34 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rmet_5956 on replicon NC_007971
Organism: Cupriavidus metallidurans CH34



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007971  Rmet_5956    100 
 
 		 147 bp  291  3e-77  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  0.0201554 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2975  transposase IS66  85.6 
 
 		 1530 bp  105  3e-21  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2669  transposase IS66  85.6 
 
 		 1530 bp  105  3e-21  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.870521  normal  0.810818 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0833  transposase IS66  85.6 
 
 		 1530 bp  105  3e-21  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  0.423143 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1167    85.6 
 
 		 3476 bp  105  3e-21  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.366883  normal  0.484716 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_3322  transposase IS66  85.6 
 
 		 1530 bp  105  3e-21  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1485  transposase IS66  85.6 
 
 		 1530 bp  105  3e-21  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000000322511 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1170  transposase IS66  85.6 
 
 		 1530 bp  105  3e-21  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.934596  normal  0.320109 
 
 
-
 
NC_008739  Maqu_4016  ISPpu14, transposase Orf3  85.23 
 
 		 369 bp  71.9  0.00000000004  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0037  transposase IS66  85 
 
 		 1536 bp  63.9  0.00000001  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  0.321823 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3964  ISPpu14, transposase Orf3  85 
 
 		 1536 bp  63.9  0.00000001  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  0.0893475 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_59580  putative transposase  90 
 
 		 1536 bp  60  0.0000002  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  hitchhiker  0.00000128729  hitchhiker  1.83127e-18 
 
 
-
 
NC_002947  PP_0650  hypothetical protein  88.68 
 
 		 111 bp  58  0.0000007  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1022  transposase IS66  84.21 
 
 		 1560 bp  54  0.00001  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1401  transposase IS66  84.21 
 
 		 1560 bp  54  0.00001  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_2523  transposase IS66  84.21 
 
 		 1554 bp  54  0.00001  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.297904  n/a   
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_5982  transposase IS66  89.13 
 
 		 1572 bp  52  0.00004  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_3501  ISPpu14, transposase Orf3  84.62 
 
 		 1536 bp  50.1  0.0002  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3059  transposase IS66  86.79 
 
 		 1524 bp  50.1  0.0002  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2711  transposase IS66  86.79 
 
 		 1521 bp  50.1  0.0002  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1170  transposase IS66  86.79 
 
 		 1524 bp  50.1  0.0002  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.438673  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_4439  ISPpu14, transposase Orf3  84.62 
 
 		 1536 bp  50.1  0.0002  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.414491  hitchhiker  0.0000684735 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3981  ISPpu14, transposase Orf3  84.62 
 
 		 1536 bp  50.1  0.0002  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  0.0385183 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3687    86.79 
 
 		 246 bp  50.1  0.0002  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  0.0206091 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2455  transposase IS66  93.75 
 
 		 1515 bp  48.1  0.0006  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2916  transposase IS66  93.75 
 
 		 1515 bp  48.1  0.0006  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.397115  normal  1 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0572  transposase IS66  93.75 
 
 		 1515 bp  48.1  0.0006  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  0.0648577 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_1848  hypothetical protein  100 
 
 		 1155 bp  48.1  0.0006  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1438    88.64 
 
 		 669 bp  48.1  0.0006  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  0.751025 
 
 
-
 
NC_002947  PP_5396  ISPpu14, transposase Orf3  82.5 
 
 		 1536 bp  48.1  0.0006  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.118381  hitchhiker  0.00957485 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0609    88.64 
 
 		 110 bp  48.1  0.0006  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_4443  ISPpu14, transposase Orf3  82.5 
 
 		 1536 bp  48.1  0.0006  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.801949  hitchhiker  0.0000589528 
 
 
-
 
NC_007950  Bpro_5252    93.33 
 
 		 153 bp  44.1  0.01  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4650    86 
 
 		 681 bp  44.1  0.01  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>