24 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene AFE_0074 on replicon NC_011761
Organism: Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_011761  AFE_0074  chain length determinant family protein  100 
 
 
336 aa  684  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_0076  lipopolysaccharide biosynthesis protein  100 
 
 
274 aa  549  1e-155  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.853299  normal 
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_1768  lipopolysaccharide biosynthesis protein  21.68 
 
 
297 aa  65.1  1e-09  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008553  Mthe_0945  lipopolysaccharide biosynthesis  23.02 
 
 
280 aa  62  1e-08  Methanosaeta thermophila PT  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009714  CHAB381_0419  chain length determinant protein  21.69 
 
 
370 aa  56.2  7e-07  Campylobacter hominis ATCC BAA-381  Bacteria  normal  0.554474  n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1354  lipopolysaccharide biosynthesis protein  26.29 
 
 
463 aa  51.6  2e-05  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4053  exopolysaccharide transport protein family  30.36 
 
 
740 aa  49.7  7e-05  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2841  lipopolysaccharide biosynthesis  23.72 
 
 
326 aa  49.3  9e-05  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.500509  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0507  exopolysaccharide transporter  29.46 
 
 
740 aa  48.9  0.0001  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1317  lipopolysaccharide biosynthesis  25.99 
 
 
328 aa  48.5  0.0002  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  normal  0.0310451 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1571  lipopolysaccharide biosynthesis protein  36.07 
 
 
371 aa  46.6  0.0006  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.647884  normal 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3033  lipopolysaccharide biosynthesis protein  24.29 
 
 
320 aa  46.6  0.0007  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.725553  normal  0.307874 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1384  lipopolysaccharide biosynthesis  25.28 
 
 
324 aa  45.4  0.001  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  decreased coverage  0.00868672 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_2366  lipopolysaccharide biosynthesis  26.47 
 
 
518 aa  45.4  0.001  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_3012  lipopolysaccharide biosynthesis  38.67 
 
 
797 aa  45.8  0.001  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_22900  lipopolysaccharide biosynthesis protein  22.93 
 
 
278 aa  45.4  0.001  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_1126  capsular exopolysaccharide family  32.14 
 
 
790 aa  45.1  0.002  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.0796389  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_00199  chain length determinant protein  39.66 
 
 
283 aa  44.7  0.002  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.971806  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0278  O-antigen length determinant protein  27.07 
 
 
325 aa  45.1  0.002  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_4429  capsular exopolysaccharide family  32.47 
 
 
747 aa  44.3  0.003  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_3191  chain length determinant protein  25.84 
 
 
329 aa  44.7  0.003  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2541  lipopolysaccharide biosynthesis  26.4 
 
 
329 aa  43.9  0.004  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_1497  protein-tyrosine kinase  37.1 
 
 
753 aa  43.9  0.004  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.764592  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0795  lipopolysaccharide biosynthesis protein  22.62 
 
 
315 aa  43.5  0.006  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.851329  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>