67 decreased-coverage genes were found for selected organism/s



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Locus tag

Gene type

Replicon accession

From

To

Strand

Gene Length

Product

Protein accession

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Organism name

Kingdom

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
Cyan7425_0199  CDS  NC_011884  1922  3046  1125  DNA polymerase III subunit beta  YP_002480956  decreased coverage  5.79402e-05  normal  0.0770055  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria 
 
 
-
 
Cyan7425_0200  CDS  NC_011884  3553  3723  171  hypothetical protein  YP_002480957  decreased coverage  7.73522e-05  normal  0.0971203  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria 
 
 
-
 
Cyan7425_0218  CDS  NC_011884  23982  25040  1059  photosystem II D2 protein (photosystem q(a) protein)  YP_002480975  decreased coverage  0.00749598  normal  0.140739  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria 
 
 
-
 
Cyan7425_0219  CDS  NC_011884  25084  25215  132  hypothetical protein  YP_002480976  decreased coverage  0.00519278  normal  0.244302  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria 
 
 
-
 
Cyan7425_0266  CDS  NC_011884  68344  69024  681  protein of unknown function DUF820  YP_002481022  unclonable  1.32368e-06  decreased coverage  0.00423088  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria 
 
 
-
 
Cyan7425_0267  CDS  NC_011884  69017  71641  2625  Radical SAM domain protein  YP_002481023  hitchhiker  0.00148371  decreased coverage  0.00763103  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria 
 
 
-
 
Cyan7425_0269  CDS  NC_011884  73078  74022  945  metallophosphoesterase  YP_002481024  normal  decreased coverage  0.00378904  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria 
 
 
-
 
Cyan7425_0285  CDS  NC_011884  88623  88847  225  hypothetical protein  YP_002481040  normal  0.042498  decreased coverage  0.00235616  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria 
 
 
-
 
Cyan7425_0286  CDS  NC_011884  88844  89251  408  PilT protein domain protein  YP_002481041  normal  0.024358  decreased coverage  0.0024847  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria 
 
 
-
 
Cyan7425_0304  CDS  NC_011884  105774  106244  471  Cupin 2 conserved barrel domain protein  YP_002481059  decreased coverage  0.000378551  normal  0.964061  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria 
 
 
-
 
Cyan7425_0683  CDS  NC_011884  484980  485774  795  hypothetical protein  YP_002481432  decreased coverage  0.00242223  normal  0.861535  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria 
 
 
-
 
Cyan7425_0726  CDS  NC_011884  531742  532686  945  tocopherol phytyltransferase  YP_002481474  decreased coverage  0.00119936  normal  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria 
 
 
-
 
Cyan7425_0823  CDS  NC_011884  641717  643453  1737  S-layer domain protein  YP_002481570  decreased coverage  0.000211926  normal  0.0522919  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria 
 
 
-
 
Cyan7425_0861  CDS  NC_011884  682304  683836  1533  photosystem II chlorophyll-binding protein CP47  YP_002481608  unclonable  3.6456e-06  decreased coverage  1.14007e-06  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria 
 
 
-
 
Cyan7425_0862  CDS  NC_011884  683860  683958  99  photosystem II protein PsbT  YP_002481609  hitchhiker  2.1345e-06  decreased coverage  6.08715e-07  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria 
 
 
-
 
Cyan7425_0863  CDS  NC_011884  684048  684614  567  protein of unknown function DUF820  YP_002481610  hitchhiker  7.68463e-06  decreased coverage  7.90424e-07  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria 
 
 
-
 
Cyan7425_0867  CDS  NC_011884  687218  688294  1077  hypothetical protein  YP_002481614  normal  0.0114325  decreased coverage  1.07263e-06  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria 
 
 
-
 
Cyan7425_0868  CDS  NC_011884  688335  689762  1428  hypothetical protein  YP_002481615  normal  0.11828  decreased coverage  1.26503e-06  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria 
 
 
-
 
Cyan7425_0869  CDS  NC_011884  690037  690405  369  hypothetical protein  YP_002481616  normal  0.795518  decreased coverage  7.43542e-07  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria 
 
 
-
 
Cyan7425_0870  CDS  NC_011884  690445  691716  1272  carbohydrate kinase FGGY  YP_002481617  normal  0.781691  decreased coverage  9.74771e-07  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria 
 
 
-
 
Cyan7425_0871  CDS  NC_011884  691780  692649  870  2OG-Fe(II) oxygenase  YP_002481618  normal  0.896564  decreased coverage  8.77808e-07  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria 
 
 
-
 
Cyan7425_0872  CDS  NC_011884  692695  693360  666  hypothetical protein  YP_002481619  normal  decreased coverage  7.76676e-07  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria 
 
 
-
 
Cyan7425_0962  CDS  NC_011884  776322  776792  471  Glyoxalase/bleomycin resistance protein/dioxygenase  YP_002481709  decreased coverage  8.36604e-05  normal  0.847657  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria 
 
 
-
 
Cyan7425_0997  CDS  NC_011884  808868  810607  1740  MscS Mechanosensitive ion channel  YP_002481744  decreased coverage  0.00010123  normal  0.396482  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria 
 
 
-
 
Cyan7425_1292  CDS  NC_011884  1128592  1129230  639  50S ribosomal protein L3  YP_002482030  decreased coverage  1.67398e-05  normal  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria 
 
 
-
 
Cyan7425_1293  CDS  NC_011884  1129278  1129910  633  50S ribosomal protein L4  YP_002482031  decreased coverage  2.05733e-05  normal  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria 
 
 
-
 
Cyan7425_1417  CDS  NC_011884  1251081  1251863  783  hypothetical protein  YP_002482151  decreased coverage  1.87337e-05  normal  0.120144  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria 
 
 
-
 
Cyan7425_1557  CDS  NC_011884  1401979  1402188  210  hypothetical protein  YP_002482288  decreased coverage  5.74457e-06  normal  0.138658  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria 
 
 
-
 
Cyan7425_1573  CDS  NC_011884  1418682  1419674  993  beta-lactamase domain protein  YP_002482304  hitchhiker  0.000229166  decreased coverage  8.04561e-07  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria 
 
 
-
 
Cyan7425_1574  CDS  NC_011884  1419661  1420362  702  hypothetical protein  YP_002482305  hitchhiker  0.000166386  decreased coverage  4.0639e-06  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria 
 
 
-
 
Cyan7425_1575  CDS  NC_011884  1420359  1422413  2055  histidine kinase  YP_002482306  unclonable  4.14678e-05  decreased coverage  7.4807e-06  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria 
 
 
-
 
Cyan7425_1633  CDS  NC_011884  1479476  1480552  1077  Tetratricopeptide TPR_2 repeat protein  YP_002482364  decreased coverage  0.000383939  normal  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria 
 
 
-
 
Cyan7425_1718  CDS  NC_011884  1559400  1559942  543  hypothetical protein  YP_002482448  decreased coverage  9.82119e-06  decreased coverage  0.000366218  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria 
 
 
-
 
Cyan7425_1719  CDS  NC_011884  1559939  1560241  303  hypothetical protein  YP_002482449  decreased coverage  4.80135e-06  decreased coverage  0.000335514  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria 
 
 
-
 
Cyan7425_1720  CDS  NC_011884  1560264  1560896  633  protein of unknown function DUF820  YP_002482450  decreased coverage  9.27877e-06  decreased coverage  0.000371214  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria 
 
 
-
 
Cyan7425_1922  CDS  NC_011884  1806255  1806881  627  cation efflux protein  YP_002482648  decreased coverage  0.00533628  normal  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria 
 
 
-
 
Cyan7425_2052  CDS  NC_011884  1949602  1950264  663  HEAT domain containing protein  YP_002482776  decreased coverage  0.00216724  normal  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria 
 
 
-
 
Cyan7425_2053  CDS  NC_011884  1950394  1951194  801  transposase IS4 family protein  YP_002482777  decreased coverage  0.00218403  normal  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria 
 
 
-
 
Cyan7425_2071  CDS  NC_011884  1964178  1965605  1428  isocitrate dehydrogenase  YP_002482795  decreased coverage  0.00869667  normal  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria 
 
 
-
 
Cyan7425_2477  CDS  NC_011884  2438912  2439712  801  hypothetical protein  YP_002483195  decreased coverage  7.53465e-05  normal  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria 
 
 
-
 
Cyan7425_2478  CDS  NC_011884  2439799  2440224  426  hypothetical protein  YP_002483196  decreased coverage  0.000189175  normal  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria 
 
 
-
 
Cyan7425_2479  CDS  NC_011884  2440573  2441910  1338  hypothetical protein  YP_002483197  decreased coverage  0.000256372  normal  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria 
 
 
-
 
Cyan7425_2830    NC_011884  2784102  2786399  2298      decreased coverage  0.00371108  normal  0.14637  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria 
 
 
-
 
Cyan7425_2866  CDS  NC_011884  2814084  2814833  750  cadmium resistance transporter  YP_002483570  decreased coverage  0.000609266  normal  0.401663  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria 
 
 
-
 
Cyan7425_2867  CDS  NC_011884  2814848  2815516  669  protein of unknown function DUF1003  YP_002483571  decreased coverage  9.97014e-05  normal  0.550165  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria 
 
 
-
 
Cyan7425_2868  CDS  NC_011884  2815635  2815985  351  hypothetical protein  YP_002483572  decreased coverage  0.000291875  normal  0.510959  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria 
 
 
-
 
Cyan7425_2869  CDS  NC_011884  2816033  2816668  636  putative transcriptional regulator, Crp/Fnr family  YP_002483573  decreased coverage  0.00060408  normal  0.537416  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria 
 
 
-
 
Cyan7425_2870  CDS  NC_011884  2817054  2818457  1404  hypothetical protein  YP_002483574  decreased coverage  0.00286473  normal  0.880072  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria 
 
 
-
 
Cyan7425_2959  CDS  NC_011884  2921000  2921416  417  hypothetical protein  YP_002483660  decreased coverage  8.36604e-05  normal  0.603603  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria 
 
 
-
 
Cyan7425_2999  CDS  NC_011884  2969083  2971500  2418  heavy metal translocating P-type ATPase  YP_002483695  decreased coverage  0.000764735  normal  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria 
 
 
-
 
Cyan7425_3030  CDS  NC_011884  3003118  3003747  630  hypothetical protein  YP_002483725  decreased coverage  0.0065909  normal  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria 
 
 
-
 
Cyan7425_3117  CDS  NC_011884  3094490  3095764  1275  exodeoxyribonuclease VII large subunit  YP_002483806  decreased coverage  9.75107e-05  normal  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria 
 
 
-
 
Cyan7425_3171  CDS  NC_011884  3142681  3143157  477  hypothetical protein  YP_002483860  decreased coverage  0.0090179  normal  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria 
 
 
-
 
Cyan7425_3364  CDS  NC_011884  3322064  3322978  915  extracellular solute-binding protein family 3  YP_002484049  decreased coverage  2.15614e-05  normal  0.253419  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria 
 
 
-
 
Cyan7425_3365  CDS  NC_011884  3323250  3323489  240  hypothetical protein  YP_002484050  decreased coverage  3.93685e-05  normal  0.448712  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria 
 
 
-
 
Cyan7425_3366  CDS  NC_011884  3323618  3323788  171  hypothetical protein  YP_002484051  decreased coverage  3.76608e-05  normal  0.613275  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria 
 
 
-
 
Cyan7425_3508  CDS  NC_011884  3459338  3460399  1062  extracellular solute-binding protein family 1  YP_002484191  decreased coverage  0.00278562  normal  0.288833  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria 
 
 
-
 
Cyan7425_3518  CDS  NC_011884  3468066  3468839  774  hypothetical protein  YP_002484201  decreased coverage  0.000832658  normal  0.16619  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria 
 
 
-
 
Cyan7425_3605  CDS  NC_011884  3572892  3573926  1035  hypothetical protein  YP_002484286  decreased coverage  0.00509326  normal  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria 
 
 
-
 
Cyan7425_4401  CDS  NC_011884  4468254  4468718  465  hypothetical protein  YP_002485072  decreased coverage  7.68463e-06  normal  0.722227  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria 
 
 
-
 
Cyan7425_4603  CDS  NC_011884  4683286  4683468  183  hypothetical protein  YP_002485272  decreased coverage  0.00669891  normal  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria 
 
 
-
 
Cyan7425_4847  CDS  NC_011884  4930150  4931385  1236  hypothetical protein  YP_002485511  decreased coverage  4.22341e-05  normal  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria 
 
 
-
 
Cyan7425_4934  CDS  NC_011884  5016855  5017625  771  diguanylate phosphodiesterase  YP_002485594  decreased coverage  0.000539515  normal  0.673945  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria 
 
 
-
 
Cyan7425_5121  CDS  NC_011884  5211831  5213540  1710  hypothetical protein  YP_002485775  decreased coverage  0.00799085  normal  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria 
 
 
-
 
Cyan7425_5259  CDS  NC_011884  5366795  5367175  381  transposase  YP_002485911  decreased coverage  0.00757713  normal  0.158269  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria 
 
 
-
 
Cyan7425_R0033  tRNA  NC_011884  3003842  3003915  74  tRNA-Pro    decreased coverage  0.00710383  normal  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria 
 
 
-
 
Cyan7425_R0043  rRNA  NC_011884  3514204  3515677  1474  16S ribosomal RNA    decreased coverage  0.000929778  normal  0.482316  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>