More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Avi_0111 on replicon NC_011989
Organism: Agrobacterium vitis S4



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_011989  Avi_0111  hypothetical protein  100 
 
 
107 aa  207  3e-53  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.452353  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_4076  hypothetical protein  87.85 
 
 
107 aa  186  1e-46  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_4396  hypothetical protein  86.92 
 
 
107 aa  184  4e-46  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_3433  hypothetical protein  83.18 
 
 
107 aa  179  9.000000000000001e-45  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_004310  BR0033  hypothetical protein  71.03 
 
 
107 aa  157  4e-38  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.0434672  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_0033  hypothetical protein  71.03 
 
 
107 aa  157  4e-38  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.124063  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0022  hypothetical protein  69.16 
 
 
107 aa  155  2e-37  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.121154  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_4056  hypothetical protein  66.36 
 
 
107 aa  147  4e-35  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.0251815  n/a   
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_1239  hypothetical protein  56.07 
 
 
108 aa  129  1.0000000000000001e-29  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2167  hypothetical protein  59.05 
 
 
106 aa  125  1.0000000000000001e-28  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.230597  normal  0.38651 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_2195  hypothetical protein  57.94 
 
 
107 aa  125  2.0000000000000002e-28  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.388148  normal 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1811  hypothetical protein  57.01 
 
 
107 aa  125  2.0000000000000002e-28  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.82325  normal  0.803316 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1860  hypothetical protein  57.94 
 
 
107 aa  125  2.0000000000000002e-28  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  decreased coverage  0.00278106  normal 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3143  hypothetical protein  57.01 
 
 
107 aa  124  3e-28  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_0275  hypothetical protein  54.21 
 
 
107 aa  124  6e-28  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.08475 
 
 
-
 
NC_010511  M446_4242  hypothetical protein  56.07 
 
 
107 aa  123  7e-28  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.744813  hitchhiker  0.0034155 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7345  hypothetical protein  59.22 
 
 
106 aa  120  8e-27  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1447  hypothetical protein  54.29 
 
 
108 aa  119  9.999999999999999e-27  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.144293  normal  0.0886096 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_4751  hypothetical protein  55.14 
 
 
107 aa  119  9.999999999999999e-27  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.10637  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1737  hypothetical protein  54.29 
 
 
108 aa  119  1.9999999999999998e-26  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.101629  normal  0.0464843 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1764  hypothetical protein  54.29 
 
 
108 aa  119  1.9999999999999998e-26  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.0408382  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5127  hypothetical protein  54.29 
 
 
108 aa  118  3e-26  Burkholderia sp. 383  Bacteria  decreased coverage  0.0017453  normal 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1850  hypothetical protein  54.29 
 
 
108 aa  118  3e-26  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.183453  normal  0.129775 
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_6253  hypothetical protein  54.29 
 
 
108 aa  118  3e-26  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.127485  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1826  hypothetical protein  54.29 
 
 
108 aa  118  3e-26  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.0387614  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0952  hypothetical protein  55.77 
 
 
108 aa  117  6e-26  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.0417166  normal 
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_2205  hypothetical protein  54.81 
 
 
108 aa  116  7.999999999999999e-26  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.0750998  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A0046  hypothetical protein  54.81 
 
 
108 aa  116  7.999999999999999e-26  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.432428  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA1360  hypothetical protein  54.81 
 
 
108 aa  116  7.999999999999999e-26  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.472442  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_2372  hypothetical protein  54.81 
 
 
108 aa  116  7.999999999999999e-26  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_2243  hypothetical protein  54.81 
 
 
108 aa  116  7.999999999999999e-26  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.0461553  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A1850  hypothetical protein  54.81 
 
 
108 aa  116  7.999999999999999e-26  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  hitchhiker  0.00325862  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_1122  hypothetical protein  54.81 
 
 
108 aa  116  7.999999999999999e-26  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.408475  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1827  hypothetical protein  55.77 
 
 
108 aa  115  9.999999999999999e-26  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.878322  normal  0.172483 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2220  hypothetical protein  54.81 
 
 
108 aa  116  9.999999999999999e-26  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.187397  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2360  hypothetical protein  55.77 
 
 
108 aa  115  9.999999999999999e-26  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0900418  normal  0.142992 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2111  hypothetical protein  54.81 
 
 
108 aa  115  1.9999999999999998e-25  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  hitchhiker  0.00197936  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2128  hypothetical protein  54.81 
 
 
108 aa  115  1.9999999999999998e-25  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.144377  normal  0.413822 
 
 
-
 
NC_002947  PP_4268  hypothetical protein  54.81 
 
 
111 aa  110  5e-24  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.0432211  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1600  hypothetical protein  54.81 
 
 
111 aa  110  5e-24  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.599296  normal  0.129358 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3833  hypothetical protein  54.81 
 
 
111 aa  110  5e-24  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.869154  normal  0.493238 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3586  hypothetical protein  54.81 
 
 
111 aa  110  9e-24  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2646  hypothetical protein  52.94 
 
 
108 aa  107  6e-23  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.108892  normal 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3645  hypothetical protein  52.94 
 
 
108 aa  106  8.000000000000001e-23  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1826  hypothetical protein  52.94 
 
 
108 aa  106  8.000000000000001e-23  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.0162529  normal 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_4847  hypothetical protein  51.43 
 
 
105 aa  106  1e-22  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.246843  normal 
 
 
-
 
NC_008309  HS_1309  hypothetical protein  50.98 
 
 
109 aa  105  2e-22  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  unclonable  0.000000000243937  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_1975  hypothetical protein  50 
 
 
108 aa  105  2e-22  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.119548 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0516  hypothetical protein  52.88 
 
 
108 aa  105  3e-22  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  normal  0.384172 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3800  hypothetical protein  51.96 
 
 
111 aa  103  6e-22  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I1086  hypothetical protein  47.52 
 
 
111 aa  103  6e-22  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_44620  hypothetical protein  51.96 
 
 
108 aa  103  6e-22  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.151408  normal  0.274128 
 
 
-
 
CP001509  ECD_00422  hypothetical protein  50 
 
 
109 aa  103  8e-22  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  decreased coverage  0.000789262  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3139  conserved hypothetical protein  50 
 
 
109 aa  103  8e-22  Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  0.000114318  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B0530  hypothetical protein  50 
 
 
109 aa  103  8e-22  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C0590  hypothetical protein  50 
 
 
109 aa  103  8e-22  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.849512  normal 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E0403  hypothetical protein  50 
 
 
109 aa  103  8e-22  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.0388761  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A0546  hypothetical protein  50 
 
 
109 aa  103  8e-22  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A0530  hypothetical protein  50 
 
 
109 aa  103  8e-22  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.560508  normal 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A0536  hypothetical protein  50 
 
 
109 aa  103  8e-22  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.529498  normal 
 
 
-
 
NC_012892  B21_00427  hypothetical protein  50 
 
 
109 aa  103  8e-22  Escherichia coli BL21  Bacteria  decreased coverage  0.000717849  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_0562  hypothetical protein  50 
 
 
109 aa  103  8e-22  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.0140124  normal 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A0548  hypothetical protein  50 
 
 
109 aa  103  8e-22  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  0.0978192  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0514  hypothetical protein  50 
 
 
109 aa  103  8e-22  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  hitchhiker  0.0066094  normal 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3145  hypothetical protein  50 
 
 
109 aa  103  8e-22  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  hitchhiker  0.000177659  normal  0.0402565 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1020  hypothetical protein  50 
 
 
109 aa  102  1e-21  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.186171  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3038  hypothetical protein  49.02 
 
 
109 aa  102  1e-21  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc1192  hypothetical protein  50.91 
 
 
115 aa  102  2e-21  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.237084  normal  0.460114 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1074  hypothetical protein  48.51 
 
 
108 aa  102  2e-21  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_19840  hypothetical protein  51.96 
 
 
108 aa  102  2e-21  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_0645  hypothetical protein  50 
 
 
107 aa  102  2e-21  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_0165  hypothetical protein  51.43 
 
 
114 aa  102  2e-21  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0509  hypothetical protein  50 
 
 
109 aa  102  2e-21  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.00428727  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2533  hypothetical protein  50.98 
 
 
108 aa  100  6e-21  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.344639  normal 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1336  valyl-tRNA synthetase  49.5 
 
 
106 aa  100  6e-21  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.0849671  normal 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1573  hypothetical protein  47.06 
 
 
108 aa  100  6e-21  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  0.0202181  hitchhiker  0.00000255943 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1400  hypothetical protein  49.04 
 
 
107 aa  100  9e-21  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.851701  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A2533  hypothetical protein  49.04 
 
 
108 aa  99.8  1e-20  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.180603  normal  0.572241 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_0231  hypothetical protein  48.51 
 
 
107 aa  99.8  1e-20  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.513324  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1128  hypothetical protein  50.91 
 
 
115 aa  99.8  1e-20  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal  0.846076 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1036  hypothetical protein  50.91 
 
 
115 aa  99.8  1e-20  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.438552  normal  0.657971 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3472  hypothetical protein  42.99 
 
 
107 aa  99.4  1e-20  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.153266  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_3877  hypothetical protein  48.6 
 
 
114 aa  100  1e-20  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.598756  normal  0.10934 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_1999  hypothetical protein  47.66 
 
 
107 aa  99.8  1e-20  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_0701  hypothetical protein  48.08 
 
 
107 aa  99  2e-20  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_0858  hypothetical protein  47.62 
 
 
106 aa  98.6  2e-20  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_0520  hypothetical protein  49.52 
 
 
114 aa  98.2  3e-20  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.149206  normal  0.329373 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A0573  hypothetical protein  48.04 
 
 
120 aa  98.6  3e-20  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.000000000610964  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2851  hypothetical protein  49.02 
 
 
109 aa  98.2  3e-20  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  unclonable  0.0000000248364  hitchhiker  0.000000268908 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0620  hypothetical protein  53.19 
 
 
106 aa  98.2  3e-20  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.961902  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1311  hypothetical protein  50 
 
 
109 aa  98.2  3e-20  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  decreased coverage  0.0000397187  normal  0.0452389 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_03086  hypothetical protein  48.04 
 
 
109 aa  97.8  4e-20  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0951  hypothetical protein  48 
 
 
110 aa  97.8  4e-20  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.0862598  normal 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_0649  conserved hypothetical protein DUF149  50.48 
 
 
114 aa  97.8  4e-20  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.0145182  normal 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_2910  hypothetical protein  42.99 
 
 
107 aa  97.8  4e-20  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  normal  0.0427625 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2366  hypothetical protein  49.52 
 
 
114 aa  97.8  5e-20  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.242324  normal  0.408866 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0711  hypothetical protein  49.52 
 
 
114 aa  97.8  5e-20  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1509  hypothetical protein  47.12 
 
 
107 aa  97.4  5e-20  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.0528919  normal  0.482179 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_0770  hypothetical protein  50.96 
 
 
108 aa  97.4  6e-20  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  0.602979  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2234  hypothetical protein  50 
 
 
109 aa  97.4  6e-20  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  decreased coverage  0.0000000846885  hitchhiker  0.000165912 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>