252 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene RPD_2313 on replicon NC_007958
Organism: Rhodopseudomonas palustris BisB5



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_007778  RPB_3185  cobyrinic acid a,c-diamide synthase  78.76 
 
 
453 aa  652    Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2373  cobyrinic acid a,c-diamide synthase  84.07 
 
 
453 aa  722    Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_2313  cobyrinic acid a,c-diamide synthase  100 
 
 
453 aa  899    Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.0857022  normal 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1881  cobyrinic acid a,c-diamide synthase  70.32 
 
 
441 aa  575  1.0000000000000001e-163  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_2541  cobyrinic acid a,c-diamide synthase  61.15 
 
 
429 aa  491  9.999999999999999e-139  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal  0.802625 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3154  cobyrinic acid a,c-diamide synthase  58.24 
 
 
446 aa  479  1e-134  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal  0.31936 
 
 
-
 
NC_007494  RSP_3185  cobyrinic acid a,c-diamide synthase  60.69 
 
 
441 aa  474  1e-132  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.551966  n/a   
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3922  cobyrinic acid a,c-diamide synthase  60.69 
 
 
441 aa  471  1.0000000000000001e-131  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.301435  normal 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_0333  cobyrinic acid a,c-diamide synthase  58.51 
 
 
444 aa  459  9.999999999999999e-129  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_2922  cobyrinic acid a,c-diamide synthase  56.15 
 
 
438 aa  451  1e-125  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.748886  normal  0.0205845 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_2159  cobyrinic acid a,c-diamide synthase  60.96 
 
 
441 aa  443  1e-123  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.301317  n/a   
 
 
-
 
NC_009431  Rsph17025_4334  cobyrinic acid a,c-diamide synthase  59.77 
 
 
441 aa  444  1e-123  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  normal  0.0766234 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2219  cobyrinic acid a,c-diamide synthase  55.58 
 
 
438 aa  437  1e-121  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.867959  normal 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_0970  cobyrinic acid a,c-diamide synthase  59.04 
 
 
441 aa  429  1e-119  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_1167  cobyrinic acid a,c-diamide synthase  57.98 
 
 
441 aa  417  9.999999999999999e-116  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.785158  normal 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_3276  cobyrinic acid a,c-diamide synthase  56.55 
 
 
441 aa  416  9.999999999999999e-116  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010511  M446_2455  cobyrinic acid a,c-diamide synthase  58.74 
 
 
447 aa  415  1e-114  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.553493  normal  0.136802 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1040  cobyrinic acid a,c-diamide synthase  57.47 
 
 
441 aa  410  1e-113  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  normal  0.0318758 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_3259  cobyrinic acid a,c-diamide synthase  53.06 
 
 
445 aa  405  1e-111  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.445117 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3124  cobyrinic acid a,c-diamide synthase  57.18 
 
 
438 aa  404  1e-111  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3359  cobyrinic acid a,c-diamide synthase  53.15 
 
 
460 aa  395  1e-109  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_1693  cobyrinic acid a,c-diamide synthase  52.44 
 
 
431 aa  383  1e-105  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.198297  normal  0.0303559 
 
 
-
 
NC_004310  BR1296  cobyrinic acid a,c-diamide synthase  52.39 
 
 
436 aa  377  1e-103  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_3518  cobyrinic acid a,c-diamide synthase  52.16 
 
 
422 aa  377  1e-103  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  normal  0.19647 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1889  cobyrinic acid a,c-diamide synthase  51.47 
 
 
436 aa  374  1e-102  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.659609  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1259  cobyrinic acid a,c-diamide synthase  51.94 
 
 
436 aa  372  1e-101  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.913176  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_2123  cobyrinic acid a,c-diamide synthase  47.84 
 
 
435 aa  354  2e-96  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.226797  hitchhiker  0.00769752 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_1745  cobyrinic acid a,c-diamide synthase  49.31 
 
 
429 aa  353  4e-96  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.806789  normal  0.138174 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_2623  cobyrinic acid a,c-diamide synthase  48.53 
 
 
436 aa  343  4e-93  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.0367802  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2365  cobyrinic acid a,c-diamide synthase  47.62 
 
 
436 aa  330  2e-89  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal  0.0244195 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_1715  cobyrinic acid a,c-diamide synthase  41.06 
 
 
450 aa  287  2.9999999999999996e-76  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_1262  cobyrinic acid a,c-diamide synthase  44.72 
 
 
464 aa  275  1.0000000000000001e-72  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002939  GSU3006  cobyrinic acid a,c-diamide synthase  41.02 
 
 
464 aa  268  1e-70  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_4184  cobyrinic acid a,c-diamide synthase  42.54 
 
 
460 aa  267  2.9999999999999995e-70  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_0574  cobyrinic acid a,c-diamide synthase  44.31 
 
 
467 aa  265  2e-69  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_2329  cobyrinic acid a,c-diamide synthase  39.91 
 
 
454 aa  264  2e-69  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_2607  cobyrinic acid a,c-diamide synthase  41.48 
 
 
454 aa  264  3e-69  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008553  Mthe_1001  cobyrinic acid a,c-diamide synthase  38.94 
 
 
467 aa  258  1e-67  Methanosaeta thermophila PT  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2890  cobyrinic acid a,c-diamide synthase  41.46 
 
 
463 aa  257  2e-67  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_0183  cobyrinic acid a,c-diamide synthase  39.91 
 
 
458 aa  256  6e-67  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  0.689135  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_1306  cobyrinic acid a,c-diamide synthase  36.72 
 
 
488 aa  256  6e-67  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0470  cobyrinic acid a,c-diamide synthase  39.6 
 
 
462 aa  256  8e-67  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_0635  cobyrinic acid a,c-diamide synthase  42.25 
 
 
467 aa  254  1.0000000000000001e-66  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.873806  normal  0.509374 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_2056  cobyrinic acid a,c-diamide synthase  42.89 
 
 
455 aa  254  2.0000000000000002e-66  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_2073  cobyrinic acid a,c-diamide synthase  42.89 
 
 
454 aa  254  2.0000000000000002e-66  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.111628  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_2119  cobyrinic acid a,c-diamide synthase  42.89 
 
 
455 aa  254  2.0000000000000002e-66  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  normal  0.0264172 
 
 
-
 
NC_010815  Glov_3655  cobyrinic acid a,c-diamide synthase  38.59 
 
 
480 aa  253  4.0000000000000004e-66  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_3091  cobyrinic acid a,c-diamide synthase  39.65 
 
 
464 aa  252  9.000000000000001e-66  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  0.0224312  hitchhiker  0.00208232 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_2715  cobyrinic acid a,c-diamide synthase  39.6 
 
 
465 aa  251  2e-65  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  unclonable  0.000000497962  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_4466  cobyrinic acid a,c-diamide synthase  36.34 
 
 
430 aa  251  2e-65  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.360132  normal  0.0764127 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_0926  cobyrinic acid a,c-diamide synthase  34.59 
 
 
482 aa  250  4e-65  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0000000234112 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_0036  cobyrinic acid a,c-diamide synthase  40.14 
 
 
460 aa  249  8e-65  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A1187  cobyrinate a,c-diamide synthase / hydrogenobyrinic acid a,c-diamide synthase (glutamine-hydrolysing)  38.27 
 
 
439 aa  248  1e-64  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011059  Paes_0327  cobyrinic acid a,c-diamide synthase  38.71 
 
 
440 aa  246  6.999999999999999e-64  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  normal  0.580612 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_3894  cobyrinic acid a,c-diamide synthase  39.04 
 
 
460 aa  246  8e-64  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  0.0538501 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_2707  cobyrinic acid a,c-diamide synthase  43.6 
 
 
452 aa  243  7e-63  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000117397 
 
 
-
 
NC_010085  Nmar_0079  cobyrinic acid a,c-diamide synthase  29.28 
 
 
450 aa  241  2e-62  Nitrosopumilus maritimus SCM1  Archaea  n/a    normal  0.786214 
 
 
-
 
NC_008820  P9303_09381  putative cobyrinic acid a,c-diamide synthase  38.53 
 
 
475 aa  241  2e-62  Prochlorococcus marinus str. MIT 9303  Bacteria  n/a    normal  0.101452 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_1559  cobyrinic acid a,c-diamide synthase  37.4 
 
 
454 aa  240  2.9999999999999997e-62  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_2254  cobyrinic acid a,c-diamide synthase  37.72 
 
 
538 aa  240  4e-62  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_135  cobyrinic acid a,c-diamide synthase  35.84 
 
 
463 aa  239  1e-61  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_0243  cobyrinic acid a,c-diamide synthase  35.93 
 
 
463 aa  238  2e-61  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_1956  cobyrinic acid a,c-diamide synthase  37.16 
 
 
465 aa  237  4e-61  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3750  cobyrinic acid a,c-diamide synthase  40.47 
 
 
437 aa  237  4e-61  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_2191  cobyrinate a,c-diamide synthase / hydrogenobyrinic acid a,c-diamide synthase (glutamine-hydrolysing)  35.2 
 
 
452 aa  236  9e-61  Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_3370  cobyrinic acid a,c-diamide synthase  40.68 
 
 
510 aa  236  9e-61  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0299  cobyrinic acid a,c-diamide synthase  32.72 
 
 
460 aa  235  1.0000000000000001e-60  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002936  DET0128  cobyrinic acid a,c-diamide synthase  35.62 
 
 
463 aa  234  2.0000000000000002e-60  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007514  Cag_1429  cobyrinic acid a,c-diamide synthase CbiA  36.57 
 
 
447 aa  234  2.0000000000000002e-60  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008010  Dgeo_2349  cobyrinic acid a,c-diamide synthase  41.72 
 
 
441 aa  234  2.0000000000000002e-60  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  0.328334  n/a   
 
 
-
 
NC_008826  Mpe_B0437  cobrinic acid a,c-diamide synthase  40.37 
 
 
442 aa  234  2.0000000000000002e-60  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008826  Mpe_B0472  hydrogenobyrinic acid a,c-diamide synthase (glutamine-hydrolysing) / cobyrinate a,c-diamide synthase  40.37 
 
 
442 aa  234  2.0000000000000002e-60  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_5366  cobyrinic acid a,c-diamide synthase  37.59 
 
 
465 aa  234  3e-60  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3810  cobyrinic acid a,c-diamide synthase  40.66 
 
 
460 aa  233  6e-60  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_5859  cobyrinic acid a,c-diamide synthase  40.77 
 
 
465 aa  233  8.000000000000001e-60  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.424553  n/a   
 
 
-
 
NC_009380  Strop_2525  cobyrinic acid a,c-diamide synthase  43.32 
 
 
452 aa  232  8.000000000000001e-60  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  decreased coverage  0.00158406  normal 
 
 
-
 
NC_010424  Daud_1850  cobyrinic acid a,c-diamide synthase  40.4 
 
 
454 aa  232  9e-60  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_5883  cobyrinic acid a,c-diamide synthase  40.1 
 
 
478 aa  232  1e-59  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  decreased coverage  0.00172766  normal 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_0078  cobyrinic acid a,c-diamide synthase  36.25 
 
 
469 aa  232  1e-59  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00826564 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_2297  cobyrinic acid a,c-diamide synthase  41.33 
 
 
557 aa  231  2e-59  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  0.368045  normal  0.0207364 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_2136  cobyrinic acid a,c-diamide synthase  40.4 
 
 
476 aa  230  4e-59  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.343335  n/a   
 
 
-
 
CP001800  Ssol_1382  cobyrinic acid a,c-diamide synthase  31.95 
 
 
434 aa  229  1e-58  Sulfolobus solfataricus 98/2  Archaea  normal  0.155013  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_4034  cobyrinic acid a,c-diamide synthase  41.19 
 
 
427 aa  228  1e-58  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_4048  cobyrinic acid a,c-diamide synthase  40.22 
 
 
454 aa  229  1e-58  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_0262  cobyrinic acid a,c-diamide synthase  35.61 
 
 
489 aa  229  1e-58  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C2257  cobyrinic acid a,c-diamide synthase  37.59 
 
 
459 aa  226  5.0000000000000005e-58  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  normal  0.356331 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A2211  cobyrinic acid a,c-diamide synthase  37.59 
 
 
459 aa  226  5.0000000000000005e-58  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009051  Memar_0532  cobyrinic acid a,c-diamide synthase  38.79 
 
 
443 aa  226  6e-58  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_1673  cobyrinic acid a,c-diamide synthase  39.95 
 
 
431 aa  226  7e-58  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.637615  normal 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A2204  cobyrinic acid a,c-diamide synthase  37.21 
 
 
459 aa  225  1e-57  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A2158  cobyrinate a,c-diamide synthase / hydrogenobyrinic acid a,c-diamide synthase (glutamine-hydrolysing)  35.64 
 
 
439 aa  225  1e-57  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_1761  cobyrinic acid a,c-diamide synthase  34.23 
 
 
455 aa  225  1e-57  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B2157  cobyrinic acid a,c-diamide synthase  36.28 
 
 
459 aa  224  2e-57  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1642  cobyrinic acid a,c-diamide synthase  38.85 
 
 
431 aa  224  2e-57  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal  0.0192949 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4046  cobyrinic acid a,c-diamide synthase  39.72 
 
 
431 aa  224  2e-57  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A2370  cobyrinic acid a,c-diamide synthase  36.28 
 
 
459 aa  224  2e-57  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1909  cobyrinic acid a,c-diamide synthase  38.89 
 
 
426 aa  225  2e-57  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007513  Syncc9902_0746  cobyrinic acid a,c-diamide synthase CbiA  38.48 
 
 
457 aa  224  3e-57  Synechococcus sp. CC9902  Bacteria  normal  0.414294  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1551  cobyrinic acid a,c-diamide synthase  40.88 
 
 
435 aa  224  3e-57  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_1283  cobyrinic acid a,c-diamide synthase  33.33 
 
 
458 aa  224  3e-57  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>