122 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Pden_1696 on replicon NC_008686
Organism: Paracoccus denitrificans PD1222



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008686  Pden_1696  phosphoribulokinase  100 
 
 		 290 aa  601  1.0000000000000001e-171  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.197903  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0446  phosphoribulokinase  80.97 
 
 		 295 aa  492  9.999999999999999e-139  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.515173  normal  0.0634362 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_1284  phosphoribulokinase  80 
 
 		 290 aa  481  1e-135  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2943  phosphoribulokinase  80 
 
 		 290 aa  481  1e-135  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009430  Rsph17025_4016  hypothetical protein  77.59 
 
 		 292 aa  480  1e-134  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2714  phosphoribulokinase  79.31 
 
 		 290 aa  476  1e-133  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007494  RSP_3267  phosphoribulokinase  76.55 
 
 		 292 aa  471  1e-132  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_4000  phosphoribulokinase  76.55 
 
 		 292 aa  471  1e-132  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.286911  normal  1 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_2693  phosphoribulokinase/uridine kinase  70 
 
 		 290 aa  436  1e-121  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.091078  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1051  phosphoribulokinase  71.03 
 
 		 291 aa  435  1e-121  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.382948  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_5125  Phosphoribulokinase  70.49 
 
 		 291 aa  437  1e-121  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007959  Nham_4047  phosphoribulokinase/uridine kinase  68.97 
 
 		 290 aa  431  1e-120  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.762728  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_3753  phosphoribulokinase  68.97 
 
 		 290 aa  431  1e-120  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.917457  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_2281  phosphoribulokinase  71.97 
 
 		 286 aa  432  1e-120  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  hitchhiker  0.00866934  normal  0.0119473 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_0320  phosphoribulokinase/uridine kinase  71.63 
 
 		 286 aa  429  1e-119  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.562289  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_2898  phosphoribulokinase  69.66 
 
 		 291 aa  424  1e-118  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.40634  normal  0.065685 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_0822  phosphoribulokinase  70 
 
 		 291 aa  427  1e-118  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.60628  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6400  phosphoribulokinase  68.97 
 
 		 291 aa  427  1e-118  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0948  phosphoribulokinase  69.1 
 
 		 291 aa  421  1e-117  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1914  phosphoribulokinase  68.97 
 
 		 291 aa  421  1e-117  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  0.469914 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_3921  phosphoribulokinase  69.2 
 
 		 289 aa  418  1e-116  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_0920  Phosphoribulokinase  68.86 
 
 		 286 aa  414  9.999999999999999e-116  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  0.714097 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_0944  Phosphoribulokinase  68.86 
 
 		 286 aa  412  1e-114  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.373427  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3558  phosphoribulokinase  69.55 
 
 		 286 aa  412  1e-114  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.968442  normal  1 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_1192  Phosphoribulokinase  67.82 
 
 		 304 aa  409  1e-113  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.0642635 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_0980  phosphoribulokinase  68.86 
 
 		 286 aa  410  1e-113  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  0.231179 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A2789  phosphoribulokinase  67.13 
 
 		 292 aa  407  1.0000000000000001e-112  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.23487  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3025  Phosphoribulokinase  65.17 
 
 		 292 aa  402  1e-111  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.0147784  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2404  phosphoribulokinase  64.83 
 
 		 292 aa  399  9.999999999999999e-111  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.154071  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A1482  phosphoribulokinase  67.59 
 
 		 291 aa  390  1e-107  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  0.793248 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3754  phosphoribulokinase  64.14 
 
 		 294 aa  389  1e-107  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3627  phosphoribulokinase/uridine kinase  61.72 
 
 		 290 aa  386  1e-106  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.694975  normal  0.715068 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1512  phosphoribulokinase/uridine kinase  63.45 
 
 		 294 aa  386  1e-106  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  hitchhiker  0.00000087167  decreased coverage  0.0000773868 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A0562  phosphoribulokinase  62.28 
 
 		 290 aa  384  1e-105  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  unclonable  0.000000247732  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2449  phosphoribulokinase  63.79 
 
 		 290 aa  380  1e-104  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.671024  normal  0.517835 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1983  phosphoribulokinase  62.76 
 
 		 294 aa  375  1e-103  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.784052  normal  1 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1498  Phosphoribulokinase  63.73 
 
 		 291 aa  377  1e-103  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.95909  n/a   
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_5952  phosphoribulokinase  61.38 
 
 		 290 aa  374  1e-102  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  0.0178204 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6493  phosphoribulokinase  62.07 
 
 		 290 aa  372  1e-102  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  0.0819827 
 
 
-
 
NC_002977  MCA3051  phosphoribulokinase  61.09 
 
 		 292 aa  370  1e-101  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1392  phosphoribulokinase  63.45 
 
 		 292 aa  368  1e-101  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1049  phosphoribulokinase  60.82 
 
 		 295 aa  365  1e-100  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  decreased coverage  0.0000381881  n/a   
 
 
-
 
NC_011761  AFE_0536  phosphoribulokinase  60.92 
 
 		 290 aa  365  1e-100  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  unclonable  0.00207145  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_0693  Phosphoribulokinase  60.92 
 
 		 290 aa  365  1e-100  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  unclonable  0.00000000130691  unclonable  0.000000000121362 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2447  phosphoribulokinase  56.95 
 
 		 295 aa  363  1e-99  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  hitchhiker  0.00000000190521  normal  1 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_3240  Phosphoribulokinase  58.5 
 
 		 296 aa  364  1e-99  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  unclonable  0.000000913358  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_2566  Phosphoribulokinase  60.07 
 
 		 296 aa  361  9e-99  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  unclonable  0.00000019145  hitchhiker  0.00547345 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_2826  phosphoribulokinase  60 
 
 		 290 aa  360  1e-98  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  unclonable  0.0000000000454104  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_0561  Phosphoribulokinase  58.22 
 
 		 297 aa  358  5e-98  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  unclonable  0.00000638489  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2833  phosphoribulokinase  59.11 
 
 		 292 aa  357  9.999999999999999e-98  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.313018  normal  1 
 
 
-
 
NC_007513  Syncc9902_0789  phosphoribulokinase  56.71 
 
 		 300 aa  351  1e-95  Synechococcus sp. CC9902  Bacteria  normal  0.0104023  n/a   
 
 
-
 
NC_007516  Syncc9605_1864  phosphoribulokinase  56.19 
 
 		 300 aa  351  1e-95  Synechococcus sp. CC9605  Bacteria  normal  0.712466  normal  1 
 
 
-
 
NC_008820  P9303_17331  phosphoribulokinase  57.53 
 
 		 300 aa  349  4e-95  Prochlorococcus marinus str. MIT 9303  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009976  P9211_09761  phosphoribulokinase  56 
 
 		 300 aa  347  1e-94  Prochlorococcus marinus str. MIT 9211  Bacteria  normal  1  normal  0.0122412 
 
 
-
 
NC_007577  PMT9312_0793  phosphoribulokinase  54.33 
 
 		 299 aa  345  5e-94  Prochlorococcus marinus str. MIT 9312  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008816  A9601_08491  phosphoribulokinase  54.52 
 
 		 298 aa  344  8e-94  Prochlorococcus marinus str. AS9601  Bacteria  normal  0.314125  n/a   
 
 
-
 
NC_009091  P9301_08461  phosphoribulokinase  54.52 
 
 		 298 aa  344  8e-94  Prochlorococcus marinus str. MIT 9301  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008817  P9515_07961  phosphoribulokinase  55 
 
 		 299 aa  343  2e-93  Prochlorococcus marinus str. MIT 9515  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007335  PMN2A_0193  phosphoribulokinase  56 
 
 		 300 aa  342  4e-93  Prochlorococcus marinus str. NATL2A  Bacteria  normal  0.0908262  n/a   
 
 
-
 
NC_008819  NATL1_08251  phosphoribulokinase  56.04 
 
 		 300 aa  342  5e-93  Prochlorococcus marinus str. NATL1A  Bacteria  normal  0.298725  normal  0.584517 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0628  phosphoribulokinase  53.45 
 
 		 299 aa  313  2.9999999999999996e-84  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.470735  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_4578  phosphoribulokinase  52.6 
 
 		 289 aa  311  5.999999999999999e-84  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.0260853  normal  1 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0910  phosphoribulokinase  52.56 
 
 		 290 aa  311  6.999999999999999e-84  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0224  phosphoribulokinase  50.86 
 
 		 300 aa  310  2e-83  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.881816  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3554  phosphoribulokinase  53.85 
 
 		 288 aa  310  2e-83  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2190  phosphoribulokinase  52.78 
 
 		 289 aa  308  5e-83  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3735  phosphoribulokinase/uridine kinase family protein  52.08 
 
 		 289 aa  308  5e-83  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  0.075518 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3769  phosphoribulokinase/uridine kinase family protein  52.08 
 
 		 289 aa  308  5e-83  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  0.331887 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3660  phosphoribulokinase/uridine kinase family protein  52.08 
 
 		 289 aa  308  5e-83  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B3661  phosphoribulokinase/uridine kinase family protein  52.08 
 
 		 289 aa  308  5e-83  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.276567  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3832  phosphoribulokinase/uridine kinase family protein  52.08 
 
 		 289 aa  308  5e-83  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0295  Phosphoribulokinase  52.08 
 
 		 289 aa  306  2.0000000000000002e-82  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.810338  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_03206  predicted phosphoribulokinase  51.04 
 
 		 289 aa  305  4.0000000000000004e-82  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.0660711  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0357  Phosphoribulokinase  51.04 
 
 		 289 aa  305  4.0000000000000004e-82  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.198732  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_03158  hypothetical protein  51.04 
 
 		 289 aa  305  4.0000000000000004e-82  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.0642242  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3782  phosphoribulokinase  50.69 
 
 		 289 aa  305  4.0000000000000004e-82  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.161348  normal  0.0134674 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_3942  putative phosphoribulokinase  52.46 
 
 		 289 aa  305  4.0000000000000004e-82  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3552  phosphoribulokinase/uridine kinase family protein  51.04 
 
 		 289 aa  305  4.0000000000000004e-82  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3825  phosphoribulokinase/uridine kinase family protein  51.04 
 
 		 289 aa  305  4.0000000000000004e-82  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.0698789  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A3699  phosphoribulokinase 1  52.46 
 
 		 289 aa  305  4.0000000000000004e-82  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_0254  phosphoribulokinase  52.46 
 
 		 289 aa  305  4.0000000000000004e-82  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0357  phosphoribulokinase  51.04 
 
 		 289 aa  305  4.0000000000000004e-82  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.556787  normal  1 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3637  phosphoribulokinase/uridine kinase family protein  51.04 
 
 		 289 aa  305  4.0000000000000004e-82  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000784787 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0371  Phosphoribulokinase  51.23 
 
 		 289 aa  305  6e-82  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_4030  Phosphoribulokinase  52.46 
 
 		 289 aa  305  6e-82  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0294  phosphoribulokinase  51.74 
 
 		 289 aa  305  8.000000000000001e-82  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00074  phosphoribulokinase  51.39 
 
 		 289 aa  304  9.000000000000001e-82  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3851  Phosphoribulokinase  52.46 
 
 		 289 aa  304  1.0000000000000001e-81  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.392591  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4665  phosphoribulokinase/uridine kinase family protein  50.69 
 
 		 289 aa  304  1.0000000000000001e-81  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.014  normal  0.177771 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E3730  phosphoribulokinase/uridine kinase family protein  50.69 
 
 		 289 aa  303  2.0000000000000002e-81  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002280  Phosphoribulokinase  51.39 
 
 		 289 aa  301  7.000000000000001e-81  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3290  phosphoribulokinase  54.58 
 
 		 298 aa  299  3e-80  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.803958  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03945  phosphoribulokinase  53.26 
 
 		 301 aa  298  6e-80  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0734  phosphoribulokinase  53.98 
 
 		 295 aa  297  1e-79  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3288  phosphoribulokinase  53.98 
 
 		 295 aa  297  1e-79  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.679184  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3400  phosphoribulokinase/uridine kinase  53.98 
 
 		 295 aa  297  1e-79  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3867  phosphoribulokinase  53.29 
 
 		 295 aa  297  1e-79  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004347  SO_0878  phosphoribulokinase  53.63 
 
 		 295 aa  296  3e-79  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_3188  phosphoribulokinase  53.85 
 
 		 290 aa  295  5e-79  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  hitchhiker  0.00000000476604  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_3002  phosphoribulokinase  54.42 
 
 		 295 aa  295  8e-79  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.0191198  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>