38 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene PSPTO_5148 on replicon NC_004578
Organism: Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_004578  PSPTO_5148  polyhydroxyalkanoate granule-associated protein PhaI  100 
 
 
148 aa  293  7e-79  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0389  Poly granule associated  62.86 
 
 
140 aa  167  3e-41  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal  0.327978 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0525  poly(hydroxyalkanoate) granule-associated protein  56.25 
 
 
148 aa  149  9e-36  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.233444  normal 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0456  poly(hydroxyalkanoate) granule-associated protein  55.71 
 
 
139 aa  149  9e-36  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.891613  normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_5008  poly(hydroxyalkanoate) granule-associated protein  55.71 
 
 
139 aa  146  7e-35  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4882  poly(hydroxyalkanoate) granule-associated protein  55.71 
 
 
139 aa  146  7e-35  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal  0.780933 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_5058  poly(hydroxyalkanoate) granule-associated protein  54.29 
 
 
139 aa  144  3e-34  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_66880  hypothetical protein  55.47 
 
 
138 aa  141  4e-33  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5800  hypothetical protein  55.47 
 
 
138 aa  138  2e-32  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0526  poly(hydroxyalkanoate) granule-associated protein  39.26 
 
 
284 aa  102  2e-21  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.170611  normal 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_5147  polyhydroxyalkanoate granule-associated protein PhaF  36.62 
 
 
257 aa  101  4e-21  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0390  Poly granule associated  38.64 
 
 
292 aa  99.8  1e-20  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal  0.210715 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_5057  poly(hydroxyalkanoate) granule-associated protein  37.88 
 
 
258 aa  99.4  1e-20  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4881  poly(hydroxyalkanoate) granule-associated protein  37.12 
 
 
261 aa  99  2e-20  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_5007  poly(hydroxyalkanoate) granule-associated protein  37.12 
 
 
261 aa  98.2  3e-20  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.508327  normal 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0457  poly(hydroxyalkanoate) granule-associated protein  36.36 
 
 
254 aa  94.7  4e-19  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.868468  normal 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0391  Poly granule associated  36.03 
 
 
230 aa  94.4  5e-19  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5799  polyhydroxyalkanoate synthesis protein PhaF  37.69 
 
 
322 aa  89.7  1e-17  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_66875  polyhydroxyalkanoate synthesis protein PhaF  37.69 
 
 
309 aa  89.4  2e-17  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4024  poly granule associated  35.29 
 
 
168 aa  86.3  1e-16  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.533985  normal  0.490701 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3527  poly granule associated  32.5 
 
 
200 aa  78.2  3e-14  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.219058  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0552  poly(hydroxyalkanoate) granule-associated protein  33.87 
 
 
157 aa  77  8e-14  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0536  poly(hydroxyalkanoate) granule-associated protein  33.87 
 
 
157 aa  77  9e-14  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.326611  normal  0.0874326 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0350  poly(hydroxyalkanoate) granule-associated protein  32.81 
 
 
167 aa  75.5  2e-13  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3495  poly(hydroxyalkanoate) granule-associated protein  33.85 
 
 
194 aa  75.9  2e-13  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  normal  0.827909 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1492  poly(hydroxyalkanoate) granule-associated protein  31.15 
 
 
139 aa  69.7  1e-11  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0490  polygranule-associated protein  32.8 
 
 
182 aa  68.6  3e-11  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.394794  normal  0.0296543 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_2170  poly granule associated family protein  35.71 
 
 
183 aa  64.3  6e-10  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.940571  normal 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_0063  poly(hydroxyalkanoate) granule-associated protein  29.23 
 
 
159 aa  60.1  1e-08  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  normal  0.436738 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2415  hypothetical protein  34.04 
 
 
177 aa  56.6  1e-07  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.471261  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_2543  poly(hydroxyalkanoate) granule-associated protein  30.09 
 
 
163 aa  56.2  2e-07  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  decreased coverage  0.00882865  normal 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_1550  hypothetical protein  30.91 
 
 
131 aa  53.1  1e-06  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  hitchhiker  0.00170451  n/a   
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_0604  poly(hydroxyalcanoate) granule associated protein  27.43 
 
 
168 aa  52.4  2e-06  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_00722  poly(hydroxyalcanoate) granule associated protein  33.04 
 
 
187 aa  49.7  1e-05  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.176303  n/a   
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_0559  poly(hydroxyalkanoate) granule-associated protein  26.55 
 
 
168 aa  48.9  2e-05  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_0741  hypothetical protein  31.58 
 
 
129 aa  49.3  2e-05  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.386527  normal 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_4398  hypothetical protein  31.58 
 
 
129 aa  48.9  3e-05  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_01151  hypothetical protein  31.4 
 
 
119 aa  41.6  0.003  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>