248 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Sde_1473 on replicon NC_007912
Organism: Saccharophagus degradans 2-40



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007912  Sde_1473  YbhB and YbcL  100 
 
 		 149 aa  308  2e-83  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3288  flavodoxin  37.76 
 
 		 153 aa  107  4.0000000000000004e-23  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000161903 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1341  flavodoxin  38.1 
 
 		 154 aa  107  4.0000000000000004e-23  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3365  flavodoxin  39.31 
 
 		 151 aa  107  5e-23  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.294622  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0936  flavodoxin  39.31 
 
 		 151 aa  107  6e-23  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  decreased coverage  0.000373319  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2823  flavodoxin  37.41 
 
 		 154 aa  105  2e-22  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2986  flavodoxin  38.93 
 
 		 149 aa  105  3e-22  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1132  flavodoxin  38.62 
 
 		 154 aa  105  3e-22  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  0.814005 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2649  flavodoxin  36.73 
 
 		 154 aa  103  5e-22  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2716  flavodoxin  36.73 
 
 		 154 aa  103  5e-22  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004347  SO_1622  flavodoxin  36.73 
 
 		 154 aa  103  6e-22  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3795  flavodoxin  40.82 
 
 		 149 aa  102  1e-21  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00043068 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3170  flavodoxin  39.31 
 
 		 150 aa  102  1e-21  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A3440  flavodoxin  38.62 
 
 		 149 aa  102  2e-21  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3168  flavodoxin  36.73 
 
 		 154 aa  102  2e-21  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.745936  normal  1 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_1061  flavodoxin  38.62 
 
 		 149 aa  102  2e-21  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.238271  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3588  flavodoxin/nitric oxide synthase  40.28 
 
 		 148 aa  101  3e-21  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2642  flavodoxin  38.78 
 
 		 154 aa  101  3e-21  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.66337  normal  0.959919 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_1008  flavodoxin  37.93 
 
 		 149 aa  100  5e-21  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  0.23449  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3186  flavodoxin  37.84 
 
 		 149 aa  100  6e-21  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  0.551035 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3170  flavodoxin  37.24 
 
 		 149 aa  100  7e-21  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.660936  normal  0.0886101 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B3105  flavodoxin  37.24 
 
 		 149 aa  100  7e-21  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3123  flavodoxin  37.24 
 
 		 149 aa  100  7e-21  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  0.941554 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2909  flavodoxin  36.05 
 
 		 154 aa  99.8  1e-20  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.129799  normal  0.479147 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3285  flavodoxin  37.84 
 
 		 149 aa  99.8  1e-20  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.339839  normal  0.738816 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1474  flavodoxin  36.05 
 
 		 154 aa  99.4  2e-20  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1443  flavodoxin  36.05 
 
 		 154 aa  99.4  2e-20  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1438  flavodoxin  36.05 
 
 		 154 aa  98.6  3e-20  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3243  flavodoxin  35.86 
 
 		 149 aa  97.4  6e-20  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  0.207571 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1547  flavodoxin  35.66 
 
 		 150 aa  95.9  2e-19  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0898  flavodoxin/nitric oxide synthase  35.81 
 
 		 149 aa  94.4  5e-19  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4053  flavodoxin  35.81 
 
 		 149 aa  94.4  5e-19  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E3082  flavodoxin  35.81 
 
 		 149 aa  94.4  5e-19  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.256992  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3094  flavodoxin  35.81 
 
 		 149 aa  94  6e-19  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.448879  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_02635  flavodoxin  35.17 
 
 		 149 aa  93.6  9e-19  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_02597  hypothetical protein  35.17 
 
 		 149 aa  93.6  9e-19  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.917177  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2934  flavodoxin  35.17 
 
 		 149 aa  93.6  9e-19  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0922  flavodoxin  35.17 
 
 		 149 aa  93.6  9e-19  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2930  flavodoxin  35.86 
 
 		 149 aa  93.2  1e-18  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1263  flavodoxin  34.27 
 
 		 154 aa  92.8  2e-18  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.644769  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1806  flavodoxin/nitric oxide synthase  37.32 
 
 		 153 aa  89.7  1e-17  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1908  flavodoxin/nitric oxide synthase  36 
 
 		 164 aa  87.8  4e-17  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  0.938438 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_4183  flavodoxin/nitric oxide synthase  33.56 
 
 		 147 aa  84.3  5e-16  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.130901  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1186  flavodoxin  37.06 
 
 		 150 aa  83.2  0.000000000000001  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.35635  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2982  flavodoxin/nitric oxide synthase  34.69 
 
 		 163 aa  83.2  0.000000000000001  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  hitchhiker  0.00353782  normal  0.659297 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_0001  flavodoxin  34.69 
 
 		 146 aa  82.4  0.000000000000002  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000145912  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A0001  flavodoxin  34.69 
 
 		 146 aa  82.4  0.000000000000002  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  0.285908  normal  0.657203 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_4216  flavodoxin  34.69 
 
 		 146 aa  82.4  0.000000000000002  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  hitchhiker  0.000001981  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_3742  flavodoxin/nitric oxide synthase  32.41 
 
 		 151 aa  82.8  0.000000000000002  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.329047  normal  0.152842 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3857  flavodoxin  33.1 
 
 		 146 aa  82  0.000000000000002  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  unclonable  0.00000243053 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2890  flavodoxin  34.69 
 
 		 154 aa  82.4  0.000000000000002  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4910  flavodoxin  31.54 
 
 		 150 aa  79  0.00000000000002  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  0.157282 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0813  flavodoxin  36.05 
 
 		 151 aa  78.2  0.00000000000003  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1024  flavodoxin  36.73 
 
 		 150 aa  77.4  0.00000000000005  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_4252  flavodoxin  34.25 
 
 		 146 aa  77.4  0.00000000000006  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_4537  flavodoxin  29.93 
 
 		 147 aa  76.3  0.0000000000001  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.186367  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_19660  flavodoxin  36.3 
 
 		 150 aa  76.6  0.0000000000001  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.16255  normal  1 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00434  flavodoxin  34.04 
 
 		 146 aa  76.3  0.0000000000001  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2516  flavodoxin  31.91 
 
 		 144 aa  76.3  0.0000000000002  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.00000882543  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1692  flavodoxin  35.62 
 
 		 150 aa  74.7  0.0000000000004  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_4907  flavodoxin  30.61 
 
 		 146 aa  74.7  0.0000000000004  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  hitchhiker  0.0000000204961  hitchhiker  0.000475727 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_4378  flavodoxin  30.41 
 
 		 146 aa  74.7  0.0000000000004  Shewanella baltica OS155  Bacteria  hitchhiker  0.0000023992  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_4519  flavodoxin  31.51 
 
 		 146 aa  74.3  0.0000000000005  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.480433  hitchhiker  0.000638255 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3283  flavodoxin  33.1 
 
 		 149 aa  74.3  0.0000000000005  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_4377  flavodoxin  31.51 
 
 		 146 aa  74.3  0.0000000000005  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.0171898  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002018  flavoprotein MioC  32.87 
 
 		 144 aa  73.6  0.0000000000008  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  hitchhiker  0.00370796  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_4247  flavodoxin  29.25 
 
 		 147 aa  72.8  0.000000000001  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_4122  flavodoxin  30.14 
 
 		 159 aa  72.8  0.000000000001  Enterobacter sp. 638  Bacteria  hitchhiker  0.0000640858  normal  0.0336938 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_4323  flavodoxin  30.82 
 
 		 146 aa  72  0.000000000002  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.413593  hitchhiker  0.0000000000612205 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_3764  flavodoxin  30.67 
 
 		 147 aa  72.4  0.000000000002  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.188706  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0001  flavodoxin  30.07 
 
 		 146 aa  72  0.000000000002  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.337726  hitchhiker  0.000580002 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_2200  sulfite reductase (NADPH) flavoprotein, alpha chain  29.58 
 
 		 607 aa  71.6  0.000000000003  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_4628  flavodoxin  35.37 
 
 		 151 aa  71.6  0.000000000004  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3937  flavodoxin  31.47 
 
 		 146 aa  71.2  0.000000000004  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000104179 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4488  flavodoxin  35.37 
 
 		 151 aa  71.6  0.000000000004  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_4498  flavodoxin  28.67 
 
 		 146 aa  70.9  0.000000000005  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000000121939 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03036  flavodoxin  32.61 
 
 		 149 aa  70.9  0.000000000005  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.230795  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3983  flavodoxin/nitric oxide synthase  30.61 
 
 		 147 aa  70.5  0.000000000007  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0003  flavodoxin  31.47 
 
 		 146 aa  70.5  0.000000000007  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.664218  hitchhiker  0.0000119397 
 
 
-
 
CP001509  ECD_03626  flavodoxin  29.45 
 
 		 147 aa  70.1  0.00000000001  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.0352208  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_4252  flavodoxin  29.45 
 
 		 147 aa  70.1  0.00000000001  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.199089  normal  0.0328126 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3958  flavodoxin  29.45 
 
 		 147 aa  70.1  0.00000000001  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  0.00491665  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_03570  hypothetical protein  29.45 
 
 		 147 aa  70.1  0.00000000001  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.0642242  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_0001  flavodoxin  30.77 
 
 		 146 aa  68.6  0.00000000003  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4612  flavodoxin  35.25 
 
 		 151 aa  68.6  0.00000000003  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.263285  normal  1 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E4179  flavodoxin  28.77 
 
 		 147 aa  68.2  0.00000000004  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.0115076  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3968  flavodoxin  29.45 
 
 		 153 aa  68.2  0.00000000004  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4258  flavodoxin  28.77 
 
 		 147 aa  68.2  0.00000000004  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.104922  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4110  flavodoxin  28.08 
 
 		 147 aa  68.2  0.00000000004  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  hitchhiker  0.00157562  normal  0.0815779 
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_2643  sulfite reductase (NADPH) flavoprotein, alpha chain  32.39 
 
 		 629 aa  67.8  0.00000000005  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_04097  flavodoxin/nitric oxide synthase  29.73 
 
 		 145 aa  67.4  0.00000000006  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_2698  sulfite reductase (NADPH) flavoprotein, alpha chain  32.39 
 
 		 626 aa  67.4  0.00000000006  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_4029  flavodoxin  30.77 
 
 		 146 aa  67.4  0.00000000006  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  0.355082 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_5178  flavodoxin  28.08 
 
 		 147 aa  67.4  0.00000000007  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  hitchhiker  0.000182988  normal  0.122107 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A4267  flavodoxin  28.28 
 
 		 147 aa  67  0.00000000008  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.714863  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B4102  flavodoxin  28.28 
 
 		 147 aa  67  0.00000000008  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  hitchhiker  0.00000000444194  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_4225  flavodoxin/nitric oxide synthase  27.59 
 
 		 147 aa  67  0.00000000009  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.215216  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_1706  flavodoxin  26.57 
 
 		 149 aa  67  0.00000000009  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_5048  mioC protein  31.29 
 
 		 165 aa  66.6  0.0000000001  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  hitchhiker  0.00482847  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0858  sulfite reductase (NADPH) flavoprotein, alpha chain  29.79 
 
 		 605 aa  66.2  0.0000000001  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>