More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Namu_3856 on replicon NC_013235
Organism: Nakamurella multipartita DSM 44233



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_013235  Namu_3856  ribosomal protein L28  100 
 
 		 78 aa  159  8.000000000000001e-39  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  hitchhiker  0.000509188  normal  1 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_3291  ribosomal protein L28  73.08 
 
 		 78 aa  114  5e-25  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_3723  50S ribosomal protein L28  65.38 
 
 		 78 aa  110  7.000000000000001e-24  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_3921  50S ribosomal protein L28  64.1 
 
 		 78 aa  108  3e-23  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_0287  ribosomal protein L28  66.22 
 
 		 78 aa  106  9.000000000000001e-23  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.123912  normal  0.0142776 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_1468  ribosomal protein L28  64.1 
 
 		 78 aa  105  2e-22  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.255813  n/a   
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_19190  50S ribosomal protein L28  60.26 
 
 		 78 aa  104  4e-22  Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  normal  0.182224  n/a   
 
 
-
 
NC_013521  Sked_36500  LSU ribosomal protein L28P  62.82 
 
 		 78 aa  102  2e-21  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  1  normal  0.608 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_3372  50S ribosomal protein L28  61.54 
 
 		 78 aa  101  3e-21  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_0607  ribosomal protein L28  58.23 
 
 		 79 aa  97.8  5e-20  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_0159  ribosomal protein L28  62.82 
 
 		 78 aa  97.1  7e-20  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  1  normal  0.0208978 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_6092  50S ribosomal protein L28  58.97 
 
 		 78 aa  93.2  1e-18  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_70190  50S ribosomal protein L28  58.97 
 
 		 78 aa  93.2  1e-18  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_1312  ribosomal protein L28  58.97 
 
 		 78 aa  92.8  1e-18  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_48050  50S ribosomal protein L28  57.69 
 
 		 78 aa  92.4  2e-18  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_4374  50S ribosomal protein L28  56.41 
 
 		 78 aa  91.7  3e-18  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  0.335186 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_5489  50S ribosomal protein L28  61.04 
 
 		 78 aa  91.3  4e-18  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.234709  normal  0.110528 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2641  50S ribosomal protein L28P  56.41 
 
 		 78 aa  90.9  5e-18  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0089  ribosomal protein L28  58.97 
 
 		 77 aa  90.5  7e-18  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.376703  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0224  50S ribosomal protein L28  58.97 
 
 		 77 aa  90.5  7e-18  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_2903  ribosomal protein L28  59.46 
 
 		 78 aa  90.5  7e-18  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.961047  normal  0.643497 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_5116  50S ribosomal protein L28  64.1 
 
 		 78 aa  90.1  8e-18  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  1  normal  0.478669 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_4731  50S ribosomal protein L28  64.1 
 
 		 78 aa  90.1  8e-18  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_4817  50S ribosomal protein L28  64.1 
 
 		 78 aa  90.1  8e-18  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.0450945  normal  0.7634 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0188  50S ribosomal protein L28  56.41 
 
 		 78 aa  90.1  9e-18  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000190685 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_2314  ribosomal protein L28  56.41 
 
 		 78 aa  89.4  1e-17  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.959649  n/a   
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_0589  50S ribosomal protein L28  56.41 
 
 		 78 aa  89.4  1e-17  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  0.74438  normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3565  50S ribosomal protein L28  57.69 
 
 		 78 aa  90.1  1e-17  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.0150151  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_5282  50S ribosomal protein L28  56.41 
 
 		 78 aa  89  2e-17  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5537  50S ribosomal protein L28  57.69 
 
 		 77 aa  89.4  2e-17  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.0793752  normal  1 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_2855  ribosomal protein L28  55.13 
 
 		 78 aa  89  2e-17  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.621933  normal  0.357043 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_5192  50S ribosomal protein L28  56.41 
 
 		 78 aa  89  2e-17  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.244386  normal  0.27276 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_5333  50S ribosomal protein L28  56.41 
 
 		 78 aa  89  2e-17  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0220339 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1918  ribosomal protein L28  53.85 
 
 		 78 aa  88.2  3e-17  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0325  ribosomal protein L28  55.13 
 
 		 78 aa  88.6  3e-17  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_2295  50S ribosomal protein L28  55.13 
 
 		 78 aa  87.8  4e-17  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  1  normal  0.0544676 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3143  50S ribosomal protein L28  58.11 
 
 		 77 aa  88.2  4e-17  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  hitchhiker  0.00769008  normal  1 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_2670  50S ribosomal protein L28  55.13 
 
 		 78 aa  87.8  4e-17  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2870  50S ribosomal protein L28  56.76 
 
 		 77 aa  87.4  5e-17  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.0696096  normal  1 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1995  ribosomal protein L28  56.41 
 
 		 78 aa  87  7e-17  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.8198  normal  1 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0055  ribosomal protein L28  53.85 
 
 		 78 aa  87  7e-17  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.378886  normal  0.0544728 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0584  50S ribosomal protein L28  56.76 
 
 		 77 aa  86.3  1e-16  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  0.652214 
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_0978  50S ribosomal protein L28  56.76 
 
 		 77 aa  86.3  1e-16  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA2231  50S ribosomal protein L28  56.76 
 
 		 77 aa  86.3  1e-16  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2733  50S ribosomal protein L28  55.41 
 
 		 77 aa  86.3  1e-16  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_1137  50S ribosomal protein L28  56.76 
 
 		 77 aa  86.3  1e-16  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.557039  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5834  50S ribosomal protein L28  56.76 
 
 		 77 aa  86.3  1e-16  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.685508 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0793  50S ribosomal protein L28  56.76 
 
 		 77 aa  86.3  1e-16  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.11426 
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_0983  50S ribosomal protein L28  56.76 
 
 		 77 aa  86.3  1e-16  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.149835  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0780  50S ribosomal protein L28  56.76 
 
 		 77 aa  86.3  1e-16  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A1021  50S ribosomal protein L28  56.76 
 
 		 77 aa  86.3  1e-16  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.241673  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2420  50S ribosomal protein L28  56.76 
 
 		 77 aa  86.3  1e-16  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.127484  hitchhiker  0.000900978 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1891  50S ribosomal protein L28  56.76 
 
 		 77 aa  86.3  1e-16  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2527  50S ribosomal protein L28  56.76 
 
 		 77 aa  86.3  1e-16  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2549  50S ribosomal protein L28  56.76 
 
 		 77 aa  86.3  1e-16  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2502  50S ribosomal protein L28  56.76 
 
 		 77 aa  86.3  1e-16  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.553249  n/a   
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_12095  50S ribosomal protein L28  64.79 
 
 		 78 aa  85.5  2e-16  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  hitchhiker  0.000000776276  normal  1 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3679  50S ribosomal protein L28  52.56 
 
 		 78 aa  85.9  2e-16  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  hitchhiker  0.0000000185253  normal  0.0401063 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3802  50S ribosomal protein L28  52.7 
 
 		 77 aa  85.9  2e-16  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003295  RSc2445  50S ribosomal protein L28  55.41 
 
 		 77 aa  85.1  3e-16  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A2647  50S ribosomal protein L28  56.76 
 
 		 163 aa  85.1  3e-16  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.753369  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_2100  50S ribosomal protein L28  56.76 
 
 		 163 aa  85.1  3e-16  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.295795  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_2722  50S ribosomal protein L28  54.05 
 
 		 77 aa  85.1  3e-16  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.238973  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A0817  50S ribosomal protein L28  56.76 
 
 		 77 aa  85.1  3e-16  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.761124 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5365  50S ribosomal protein L28  54.05 
 
 		 77 aa  85.1  3e-16  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  0.421212 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_3384  50S ribosomal protein L28  54.05 
 
 		 77 aa  85.1  3e-16  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  0.237994 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1253  50S ribosomal protein L28  52.56 
 
 		 78 aa  84.3  5e-16  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_1734  50S ribosomal protein L28  51.35 
 
 		 77 aa  84.3  5e-16  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  0.111139  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0386  50S ribosomal protein L28  51.28 
 
 		 78 aa  84.3  5e-16  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  hitchhiker  0.00127683  hitchhiker  0.000000115642 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_3428  50S ribosomal protein L28  54.05 
 
 		 77 aa  84.3  5e-16  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.0550772  normal  0.711167 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_1710  50S ribosomal protein L28  53.85 
 
 		 78 aa  84  6e-16  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_1989  50S ribosomal protein L28  53.85 
 
 		 78 aa  84  6e-16  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3480  50S ribosomal protein L28  52.56 
 
 		 78 aa  84  6e-16  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  hitchhiker  0.000307468  normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_1757  50S ribosomal protein L28  54.05 
 
 		 77 aa  84  7e-16  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.991694  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0629  50S ribosomal protein L28  53.85 
 
 		 78 aa  84  7e-16  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000000303775 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4560  50S ribosomal protein L28  51.28 
 
 		 78 aa  84  7e-16  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  hitchhiker  0.00191213  hitchhiker  0.00000496067 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0328  50S ribosomal protein L28  52.56 
 
 		 78 aa  84  7e-16  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  hitchhiker  0.00000391989  normal  1 
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A0395  50S ribosomal protein L28  50.67 
 
 		 79 aa  83.6  8e-16  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  0.249784  n/a   
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_1790  50S ribosomal protein L28  50.67 
 
 		 79 aa  83.6  8e-16  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  0.588702  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2323  50S ribosomal protein L28  54.05 
 
 		 77 aa  83.6  9e-16  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00837544 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2713  50S ribosomal protein L28  54.05 
 
 		 77 aa  83.6  9e-16  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3180  50S ribosomal protein L28  52.7 
 
 		 77 aa  83.6  9e-16  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1282  50S ribosomal protein L28  54.05 
 
 		 77 aa  83.2  0.000000000000001  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.397873  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0378  50S ribosomal protein L28  51.28 
 
 		 78 aa  82.8  0.000000000000001  Shewanella baltica OS155  Bacteria  hitchhiker  0.00000507603  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0389  50S ribosomal protein L28  51.28 
 
 		 78 aa  82.8  0.000000000000001  Shewanella baltica OS195  Bacteria  decreased coverage  0.000000230782  hitchhiker  0.0000579861 
 
 
-
 
NC_004347  SO_4247  50S ribosomal protein L28  51.28 
 
 		 78 aa  82.8  0.000000000000001  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2599  50S ribosomal protein L28  54.05 
 
 		 78 aa  82.8  0.000000000000001  Vibrio cholerae O395  Bacteria  unclonable  3.88112e-16  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0403  50S ribosomal protein L28  51.28 
 
 		 78 aa  82.8  0.000000000000001  Shewanella baltica OS223  Bacteria  hitchhiker  0.00000109188  hitchhiker  0.000000000130483 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3596  50S ribosomal protein L28  51.28 
 
 		 78 aa  82.8  0.000000000000001  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.00843458  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0360  50S ribosomal protein L28  51.28 
 
 		 78 aa  82.8  0.000000000000001  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.0375632  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0377  50S ribosomal protein L28  51.28 
 
 		 78 aa  82.8  0.000000000000001  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.00160044  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0463  50S ribosomal protein L28  51.28 
 
 		 78 aa  82.8  0.000000000000001  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  decreased coverage  0.00000843852  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3769  50S ribosomal protein L28  51.28 
 
 		 78 aa  82.8  0.000000000000001  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.326629  normal  0.774565 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3836  50S ribosomal protein L28  50 
 
 		 78 aa  82.8  0.000000000000001  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  hitchhiker  0.0000849102  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3149  50S ribosomal protein L28  54.05 
 
 		 77 aa  82.8  0.000000000000002  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  0.65679 
 
 
-
 
NC_008309  HS_0145  50S ribosomal protein L28  53.85 
 
 		 78 aa  82.4  0.000000000000002  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  hitchhiker  0.00227555  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3214  50S ribosomal protein L28  52.7 
 
 		 77 aa  82.4  0.000000000000002  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_2640  ribosomal protein L28  52.56 
 
 		 78 aa  81.6  0.000000000000003  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0312  50S ribosomal protein L28  50 
 
 		 78 aa  82  0.000000000000003  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  decreased coverage  0.000118312  normal  0.224841 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0327  ribosomal protein L28  51.28 
 
 		 106 aa  81.6  0.000000000000003  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.0383291  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>