57 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Mnod_6007 on replicon NC_011894
Organism: Methylobacterium nodulans ORS 2060



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_011894  Mnod_6007  formaldehyde-activating enzyme  100 
 
 
171 aa  353  8e-97  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.100814  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_5783  formaldehyde-activating enzyme  95.32 
 
 
171 aa  342  1e-93  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.0971644  normal 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1785  formaldehyde-activating enzyme  87.57 
 
 
170 aa  310  7e-84  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_0533  formaldehyde-activating enzyme  87.57 
 
 
170 aa  309  1e-83  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1834  formaldehyde-activating enzyme  86.39 
 
 
170 aa  306  1e-82  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_2169  formaldehyde-activating enzyme  86.39 
 
 
170 aa  306  1e-82  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.783809  normal  0.178175 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0032  formaldehyde-activating protein  82.14 
 
 
169 aa  290  5e-78  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal  0.848098 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6487  formaldehyde-activating enzyme  72.19 
 
 
169 aa  261  5e-69  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.497311  normal  0.302319 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2436  formaldehyde-activating protein  71.6 
 
 
169 aa  258  4e-68  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal  0.397979 
 
 
-
 
NC_002977  MCA2866  formaldehyde-activating enzyme  71.6 
 
 
170 aa  254  3e-67  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1365  formaldehyde-activating protein  71.01 
 
 
191 aa  254  5e-67  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.745489  normal 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A2612  formaldehyde-activating enzyme  71.43 
 
 
169 aa  249  9e-66  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.0416881  normal 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3079  formaldehyde-activating enzyme  71.18 
 
 
170 aa  249  2e-65  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_2390  formaldehyde-activating enzyme  70.48 
 
 
175 aa  245  2e-64  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3147  formaldehyde-activating enzyme  68.86 
 
 
169 aa  238  3e-62  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1652  formaldehyde-activating enzyme  57.63 
 
 
178 aa  202  1e-51  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  unclonable  1.63018e-10  normal  0.176505 
 
 
-
 
NC_014148  Plim_1285  formaldehyde-activating enzyme  59.12 
 
 
165 aa  198  4e-50  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_2543  formaldehyde-activating enzyme  58.43 
 
 
178 aa  197  5e-50  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  0.234356  normal 
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A2060  formaldehyde-activating enzyme  56.1 
 
 
178 aa  194  3e-49  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  0.189028  normal  0.41416 
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_0367  formaldehyde-activating enzyme  56.88 
 
 
160 aa  194  5e-49  Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  normal  0.203725  n/a   
 
 
-
 
NC_009051  Memar_0975  formaldehyde-activating enzyme  57.49 
 
 
167 aa  181  4e-45  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  0.0927434  n/a   
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_1994  bifunctional formaldehyde-activating enzyme/3-hexulose-6-phosphate synthase  46.84 
 
 
396 aa  152  2e-36  Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008553  Mthe_0988  bifunctional formaldehyde-activating enzyme/3-hexulose-6-phosphate synthase  51.27 
 
 
392 aa  142  2e-33  Methanosaeta thermophila PT  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_1036  bifunctional formaldehyde-activating enzyme/3-hexulose-6-phosphate synthase  45.51 
 
 
393 aa  141  4e-33  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A0935  bifunctional formaldehyde-activating enzyme/3-hexulose-6-phosphate synthase  48.72 
 
 
392 aa  137  5e-32  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  hitchhiker  0.0033619  normal 
 
 
-
 
NC_009051  Memar_1085  bifunctional formaldehyde-activating enzyme/3-hexulose-6-phosphate synthase  47.13 
 
 
393 aa  134  5e-31  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  0.136979  n/a   
 
 
-
 
NC_009712  Mboo_0772  bifunctional formaldehyde-activating enzyme/3-hexulose-6-phosphate synthase  42.68 
 
 
393 aa  134  8e-31  Candidatus Methanoregula boonei 6A8  Archaea  normal  normal  0.58783 
 
 
-
 
NC_008942  Mlab_0996  bifunctional formaldehyde-activating enzyme/3-hexulose-6-phosphate synthase  41.4 
 
 
403 aa  129  2e-29  Methanocorpusculum labreanum Z  Archaea  normal  normal  0.566431 
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_1628  bifunctional formaldehyde-activating enzyme/3-hexulose-6-phosphate synthase  45.22 
 
 
393 aa  119  2e-26  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1627  formaldehyde-activating protein  35.21 
 
 
179 aa  87  1e-16  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.67854  normal 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6933  formaldehyde-activating enzyme  28.48 
 
 
190 aa  85.5  3e-16  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.587797  normal 
 
 
-
 
NC_010511  M446_4369  formaldehyde-activating enzyme  34.25 
 
 
181 aa  85.5  3e-16  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.279882  normal 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_4915  formaldehyde-activating enzyme  34.25 
 
 
181 aa  84.3  8e-16  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.090523  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1450  formaldehyde-activating enzyme  34.88 
 
 
179 aa  82.8  2e-15  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  normal  0.485811 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_1725  formaldehyde-activating enzyme  34.88 
 
 
179 aa  82.8  2e-15  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.393787  normal  0.0143668 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1445  formaldehyde-activating enzyme  32.88 
 
 
179 aa  81.3  5e-15  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  normal  0.318243 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A2627  putative formaldehyde-activating enzyme  36.81 
 
 
177 aa  81.3  6e-15  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.212894  normal 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2468  formaldehyde-activating protein  31.06 
 
 
167 aa  80.9  7e-15  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002977  MCA2778  formaldehyde-activating domain-containing protein  50.63 
 
 
119 aa  80.9  8e-15  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3063  formaldehyde-activating enzyme  34.93 
 
 
177 aa  80.9  9e-15  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2825  hypothetical protein  27.33 
 
 
174 aa  79.7  2e-14  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_2016  formaldehyde-activating enzyme  31.51 
 
 
179 aa  79  3e-14  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.560353  normal  0.585828 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_5474  formaldehyde-activating enzyme  33.33 
 
 
177 aa  77.8  7e-14  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.0338658  normal  0.0655052 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_2524  putative formaldehyde-activating enzyme  34.34 
 
 
183 aa  77  1e-13  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3132  formaldehyde-activating enzyme  35.98 
 
 
181 aa  75.9  3e-13  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_1542  hypothetical protein  29.81 
 
 
167 aa  74.7  6e-13  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_1651  formaldehyde-activating enzyme  29.81 
 
 
167 aa  74.7  6e-13  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A1721  hypothetical protein  29.81 
 
 
167 aa  73.9  9e-13  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  0.054067  hitchhiker  0.00446803 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_1799  formaldehyde-activating enzyme  27.04 
 
 
178 aa  70.5  1e-11  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_2364  putative formaldehyde-activating enzyme  28.48 
 
 
182 aa  68.9  3e-11  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  hitchhiker  2.04771e-07  normal  0.719365 
 
 
-
 
NC_009635  Maeo_0614  bifunctional formaldehyde-activating enzyme/3-hexulose-6-phosphate synthase  30.72 
 
 
391 aa  62.4  3e-09  Methanococcus aeolicus Nankai-3  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_3465  Formaldehyde-activating enzyme (Fae)  25.61 
 
 
182 aa  60.8  9e-09  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.719607  normal 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_3143  formaldehyde-activating protein  25.61 
 
 
182 aa  60.8  9e-09  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.389753  normal  0.873661 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_3340  Formaldehyde-activating enzyme (Fae)  25.61 
 
 
182 aa  59.3  2e-08  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014148  Plim_3519  formaldehyde-activating enzyme  26.59 
 
 
211 aa  59.3  2e-08  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_4467  formaldehyde-activating protein  25 
 
 
182 aa  57.8  8e-08  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal  0.164696 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_3403  Formaldehyde-activating enzyme (Fae)  24.39 
 
 
182 aa  57  1e-07  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>