15 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene PSPTO_B0007 on replicon NC_004632
Organism: Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_004632  PSPTO_B0007  PilM protein, putative  100 
 
 		 146 aa  295  1e-79  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.390397  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1509  PilM protein, putative  88.36 
 
 		 146 aa  255  1e-67  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_59360  type IV B pilus protein  30.14 
 
 		 145 aa  79.3  0.00000000000002  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  hitchhiker  0.00299315  hitchhiker  0.00000000000125357 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4479  type IV B pilus protein  34.13 
 
 		 145 aa  77.4  0.00000000000006  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007950  Bpro_5444  PilM protein, putative  28.57 
 
 		 148 aa  55.5  0.0000002  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.0338248  normal  0.111722 
 
 
-
 
NC_007949  Bpro_5247  hypothetical protein  27.59 
 
 		 148 aa  53.9  0.0000007  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.180104  normal  1 
 
 
-
 
NC_009705  YpsIP31758_B0012  type IV pilus biogenesis protein PilM  20.14 
 
 		 152 aa  51.2  0.000004  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II0775  hypothetical protein  28.89 
 
 		 159 aa  41.2  0.005  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.779047  n/a   
 
 
-
 
NC_009788  EcE24377A_D0052  PilM protein  25.52 
 
 		 145 aa  40.8  0.005  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.245943  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA1604  putative PilM  31.19 
 
 		 159 aa  40.8  0.006  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  decreased coverage  0.000242802  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A0650  hypothetical protein  31.19 
 
 		 159 aa  40.8  0.006  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_1985  putative PilM  31.19 
 
 		 159 aa  40.8  0.006  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A2251  putative type IV pilus protein  31.19 
 
 		 159 aa  40.8  0.006  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A2167  putative type IV pilus protein  31.19 
 
 		 159 aa  40.8  0.006  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  decreased coverage  0.00337132  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A0664  putative PilM  31.19 
 
 		 159 aa  40.8  0.006  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>