245 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Caci_R0001 on replicon NC_013131
Organism: Catenulispora acidiphila DSM 44928



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_013131  Caci_R0001  tRNA-Ile  100 
 
 
77 bp  153  7e-36  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.412787  normal  0.687718 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_R0001  tRNA-Ile  89.19 
 
 
74 bp  83.8  0.000000000000005  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_R0008  tRNA-Ile  88.16 
 
 
77 bp  79.8  0.00000000000008  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  0.135162  normal  0.696922 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_R0001  tRNA-Ile  87.01 
 
 
77 bp  73.8  0.000000000005  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00699866 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_R0033  tRNA-Ile  86.84 
 
 
77 bp  71.9  0.00000000002  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  hitchhiker  0.000392062  normal  0.115132 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_R0001  tRNA-Ile  88.06 
 
 
74 bp  69.9  0.00000000008  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_00170  tRNA-Ile  86.49 
 
 
74 bp  67.9  0.0000000003  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_R0001  tRNA-Ile  86.49 
 
 
77 bp  67.9  0.0000000003  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.826373  normal 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_R0001  tRNA-Ile  85.71 
 
 
77 bp  65.9  0.000000001  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_006368  lppt40  tRNA-Ile  87.5 
 
 
77 bp  63.9  0.000000005  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lplt40  tRNA-Ile  87.5 
 
 
77 bp  63.9  0.000000005  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_R0011  tRNA-Ile  87.5 
 
 
77 bp  63.9  0.000000005  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  hitchhiker  0.00277001  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_R0037  tRNA-Ile  87.5 
 
 
77 bp  63.9  0.000000005  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  hitchhiker  0.000000489104  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_R0044  tRNA-Ile  87.5 
 
 
77 bp  63.9  0.000000005  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  0.0477159  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_R0052  tRNA-Ile  87.5 
 
 
77 bp  63.9  0.000000005  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  hitchhiker  0.0000626175  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_R0014  tRNA-Asp  89.29 
 
 
74 bp  63.9  0.000000005  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_R0082  tRNA-Ile  85.53 
 
 
77 bp  63.9  0.000000005  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  0.0466145  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_R0007  tRNA-Ile  88.33 
 
 
77 bp  63.9  0.000000005  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  hitchhiker  0.000593812  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_R0017  tRNA-Ile  88.33 
 
 
77 bp  63.9  0.000000005  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  hitchhiker  0.00000136136  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_R0058  tRNA-Ile  88.33 
 
 
77 bp  63.9  0.000000005  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  hitchhiker  0.00171421  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_R0032  tRNA-Ile  87.5 
 
 
77 bp  63.9  0.000000005  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  hitchhiker  0.00000000441039  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_R0008  tRNA-Ile  87.5 
 
 
77 bp  63.9  0.000000005  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  hitchhiker  0.0000696824  normal 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_R0042  tRNA-Ile  87.5 
 
 
77 bp  63.9  0.000000005  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.0171814  n/a   
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_01860  tRNA-Asp  90.2 
 
 
74 bp  61.9  0.00000002  Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_R0060  tRNA-Asp  90.2 
 
 
74 bp  61.9  0.00000002  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  0.488944  n/a   
 
 
-
 
NC_013174  Jden_R0074  tRNA-Asp  90.2 
 
 
74 bp  61.9  0.00000002  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  normal  0.529781 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_R0007  tRNA-Asp  90.2 
 
 
74 bp  61.9  0.00000002  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_R0006  tRNA-Asp  90.2 
 
 
74 bp  61.9  0.00000002  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00108569 
 
 
-
 
NC_013174  Jden_R0073  tRNA-Asp  90.2 
 
 
74 bp  61.9  0.00000002  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  normal  0.524429 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_34020  tRNA-Asp  90.2 
 
 
74 bp  61.9  0.00000002  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  0.73239  normal  0.53918 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_R0049  tRNA-Asp  90.2 
 
 
74 bp  61.9  0.00000002  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  normal  0.85452 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_R0054  tRNA-Asp  90.2 
 
 
77 bp  61.9  0.00000002  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  normal  0.521016 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_R0001  tRNA-Ile  85.14 
 
 
74 bp  60  0.00000008  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_R0002  tRNA-Ile  85.14 
 
 
74 bp  60  0.00000008  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  0.0699442  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_R0009  tRNA-Ile  85.14 
 
 
74 bp  60  0.00000008  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  0.11936  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_t00061  tRNA-Ile  89.8 
 
 
77 bp  58  0.0000003  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.0509967  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_t00071  tRNA-Ile  89.8 
 
 
77 bp  58  0.0000003  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.0100739  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_R0077  tRNA-Ile  89.8 
 
 
77 bp  58  0.0000003  Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  0.0000248576  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_R0102  tRNA-Ile  89.8 
 
 
77 bp  58  0.0000003  Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  0.00845186  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4315  tRNA-Ile  89.8 
 
 
77 bp  58  0.0000003  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.0699439  normal  0.201928 
 
 
-
 
NC_004347  SO_t064  tRNA-Ile  89.8 
 
 
77 bp  58  0.0000003  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_t096  tRNA-Ile  89.8 
 
 
77 bp  58  0.0000003  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_5004  tRNA-Ile  89.8 
 
 
77 bp  58  0.0000003  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.000000283414  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_R0157  tRNA-Ile  89.8 
 
 
77 bp  58  0.0000003  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.131945  hitchhiker  0.00000102805 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_R0003  tRNA-Ile  89.8 
 
 
77 bp  58  0.0000003  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  hitchhiker  0.000253245  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_R0012  tRNA-Ile  96.97 
 
 
78 bp  58  0.0000003  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_R0037  tRNA-Ile  96.97 
 
 
78 bp  58  0.0000003  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_R0008  tRNA-Ile  89.8 
 
 
77 bp  58  0.0000003  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.0289136  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_R0118  tRNA-Ile  89.8 
 
 
77 bp  58  0.0000003  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  hitchhiker  0.000845195  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_5077  tRNA-Ile  89.8 
 
 
77 bp  58  0.0000003  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.00000584569  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A4714  tRNA-Ile  89.8 
 
 
77 bp  58  0.0000003  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  0.0000000504108  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_R0006  tRNA-Ile  89.8 
 
 
77 bp  58  0.0000003  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.0108839  normal  0.0634944 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_R0042  tRNA-Ile  96.97 
 
 
78 bp  58  0.0000003  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A4704  tRNA-Ile  89.8 
 
 
77 bp  58  0.0000003  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  0.0000000142472  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_R0051  tRNA-Ile  89.8 
 
 
77 bp  58  0.0000003  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  hitchhiker  0.00698245  normal 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_R0149  tRNA-Ile  89.8 
 
 
77 bp  58  0.0000003  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  hitchhiker  0.00584205  unclonable  0.0000000149917 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_R0008  tRNA-Ile  89.8 
 
 
77 bp  58  0.0000003  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.00000331872  normal  0.303515 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_R0072  tRNA-Ile  89.8 
 
 
77 bp  58  0.0000003  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.0376486  normal 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_R0021  tRNA-Ile  89.8 
 
 
77 bp  58  0.0000003  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  hitchhiker  0.0000203116  normal  0.0522769 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_R0072  tRNA-Ile  89.8 
 
 
77 bp  58  0.0000003  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  hitchhiker  0.00892637  normal  0.130437 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_R0175  tRNA-Ile  89.8 
 
 
77 bp  58  0.0000003  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.0770081  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_R0005  tRNA-Ile  89.8 
 
 
77 bp  58  0.0000003  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  hitchhiker  0.000734395  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_R0062  tRNA-Ile  89.8 
 
 
77 bp  58  0.0000003  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  hitchhiker  0.00713608  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_R0127  tRNA-Ile  89.8 
 
 
77 bp  58  0.0000003  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  hitchhiker  0.000330359  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E4123  tRNA-Ile  89.8 
 
 
77 bp  58  0.0000003  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  hitchhiker  0.000000989752  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_R0059  tRNA-Ile  89.8 
 
 
77 bp  58  0.0000003  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  hitchhiker  0.000373197  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_R0090  tRNA-Ile  89.8 
 
 
77 bp  58  0.0000003  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  hitchhiker  0.0000296834  normal 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A4641  tRNA-Ile  89.8 
 
 
77 bp  58  0.0000003  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  0.00000032657  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_4293  tRNA-Ile  89.8 
 
 
79 bp  58  0.0000003  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  hitchhiker  0.000401395  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_4265  tRNA-Ile  89.8 
 
 
79 bp  58  0.0000003  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  hitchhiker  0.000000229393  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_R0008  tRNA-Ile  89.8 
 
 
77 bp  58  0.0000003  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  hitchhiker  0.00154963  normal  0.549393 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_R0070  tRNA-Ile  89.8 
 
 
77 bp  58  0.0000003  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  hitchhiker  0.000447214  normal  0.107395 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_R0135  tRNA-Ile  89.8 
 
 
77 bp  58  0.0000003  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  hitchhiker  0.000000335927  normal  0.0144188 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_R0085  tRNA-Ile  89.8 
 
 
77 bp  58  0.0000003  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.0425046  normal  0.137972 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_R0104  tRNA-Ile  89.8 
 
 
77 bp  58  0.0000003  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  hitchhiker  0.00000615074  normal  0.021037 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_R0008  tRNA-Ile  89.8 
 
 
77 bp  58  0.0000003  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.0770657  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_R0036  tRNA-Ile  89.8 
 
 
77 bp  58  0.0000003  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.0271306  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_R0160  tRNA-Ile  89.8 
 
 
77 bp  58  0.0000003  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.0152441  normal  0.0451567 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_R0117  tRNA-Ile  89.8 
 
 
77 bp  58  0.0000003  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  hitchhiker  0.000183962  hitchhiker  0.000210385 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A0626  tRNA-Ile  89.8 
 
 
79 bp  58  0.0000003  Yersinia pestis Angola  Bacteria  hitchhiker  0.0000000339545  normal  0.0175706 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A0468  tRNA-Ile  89.8 
 
 
79 bp  58  0.0000003  Yersinia pestis Angola  Bacteria  hitchhiker  0.000000056688  normal  0.0165845 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E0196  tRNA-Ile  89.8 
 
 
77 bp  58  0.0000003  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  hitchhiker  0.0000185404  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_4204  tRNA-Ile  89.8 
 
 
79 bp  58  0.0000003  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  hitchhiker  0.0000000054398  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_R0020  tRNA-Ile  89.8 
 
 
77 bp  58  0.0000003  Enterobacter sp. 638  Bacteria  hitchhiker  0.00394718  normal 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_R0092  tRNA-Ile  89.8 
 
 
77 bp  58  0.0000003  Enterobacter sp. 638  Bacteria  hitchhiker  0.00539323  decreased coverage  0.00141538 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_R0103  tRNA-Ile  89.8 
 
 
77 bp  58  0.0000003  Enterobacter sp. 638  Bacteria  hitchhiker  0.00507683  decreased coverage  0.00339417 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_R0010  tRNA-Ile  89.8 
 
 
77 bp  58  0.0000003  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  hitchhiker  0.00000891119  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_R0067  tRNA-Ile  89.8 
 
 
77 bp  58  0.0000003  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  hitchhiker  0.000189357  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_R0114  tRNA-Ile  89.8 
 
 
77 bp  58  0.0000003  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  hitchhiker  0.000347317  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_R0016  tRNA-Ile  89.8 
 
 
77 bp  58  0.0000003  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  hitchhiker  0.00171399  hitchhiker  0.0041284 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A0273  tRNA-Ile  89.8 
 
 
77 bp  58  0.0000003  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  hitchhiker  0.0036281  normal  0.436112 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_R0046  tRNA-Ile  89.8 
 
 
77 bp  58  0.0000003  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  hitchhiker  0.00000007266  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E4458  tRNA-Ile  89.8 
 
 
77 bp  58  0.0000003  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  hitchhiker  0.000985365  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C0289  tRNA-Ile  89.8 
 
 
77 bp  58  0.0000003  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.0256101  normal  0.468385 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_R0007  tRNA-Ile  89.8 
 
 
77 bp  58  0.0000003  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.0000911687  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_R0020  tRNA-Ile  89.8 
 
 
77 bp  58  0.0000003  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.0504823  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_R0081  tRNA-Ile  89.8 
 
 
77 bp  58  0.0000003  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.000962065  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_R0025  tRNA-Ile  89.8 
 
 
77 bp  58  0.0000003  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.0513291  unclonable  0.00000384252 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_R0093  tRNA-Ile  89.8 
 
 
77 bp  58  0.0000003  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.879368  normal  0.134634 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_R0008  tRNA-Ile  89.8 
 
 
77 bp  58  0.0000003  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.0314854  hitchhiker  0.00756038 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>