16 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene YpsIP31758_B0012 on replicon NC_009705
Organism: Yersinia pseudotuberculosis IP 31758



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_009705  YpsIP31758_B0012  type IV pilus biogenesis protein PilM  100 
 
 
152 aa  313  7e-85  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_59360  type IV B pilus protein  29.86 
 
 
145 aa  75.9  0.0000000000002  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  hitchhiker  0.00299315  hitchhiker  0.00000000000125357 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1509  PilM protein, putative  22.22 
 
 
146 aa  66.2  0.0000000002  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4479  type IV B pilus protein  31.4 
 
 
145 aa  65.5  0.0000000003  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009788  EcE24377A_D0052  PilM protein  28.38 
 
 
145 aa  55.5  0.0000002  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.245943  n/a   
 
 
-
 
NC_011081  SeHA_A0118  PilM protein  28.38 
 
 
145 aa  55.5  0.0000002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_004632  PSPTO_B0007  PilM protein, putative  20.14 
 
 
146 aa  51.2  0.000005  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.390397  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II0775  hypothetical protein  26.19 
 
 
159 aa  50.4  0.000009  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.779047  n/a   
 
 
-
 
NC_007950  Bpro_5444  PilM protein, putative  26.96 
 
 
148 aa  48.9  0.00002  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.0338248  normal  0.111722 
 
 
-
 
NC_007949  Bpro_5247  hypothetical protein  28.7 
 
 
148 aa  48.5  0.00003  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.180104  normal 
 
 
-
 
NC_006349  BMAA1604  putative PilM  23.15 
 
 
159 aa  44.7  0.0004  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  decreased coverage  0.000242802  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A0650  hypothetical protein  23.15 
 
 
159 aa  44.7  0.0004  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_1985  putative PilM  23.15 
 
 
159 aa  44.7  0.0004  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A2251  putative type IV pilus protein  23.15 
 
 
159 aa  44.7  0.0004  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A2167  putative type IV pilus protein  23.15 
 
 
159 aa  44.7  0.0004  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  decreased coverage  0.00337132  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A0664  putative PilM  23.15 
 
 
159 aa  44.7  0.0004  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>