56 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Vapar_3063 on replicon NC_012791
Organism: Variovorax paradoxus S110



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_012791  Vapar_3063  formaldehyde-activating enzyme  100 
 
 		 177 aa  370  1e-102  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A2627  putative formaldehyde-activating enzyme  85.88 
 
 		 177 aa  326  1.0000000000000001e-88  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.212894  normal  1 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3132  formaldehyde-activating enzyme  86.21 
 
 		 181 aa  320  5e-87  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_5474  formaldehyde-activating enzyme  81.29 
 
 		 177 aa  300  6.000000000000001e-81  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.0338658  normal  0.0655052 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_2524  putative formaldehyde-activating enzyme  72.51 
 
 		 183 aa  263  1e-69  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_2016  formaldehyde-activating enzyme  66.06 
 
 		 179 aa  244  4e-64  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.560353  normal  0.585828 
 
 
-
 
NC_010511  M446_4369  formaldehyde-activating enzyme  64.46 
 
 		 181 aa  243  9.999999999999999e-64  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.279882  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_4915  formaldehyde-activating enzyme  64.46 
 
 		 181 aa  241  3e-63  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.090523  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1445  formaldehyde-activating enzyme  64.24 
 
 		 179 aa  238  2.9999999999999997e-62  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  0.318243 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1450  formaldehyde-activating enzyme  63.64 
 
 		 179 aa  237  8e-62  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  0.485811 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_1725  formaldehyde-activating enzyme  63.64 
 
 		 179 aa  237  8e-62  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.393787  normal  0.0143668 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1627  formaldehyde-activating protein  62.42 
 
 		 179 aa  228  2e-59  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.67854  normal  1 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_1799  formaldehyde-activating enzyme  62.42 
 
 		 178 aa  224  4e-58  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_014148  Plim_3519  formaldehyde-activating enzyme  44.31 
 
 		 211 aa  135  3.0000000000000003e-31  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_2364  putative formaldehyde-activating enzyme  41.28 
 
 		 182 aa  130  1.0000000000000001e-29  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  hitchhiker  0.000000204771  normal  0.719365 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_3340  Formaldehyde-activating enzyme (Fae)  38.37 
 
 		 182 aa  120  8e-27  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014148  Plim_1285  formaldehyde-activating enzyme  43.98 
 
 		 165 aa  119  1.9999999999999998e-26  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_3143  formaldehyde-activating protein  37.79 
 
 		 182 aa  119  3e-26  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.389753  normal  0.873661 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_3465  Formaldehyde-activating enzyme (Fae)  37.79 
 
 		 182 aa  119  3e-26  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.719607  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_4467  formaldehyde-activating protein  37.79 
 
 		 182 aa  117  7.999999999999999e-26  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  0.164696 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_3403  Formaldehyde-activating enzyme (Fae)  36.05 
 
 		 182 aa  116  1.9999999999999998e-25  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_1994  bifunctional formaldehyde-activating enzyme/3-hexulose-6-phosphate synthase  41.1 
 
 		 396 aa  112  4.0000000000000004e-24  Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009712  Mboo_0772  bifunctional formaldehyde-activating enzyme/3-hexulose-6-phosphate synthase  40.54 
 
 		 393 aa  107  1e-22  Candidatus Methanoregula boonei 6A8  Archaea  normal  1  normal  0.58783 
 
 
-
 
NC_008553  Mthe_0988  bifunctional formaldehyde-activating enzyme/3-hexulose-6-phosphate synthase  42.51 
 
 		 392 aa  105  3e-22  Methanosaeta thermophila PT  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_1036  bifunctional formaldehyde-activating enzyme/3-hexulose-6-phosphate synthase  39.04 
 
 		 393 aa  101  5e-21  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_0367  formaldehyde-activating enzyme  38.36 
 
 		 160 aa  100  1e-20  Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  normal  0.203725  n/a   
 
 
-
 
NC_008942  Mlab_0996  bifunctional formaldehyde-activating enzyme/3-hexulose-6-phosphate synthase  38.36 
 
 		 403 aa  99  3e-20  Methanocorpusculum labreanum Z  Archaea  normal  1  normal  0.566431 
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A2060  formaldehyde-activating enzyme  38.36 
 
 		 178 aa  99  3e-20  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  0.189028  normal  0.41416 
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_1628  bifunctional formaldehyde-activating enzyme/3-hexulose-6-phosphate synthase  41.1 
 
 		 393 aa  92.8  2e-18  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A0935  bifunctional formaldehyde-activating enzyme/3-hexulose-6-phosphate synthase  36.9 
 
 		 392 aa  92.4  3e-18  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  hitchhiker  0.0033619  normal  1 
 
 
-
 
NC_009051  Memar_0975  formaldehyde-activating enzyme  39.88 
 
 		 167 aa  90.5  1e-17  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  0.0927434  n/a   
 
 
-
 
NC_009051  Memar_1085  bifunctional formaldehyde-activating enzyme/3-hexulose-6-phosphate synthase  39.04 
 
 		 393 aa  89.7  2e-17  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  0.136979  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_2390  formaldehyde-activating enzyme  37.67 
 
 		 175 aa  88.2  6e-17  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_0533  formaldehyde-activating enzyme  36.3 
 
 		 170 aa  85.1  4e-16  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1785  formaldehyde-activating enzyme  35.62 
 
 		 170 aa  84  0.000000000000001  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A2612  formaldehyde-activating enzyme  35.62 
 
 		 169 aa  82.4  0.000000000000003  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.0416881  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1834  formaldehyde-activating enzyme  35.62 
 
 		 170 aa  81.6  0.000000000000005  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_2169  formaldehyde-activating enzyme  35.62 
 
 		 170 aa  81.6  0.000000000000005  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.783809  normal  0.178175 
 
 
-
 
NC_010511  M446_5783  formaldehyde-activating enzyme  34.93 
 
 		 171 aa  81.6  0.000000000000005  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.0971644  normal  1 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2436  formaldehyde-activating protein  36.3 
 
 		 169 aa  80.9  0.000000000000009  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.397979 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_6007  formaldehyde-activating enzyme  34.93 
 
 		 171 aa  80.9  0.00000000000001  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.100814  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA2866  formaldehyde-activating enzyme  34.93 
 
 		 170 aa  80.5  0.00000000000001  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1652  formaldehyde-activating enzyme  34.25 
 
 		 178 aa  79.7  0.00000000000002  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  unclonable  0.000000000163018  normal  0.176505 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6487  formaldehyde-activating enzyme  33.56 
 
 		 169 aa  79  0.00000000000004  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.497311  normal  0.302319 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0032  formaldehyde-activating protein  34.93 
 
 		 169 aa  77.4  0.00000000000009  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  0.848098 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3079  formaldehyde-activating enzyme  35.62 
 
 		 170 aa  75.5  0.0000000000004  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3147  formaldehyde-activating enzyme  34.93 
 
 		 169 aa  75.1  0.0000000000005  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2468  formaldehyde-activating protein  35.29 
 
 		 167 aa  74.7  0.0000000000007  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1365  formaldehyde-activating protein  32.88 
 
 		 191 aa  73.9  0.000000000001  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.745489  normal  1 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6933  formaldehyde-activating enzyme  31.88 
 
 		 190 aa  69.3  0.00000000003  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.587797  normal  1 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2825  hypothetical protein  30.43 
 
 		 174 aa  67  0.0000000001  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_2543  formaldehyde-activating enzyme  30.14 
 
 		 178 aa  65.5  0.0000000003  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  0.234356  normal  1 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_1542  hypothetical protein  33.09 
 
 		 167 aa  62  0.000000004  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_1651  formaldehyde-activating enzyme  33.09 
 
 		 167 aa  62  0.000000004  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A1721  hypothetical protein  33.09 
 
 		 167 aa  62  0.000000004  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  0.054067  hitchhiker  0.00446803 
 
 
-
 
NC_009635  Maeo_0614  bifunctional formaldehyde-activating enzyme/3-hexulose-6-phosphate synthase  28.99 
 
 		 391 aa  55.5  0.0000004  Methanococcus aeolicus Nankai-3  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>