57 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rpic12D_4730 on replicon NC_012855
Organism: Ralstonia pickettii 12D



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_012855  Rpic12D_4730    100 
 
 		 168 bp  333  9e-90  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.148976  normal  0.209685 
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A0430  ribonucleotide-diphosphate reductase subunit beta  91.91 
 
 		 1212 bp  182  2e-44  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.897908  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A1289  ribonucleotide-diphosphate reductase subunit beta  91.91 
 
 		 1212 bp  182  2e-44  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA2509  ribonucleotide-diphosphate reductase subunit beta  91.91 
 
 		 1053 bp  182  2e-44  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.311533  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_3473  ribonucleotide-diphosphate reductase subunit beta  91.91 
 
 		 1212 bp  182  2e-44  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.281363  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_3511  ribonucleotide-diphosphate reductase subunit beta  91.91 
 
 		 1212 bp  182  2e-44  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_3274  ribonucleotide-diphosphate reductase subunit beta  91.91 
 
 		 1212 bp  182  2e-44  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_3510  ribonucleotide-diphosphate reductase subunit beta  91.91 
 
 		 1131 bp  182  2e-44  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2788  ribonucleotide-diphosphate reductase subunit beta  91.18 
 
 		 1191 bp  174  5e-42  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.432936  normal  1 
 
 
-
 
NC_003295  RSc2804  ribonucleotide-diphosphate reductase subunit beta  91.04 
 
 		 1203 bp  170  8e-41  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.276973  normal  0.329365 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_3046  ribonucleotide-diphosphate reductase subunit beta  91.04 
 
 		 1209 bp  170  8e-41  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0565  ribonucleotide-diphosphate reductase subunit beta  90.44 
 
 		 1212 bp  167  1.0000000000000001e-39  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.218324  hitchhiker  0.000257704 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_0523  ribonucleotide-diphosphate reductase subunit beta  90.44 
 
 		 1212 bp  167  1.0000000000000001e-39  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.165447 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0113  ribonucleotide-diphosphate reductase subunit beta  90.44 
 
 		 1149 bp  167  1.0000000000000001e-39  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.967769  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0498  ribonucleotide-diphosphate reductase subunit beta  90.44 
 
 		 1212 bp  167  1.0000000000000001e-39  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.134097  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0596  ribonucleotide-diphosphate reductase subunit beta  90.44 
 
 		 1149 bp  167  1.0000000000000001e-39  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.636491  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I1154  ribonucleotide-diphosphate reductase subunit beta  90.84 
 
 		 1134 bp  165  5.0000000000000005e-39  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A3680  ribonucleotide-diphosphate reductase subunit beta  90.23 
 
 		 1212 bp  161  7e-38  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_3087  ribonucleotide-diphosphate reductase subunit beta  89.71 
 
 		 1188 bp  159  3e-37  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2636  ribonucleotide-diphosphate reductase subunit beta  89.55 
 
 		 1209 bp  155  4e-36  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.514202  normal  1 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2638  ribonucleotide-diphosphate reductase subunit beta  88.97 
 
 		 1224 bp  151  7e-35  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A0523  ribonucleotide-diphosphate reductase subunit beta  88.97 
 
 		 1236 bp  151  7e-35  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.885023 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3435  ribonucleotide-diphosphate reductase subunit beta  88.97 
 
 		 1248 bp  151  7e-35  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  hitchhiker  0.00871681  normal  0.016373 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0863  ribonucleotide-diphosphate reductase subunit beta  88.64 
 
 		 1164 bp  143  1.9999999999999998e-32  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.661297  normal  0.0191751 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A3213  ribonucleotide-diphosphate reductase subunit beta  90.35 
 
 		 1212 bp  139  3.0000000000000003e-31  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.126363  normal  0.0105971 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2940  ribonucleotide-diphosphate reductase subunit beta  88.28 
 
 		 1185 bp  135  3.9999999999999996e-30  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.100724  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1500  ribonucleotide-diphosphate reductase subunit beta  87.22 
 
 		 1092 bp  129  3e-28  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.656036  normal  1 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3386  ribonucleotide-diphosphate reductase subunit beta  90.62 
 
 		 1164 bp  119  1.9999999999999998e-25  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0383  ribonucleotide-diphosphate reductase subunit beta  91.3 
 
 		 1209 bp  119  1.9999999999999998e-25  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.0181778 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0955  ribonucleotide-diphosphate reductase subunit beta  89.13 
 
 		 1176 bp  103  1e-20  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_3633  ribonucleotide-diphosphate reductase subunit beta  86.54 
 
 		 1191 bp  95.6  4e-18  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.0677479  normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_1495  ribonucleotide-diphosphate reductase subunit beta  85.59 
 
 		 1200 bp  93.7  1e-17  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.730303  normal  1 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_2943  ribonucleotide-diphosphate reductase subunit beta  85.58 
 
 		 1191 bp  87.7  9e-16  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_4609  Ribonucleoside-diphosphate reductase  85.71 
 
 		 1083 bp  77.8  0.0000000000008  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  0.384071 
 
 
-
 
NC_002947  PP_1177  ribonucleotide-diphosphate reductase subunit beta  86.05 
 
 		 1251 bp  75.8  0.000000000003  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.726447  normal  0.0669106 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1975  ribonucleotide-diphosphate reductase subunit beta  85.39 
 
 		 1131 bp  73.8  0.00000000001  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.0400777  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3721  ribonucleotide-diphosphate reductase subunit beta  85.39 
 
 		 1248 bp  73.8  0.00000000001  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  0.215489 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3348  ribonucleotide-diphosphate reductase subunit beta  87.01 
 
 		 1203 bp  73.8  0.00000000001  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.443517  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4238  ribonucleotide-diphosphate reductase subunit beta  83.33 
 
 		 1251 bp  71.9  0.00000000005  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1106  ribonucleotide-diphosphate reductase subunit beta  83.18 
 
 		 1221 bp  69.9  0.0000000002  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  hitchhiker  0.00154398  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3152  ribonucleotide-diphosphate reductase subunit beta  85.54 
 
 		 1251 bp  69.9  0.0000000002  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  0.284704 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0667  ribonucleotide-diphosphate reductase subunit beta  97.22 
 
 		 1263 bp  63.9  0.00000001  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.0871304  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4225  ribonucleotide-diphosphate reductase subunit beta  82.69 
 
 		 1248 bp  63.9  0.00000001  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_33300  ribonucleotide-diphosphate reductase subunit beta  85 
 
 		 1251 bp  63.9  0.00000001  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011761  AFE_2639  ribonucleotide-diphosphate reductase subunit beta  84.34 
 
 		 1143 bp  61.9  0.00000005  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.118987  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_2265  ribonucleotide-diphosphate reductase subunit beta  84.34 
 
 		 1125 bp  61.9  0.00000005  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.247043  hitchhiker  0.00000000794033 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1209  ribonucleotide-diphosphate reductase subunit beta  84.34 
 
 		 1248 bp  61.9  0.00000005  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1191  ribonucleotide-diphosphate reductase subunit beta  84.34 
 
 		 1251 bp  61.9  0.00000005  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.149701  normal  0.511312 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4295  ribonucleotide-diphosphate reductase subunit beta  85.14 
 
 		 1251 bp  60  0.0000002  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.706948  normal  0.958774 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1441  Ribonucleoside-diphosphate reductase  83.72 
 
 		 1239 bp  60  0.0000002  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_49470  ribonucleotide-diphosphate reductase subunit beta  83.15 
 
 		 1248 bp  58  0.0000008  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  hitchhiker  0.0051562  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3723    86.67 
 
 		 237 bp  56  0.000003  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1661  ribonucleoside-diphosphate reductase, beta subunit  83.13 
 
 		 1248 bp  54  0.00001  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_2887  ribonucleotide-diphosphate reductase subunit beta  82.56 
 
 		 1176 bp  52  0.00005  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.395919  normal  0.0685019 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_0430  Ribonucleoside-diphosphate reductase  92.11 
 
 		 1044 bp  52  0.00005  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_3664  ribonucleotide-diphosphate reductase subunit beta  90.48 
 
 		 1251 bp  52  0.00005  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013526  Tter_2622  Ribonucleoside-diphosphate reductase  91.67 
 
 		 1062 bp  48.1  0.0007  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  hitchhiker  0.00719466  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>