281 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene EcDH1_1007 on replicon CP001637
Organism: Escherichia coli DH1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_010658  SbBS512_E3203  ribonucleotide-diphosphate reductase subunit beta  99.37 
 
 
319 aa  656  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2798  ribonucleotide-diphosphate reductase subunit beta  98.12 
 
 
319 aa  651  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  normal  0.01423 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1030  ribonucleotide-diphosphate reductase subunit beta  99.69 
 
 
319 aa  659  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  normal  0.489101 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_2957  ribonucleotide-diphosphate reductase subunit beta  99.37 
 
 
319 aa  656  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_3920  ribonucleotide-diphosphate reductase subunit beta  99.37 
 
 
319 aa  655  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  normal  0.117543 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2812  ribonucleotide-diphosphate reductase subunit beta  99.69 
 
 
319 aa  659  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_02532  ribonucleotide-diphosphate reductase beta subunit  99.37 
 
 
319 aa  657  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_02496  hypothetical protein  99.37 
 
 
319 aa  657  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1007  Ribonucleoside-diphosphate reductase  100 
 
 
319 aa  662  Escherichia coli DH1  Bacteria  decreased coverage  0.00862585  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B2925  ribonucleotide-diphosphate reductase subunit beta  87.46 
 
 
319 aa  584  1e-166  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C2991  ribonucleotide-diphosphate reductase subunit beta  87.15 
 
 
319 aa  582  1e-165  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  normal  0.02246 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A2956  ribonucleotide-diphosphate reductase subunit beta  87.15 
 
 
319 aa  581  1e-165  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  normal  0.01741 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3008  ribonucleotide-diphosphate reductase subunit beta  87.15 
 
 
319 aa  582  1e-165  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00883478 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3114  ribonucleotide-diphosphate reductase subunit beta  87.15 
 
 
319 aa  581  1e-165  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  normal  0.514599 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3156  ribonucleotide-diphosphate reductase subunit beta  85.27 
 
 
319 aa  573  1e-162  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.245753  normal 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_1116  ribonucleotide-diphosphate reductase subunit beta  79.81 
 
 
323 aa  533  1e-150  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A3537  ribonucleotide-diphosphate reductase subunit beta  79.81 
 
 
323 aa  533  1e-150  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  0.239174  hitchhiker  0.00144098 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_1062  ribonucleotide-diphosphate reductase subunit beta  79.81 
 
 
323 aa  532  1e-150  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3724  ribonucleotide-diphosphate reductase subunit beta  78.98 
 
 
323 aa  524  1e-148  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1145  ribonucleotide-diphosphate reductase subunit beta  77.6 
 
 
320 aa  518  1e-146  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3134  ribonucleotide-diphosphate reductase subunit beta  77.6 
 
 
320 aa  520  1e-146  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.664044  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3497  ribonucleotide-diphosphate reductase subunit beta  76.97 
 
 
324 aa  513  1e-144  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal  0.739812 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3792  ribonucleotide-diphosphate reductase subunit beta  75.95 
 
 
324 aa  507  1e-142  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_0099  Ribonucleoside-diphosphate reductase  73.5 
 
 
326 aa  506  1e-142  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.0986719  normal 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_3288  Ribonucleoside-diphosphate reductase  73.82 
 
 
334 aa  502  1e-141  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004311  BRA0317  ribonucleotide-diphosphate reductase subunit beta  76.9 
 
 
329 aa  502  1e-141  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.131783  n/a   
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0293  ribonucleotide-diphosphate reductase subunit beta  76.9 
 
 
329 aa  502  1e-141  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.078094  n/a   
 
 
-
 
NC_008541  Arth_2355  ribonucleotide-diphosphate reductase subunit beta  72.87 
 
 
324 aa  499  1e-140  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.601358  n/a   
 
 
-
 
NC_011981  Avi_7388  ribonucleotide-diphosphate reductase subunit beta  76.11 
 
 
329 aa  500  1e-140  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_2955  ribonucleotide-diphosphate reductase subunit beta  75.79 
 
 
328 aa  500  1e-140  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.158731  n/a   
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_2950  Ribonucleoside-diphosphate reductase  73.82 
 
 
334 aa  500  1e-140  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  0.581311  n/a   
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_2060  ribonucleotide-diphosphate reductase subunit beta  72.5 
 
 
324 aa  494  1e-139  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  normal  0.120139 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_2116  ribonucleotide-diphosphate reductase subunit beta  72.56 
 
 
324 aa  497  1e-139  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000335276 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_4286  ribonucleotide-diphosphate reductase subunit beta  72.5 
 
 
320 aa  494  1e-138  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.439345  normal  0.34158 
 
 
-
 
NC_013174  Jden_1751  Ribonucleoside-diphosphate reductase  72.87 
 
 
325 aa  493  1e-138  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  normal  0.179063 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1011  Ribonucleoside-diphosphate reductase  73.9 
 
 
320 aa  493  1e-138  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.122217  n/a   
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_1828  ribonucleotide-diphosphate reductase subunit beta  71.88 
 
 
320 aa  488  1e-137  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.162152  n/a   
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_13064  ribonucleotide-diphosphate reductase subunit beta  71.29 
 
 
324 aa  490  1e-137  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  normal  0.0902042 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_0450  Ribonucleoside-diphosphate reductase  71.29 
 
 
326 aa  487  1e-137  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_1809  ribonucleotide-diphosphate reductase subunit beta  71.88 
 
 
320 aa  488  1e-137  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.152491  normal 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_10210  ribonucleoside-diphosphate reductase class Ib beta subunit  71.61 
 
 
325 aa  490  1e-137  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_0806  ribonucleotide-diphosphate reductase subunit beta  70.35 
 
 
323 aa  489  1e-137  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_1875  ribonucleotide-diphosphate reductase subunit beta  71.88 
 
 
320 aa  488  1e-137  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.114805  normal 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0380  ribonucleotide-diphosphate reductase subunit beta  72.56 
 
 
326 aa  489  1e-137  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011879  Achl_4465  Ribonucleoside-diphosphate reductase  70.22 
 
 
326 aa  481  1e-135  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00395797 
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0358  ribonucleotide-diphosphate reductase subunit beta  71.07 
 
 
324 aa  483  1e-135  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_2436  Ribonucleoside-diphosphate reductase  69.72 
 
 
326 aa  478  1e-134  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  0.788989  n/a   
 
 
-
 
NC_010816  BLD_1464  ribonucleotide-diphosphate reductase subunit beta  70.03 
 
 
330 aa  479  1e-134  Bifidobacterium longum DJO10A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008687  Pden_4378  ribonucleotide-diphosphate reductase subunit beta  72.38 
 
 
329 aa  477  1e-133  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.677637  normal  0.592545 
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_10500  ribonucleoside-diphosphate reductase class Ib beta subunit  70.06 
 
 
323 aa  469  1e-131  Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  normal  0.0262275  n/a   
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_24870  ribonucleoside-diphosphate reductase class Ib beta subunit  69.3 
 
 
322 aa  467  1e-130  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  0.375933  n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_0518  ribonucleotide-diphosphate reductase subunit beta  71.25 
 
 
338 aa  467  1e-130  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.187407  normal  0.381518 
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_12012  ribonucleotide-diphosphate reductase subunit beta  64.67 
 
 
322 aa  439  1e-122  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013721  HMPREF0424_0176  ribonucleoside-diphosphate reductase, beta subunit  57.59 
 
 
359 aa  385  1e-106  Gardnerella vaginalis 409-05  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_28100  ribonucleotide-diphosphate reductase subunit beta  59.05 
 
 
341 aa  368  1e-101  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007633  MCAP_0099  ribonucleotide-diphosphate reductase subunit beta  53.18 
 
 
339 aa  361  1e-98  Mycoplasma capricolum subsp. capricolum ATCC 27343  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006055  Mfl530  ribonucleotide-diphosphate reductase subunit beta  52.22 
 
 
340 aa  356  3e-97  Mesoplasma florum L1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004116  SAG0418  ribonucleotide-diphosphate reductase subunit beta  51.27 
 
 
336 aa  349  4e-95  Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria  normal  0.0752953  n/a   
 
 
-
 
NC_008528  OEOE_0141  ribonucleotide-diphosphate reductase subunit beta  50.47 
 
 
337 aa  328  7e-89  Oenococcus oeni PSU-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008532  STER_1249  ribonucleotide-diphosphate reductase subunit beta  48.72 
 
 
320 aa  321  1e-86  Streptococcus thermophilus LMD-9  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004116  SAG0818  ribonucleotide-diphosphate reductase subunit beta  48.72 
 
 
319 aa  321  1e-86  Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008531  LEUM_0256  ribonucleotide-diphosphate reductase subunit beta  50.48 
 
 
325 aa  320  3e-86  Leuconostoc mesenteroides subsp. mesenteroides ATCC 8293  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008527  LACR_1060  ribonucleotide-diphosphate reductase subunit beta  48.4 
 
 
325 aa  310  2e-83  Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_0322  ribonucleotide-diphosphate reductase subunit beta  47.8 
 
 
339 aa  306  3e-82  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_1076  ribonucleotide-diphosphate reductase subunit beta  41.18 
 
 
322 aa  243  3e-63  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_1270  ribonucleotide-diphosphate reductase subunit beta  40.87 
 
 
322 aa  243  3e-63  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.11179  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A1406  ribonucleotide-diphosphate reductase subunit beta  41.18 
 
 
322 aa  243  3e-63  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  0.357607  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK1244  ribonucleotide-diphosphate reductase subunit beta  40.87 
 
 
322 aa  241  9e-63  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_1471  ribonucleotide-diphosphate reductase subunit beta  40.87 
 
 
322 aa  241  1e-62  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  0.825176  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_1444  ribonucleotide-diphosphate reductase subunit beta  40.87 
 
 
322 aa  241  1e-62  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  2.1457e-06 
 
 
-
 
NC_005945  BAS1270  ribonucleotide-diphosphate reductase subunit beta  40.87 
 
 
322 aa  241  1e-62  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B3937  ribonucleotide-diphosphate reductase subunit beta  40.87 
 
 
322 aa  241  1e-62  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  normal  0.216527 
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_1242  ribonucleotide-diphosphate reductase subunit beta  40.87 
 
 
322 aa  241  1e-62  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  0.469599  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_1372  ribonucleotide-diphosphate reductase subunit beta  40.87 
 
 
322 aa  241  1e-62  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014213  Mesil_3232  hypothetical protein  40.62 
 
 
323 aa  232  8e-60  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.259813  normal 
 
 
-
 
NC_014213  Mesil_3416  hypothetical protein  40.62 
 
 
323 aa  232  8e-60  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.0962028  normal  0.690578 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_0968  ribonucleoside-diphosphate reductase  39.44 
 
 
429 aa  231  2e-59  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_1775  ribonucleotide-diphosphate reductase subunit beta  36.7 
 
 
319 aa  212  8e-54  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  0.0127237  normal 
 
 
-
 
NC_013515  Smon_0542  Ribonucleoside-diphosphate reductase  37.19 
 
 
333 aa  207  2e-52  Streptobacillus moniliformis DSM 12112  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_002976  SERP0398  ribonucleotide-diphosphate reductase subunit beta  37.35 
 
 
322 aa  203  3e-51  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  0.804906  n/a   
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_2764  Ribonucleoside-diphosphate reductase  36.5 
 
 
331 aa  198  9e-50  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_0756  ribonucleotide-diphosphate reductase subunit beta  36.34 
 
 
323 aa  193  4e-48  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_0773  ribonucleotide-diphosphate reductase subunit beta  36.34 
 
 
323 aa  193  4e-48  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  0.443728  n/a   
 
 
-
 
NC_002976  SERP1510  ribonucleotide-diphosphate reductase subunit beta  34.15 
 
 
340 aa  184  2e-45  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  0.0531925  n/a   
 
 
-
 
NC_008530  LGAS_1705  ribonucleotide-diphosphate reductase subunit beta  30 
 
 
320 aa  165  8e-40  Lactobacillus gasseri ATCC 33323  Bacteria  normal  hitchhiker  1.40789e-08 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A1511  ribonucleoside-diphosphate reductase, beta subunit  40.93 
 
 
193 aa  146  4e-34  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  0.307825  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A1513  ribonucleoside-diphosphate reductase, subunit beta  40.15 
 
 
133 aa  100  2e-20  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_3222  ribonucleoside-diphosphate reductase  24.69 
 
 
342 aa  92.4  8e-18  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013171  Apre_1696  ribonucleotide-diphosphate reductase subunit beta  27.09 
 
 
352 aa  92.4  9e-18  Anaerococcus prevotii DSM 20548  Bacteria  normal  0.371216  n/a   
 
 
-
 
NC_002967  TDE0335  ribonucleotide-diphosphate reductase subunit beta  24.17 
 
 
351 aa  87.8  2e-16  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  normal  0.0893767  n/a   
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_0049  Ribonucleoside-diphosphate reductase  24.92 
 
 
340 aa  87.4  3e-16  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_02898  ribonucleotide-diphosphate reductase subunit beta  24.1 
 
 
347 aa  84.3  2e-15  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_2670  ribonucleotide-diphosphate reductase subunit beta  25.41 
 
 
344 aa  84.3  2e-15  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_4366  Ribonucleoside-diphosphate reductase  22.96 
 
 
355 aa  85.1  2e-15  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  0.575303  normal  0.0550239 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_4305  Ribonucleoside-diphosphate reductase  22.96 
 
 
344 aa  84  3e-15  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_2355  ribonucleotide-diphosphate reductase subunit beta  25.41 
 
 
344 aa  83.6  4e-15  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012039  Cla_1511  ribonucleotide-diphosphate reductase subunit beta  29.35 
 
 
340 aa  82  1e-14  Campylobacter lari RM2100  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A0874  ribonucleotide-diphosphate reductase subunit beta  25.86 
 
 
389 aa  82  1e-14  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  0.0530209  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_1700  Ribonucleoside-diphosphate reductase  23.16 
 
 
346 aa  81.3  2e-14  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_5334  Ribonucleoside-diphosphate reductase  22.91 
 
 
355 aa  80.5  3e-14  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>