23 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene PputGB1_5141 on replicon NC_010322
Organism: Pseudomonas putida GB-1



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_010322  PputGB1_5141  TM2 domain-containing protein  100 
 
 		 139 aa  278  1e-74  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.143411  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4964  TM2 domain-containing protein  97.12 
 
 		 139 aa  274  3e-73  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_5091  hypothetical protein  97.12 
 
 		 139 aa  273  4e-73  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.710135  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0374  TM2 domain-containing protein  92.03 
 
 		 139 aa  262  1e-69  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0480  TM2  76.26 
 
 		 134 aa  220  4e-57  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.748725  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5316  TM2  75.89 
 
 		 144 aa  220  4.9999999999999996e-57  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.368186 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_4145  TM2 domain-containing protein  81.4 
 
 		 132 aa  219  7e-57  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_05210  hypothetical protein  83.33 
 
 		 134 aa  219  9.999999999999999e-57  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_5043  hypothetical protein  74.1 
 
 		 184 aa  218  1.9999999999999999e-56  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.307475  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0498  hypothetical protein  81.75 
 
 		 134 aa  217  5e-56  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0167  TM2 domain-containing protein  79.03 
 
 		 135 aa  210  5.999999999999999e-54  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_1993  TM2 domain-containing protein  74.4 
 
 		 135 aa  201  3e-51  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  0.0383529  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_03100  TM2 domain-containing hypothetical protein  79.84 
 
 		 133 aa  194  2.0000000000000003e-49  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.564885  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_0299  TM2 domain containing protein  65.19 
 
 		 135 aa  191  2e-48  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  hitchhiker  0.00000251621  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_2502  TM2  77.52 
 
 		 140 aa  187  5e-47  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  hitchhiker  0.000265771  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1622  hypothetical protein  67.2 
 
 		 132 aa  184  2e-46  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_4937  TM2 domain containing protein  47.62 
 
 		 194 aa  70.5  0.000000000008  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_2399  TM2 domain-containing protein  48.48 
 
 		 169 aa  62.4  0.000000002  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  0.324538  normal  0.432831 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_1825  TM2 domain containing protein  46.77 
 
 		 154 aa  58.5  0.00000003  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_4957  TM2  50 
 
 		 164 aa  54.7  0.0000004  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_0479  TM2 domain-containing protein  41.46 
 
 		 114 aa  52  0.000003  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014150  Bmur_2397  TM2 domain containing protein  55.81 
 
 		 113 aa  45.1  0.0003  Brachyspira murdochii DSM 12563  Bacteria  hitchhiker  2.25927e-19  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_1089  TM2  36.59 
 
 		 117 aa  42  0.003  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>