22 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Sked_03660 on replicon NC_013521
Organism: Sanguibacter keddieii DSM 10542



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_013521  Sked_03660  predicted integral membrane protein  100 
 
 
162 aa  307  2.9999999999999997e-83  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1649  hypothetical protein  37.96 
 
 
156 aa  85.9  2e-16  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.863009  normal  0.614735 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1675  hypothetical protein  39.46 
 
 
160 aa  82.4  0.000000000000003  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  decreased coverage  0.00317924  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_0135  conserved hypothetical conserved membrane protein  34.03 
 
 
160 aa  80.5  0.000000000000009  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3158  hypothetical protein  37.84 
 
 
161 aa  79.3  0.00000000000002  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A2422  putative integral membrane protein  36.3 
 
 
156 aa  79  0.00000000000003  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0132  conserved hypothetical conserved membrane protein  34.72 
 
 
160 aa  78.6  0.00000000000004  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal  0.599894 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_0901  Protein of unknown function DUF2266, transmembrane  37.96 
 
 
158 aa  76.6  0.0000000000001  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_4405  hypothetical protein  32.61 
 
 
162 aa  75.1  0.0000000000003  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  normal  0.14034 
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C6883  integral membrane protein  40.97 
 
 
161 aa  68.2  0.00000000004  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.209631  normal 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1549  integral membrane protein  38.69 
 
 
161 aa  65.9  0.0000000002  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.462747  n/a   
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6280  integral membrane protein  38.69 
 
 
161 aa  65.9  0.0000000002  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.104283  normal 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_2406  hypothetical protein  38.36 
 
 
148 aa  64.3  0.0000000007  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6772  integral membrane protein  38.69 
 
 
161 aa  64.3  0.0000000007  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_3850  hypothetical protein  32.56 
 
 
178 aa  61.6  0.000000005  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.046316  normal 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_1736  integral membrane protein  34.53 
 
 
166 aa  57  0.0000001  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2207  hypothetical protein  30.97 
 
 
159 aa  54.7  0.0000005  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal  0.260587 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_3268  putative transmembrane protein  24.7 
 
 
159 aa  51.2  0.000005  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.398918  normal  0.0684452 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_2346  hypothetical protein  33.1 
 
 
154 aa  48.5  0.00004  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.262363  normal  0.01244 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1106  hypothetical protein  30.66 
 
 
159 aa  46.6  0.0002  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.0262236  normal 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_2170  Protein of unknown function DUF2266, transmembrane  29.87 
 
 
154 aa  46.2  0.0002  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.82451  hitchhiker  0.000424044 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_5269  hypothetical protein  28.24 
 
 
164 aa  44.7  0.0005  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>