More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Pcar_R0011 on replicon NC_007498
Organism: Pelobacter carbinolicus DSM 2380



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_007498  Pcar_R0011  tRNA-Met  100 
 
 
77 bp  153  7e-36  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  0.00089204  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_R0018  tRNA-Met  97.4 
 
 
77 bp  137  4e-31  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  0.00237238  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_R0080  tRNA-Met  96.1 
 
 
77 bp  129  1e-28  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  hitchhiker  0.00406069  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lppt41  tRNA-Met  96.1 
 
 
77 bp  129  1e-28  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lplt41  tRNA-Met  96.1 
 
 
77 bp  129  1e-28  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_R0025  tRNA-Met  97.4 
 
 
76 bp  129  1e-28  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_R0031  tRNA-Met  94.81 
 
 
77 bp  121  2e-26  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_R0066  tRNA-Met  94.81 
 
 
77 bp  121  2e-26  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.0931764  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_R0048  tRNA-Met  96.1 
 
 
76 bp  121  2e-26  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  hitchhiker  0.00409102  n/a   
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_R0068  tRNA-Met  94.81 
 
 
77 bp  121  2e-26  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_R0017  tRNA-Met  94.74 
 
 
77 bp  119  1e-25  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_R0047  tRNA-Met  94.74 
 
 
77 bp  119  1e-25  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E3184  tRNA-Met  93.51 
 
 
77 bp  113  6e-24  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_R0040  tRNA-Met  93.51 
 
 
77 bp  113  6e-24  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  2.51493e-05  hitchhiker  0.0001025 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_R0041  tRNA-Met  93.51 
 
 
77 bp  113  6e-24  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  hitchhiker  0.000296842  normal  0.054295 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_R0013  tRNA-Met  93.51 
 
 
77 bp  113  6e-24  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.474812  normal  0.0245771 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_R0020  tRNA-Met  93.51 
 
 
77 bp  113  6e-24  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_R0077  tRNA-Met  93.51 
 
 
77 bp  113  6e-24  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_R0014  tRNA-Met  93.51 
 
 
77 bp  113  6e-24  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  hitchhiker  0.0018085  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_R0005  tRNA-Met  93.51 
 
 
77 bp  113  6e-24  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal  0.098649 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_R0022  tRNA-Met  93.51 
 
 
77 bp  113  6e-24  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  hitchhiker  1.59989e-13  normal 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_R0030  tRNA-Met  93.51 
 
 
77 bp  113  6e-24  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_R0035  tRNA-Met  93.51 
 
 
77 bp  113  6e-24  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  unclonable  1.84698e-16  n/a   
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_R0028  tRNA-Met  93.51 
 
 
77 bp  113  6e-24  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_R0094  tRNA-Met  93.51 
 
 
77 bp  113  6e-24  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.19946  normal 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_R0042  tRNA-Met  93.51 
 
 
77 bp  113  6e-24  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.0290864  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_R0039  tRNA-Met  93.51 
 
 
77 bp  113  6e-24  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  hitchhiker  0.00627079  hitchhiker  3.21051e-05 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_R0020  tRNA-Met  93.51 
 
 
77 bp  113  6e-24  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.798024  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2747  tRNA-Met  93.51 
 
 
77 bp  113  6e-24  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  1.77551e-13  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2751  tRNA-Met  93.51 
 
 
77 bp  113  6e-24  Vibrio cholerae O395  Bacteria  unclonable  4.74519e-16  n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_R0030  tRNA-Met  93.51 
 
 
77 bp  113  6e-24  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  hitchhiker  0.00091315  normal  0.388606 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2750  tRNA-Met  93.51 
 
 
77 bp  113  6e-24  Vibrio cholerae O395  Bacteria  unclonable  3.88112e-16  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_R0043  tRNA-Met  93.51 
 
 
77 bp  113  6e-24  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.399945  normal  0.221378 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_R0096  tRNA-Met  93.51 
 
 
77 bp  113  6e-24  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008309  HS_tMet01  tRNA-Met  93.51 
 
 
80 bp  113  6e-24  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_R0019  tRNA-Met  93.51 
 
 
77 bp  113  6e-24  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_R0020  tRNA-Met  93.51 
 
 
77 bp  113  6e-24  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_rna073  tRNA-Met  93.51 
 
 
77 bp  113  6e-24  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  unclonable  4.72118e-09  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_rna063  tRNA-Met  93.51 
 
 
77 bp  113  6e-24  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  unclonable  4.57869e-09  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_rna065  tRNA-Met  93.51 
 
 
77 bp  113  6e-24  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  unclonable  5.22671e-09  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA_tRNA-Met-2  tRNA-Met  93.51 
 
 
77 bp  113  6e-24  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_rna069  tRNA-Met  93.51 
 
 
77 bp  113  6e-24  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  unclonable  3.97196e-09  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_rna067  tRNA-Met  93.51 
 
 
77 bp  113  6e-24  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  unclonable  4.91703e-09  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_t022  tRNA-Met  93.51 
 
 
77 bp  113  6e-24  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_002939  tRNA-Met-2  tRNA-Met  93.51 
 
 
77 bp  113  6e-24  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.0970138  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A0171  tRNA-Met  93.51 
 
 
77 bp  113  6e-24  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  7.61498e-15  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_R0064  tRNA-Met  93.51 
 
 
77 bp  113  6e-24  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_rna116  tRNA-Met  93.51 
 
 
77 bp  113  6e-24  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  unclonable  4.57869e-09  n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_R0027  tRNA-Met  93.51 
 
 
77 bp  113  6e-24  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.0920329  hitchhiker  0.000285559 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_R0069  tRNA-Met  93.51 
 
 
77 bp  113  6e-24  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_R0010  tRNA-Met  93.51 
 
 
77 bp  113  6e-24  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  decreased coverage  5.63126e-10  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_R0029  tRNA-Met  93.42 
 
 
77 bp  111  2e-23  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_R0082  tRNA-Met  93.42 
 
 
77 bp  111  2e-23  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_03399  tRNA-Met  94.44 
 
 
74 bp  111  2e-23  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_R0023  tRNA-Met  93.42 
 
 
77 bp  111  2e-23  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.247152  normal 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00108  tRNA-Met  94.44 
 
 
74 bp  111  2e-23  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00104  tRNA-Met  94.44 
 
 
74 bp  111  2e-23  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_rna34  tRNA-Met  93.42 
 
 
77 bp  111  2e-23  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.775098  n/a   
 
 
-
 
NC_011761  AFE_0383  tRNA-Met  93.42 
 
 
79 bp  111  2e-23  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.105776  n/a   
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_0560  tRNA-Met  93.42 
 
 
77 bp  111  2e-23  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_R0046  tRNA-Met  93.42 
 
 
77 bp  111  2e-23  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.363544  normal  0.0435272 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_R0014  tRNA-Met  93.42 
 
 
77 bp  111  2e-23  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013203  Apar_R0041  tRNA-Met  93.42 
 
 
77 bp  111  2e-23  Atopobium parvulum DSM 20469  Bacteria  normal  0.0831228  normal  0.361197 
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_R0030  tRNA-Met  93.42 
 
 
77 bp  111  2e-23  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_R0008  tRNA-Met  93.42 
 
 
77 bp  111  2e-23  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  hitchhiker  1.00905e-08  hitchhiker  0.00491713 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_R0035  tRNA-Met  93.42 
 
 
77 bp  111  2e-23  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.575749  n/a   
 
 
-
 
NC_013124  Afer_R0050  tRNA-Met  94.44 
 
 
77 bp  111  2e-23  Acidimicrobium ferrooxidans DSM 10331  Bacteria  normal  0.540362  n/a   
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_R0016  tRNA-Met  93.42 
 
 
77 bp  111  2e-23  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  0.0676778  n/a   
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A1603  tRNA-Met  93.42 
 
 
77 bp  111  2e-23  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_R0069  tRNA-Met  93.42 
 
 
77 bp  111  2e-23  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_R0068  tRNA-Met  93.42 
 
 
77 bp  111  2e-23  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_R0016  tRNA-Met  93.42 
 
 
77 bp  111  2e-23  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  0.69639  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_t71  tRNA-Met  94.44 
 
 
74 bp  111  2e-23  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.0872657  hitchhiker  0.00727048 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_R0046  tRNA-Met  93.42 
 
 
77 bp  111  2e-23  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.918384  normal 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_R0043  tRNA-Met  93.42 
 
 
77 bp  111  2e-23  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_R0008  tRNA-Met  98.31 
 
 
74 bp  109  9e-23  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_R0034  tRNA-Met  93.24 
 
 
77 bp  107  4e-22  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  normal  0.0131764 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_R0047  tRNA-Met  93.24 
 
 
74 bp  107  4e-22  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00182581 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E3661  tRNA-Met  92.21 
 
 
77 bp  105  1e-21  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.677335  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2955  tRNA-Met  92.21 
 
 
77 bp  105  1e-21  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.14009  normal 
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_R0014  tRNA-Met  92.21 
 
 
77 bp  105  1e-21  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_R0021  tRNA-Met  92.21 
 
 
77 bp  105  1e-21  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_R0020  tRNA-Met  92.21 
 
 
77 bp  105  1e-21  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_R0019  tRNA-Met  92.21 
 
 
77 bp  105  1e-21  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_R0013  tRNA-Met  92.21 
 
 
77 bp  105  1e-21  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  decreased coverage  8.5866e-05 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_R0082  tRNA-Met  92.21 
 
 
77 bp  105  1e-21  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.0688432  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_R0081  tRNA-Met  92.21 
 
 
77 bp  105  1e-21  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.0699076  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_R0080  tRNA-Met  92.21 
 
 
77 bp  105  1e-21  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.0693639  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_R0052  tRNA-Met  92.21 
 
 
77 bp  105  1e-21  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  hitchhiker  0.00733518  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3215  tRNA-Met  92.21 
 
 
77 bp  105  1e-21  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3216  tRNA-Met  92.21 
 
 
77 bp  105  1e-21  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3547  tRNA-Met  92.21 
 
 
77 bp  105  1e-21  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.226089  normal 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2956  tRNA-Met  92.21 
 
 
77 bp  105  1e-21  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.211186  normal 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2957  tRNA-Met  92.21 
 
 
77 bp  105  1e-21  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.220059  normal 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3467  tRNA-Met  92.21 
 
 
77 bp  105  1e-21  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.139541  normal  0.865403 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_R0019  tRNA-Met  92.21 
 
 
77 bp  105  1e-21  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.119121  normal 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E3185  tRNA-Met  92.21 
 
 
77 bp  105  1e-21  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_R0030  tRNA-Met  92.21 
 
 
77 bp  105  1e-21  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal  0.299355 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_R0022  tRNA-Met  92.21 
 
 
77 bp  105  1e-21  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.136375  normal  0.0369046 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E3183  tRNA-Met  92.21 
 
 
77 bp  105  1e-21  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>