39 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Pmen_0525 on replicon NC_009439
Organism: Pseudomonas mendocina ymp



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_009439  Pmen_0525  poly(hydroxyalkanoate) granule-associated protein  100 
 
 
148 aa  285  2e-76  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.233444  normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0389  Poly granule associated  66.44 
 
 
140 aa  183  8e-46  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal  0.327978 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_66880  hypothetical protein  59.46 
 
 
138 aa  171  3e-42  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5800  hypothetical protein  60.14 
 
 
138 aa  169  1e-41  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_5058  poly(hydroxyalkanoate) granule-associated protein  60 
 
 
139 aa  167  6e-41  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0456  poly(hydroxyalkanoate) granule-associated protein  60 
 
 
139 aa  165  2e-40  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.891613  normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_5008  poly(hydroxyalkanoate) granule-associated protein  60.69 
 
 
139 aa  164  3e-40  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4882  poly(hydroxyalkanoate) granule-associated protein  60.69 
 
 
139 aa  164  3e-40  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal  0.780933 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_5148  polyhydroxyalkanoate granule-associated protein PhaI  56.25 
 
 
148 aa  149  9e-36  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0526  poly(hydroxyalkanoate) granule-associated protein  40.14 
 
 
284 aa  94.4  5e-19  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.170611  normal 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4024  poly granule associated  37.14 
 
 
168 aa  90.1  9e-18  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.533985  normal  0.490701 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3527  poly granule associated  40.87 
 
 
200 aa  87.4  6e-17  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.219058  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_5057  poly(hydroxyalkanoate) granule-associated protein  37.82 
 
 
258 aa  85.1  3e-16  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0391  Poly granule associated  35.97 
 
 
230 aa  85.1  3e-16  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0390  Poly granule associated  38.84 
 
 
292 aa  84  6e-16  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal  0.210715 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4881  poly(hydroxyalkanoate) granule-associated protein  36.97 
 
 
261 aa  84  7e-16  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_5007  poly(hydroxyalkanoate) granule-associated protein  36.97 
 
 
261 aa  84  7e-16  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.508327  normal 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_5147  polyhydroxyalkanoate granule-associated protein PhaF  33.33 
 
 
257 aa  84  7e-16  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3495  poly(hydroxyalkanoate) granule-associated protein  36.09 
 
 
194 aa  81.3  4e-15  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  normal  0.827909 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0457  poly(hydroxyalkanoate) granule-associated protein  36.44 
 
 
254 aa  81.6  4e-15  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.868468  normal 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0490  polygranule-associated protein  37.09 
 
 
182 aa  78.6  3e-14  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.394794  normal  0.0296543 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5799  polyhydroxyalkanoate synthesis protein PhaF  35.61 
 
 
322 aa  78.6  3e-14  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_66875  polyhydroxyalkanoate synthesis protein PhaF  35.61 
 
 
309 aa  78.2  4e-14  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1492  poly(hydroxyalkanoate) granule-associated protein  34.75 
 
 
139 aa  77.8  5e-14  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0552  poly(hydroxyalkanoate) granule-associated protein  37.4 
 
 
157 aa  72.8  1e-12  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_2543  poly(hydroxyalkanoate) granule-associated protein  35.96 
 
 
163 aa  72  3e-12  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  decreased coverage  0.00882865  normal 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0536  poly(hydroxyalkanoate) granule-associated protein  37.4 
 
 
157 aa  72  3e-12  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.326611  normal  0.0874326 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0350  poly(hydroxyalkanoate) granule-associated protein  36.07 
 
 
167 aa  68.9  2e-11  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_2170  poly granule associated family protein  34.43 
 
 
183 aa  64.7  4e-10  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.940571  normal 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_0063  poly(hydroxyalkanoate) granule-associated protein  30.65 
 
 
159 aa  59.7  1e-08  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  normal  0.436738 
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_0604  poly(hydroxyalcanoate) granule associated protein  26.85 
 
 
168 aa  58.2  3e-08  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_00722  poly(hydroxyalcanoate) granule associated protein  32.14 
 
 
187 aa  58.2  4e-08  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.176303  n/a   
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_0559  poly(hydroxyalkanoate) granule-associated protein  25.93 
 
 
168 aa  55.8  2e-07  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_1550  hypothetical protein  31.67 
 
 
131 aa  55.1  3e-07  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  hitchhiker  0.00170451  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2415  hypothetical protein  34.69 
 
 
177 aa  54.3  6e-07  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.471261  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_0741  hypothetical protein  28.33 
 
 
129 aa  49.7  1e-05  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.386527  normal 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_4398  hypothetical protein  28.33 
 
 
129 aa  48.5  3e-05  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_01151  hypothetical protein  32.06 
 
 
119 aa  47.8  5e-05  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_1649  hypothetical protein  29.2 
 
 
128 aa  40.4  0.009  Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>