More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Francci3_R0001 on replicon NC_007777
Organism: Frankia sp. CcI3



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007777  Francci3_R0001  tRNA-Ile  100 
 
 		 74 bp  147  4.0000000000000006e-34  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_R0001  tRNA-Ile  98.65 
 
 		 77 bp  139  1e-31  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.826373  normal  1 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_R0001  tRNA-Ile  97.01 
 
 		 74 bp  117  3.9999999999999997e-25  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_R0001  tRNA-Ile  97.01 
 
 		 77 bp  117  3.9999999999999997e-25  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00699866 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_R0001  tRNA-Ile  95.52 
 
 		 74 bp  109  9.000000000000001e-23  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_R0001  tRNA-Ile  95.52 
 
 		 77 bp  109  9.000000000000001e-23  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_R0001  tRNA-Ile  96.67 
 
 		 74 bp  103  5e-21  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_R0001  tRNA-Ile  92.54 
 
 		 77 bp  93.7  5e-18  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.522467  n/a   
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_R0001  tRNA-Ile  92.54 
 
 		 74 bp  93.7  5e-18  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_R0001  tRNA-Ile  92.54 
 
 		 77 bp  93.7  5e-18  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  0.269179  n/a   
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_R0001  tRNA-Ile  93.33 
 
 		 74 bp  87.7  3e-16  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_R0001  tRNA-Ile  93.33 
 
 		 74 bp  87.7  3e-16  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_00170  tRNA-Ile  91.04 
 
 		 74 bp  85.7  0.000000000000001  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_R0001  tRNA-Ile  93.22 
 
 		 74 bp  85.7  0.000000000000001  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_R0001  tRNA-Ile  91.04 
 
 		 74 bp  85.7  0.000000000000001  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_R0001  tRNA-Ile  91.04 
 
 		 74 bp  85.7  0.000000000000001  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.226648  normal  0.0173253 
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_14001  tRNA-Ile  91.04 
 
 		 77 bp  85.7  0.000000000000001  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_R0001  tRNA-Ile  91.04 
 
 		 74 bp  85.7  0.000000000000001  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.484512  normal  0.062918 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_R0001  tRNA-Ile  90.77 
 
 		 74 bp  81.8  0.00000000000002  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  1  normal  0.531061 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_00090  tRNA-Ile  92.98 
 
 		 74 bp  81.8  0.00000000000002  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.609024  normal  0.459297 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_R0004  tRNA-Ile  90.77 
 
 		 74 bp  81.8  0.00000000000002  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.0654807  normal  0.562233 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_00090  tRNA-Ile  92.86 
 
 		 74 bp  79.8  0.00000000000008  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  0.387136  normal  1 
 
 
-
 
NC_013174  Jden_R0001  tRNA-Ile  91.67 
 
 		 77 bp  79.8  0.00000000000008  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  1  normal  0.48782 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_R0008  tRNA-Ile  89.55 
 
 		 77 bp  77.8  0.0000000000003  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  0.135162  normal  0.696922 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_R0001  tRNA-Ile  91.53 
 
 		 74 bp  77.8  0.0000000000003  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  0.429514  n/a   
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_R0001  tRNA-Ile  91.53 
 
 		 77 bp  77.8  0.0000000000003  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_R0051  tRNA-Ile  97.62 
 
 		 74 bp  75.8  0.000000000001  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_R0054  tRNA-Ile  91.23 
 
 		 74 bp  73.8  0.000000000005  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.467793  n/a   
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_00090  tRNA-Ile  90.16 
 
 		 77 bp  73.8  0.000000000005  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013721  HMPREF0424_1353  tRNA-Ile  91.07 
 
 		 77 bp  71.9  0.00000000002  Gardnerella vaginalis 409-05  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00031485 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_R0001  tRNA-Ile  91.07 
 
 		 77 bp  71.9  0.00000000002  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.996709  n/a   
 
 
-
 
NC_010816  BLD_t0040  tRNA-Ile  91.07 
 
 		 74 bp  71.9  0.00000000002  Bifidobacterium longum DJO10A  Bacteria  normal  0.22275  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_R0001  tRNA-Ile  88.06 
 
 		 77 bp  69.9  0.00000000008  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.412787  normal  0.687718 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_R0011  tRNA-Ile  89.83 
 
 		 77 bp  69.9  0.00000000008  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  hitchhiker  0.00277001  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_R0037  tRNA-Ile  89.83 
 
 		 77 bp  69.9  0.00000000008  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  hitchhiker  0.000000489104  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_R0044  tRNA-Ile  89.83 
 
 		 77 bp  69.9  0.00000000008  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  0.0477159  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_R0052  tRNA-Ile  89.83 
 
 		 77 bp  69.9  0.00000000008  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  hitchhiker  0.0000626175  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_R0033  tRNA-Ile  88.06 
 
 		 77 bp  69.9  0.00000000008  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  hitchhiker  0.000392062  normal  0.115132 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_R0008  tRNA-Ile  89.83 
 
 		 77 bp  69.9  0.00000000008  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  hitchhiker  0.0000696824  normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_R0007  tRNA-Ile  89.83 
 
 		 77 bp  69.9  0.00000000008  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  hitchhiker  0.000593812  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_R0017  tRNA-Ile  89.83 
 
 		 77 bp  69.9  0.00000000008  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  hitchhiker  0.00000136136  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_R0058  tRNA-Ile  89.83 
 
 		 77 bp  69.9  0.00000000008  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  hitchhiker  0.00171421  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_R0032  tRNA-Ile  89.83 
 
 		 77 bp  69.9  0.00000000008  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  hitchhiker  0.00000000441039  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_R0042  tRNA-Ile  89.83 
 
 		 77 bp  69.9  0.00000000008  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.0171814  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_t00061  tRNA-Ile  89.66 
 
 		 77 bp  67.9  0.0000000003  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.0509967  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_t00071  tRNA-Ile  89.66 
 
 		 77 bp  67.9  0.0000000003  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.0100739  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_R0077  tRNA-Ile  89.66 
 
 		 77 bp  67.9  0.0000000003  Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  0.0000248576  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_R0102  tRNA-Ile  89.66 
 
 		 77 bp  67.9  0.0000000003  Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  0.00845186  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_R0001  tRNA-Ile  89.66 
 
 		 74 bp  67.9  0.0000000003  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  0.0441602 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_R0090  tRNA-Ile  89.66 
 
 		 77 bp  67.9  0.0000000003  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  hitchhiker  0.0000296834  normal  1 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A0626  tRNA-Ile  89.66 
 
 		 79 bp  67.9  0.0000000003  Yersinia pestis Angola  Bacteria  hitchhiker  0.0000000339545  normal  0.0175706 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_R0119  tRNA-Ile  89.66 
 
 		 77 bp  67.9  0.0000000003  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  hitchhiker  0.0000630461  hitchhiker  0.0000581532 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_R0098  tRNA-Ile  89.66 
 
 		 77 bp  67.9  0.0000000003  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.331727  normal  1 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A0127  tRNA-Ile  89.66 
 
 		 79 bp  67.9  0.0000000003  Yersinia pestis Angola  Bacteria  hitchhiker  0.0000449492  normal  0.0406776 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_R0025  tRNA-Ile  89.66 
 
 		 77 bp  67.9  0.0000000003  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.0513291  unclonable  0.00000384252 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A4704  tRNA-Ile  89.66 
 
 		 77 bp  67.9  0.0000000003  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  0.0000000142472  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_t003  tRNA-Ile  89.66 
 
 		 77 bp  67.9  0.0000000003  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_5092  tRNA-Ile  89.66 
 
 		 77 bp  67.9  0.0000000003  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.0000000866499  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_R0051  tRNA-Ile  89.66 
 
 		 77 bp  67.9  0.0000000003  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  hitchhiker  0.00698245  normal  1 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_4204  tRNA-Ile  89.66 
 
 		 79 bp  67.9  0.0000000003  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  hitchhiker  0.0000000054398  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_4293  tRNA-Ile  89.66 
 
 		 79 bp  67.9  0.0000000003  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  hitchhiker  0.000401395  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_4265  tRNA-Ile  89.66 
 
 		 79 bp  67.9  0.0000000003  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  hitchhiker  0.000000229393  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3573  tRNA-Ile  89.66 
 
 		 77 bp  67.9  0.0000000003  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  hitchhiker  0.000468269  normal  0.424687 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_R0104  tRNA-Ile  89.66 
 
 		 77 bp  67.9  0.0000000003  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  hitchhiker  0.00000615074  normal  0.021037 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0214  tRNA-Ile  89.66 
 
 		 77 bp  67.9  0.0000000003  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  hitchhiker  0.00923178  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_R0011  tRNA-Ile  89.66 
 
 		 77 bp  67.9  0.0000000003  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.0129022  hitchhiker  0.000473278 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E4458  tRNA-Ile  89.66 
 
 		 77 bp  67.9  0.0000000003  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  hitchhiker  0.000985365  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_R0008  tRNA-Ile  89.66 
 
 		 77 bp  67.9  0.0000000003  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.0289136  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_R0118  tRNA-Ile  89.66 
 
 		 77 bp  67.9  0.0000000003  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  hitchhiker  0.000845195  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_R0085  tRNA-Ile  89.66 
 
 		 77 bp  67.9  0.0000000003  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.0425046  normal  0.137972 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_R0157  tRNA-Ile  89.66 
 
 		 77 bp  67.9  0.0000000003  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.131945  hitchhiker  0.00000102805 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_R0175  tRNA-Ile  89.66 
 
 		 77 bp  67.9  0.0000000003  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.0770081  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_R0008  tRNA-Ile  89.66 
 
 		 77 bp  67.9  0.0000000003  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.0314854  hitchhiker  0.00756038 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_R0036  tRNA-Ile  89.66 
 
 		 77 bp  67.9  0.0000000003  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.0271306  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_R0149  tRNA-Ile  89.66 
 
 		 77 bp  67.9  0.0000000003  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  hitchhiker  0.00584205  unclonable  0.0000000149917 
 
 
-
 
NC_008309  HS_tIle01  tRNA-Ile  89.66 
 
 		 80 bp  67.9  0.0000000003  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_tIle02  tRNA-Ile  89.66 
 
 		 80 bp  67.9  0.0000000003  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_R0081  tRNA-Ile  89.66 
 
 		 77 bp  67.9  0.0000000003  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.000962065  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_R0016  tRNA-Ile  89.66 
 
 		 77 bp  67.9  0.0000000003  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  hitchhiker  0.00171399  hitchhiker  0.0041284 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_R0008  tRNA-Ile  89.66 
 
 		 77 bp  67.9  0.0000000003  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.00000331872  normal  0.303515 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_R0072  tRNA-Ile  89.66 
 
 		 77 bp  67.9  0.0000000003  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.0376486  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_R0008  tRNA-Ile  89.66 
 
 		 77 bp  67.9  0.0000000003  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.160787  hitchhiker  0.00984378 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_R0021  tRNA-Ile  89.66 
 
 		 77 bp  67.9  0.0000000003  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  hitchhiker  0.0000203116  normal  0.0522769 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_R0072  tRNA-Ile  89.66 
 
 		 77 bp  67.9  0.0000000003  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  hitchhiker  0.00892637  normal  0.130437 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_R0093  tRNA-Ile  89.66 
 
 		 77 bp  67.9  0.0000000003  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.879368  normal  0.134634 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A0468  tRNA-Ile  89.66 
 
 		 79 bp  67.9  0.0000000003  Yersinia pestis Angola  Bacteria  hitchhiker  0.000000056688  normal  0.0165845 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_R0005  tRNA-Ile  89.66 
 
 		 77 bp  67.9  0.0000000003  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  hitchhiker  0.000734395  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_R0062  tRNA-Ile  89.66 
 
 		 77 bp  67.9  0.0000000003  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  hitchhiker  0.00713608  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_R0127  tRNA-Ile  89.66 
 
 		 77 bp  67.9  0.0000000003  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  hitchhiker  0.000330359  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_5077  tRNA-Ile  89.66 
 
 		 77 bp  67.9  0.0000000003  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.00000584569  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_R0008  tRNA-Ile  89.66 
 
 		 77 bp  67.9  0.0000000003  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.0770657  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_R0006  tRNA-Ile  89.66 
 
 		 77 bp  67.9  0.0000000003  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.0108839  normal  0.0634944 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_R0059  tRNA-Ile  89.66 
 
 		 77 bp  67.9  0.0000000003  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  hitchhiker  0.000373197  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_R0020  tRNA-Ile  89.66 
 
 		 77 bp  67.9  0.0000000003  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.0504823  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_R0009  tRNA-Ile  89.66 
 
 		 77 bp  67.9  0.0000000003  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.0154814  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_R0072  tRNA-Ile  89.66 
 
 		 77 bp  67.9  0.0000000003  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.0761618  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_R0137  tRNA-Ile  89.66 
 
 		 77 bp  67.9  0.0000000003  Shewanella baltica OS155  Bacteria  hitchhiker  0.000306582  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_R0002  tRNA-Ile  89.66 
 
 		 77 bp  67.9  0.0000000003  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.0365419  normal  0.118397 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_R0084  tRNA-Ile  89.66 
 
 		 77 bp  67.9  0.0000000003  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  hitchhiker  0.0017286  normal  1 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_R0117  tRNA-Ile  89.66 
 
 		 77 bp  67.9  0.0000000003  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  hitchhiker  0.000183962  hitchhiker  0.000210385 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>