76 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene RPC_3224 on replicon NC_007925
Organism: Rhodopseudomonas palustris BisB18



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007925  RPC_3224  hypothetical protein  100 
 
 		 67 aa  130  3.9999999999999996e-30  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.719381  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_4303  hypothetical protein  77.61 
 
 		 67 aa  106  1e-22  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.372535 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_4202  hypothetical protein  76.12 
 
 		 67 aa  105  2e-22  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.46747  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3724  hypothetical protein  76.12 
 
 		 67 aa  100  5e-21  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.0417243  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1210  conserved hypothetical protein; putative secreted protein  72.73 
 
 		 66 aa  98.6  3e-20  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_2041  hypothetical protein  71.64 
 
 		 256 aa  96.3  1e-19  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2288  hypothetical protein  56.72 
 
 		 67 aa  83.6  8e-16  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1105  hypothetical protein  59.7 
 
 		 67 aa  82.8  0.000000000000002  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_1388  hypothetical protein  55.22 
 
 		 67 aa  79  0.00000000000002  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.801628  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2479  hypothetical protein  58.21 
 
 		 67 aa  78.6  0.00000000000003  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.573708  normal  1 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_0244  hypothetical protein  53.12 
 
 		 68 aa  74.3  0.0000000000005  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.373808  normal  1 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0993  hypothetical protein  49.25 
 
 		 67 aa  74.3  0.0000000000005  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  0.984074 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_1672  hypothetical protein  53.03 
 
 		 67 aa  73.6  0.0000000000008  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.495158  n/a   
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0589  hypothetical protein  50.75 
 
 		 67 aa  71.2  0.000000000005  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.815479  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2242  hypothetical protein  50.75 
 
 		 67 aa  71.2  0.000000000005  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  0.373978 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_3721  hypothetical protein  55.22 
 
 		 67 aa  68.9  0.00000000002  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.579125  normal  1 
 
 
-
 
NC_008688  Pden_4698  hypothetical protein  50 
 
 		 66 aa  67.8  0.00000000004  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  0.177779 
 
 
-
 
NC_004347  SO_3104  hypothetical protein  48.44 
 
 		 70 aa  67.4  0.00000000006  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2475  hypothetical protein  50 
 
 		 70 aa  66.6  0.00000000009  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  decreased coverage  0.0000000250816  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0994  hypothetical protein  50 
 
 		 67 aa  67  0.00000000009  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  0.978313 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1300  hypothetical protein  48.48 
 
 		 67 aa  67  0.00000000009  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.570889  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2690  hypothetical protein  45.31 
 
 		 70 aa  66.6  0.0000000001  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009456  VC0395_0587  hypothetical protein  52.46 
 
 		 88 aa  66.2  0.0000000001  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2441  hypothetical protein  43.75 
 
 		 70 aa  66.2  0.0000000001  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  hitchhiker  0.00913666  unclonable  0.00000223856 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_2871  hypothetical protein  48.44 
 
 		 70 aa  65.9  0.0000000002  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.061034  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2612  hypothetical protein  51.56 
 
 		 72 aa  65.9  0.0000000002  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.263464  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1445  hypothetical protein  48.44 
 
 		 70 aa  65.9  0.0000000002  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  hitchhiker  0.000000274385  hitchhiker  0.00000000176689 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1582  hypothetical protein  48.44 
 
 		 70 aa  65.9  0.0000000002  Shewanella baltica OS223  Bacteria  hitchhiker  0.00572873  hitchhiker  0.000000000892194 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2796  hypothetical protein  48.44 
 
 		 70 aa  65.9  0.0000000002  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.000387625  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2776  hypothetical protein  48.44 
 
 		 70 aa  65.9  0.0000000002  Shewanella baltica OS155  Bacteria  hitchhiker  0.00105057  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1392  hypothetical protein  46.88 
 
 		 70 aa  65.5  0.0000000003  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.0000959117  hitchhiker  0.000000000223509 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1457  hypothetical protein  46.88 
 
 		 70 aa  65.5  0.0000000003  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  hitchhiker  0.000515055  hitchhiker  0.000343256 
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_1091  hypothetical protein  49.25 
 
 		 67 aa  65.1  0.0000000003  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  hitchhiker  0.00223092  n/a   
 
 
-
 
NC_007514  Cag_0883  hypothetical protein  49.25 
 
 		 67 aa  65.1  0.0000000003  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_0208  rhodanese-related sulfurtransferase  49.25 
 
 		 81 aa  64.3  0.0000000005  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011059  Paes_1351  hypothetical protein  47.76 
 
 		 67 aa  63.5  0.000000001  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  hitchhiker  0.00580499  hitchhiker  0.000123196 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2183  hypothetical protein  45.31 
 
 		 71 aa  63.5  0.000000001  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  hitchhiker  0.00725141  hitchhiker  0.00874925 
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_1127  hypothetical protein  49.25 
 
 		 67 aa  62.4  0.000000002  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  0.222198  normal  0.339922 
 
 
-
 
NC_010803  Clim_0969  hypothetical protein  47.76 
 
 		 67 aa  62  0.000000003  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  0.0106427  n/a   
 
 
-
 
NC_007512  Plut_1168  hypothetical protein  46.27 
 
 		 67 aa  60.5  0.000000007  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  0.0485265  normal  0.126303 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1175  hypothetical protein  43.94 
 
 		 69 aa  60.5  0.000000008  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_1346  hypothetical protein  44.78 
 
 		 87 aa  60.1  0.00000001  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_0492  hypothetical protein  52.24 
 
 		 67 aa  60.1  0.00000001  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.119962  normal  0.131893 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_1458  hypothetical protein  47.46 
 
 		 76 aa  57.4  0.00000007  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.564529  normal  1 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_3851  hypothetical protein  47.83 
 
 		 76 aa  55.8  0.0000002  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.209751  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_3768  hypothetical protein  47.83 
 
 		 76 aa  55.8  0.0000002  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_3564  hypothetical protein  47.06 
 
 		 84 aa  55.5  0.0000003  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.0710872  normal  0.0244929 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2179  hypothetical protein  42.65 
 
 		 68 aa  55.1  0.0000003  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  hitchhiker  0.000190781  hitchhiker  0.00000346737 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_3711  hypothetical protein  50 
 
 		 76 aa  55.1  0.0000004  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_1736  hypothetical protein  45.76 
 
 		 62 aa  53.5  0.000001  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.00537203 
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000100  hypothetical protein  42.62 
 
 		 61 aa  52.4  0.000002  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.136793  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_3630  hypothetical protein  42.62 
 
 		 61 aa  51.6  0.000003  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1411  hypothetical protein  37.31 
 
 		 88 aa  52  0.000003  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  hitchhiker  0.000158578  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1613  hypothetical protein  46.88 
 
 		 72 aa  49.7  0.00001  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.0675428  hitchhiker  0.00154974 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3301  thiosulfate sulfurtransferase  38.57 
 
 		 73 aa  48.5  0.00003  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.967077  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2741  hypothetical protein  35.48 
 
 		 66 aa  47.4  0.00006  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II0057  hypothetical protein  44.07 
 
 		 69 aa  46.2  0.0001  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_2350  hypothetical protein  38.81 
 
 		 70 aa  45.8  0.0002  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  unclonable  0.00000195023  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_3464  hypothetical protein  38.33 
 
 		 70 aa  45.8  0.0002  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  hitchhiker  0.000141728  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU0396  hypothetical protein  36.67 
 
 		 70 aa  45.1  0.0003  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.191908  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1237  hypothetical protein  35.38 
 
 		 69 aa  44.7  0.0004  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.950013  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3849  hypothetical protein  36.67 
 
 		 70 aa  44.7  0.0004  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.336203  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_3933  hypothetical protein  36.67 
 
 		 70 aa  44.7  0.0005  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  0.0167191 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_1618  rhodanese domain-containing protein  41.94 
 
 		 175 aa  43.9  0.0008  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  0.576106 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3758  hypothetical protein  35.38 
 
 		 74 aa  42.7  0.002  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.626743  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_3124  hypothetical protein  36.67 
 
 		 70 aa  41.6  0.003  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3342  hypothetical protein  33.33 
 
 		 75 aa  40.8  0.007  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00840593 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2788  putative inner membrane protein  43.75 
 
 		 174 aa  40.4  0.007  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  0.34112 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_3910  putative inner membrane protein  48.72 
 
 		 172 aa  40.4  0.008  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  0.347321 
 
 
-
 
CP001509  ECD_02524  predicted inner membrane protein with hydrolase activity  48.72 
 
 		 174 aa  40  0.009  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1015  Rhodanese domain protein  48.72 
 
 		 174 aa  40.4  0.009  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_02488  hypothetical protein  48.72 
 
 		 174 aa  40  0.009  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2803  putative inner membrane protein  48.72 
 
 		 174 aa  40  0.009  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1038  rhodanese domain-containing protein  48.72 
 
 		 174 aa  40.4  0.009  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_2948  putative inner membrane protein  48.72 
 
 		 174 aa  40  0.01  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E3213  putative inner membrane protein  48.72 
 
 		 174 aa  40  0.01  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>