More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rfer_1370 on replicon NC_007908
Organism: Rhodoferax ferrireducens T118



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_007908  Rfer_1370  rubredoxin-type Fe(Cys)4 protein  100 
 
 
50 aa  107  7.000000000000001e-23  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.0104809  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc0667  rubredoxin protein  82 
 
 
60 aa  93.2  1e-18  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0559  Rubredoxin-type Fe(Cys)4 protein  82 
 
 
60 aa  93.2  1e-18  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.319433  normal  0.961099 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0611  Rubredoxin-type Fe(Cys)4 protein  82 
 
 
60 aa  93.2  1e-18  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.672431  normal 
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_3173  rubredoxin  80 
 
 
91 aa  92.4  2e-18  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.665694  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1135  rubredoxin-type Fe(Cys)4 protein  82 
 
 
57 aa  92.8  2e-18  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.74035  normal  0.399177 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0866  Rubredoxin-type Fe(Cys)4 protein  82 
 
 
56 aa  91.7  3e-18  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.0534026  normal  0.223756 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2526  rubredoxin-type Fe(Cys)4 protein  82 
 
 
56 aa  91.7  3e-18  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal  0.105368 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A3191  rubredoxin  82 
 
 
50 aa  91.3  4e-18  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.423634  normal  0.232473 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0380  rubredoxin-type Fe(Cys)4 protein  80 
 
 
70 aa  91.3  5e-18  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.215442  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_0752  rubredoxin-type Fe(Cys)4 protein  80 
 
 
70 aa  91.3  5e-18  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.765216  normal  0.104099 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0735  rubredoxin-type Fe(Cys)4 protein  80 
 
 
70 aa  91.3  5e-18  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.026428  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0862  rubredoxin-type Fe(Cys)4 protein  80 
 
 
70 aa  91.3  5e-18  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A3813  rubredoxin  80 
 
 
56 aa  90.5  7e-18  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.131702  normal 
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_3151  rubredoxin  80 
 
 
56 aa  90.5  8e-18  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.305413  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA1999  rubredoxin  80 
 
 
56 aa  90.5  8e-18  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A3960  rubredoxin-type Fe(Cys)4 protein  80 
 
 
56 aa  90.5  8e-18  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal  0.326479 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0833  rubredoxin-type Fe(Cys)4 protein  80 
 
 
56 aa  90.5  8e-18  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.0206003  hitchhiker  0.0000319456 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I1460  rubredoxin  80 
 
 
56 aa  90.5  8e-18  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A0914  rubredoxin  80 
 
 
56 aa  90.5  8e-18  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2330  rubredoxin-type Fe(Cys)4 protein  80 
 
 
56 aa  90.5  8e-18  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal  0.0569406 
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A2744  rubredoxin  80 
 
 
56 aa  90.5  8e-18  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_3115  rubredoxin  80 
 
 
56 aa  90.5  8e-18  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0900  rubredoxin-type Fe(Cys)4 protein  80 
 
 
57 aa  90.1  9e-18  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  normal  0.837679 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3972  rubredoxin-type Fe(Cys)4 protein  80 
 
 
50 aa  90.1  1e-17  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.0125725 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3355  rubredoxin-type Fe(Cys)4 protein  78 
 
 
57 aa  89.7  1e-17  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.862516  normal 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0668  rubredoxin-type Fe(Cys)4 protein  78 
 
 
64 aa  87.8  4e-17  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  hitchhiker  0.00929106  normal  0.799564 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2624  rubredoxin-type Fe(Cys)4 protein  78 
 
 
56 aa  87.4  5e-17  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_3579  rubredoxin-type Fe(Cys)4 protein  78 
 
 
50 aa  87  7e-17  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  normal  0.0406077 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_2902  Rubredoxin-type Fe(Cys)4 protein  78 
 
 
50 aa  87  7e-17  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.152091  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3022  rubredoxin-type Fe(Cys)4 protein  74 
 
 
57 aa  87  9e-17  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.133358  normal 
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_0260  Rubredoxin-type Fe(Cys)4 protein  76 
 
 
56 aa  86.7  1e-16  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_0238  rubredoxin-type Fe(Cys)4 protein  76 
 
 
56 aa  86.3  1e-16  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  0.24657  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4627  Rubredoxin-type Fe(Cys)4 protein  76 
 
 
56 aa  83.6  8e-16  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.529245  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3687  Rubredoxin-type Fe(Cys)4 protein  76 
 
 
59 aa  83.2  0.000000000000001  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.484857  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A2626  rubredoxin-type Fe(Cys)4 protein  70 
 
 
65 aa  82.4  0.000000000000002  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1571  rubredoxin-type Fe(Cys)4 protein  75 
 
 
48 aa  81.6  0.000000000000004  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal  0.257235 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_2210  Rubredoxin-type Fe(Cys)4 protein  62.22 
 
 
480 aa  76.6  0.0000000000001  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_5371  rubredoxin/rubredoxin reductase  58 
 
 
461 aa  75.9  0.0000000000002  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal  0.205307 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_2418  RubB protein  65.31 
 
 
55 aa  75.5  0.0000000000003  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2316  rubredoxin  60 
 
 
56 aa  74.7  0.0000000000004  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_0111  rubredoxin  62 
 
 
57 aa  74.3  0.0000000000005  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2554  rubredoxin protein  62 
 
 
60 aa  74.3  0.0000000000005  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A2083  rubredoxin  62 
 
 
57 aa  74.3  0.0000000000005  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0605  rubredoxin-type Fe(Cys)4 protein  64 
 
 
54 aa  71.6  0.000000000003  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  hitchhiker  0.0064851  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_02387  hypothetical protein  60 
 
 
70 aa  71.6  0.000000000003  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.501645  n/a   
 
 
-
 
NC_013457  VEA_001294  rubredoxin-NAD(+) reductase  56 
 
 
477 aa  71.6  0.000000000004  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.956005  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_2173  rubredoxin-type Fe(Cys)4 protein  57.45 
 
 
415 aa  70.9  0.000000000005  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  0.953962  normal 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_1253  rubredoxin-type Fe(Cys)4 protein  61.22 
 
 
54 aa  70.1  0.000000000009  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  hitchhiker  0.00000000698268  hitchhiker  0.00824609 
 
 
-
 
NC_006368  lpp1492  hypothetical protein  62 
 
 
58 aa  70.1  0.00000000001  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl1491  hypothetical protein  62 
 
 
58 aa  70.1  0.00000000001  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_1190  putative rubredoxin protein  59.18 
 
 
54 aa  70.1  0.00000000001  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  normal  0.489682 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_3286  Rubredoxin-type Fe(Cys)4 protein  54 
 
 
63 aa  69.7  0.00000000001  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.552771  normal 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1288  flavin reductase-like, FMN-binding  53.19 
 
 
229 aa  70.1  0.00000000001  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0000609223 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_1200  rubredoxin-type Fe(Cys)4 protein  59.18 
 
 
54 aa  70.1  0.00000000001  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  0.196829  normal  0.959645 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_3710  putative rubredoxin-type Fe(Cys)4 protein  56 
 
 
179 aa  69.7  0.00000000001  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal  0.0768491 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_1377  rubredoxin-type Fe(Cys)4 protein  57.14 
 
 
55 aa  69.3  0.00000000002  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  0.320132  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2068  rubredoxin-type Fe(Cys)4 protein  54 
 
 
56 aa  68.9  0.00000000002  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  normal  0.190541 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_4403  rubredoxin-type Fe(Cys)4 protein  55.1 
 
 
55 aa  67.8  0.00000000004  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal  0.162271 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0197  rubredoxin-type Fe(Cys)4 protein  59.18 
 
 
55 aa  67.4  0.00000000007  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal  0.492346 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0158  rubredoxin-type Fe(Cys)4 protein  59.18 
 
 
55 aa  67.4  0.00000000007  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal  0.676785 
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_1630  rubredoxin-type Fe(Cys)4 protein  56.25 
 
 
54 aa  67.4  0.00000000007  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_48490  Rubredoxin-type Fe(Cys)4 protein  56.25 
 
 
55 aa  67  0.00000000008  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.552989  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_7086  Rubredoxin-type Fe(Cys)4 protein  54 
 
 
137 aa  67  0.00000000008  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_5315  rubredoxin-type Fe(Cys)4 protein  59.18 
 
 
55 aa  66.6  0.0000000001  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal  0.0447169 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B3629  rubredoxin-type Fe(Cys)4 protein  52 
 
 
64 aa  66.6  0.0000000001  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0680  Rubredoxin-type Fe(Cys)4 protein  57.14 
 
 
56 aa  66.6  0.0000000001  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.807996  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_5224  rubredoxin-type Fe(Cys)4 protein  59.18 
 
 
55 aa  66.6  0.0000000001  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal  0.573132 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A3672  rubredoxin  57.45 
 
 
57 aa  66.6  0.0000000001  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.0459184  normal 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0091  rubredoxin-type Fe(Cys)4 protein  56 
 
 
54 aa  66.6  0.0000000001  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.94635  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0972  FAD-dependent pyridine nucleotide-disulphide oxidoreductase  53.33 
 
 
476 aa  66.2  0.0000000001  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  normal  0.425779 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_7103  rubredoxin-type Fe(Cys)4 protein  56 
 
 
140 aa  66.6  0.0000000001  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal  0.712022 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_5363  rubredoxin-type Fe(Cys)4 protein  59.18 
 
 
55 aa  66.6  0.0000000001  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal  0.223368 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_3447  rubredoxin-type Fe(Cys)4 protein  53.06 
 
 
58 aa  65.5  0.0000000002  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_3952  Rubredoxin-type Fe(Cys)4 protein  54 
 
 
61 aa  66.2  0.0000000002  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal  0.336788 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3592  rubredoxin-type Fe(Cys)4 protein  56 
 
 
55 aa  65.5  0.0000000002  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008553  Mthe_0117  rubredoxin-type Fe(Cys)4 protein  59.57 
 
 
52 aa  65.5  0.0000000002  Methanosaeta thermophila PT  Archaea  normal  0.403873  n/a   
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_4719  rubredoxin-type Fe(Cys)4 protein  54 
 
 
60 aa  65.1  0.0000000003  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  normal  0.378789 
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_1352  rubredoxin-type Fe(Cys)4 protein  54 
 
 
59 aa  65.1  0.0000000003  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.246389  normal  0.726116 
 
 
-
 
NC_010333  Caul_5441  rubredoxin-type Fe(Cys)4 protein  64.44 
 
 
72 aa  65.1  0.0000000003  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.0604584  normal 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4853  rubredoxin-type Fe(Cys)4 protein  54.35 
 
 
445 aa  65.1  0.0000000003  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal  0.0852064 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4855  rubredoxin-type Fe(Cys)4 protein  52 
 
 
54 aa  65.5  0.0000000003  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.802626  normal  0.0694189 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_2515  Rubredoxin-type Fe(Cys)4 protein  60 
 
 
53 aa  65.5  0.0000000003  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.310481  n/a   
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_0270  rubredoxin-type Fe(Cys)4 protein  56.25 
 
 
53 aa  64.7  0.0000000004  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  0.0460906  n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_0272  rubredoxin-type Fe(Cys)4 protein  56.25 
 
 
53 aa  64.7  0.0000000004  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  hitchhiker  0.0000000689971  n/a   
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6897  rubredoxin-type Fe(Cys)4 protein  55.1 
 
 
56 aa  64.7  0.0000000004  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_2234  Rubredoxin-type Fe(Cys)4 protein  60.87 
 
 
221 aa  64.3  0.0000000005  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  decreased coverage  0.000004842  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0205  RubA  52 
 
 
81 aa  64.7  0.0000000005  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5602  rubredoxin-type Fe(Cys)4 protein  57.14 
 
 
55 aa  63.9  0.0000000006  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.681813  normal 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0037  rubredoxin-type Fe(Cys)4 protein  53.33 
 
 
455 aa  64.3  0.0000000006  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1149  rubredoxin-type Fe(Cys)4 protein  53.06 
 
 
444 aa  63.9  0.0000000006  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  normal  0.751699 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_5029  rubredoxin-type Fe(Cys)4 protein  55.1 
 
 
55 aa  63.9  0.0000000007  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.651986  normal  0.30239 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_2713  flavin reductase domain protein FMN-binding  51.06 
 
 
227 aa  63.5  0.0000000008  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  normal  0.120734 
 
 
-
 
NC_007575  Suden_1582  rubredoxin-type Fe(Cys)4 protein  51.02 
 
 
54 aa  63.9  0.0000000008  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_0559  Rubredoxin-type Fe(Cys)4 protein  56 
 
 
62 aa  63.9  0.0000000008  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0916  rubredoxin-type Fe(Cys)4 protein  52 
 
 
100 aa  63.5  0.0000000009  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.537464  normal  0.0622882 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_1744  rubredoxin-type Fe(Cys)4 protein  52 
 
 
60 aa  63.5  0.0000000009  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4666  Rubredoxin-type Fe(Cys)4 protein  54.35 
 
 
444 aa  63.5  0.0000000009  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  decreased coverage  0.00796628  normal  0.983667 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_1511  Rubredoxin-type Fe(Cys)4 protein  53.33 
 
 
237 aa  63.2  0.000000001  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_1538  Rubredoxin-type Fe(Cys)4 protein  53.33 
 
 
237 aa  63.2  0.000000001  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  normal  0.029752 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>