901  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_2456  XRE family transcriptional regulator  42.97 
 
 		 134 aa  94.4  5e-19  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.214066  normal  0.20041 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1563  transcriptional regulator, XRE family  43.55 
 
 		 135 aa  94  6e-19  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007799  ECH_1118  putative transcriptional regulator  37.23 
 
 		 213 aa  93.6  8e-19  Ehrlichia chaffeensis str. Arkansas  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_2160  transcriptional regulator, XRE family  42.19 
 
 		 134 aa  92.8  1e-18  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.468793  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_3522  helix-turn-helix domain-containing protein  42.19 
 
 		 135 aa  92.8  1e-18  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_1020  XRE family transcriptional regulator  38.69 
 
 		 149 aa  93.2  1e-18  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.638142  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_0066  XRE family transcriptional regulator  39.29 
 
 		 146 aa  92.8  1e-18  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.0319384  normal  1 
 
 
-
 
NC_007354  Ecaj_0894  transcriptional regulator  39.86 
 
 		 215 aa  91.7  3e-18  Ehrlichia canis str. Jake  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4795  transcriptional regulator, XRE family  41.41 
 
 		 134 aa  91.3  4e-18  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.0939257  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_2727  transcriptional regulator, XRE family  41.67 
 
 		 133 aa  90.5  7e-18  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3242  XRE family transcriptional regulator  37.41 
 
 		 149 aa  89  2e-17  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_4093  transcriptional regulator, XRE family  61.43 
 
 		 121 aa  87.8  4e-17  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0278  XRE family transcriptional regulator  34.62 
 
 		 145 aa  87.4  6e-17  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_2429  XRE family transcriptional regulator  38.17 
 
 		 143 aa  86.3  1e-16  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.214939  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_4413  transcriptional regulator, XRE family  60 
 
 		 121 aa  85.9  2e-16  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.465238  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_0155  helix-turn-helix domain-containing protein  38.97 
 
 		 135 aa  85.1  3e-16  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_6290  transcriptional regulator, XRE family  56.52 
 
 		 121 aa  80.9  0.000000000000005  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008042  TM1040_3777  XRE family transcriptional regulator  38.18 
 
 		 125 aa  80.5  0.000000000000008  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_3790  XRE family transcriptional regulator  37.59 
 
 		 129 aa  77.4  0.00000000000005  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000021488 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_2505  XRE family transcriptional regulator  36.92 
 
 		 128 aa  76.6  0.00000000000009  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3398  XRE family transcriptional regulator  38.13 
 
 		 180 aa  75.5  0.0000000000002  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_1221  XRE family transcriptional regulator  35.61 
 
 		 127 aa  75.5  0.0000000000002  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.309245  normal  0.121494 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_3608  XRE family transcriptional regulator  48.48 
 
 		 130 aa  70.9  0.000000000005  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009621  Smed_6073  XRE family transcriptional regulator  43.06 
 
 		 148 aa  68.2  0.00000000004  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1458  transcriptional regulator, XRE family  32.23 
 
 		 114 aa  65.9  0.0000000002  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0591  XRE family transcriptional regulator  43.33 
 
 		 113 aa  65.5  0.0000000002  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007798  NSE_0230  DNA-binding protein  31.01 
 
 		 144 aa  64.3  0.0000000005  Neorickettsia sennetsu str. Miyayama  Bacteria  normal  0.0592162  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_4492  XRE family transcriptional regulator  28.89 
 
 		 135 aa  63.9  0.0000000007  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_5909  transcriptional regulator, XRE family  35.56 
 
 		 149 aa  61.6  0.000000004  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.27764  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_5287  XRE family transcriptional regulator  30.43 
 
 		 149 aa  57.4  0.00000006  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.511676  normal  0.279945 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_3628  transcriptional regulator, XRE family  27.34 
 
 		 135 aa  55.5  0.0000003  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.422451  normal  0.286276 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_3305  helix-turn-helix domain-containing protein  27.34 
 
 		 135 aa  55.5  0.0000003  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.875341  normal  0.568841 
 
 
-
 
NC_009621  Smed_6134  XRE family transcriptional regulator  31.94 
 
 		 139 aa  55.1  0.0000004  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.577442 
 
 
-
 
NC_010510  Mrad2831_6062  XRE family transcriptional regulator  34.72 
 
 		 138 aa  53.5  0.0000009  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_3505  transcriptional regulator, XRE family  25.78 
 
 		 135 aa  53.5  0.0000009  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  0.497351 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_2415  XRE family transcriptional regulator  48.94 
 
 		 108 aa  53.1  0.000001  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.747648  normal  0.205429 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_2958  transcriptional regulator HTH family  29.27 
 
 		 134 aa  53.1  0.000001  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_5734  XRE family transcriptional regulator  31.51 
 
 		 124 aa  50.4  0.000008  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002978  WD0623  transcriptional regulator, putative  27.35 
 
 		 302 aa  49.7  0.00001  Wolbachia endosymbiont of Drosophila melanogaster  Bacteria  normal  0.0864444  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>