More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Cla_0057 on replicon NC_012039
Organism: Campylobacter lari RM2100



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_003912  CJE_tRNA-Ala-4  tRNA-Ala  100 
 
 
76 bp  145  2e-33  Campylobacter jejuni RM1221  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012039  Cla_0057  tRNA-Ala  100 
 
 
73 bp  145  2e-33  Campylobacter lari RM2100  Bacteria  hitchhiker  1.21136e-10  n/a   
 
 
-
 
NC_009707  JJD26997_2090  tRNA-Ala  100 
 
 
76 bp  145  2e-33  Campylobacter jejuni subsp. doylei 269.97  Bacteria  normal  0.864431  n/a   
 
 
-
 
NC_008787  CJJ81176_1766  tRNA-Ala  98.63 
 
 
76 bp  137  4e-31  Campylobacter jejuni subsp. jejuni 81-176  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_R0071  tRNA-Ala  90.41 
 
 
76 bp  89.7  8e-17  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  unclonable  1.97346e-11  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_R0114  tRNA-Ala  90.41 
 
 
76 bp  89.7  8e-17  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  unclonable  8.37994e-09  normal  0.210709 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_R0069  tRNA-Ala  90.41 
 
 
76 bp  89.7  8e-17  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_R0085  tRNA-Ala  90.41 
 
 
76 bp  89.7  8e-17  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  hitchhiker  0.000688408  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_R0023  tRNA-Ala  90.41 
 
 
76 bp  89.7  8e-17  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  normal  0.0142272 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_R0103  tRNA-Ala  90.41 
 
 
76 bp  89.7  8e-17  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.0320244  normal  0.194371 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_R0037  tRNA-Ala  90.41 
 
 
76 bp  89.7  8e-17  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  hitchhiker  4.12611e-07  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_R0035  tRNA-Ala  90.41 
 
 
76 bp  89.7  8e-17  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  unclonable  2.25526e-09  normal  0.205533 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_R0047  tRNA-Ala  90.41 
 
 
76 bp  89.7  8e-17  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.119582  normal  0.2002 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_R0048  tRNA-Ala  90.41 
 
 
76 bp  89.7  8e-17  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  hitchhiker  0.00170622  normal 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_R0040  tRNA-Ala  90.41 
 
 
76 bp  89.7  8e-17  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  unclonable  9.74841e-10  normal  0.888378 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_R0076  tRNA-Ala  92.98 
 
 
76 bp  81.8  2e-14  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.0810771  normal  0.223627 
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_R0045  tRNA-Ala  94.23 
 
 
76 bp  79.8  8e-14  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_R0030  tRNA-Ala  91.38 
 
 
76 bp  75.8  1e-12  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  decreased coverage  4.91237e-14  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_R0044  tRNA-Ala  91.38 
 
 
76 bp  75.8  1e-12  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  decreased coverage  2.37327e-06  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_R0036  tRNA-Ala  87.67 
 
 
76 bp  73.8  5e-12  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.274154  normal 
 
 
-
 
NC_013170  Ccur_04600  tRNA-Ala  87.67 
 
 
76 bp  73.8  5e-12  Cryptobacterium curtum DSM 15641  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_R0041  tRNA-Ala  87.67 
 
 
76 bp  73.8  5e-12  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002620  tRNA-Ala-1  tRNA-Ala  86.3 
 
 
73 bp  65.9  1e-09  Chlamydia muridarum Nigg  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010655  Amuc_R0057  tRNA-Ala  100 
 
 
76 bp  58  3e-07  Akkermansia muciniphila ATCC BAA-835  Bacteria  normal  0.117051  hitchhiker  0.00489854 
 
 
-
 
NC_013165  Shel_08330  tRNA-Ala  84.93 
 
 
76 bp  58  3e-07  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  normal  0.0848374 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_R0065  tRNA-Ala  84.93 
 
 
76 bp  58  3e-07  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  normal  0.485715 
 
 
-
 
NC_013204  Elen_R0048  tRNA-Ala  84.93 
 
 
76 bp  58  3e-07  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  normal  0.152542 
 
 
-
 
NC_013204  Elen_R0002  tRNA-Ala  100 
 
 
76 bp  50.1  7e-05  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000555494 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_R0120  tRNA-Ala  83.56 
 
 
73 bp  50.1  7e-05  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013170  Ccur_00080  tRNA-Ala  100 
 
 
76 bp  50.1  7e-05  Cryptobacterium curtum DSM 15641  Bacteria  hitchhiker  9.07858e-06  normal 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_2834  tRNA-Ala  85.96 
 
 
76 bp  50.1  7e-05  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  unclonable  1.18902e-05  n/a   
 
 
-
 
NC_013165  Shel_28340  tRNA-Ala  100 
 
 
76 bp  50.1  7e-05  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  normal  0.146579 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_R0013  tRNA-Ala  88.64 
 
 
73 bp  48.1  0.0003  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.466573  normal  0.290235 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_01010  tRNA-Ala  85.71 
 
 
73 bp  48.1  0.0003  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_rna086  tRNA-Ala  85.71 
 
 
76 bp  48.1  0.0003  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  hitchhiker  7.72007e-06  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_R0032  tRNA-Ala  96.3 
 
 
76 bp  46.1  0.001  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.244606  normal 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_R0068  tRNA-Ala  96.3 
 
 
76 bp  46.1  0.001  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.0841557  hitchhiker  0.0022549 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_R0057  tRNA-Ala  96.3 
 
 
76 bp  46.1  0.001  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  hitchhiker  0.0056753  normal 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_R0046  tRNA-Ala  96.3 
 
 
76 bp  46.1  0.001  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.10564  normal 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_R0010  tRNA-Ala  96.3 
 
 
76 bp  46.1  0.001  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.081559  normal  0.0343248 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_R0015  tRNA-Ala  96.3 
 
 
76 bp  46.1  0.001  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.143157  hitchhiker  0.00508793 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_R0052  tRNA-Ala  96.3 
 
 
76 bp  46.1  0.001  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.70314  n/a   
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_R0059  tRNA-Ala  96.3 
 
 
76 bp  46.1  0.001  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_R0065  tRNA-Ala  96.3 
 
 
76 bp  46.1  0.001  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_R0004  tRNA-Ala  96.3 
 
 
76 bp  46.1  0.001  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  hitchhiker  2.14056e-07  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_R0038  tRNA-Ala  96.3 
 
 
76 bp  46.1  0.001  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  normal  0.31999 
 
 
-
 
NC_009429  Rsph17025_R0050  tRNA-Ala  96.3 
 
 
76 bp  46.1  0.001  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  normal  0.326292 
 
 
-
 
NC_009429  Rsph17025_R0057  tRNA-Ala  96.3 
 
 
76 bp  46.1  0.001  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009430  Rsph17025_R0065  tRNA-Ala  96.3 
 
 
76 bp  46.1  0.001  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.195359  normal 
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_R0024  tRNA-Ala  96.3 
 
 
73 bp  46.1  0.001  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  hitchhiker  0.00249338  n/a   
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_R0048  tRNA-Ala  96.3 
 
 
73 bp  46.1  0.001  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  hitchhiker  0.00554369  n/a   
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_R0079  tRNA-Ala  96.3 
 
 
73 bp  46.1  0.001  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  normal  0.231908  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_R0091  tRNA-Ala  96.3 
 
 
76 bp  46.1  0.001  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  hitchhiker  3.87028e-05 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_R0096  tRNA-Ala  96.3 
 
 
76 bp  46.1  0.001  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000493226 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_R0047  tRNA-Ala  96.3 
 
 
76 bp  46.1  0.001  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.489079  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_R0073  tRNA-Ala  96.3 
 
 
76 bp  46.1  0.001  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  hitchhiker  3.85296e-08  hitchhiker  7.34054e-05 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_R0079  tRNA-Ala  96.3 
 
 
76 bp  46.1  0.001  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  hitchhiker  0.000582548  normal  0.0302308 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_R0062  tRNA-Ala  96.3 
 
 
76 bp  46.1  0.001  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  hitchhiker  1.93695e-05  normal  0.338495 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_R0013  tRNA-Ala  96.3 
 
 
76 bp  46.1  0.001  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.0442856  hitchhiker  0.0033866 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_R0052  tRNA-Ala  96.3 
 
 
76 bp  46.1  0.001  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  hitchhiker  4.78154e-05  hitchhiker  0.000454644 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_R0043  tRNA-Ala  96.3 
 
 
76 bp  46.1  0.001  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.0232966  normal  0.0867643 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_R0053  tRNA-Ala  96.3 
 
 
76 bp  46.1  0.001  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  hitchhiker  0.000325055  normal  0.687052 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_rna51  tRNA-Ala  96.3 
 
 
76 bp  46.1  0.001  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  decreased coverage  0.000980823  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_rna58  tRNA-Ala  96.3 
 
 
76 bp  46.1  0.001  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  hitchhiker  0.000146437  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_R0003  tRNA-Ala  96.3 
 
 
76 bp  46.1  0.001  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  hitchhiker  7.78688e-06  normal  0.0120453 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_R0008  tRNA-Ala  96.3 
 
 
76 bp  46.1  0.001  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.0425989  normal  0.0119872 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_R0084  tRNA-Ala  96.3 
 
 
76 bp  46.1  0.001  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  hitchhiker  2.45479e-05  normal  0.337418 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_R0068  tRNA-Ala  96.3 
 
 
76 bp  46.1  0.001  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  hitchhiker  4.49242e-06  hitchhiker  5.87301e-07 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_R0080  tRNA-Ala  96.3 
 
 
76 bp  46.1  0.001  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  hitchhiker  0.000119822  normal  0.781959 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_R0062  tRNA-Ala  96.3 
 
 
76 bp  46.1  0.001  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  hitchhiker  3.75232e-07  hitchhiker  8.04387e-07 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_R0067  tRNA-Ala  96.3 
 
 
76 bp  46.1  0.001  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.188044  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_R0056  tRNA-Ala  96.3 
 
 
76 bp  46.1  0.001  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.115874  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_R0003  tRNA-Ala  96.3 
 
 
76 bp  46.1  0.001  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_R0015  tRNA-Ala  96.3 
 
 
76 bp  46.1  0.001  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_R0004  tRNA-Ala  96.3 
 
 
76 bp  46.1  0.001  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  hitchhiker  1.71326e-11  hitchhiker  6.52292e-09 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_R0044  tRNA-Ala  96.3 
 
 
77 bp  46.1  0.001  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  hitchhiker  0.00327973  normal 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_R0060  tRNA-Ala  96.3 
 
 
76 bp  46.1  0.001  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  hitchhiker  5.96545e-06  normal 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_R0066  tRNA-Ala  96.3 
 
 
77 bp  46.1  0.001  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  hitchhiker  0.000348959  normal 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_R0073  tRNA-Ala  96.3 
 
 
77 bp  46.1  0.001  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  hitchhiker  2.32464e-05  normal  0.0971077 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_R0013  tRNA-Ala  96.3 
 
 
76 bp  46.1  0.001  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.332941  n/a   
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_R0077  tRNA-Ala  96.3 
 
 
76 bp  46.1  0.001  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  hitchhiker  0.000309206  normal 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_R0089  tRNA-Ala  96.3 
 
 
76 bp  46.1  0.001  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  hitchhiker  1.39487e-06  normal  0.187722 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_R0052  tRNA-Ala  96.3 
 
 
76 bp  46.1  0.001  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  hitchhiker  0.000131419  normal 
 
 
-
 
NC_003295  RS05584  tRNA-Ile  96.3 
 
 
76 bp  46.1  0.001  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  hitchhiker  0.00134136  normal  0.130887 
 
 
-
 
NC_003295  RS00330  tRNA-Ala  96.3 
 
 
76 bp  46.1  0.001  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  hitchhiker  0.00649993  normal 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_R0063  tRNA-Ala  96.3 
 
 
76 bp  46.1  0.001  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_R0057  tRNA-Ala  96.3 
 
 
76 bp  46.1  0.001  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_R0051  tRNA-Ala  96.3 
 
 
76 bp  46.1  0.001  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008528  OEOE_t0654  tRNA-Ala  96.3 
 
 
73 bp  46.1  0.001  Oenococcus oeni PSU-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008528  OEOE_t1372  tRNA-Ala  96.3 
 
 
73 bp  46.1  0.001  Oenococcus oeni PSU-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_R0077  tRNA-Ala  96.3 
 
 
76 bp  46.1  0.001  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  hitchhiker  7.53043e-05  normal 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_R0050  tRNA-Ala  96.3 
 
 
76 bp  46.1  0.001  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.112182  normal 
 
 
-
 
NC_007494  RSP_4354  tRNA-Ala  96.3 
 
 
76 bp  46.1  0.001  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.118152  n/a   
 
 
-
 
NC_007494  RSP_4349  tRNA-Ala  96.3 
 
 
76 bp  46.1  0.001  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.271842  n/a   
 
 
-
 
NC_008531  LEUM_t0020  tRNA-Ala  96.3 
 
 
73 bp  46.1  0.001  Leuconostoc mesenteroides subsp. mesenteroides ATCC 8293  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RS05733  tRNA-Ala  96.3 
 
 
76 bp  46.1  0.001  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.0746893  normal  0.61314 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_R0004  tRNA-Ala  96.3 
 
 
76 bp  46.1  0.001  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  hitchhiker  0.000188504  normal  0.758397 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_R0055  tRNA-Ala  96.3 
 
 
76 bp  46.1  0.001  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  0.0151112  normal  0.444616 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_R0062  tRNA-Ala  96.3 
 
 
76 bp  46.1  0.001  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.509078  normal 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_R0072  tRNA-Ala  96.3 
 
 
76 bp  46.1  0.001  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.0130788  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>