299 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Ppha_R0050 on replicon NC_011060
Organism: Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_011060  Ppha_R0050  tRNA-Asp  100 
 
 		 78 bp  155  2e-36  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007514  Cag_t07  tRNA-Asp  98.72 
 
 		 78 bp  147  4.0000000000000006e-34  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  0.802625  n/a   
 
 
-
 
NC_010803  Clim_R0051  tRNA-Asp  98.72 
 
 		 78 bp  147  4.0000000000000006e-34  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  0.681144  n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_R0041  tRNA-Asp  98.67 
 
 		 75 bp  141  3e-32  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  0.0134468  n/a   
 
 
-
 
NC_007512  Plut_R0046  tRNA-Asp  97.44 
 
 		 78 bp  139  1e-31  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  hitchhiker  0.000000106741  normal  0.144267 
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_R0052  tRNA-Asp  96.15 
 
 		 78 bp  131  3e-29  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  hitchhiker  0.000156743  normal  0.332639 
 
 
-
 
NC_011059  Paes_R0047  tRNA-Asp  96 
 
 		 75 bp  125  2e-27  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  0.488675  normal  1 
 
 
-
 
NC_014150  Bmur_R0019  tRNA-Asp  94.67 
 
 		 75 bp  117  3.9999999999999997e-25  Brachyspira murdochii DSM 12563  Bacteria  hitchhiker  6.4765400000000006e-24  n/a   
 
 
-
 
NC_010655  Amuc_R0060  tRNA-Asp  92.65 
 
 		 78 bp  95.6  1e-18  Akkermansia muciniphila ATCC BAA-835  Bacteria  normal  0.695834  hitchhiker  0.0000996244 
 
 
-
 
NC_010655  Amuc_R0022  tRNA-Asp  92.65 
 
 		 78 bp  95.6  1e-18  Akkermansia muciniphila ATCC BAA-835  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_R0043  tRNA-Asp  93.75 
 
 		 77 bp  87.7  3e-16  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.956354  normal  1 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_R0021  tRNA-Asp  93.75 
 
 		 77 bp  87.7  3e-16  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_R0039  tRNA-Asp  93.75 
 
 		 77 bp  87.7  3e-16  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00299876 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_R0043  tRNA-Asp  92.19 
 
 		 78 bp  87.7  3e-16  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_R0060  tRNA-Asp  93.75 
 
 		 77 bp  87.7  3e-16  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.285107  normal  0.0443211 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_R0015  tRNA-Asp  93.75 
 
 		 77 bp  87.7  3e-16  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_R0031  tRNA-Asp  93.55 
 
 		 77 bp  83.8  0.000000000000005  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_R0034  tRNA-Asp  93.55 
 
 		 77 bp  83.8  0.000000000000005  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.0659672  normal  0.192968 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_R0031  tRNA-Asp  93.55 
 
 		 77 bp  83.8  0.000000000000005  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  0.0703177 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_R0046  tRNA-Asp  93.55 
 
 		 77 bp  83.8  0.000000000000005  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  0.165738 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_tRNA43  tRNA-Asp  93.55 
 
 		 77 bp  83.8  0.000000000000005  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.353058 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_R0045  tRNA-Asp  92.19 
 
 		 77 bp  79.8  0.00000000000008  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_R0026  tRNA-Asp  92.19 
 
 		 77 bp  79.8  0.00000000000008  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.0364321  normal  0.064648 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_R0031  tRNA-Asp  92.19 
 
 		 77 bp  79.8  0.00000000000008  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  hitchhiker  0.000000203604  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_R0033  tRNA-Asp  92.19 
 
 		 77 bp  79.8  0.00000000000008  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  unclonable  0.00000000933276  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_4562  tRNA-Asp  92.19 
 
 		 77 bp  79.8  0.00000000000008  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR_t12  tRNA-Asp  92.19 
 
 		 74 bp  79.8  0.00000000000008  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.0503237  n/a   
 
 
-
 
NC_004311  BRAt02  tRNA-Asp  92.19 
 
 		 77 bp  79.8  0.00000000000008  Brucella suis 1330  Bacteria  decreased coverage  0.00626728  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_R0014  tRNA-Asp  92.19 
 
 		 77 bp  79.8  0.00000000000008  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_R0033  tRNA-Asp  92.19 
 
 		 77 bp  79.8  0.00000000000008  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.0194372  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_R0034  tRNA-Asp  92.19 
 
 		 77 bp  79.8  0.00000000000008  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.0194372  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_0795  tRNA-Asp  92.19 
 
 		 79 bp  79.8  0.00000000000008  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.24739  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_R0015  tRNA-Asp  92.19 
 
 		 77 bp  79.8  0.00000000000008  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.103897  normal  0.235833 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_R0021  tRNA-Asp  92.19 
 
 		 77 bp  79.8  0.00000000000008  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008255  CHU_tAsp01  tRNA-Asp  94.23 
 
 		 77 bp  79.8  0.00000000000008  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  0.0846987  normal  0.356789 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_R0013  tRNA-Asp  92.19 
 
 		 77 bp  79.8  0.00000000000008  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.729224  normal  1 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_R0046  tRNA-Asp  92.19 
 
 		 77 bp  79.8  0.00000000000008  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_R0013  tRNA-Asp  92.19 
 
 		 77 bp  79.8  0.00000000000008  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_R0027  tRNA-Asp  92.19 
 
 		 77 bp  79.8  0.00000000000008  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.221595  normal  0.0673851 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_R0025  tRNA-Asp  92.19 
 
 		 77 bp  79.8  0.00000000000008  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.0357766  normal  0.112448 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_R0027  tRNA-Asp  92.19 
 
 		 77 bp  79.8  0.00000000000008  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.0556629  normal  0.064648 
 
 
-
 
NC_011728  BbuZS7_0651  tRNA-Asp  97.67 
 
 		 77 bp  77.8  0.0000000000003  Borrelia burgdorferi ZS7  Bacteria  normal  0.672568  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_R0040  tRNA-Asp  94.12 
 
 		 77 bp  77.8  0.0000000000003  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.491584  normal  1 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_R0006  tRNA-Asp  94.44 
 
 		 74 bp  75.8  0.000000000001  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  0.604068 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_R0048  tRNA-Asp  91.94 
 
 		 77 bp  75.8  0.000000000001  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_R0020  tRNA-Asp  91.94 
 
 		 77 bp  75.8  0.000000000001  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.539056  normal  0.0659603 
 
 
-
 
NC_010511  M446_R0045  tRNA-Asp  91.94 
 
 		 77 bp  75.8  0.000000000001  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.804977  normal  0.403713 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_R0037  tRNA-Asp  91.94 
 
 		 77 bp  75.8  0.000000000001  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_R0049  tRNA-Asp  91.94 
 
 		 77 bp  75.8  0.000000000001  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_R0035  tRNA-Asp  91.94 
 
 		 77 bp  75.8  0.000000000001  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  0.143388 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_R0006  tRNA-Asp  93.88 
 
 		 77 bp  73.8  0.000000000005  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  0.217268  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_R0013  tRNA-Asp  93.88 
 
 		 77 bp  73.8  0.000000000005  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  hitchhiker  0.00001857  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_R0004  tRNA-Asp  93.75 
 
 		 78 bp  71.9  0.00000000002  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  0.155888  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_R0049  tRNA-Asp  94.23 
 
 		 77 bp  71.9  0.00000000002  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_R0014  tRNA-Asp  90.62 
 
 		 77 bp  71.9  0.00000000002  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_4563  tRNA-Asp  90.62 
 
 		 77 bp  71.9  0.00000000002  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_R0014  tRNA-Asp  90.62 
 
 		 77 bp  71.9  0.00000000002  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.55678  normal  1 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_R0047  tRNA-Asp  90.62 
 
 		 77 bp  71.9  0.00000000002  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.188533  normal  1 
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0298  tRNA-Asp  90.62 
 
 		 79 bp  71.9  0.00000000002  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  hitchhiker  0.00212865  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_R0017  tRNA-Asp  90.62 
 
 		 77 bp  71.9  0.00000000002  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.214507  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_R0019  tRNA-Asp  90.62 
 
 		 77 bp  71.9  0.00000000002  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.206388  n/a   
 
 
-
 
NC_010830  Aasi_R0003  tRNA-Asp  95.45 
 
 		 74 bp  71.9  0.00000000002  Candidatus Amoebophilus asiaticus 5a2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_R0044  tRNA-Asp  90.62 
 
 		 77 bp  71.9  0.00000000002  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  hitchhiker  0.0000264444  n/a   
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0777  tRNA-Asp  90.62 
 
 		 77 bp  71.9  0.00000000002  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_R0015  tRNA-Asp  90.62 
 
 		 77 bp  71.9  0.00000000002  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_R0046  tRNA-Asp  95.35 
 
 		 77 bp  69.9  0.00000000008  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013522  Taci_R0052  tRNA-Asp  87.32 
 
 		 78 bp  69.9  0.00000000008  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  hitchhiker  0.000174221  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_R0030  tRNA-Asp  92 
 
 		 77 bp  67.9  0.0000000003  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_R0043  tRNA-Asp  90.74 
 
 		 76 bp  67.9  0.0000000003  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  hitchhiker  0.0000000383968  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_R0044  tRNA-Asp  92 
 
 		 77 bp  67.9  0.0000000003  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.405337 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_R0031  tRNA-Asp  93.33 
 
 		 77 bp  65.9  0.000000001  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  1  normal  0.0192134 
 
 
-
 
NC_013203  Apar_R0006  tRNA-Asp  91.84 
 
 		 77 bp  65.9  0.000000001  Atopobium parvulum DSM 20469  Bacteria  unclonable  0.000000000433123  normal  0.0757617 
 
 
-
 
NC_008531  LEUM_t0034  tRNA-Asp  91.84 
 
 		 74 bp  65.9  0.000000001  Leuconostoc mesenteroides subsp. mesenteroides ATCC 8293  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008531  LEUM_t0178  tRNA-Asp  91.84 
 
 		 74 bp  65.9  0.000000001  Leuconostoc mesenteroides subsp. mesenteroides ATCC 8293  Bacteria  normal  0.0628271  n/a   
 
 
-
 
NC_008531  LEUM_t1829  tRNA-Asp  91.84 
 
 		 77 bp  65.9  0.000000001  Leuconostoc mesenteroides subsp. mesenteroides ATCC 8293  Bacteria  normal  0.150198  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_R0035  tRNA-Asp  91.84 
 
 		 77 bp  65.9  0.000000001  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  unclonable  0.000000000822611  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_R0043  tRNA-Asp  91.84 
 
 		 77 bp  65.9  0.000000001  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  unclonable  0.00000000153276  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_R0091  tRNA-Asp  91.84 
 
 		 77 bp  65.9  0.000000001  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  hitchhiker  0.000000179456  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_6033  tRNA-Asp  89.06 
 
 		 77 bp  63.9  0.000000005  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.908357  normal  0.208238 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A0473  tRNA-Asp  95 
 
 		 79 bp  63.9  0.000000005  Yersinia pestis Angola  Bacteria  hitchhiker  0.0000478831  normal  0.0378852 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_R0100  tRNA-Asp  95 
 
 		 77 bp  63.9  0.000000005  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.0485231  normal  0.35934 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_R0046  tRNA-Asp  89.06 
 
 		 77 bp  63.9  0.000000005  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  hitchhiker  0.000290325  n/a   
 
 
-
 
NC_007493  RSP_4317  tRNA-Asp  89.06 
 
 		 77 bp  63.9  0.000000005  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.771522  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_R0021  tRNA-Asp  90.38 
 
 		 77 bp  63.9  0.000000005  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  hitchhiker  0.0000370726  hitchhiker  0.000000254524 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_R0024  tRNA-Asp  95 
 
 		 77 bp  63.9  0.000000005  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  hitchhiker  0.000000000000583743  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_R0062  tRNA-Asp  95 
 
 		 77 bp  63.9  0.000000005  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.352281  n/a   
 
 
-
 
NC_011761  AFE_0916  tRNA-Asp  90.38 
 
 		 79 bp  63.9  0.000000005  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.125153  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A1924  tRNA-Asp  95 
 
 		 79 bp  63.9  0.000000005  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  0.0278323  normal  0.559384 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_R0014  tRNA-Asp  89.06 
 
 		 77 bp  63.9  0.000000005  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.791335  normal  1 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_R0015  tRNA-Asp  89.06 
 
 		 77 bp  63.9  0.000000005  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_R0016  tRNA-Asp  89.06 
 
 		 77 bp  63.9  0.000000005  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.816839  normal  1 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_R0093  tRNA-Asp  95 
 
 		 77 bp  63.9  0.000000005  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_R0045  tRNA-Asp  89.06 
 
 		 77 bp  63.9  0.000000005  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  0.316389 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_R0034  tRNA-Asp  89.06 
 
 		 77 bp  63.9  0.000000005  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  0.182102 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_R0013  tRNA-Asp  88.33 
 
 		 77 bp  63.9  0.000000005  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.212749  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_R0026  tRNA-Asp  89.06 
 
 		 77 bp  63.9  0.000000005  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.522695  normal  0.33035 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_6034  tRNA-Asp  89.06 
 
 		 77 bp  63.9  0.000000005  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.93695  normal  0.213156 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_R0013  tRNA-Asp  95 
 
 		 77 bp  63.9  0.000000005  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.717559  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_R0063  tRNA-Asp  95 
 
 		 77 bp  63.9  0.000000005  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.0470836  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_R0040  tRNA-Asp  95 
 
 		 77 bp  63.9  0.000000005  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.824145  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>