135 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Patl_0224 on replicon NC_008228
Organism: Pseudoalteromonas atlantica T6c



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008228  Patl_0224  phosphoribulokinase  100 
 
 		 300 aa  623  1e-178  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.881816  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03945  phosphoribulokinase  89.26 
 
 		 301 aa  534  1e-151  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0628  phosphoribulokinase  69.57 
 
 		 299 aa  452  1.0000000000000001e-126  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.470735  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0294  phosphoribulokinase  72.22 
 
 		 289 aa  447  1.0000000000000001e-124  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3660  phosphoribulokinase/uridine kinase family protein  70.49 
 
 		 289 aa  441  1e-123  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B3661  phosphoribulokinase/uridine kinase family protein  70.49 
 
 		 289 aa  441  1e-123  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.276567  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_3942  putative phosphoribulokinase  70.69 
 
 		 289 aa  444  1e-123  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_4578  phosphoribulokinase  70.14 
 
 		 289 aa  443  1e-123  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.0260853  normal  1 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A3699  phosphoribulokinase 1  70.69 
 
 		 289 aa  444  1e-123  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_0254  phosphoribulokinase  70.69 
 
 		 289 aa  444  1e-123  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3832  phosphoribulokinase/uridine kinase family protein  70.49 
 
 		 289 aa  441  1e-123  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3735  phosphoribulokinase/uridine kinase family protein  70.49 
 
 		 289 aa  441  1e-123  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  0.075518 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3769  phosphoribulokinase/uridine kinase family protein  70.49 
 
 		 289 aa  441  1e-123  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  0.331887 
 
 
-
 
CP001509  ECD_03206  predicted phosphoribulokinase  70.14 
 
 		 289 aa  439  9.999999999999999e-123  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.0660711  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0357  Phosphoribulokinase  70.14 
 
 		 289 aa  439  9.999999999999999e-123  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.198732  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4665  phosphoribulokinase/uridine kinase family protein  69.79 
 
 		 289 aa  437  9.999999999999999e-123  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.014  normal  0.177771 
 
 
-
 
NC_012892  B21_03158  hypothetical protein  70.14 
 
 		 289 aa  439  9.999999999999999e-123  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.0642242  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2190  phosphoribulokinase  70.49 
 
 		 289 aa  439  9.999999999999999e-123  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00074  phosphoribulokinase  70.83 
 
 		 289 aa  438  9.999999999999999e-123  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3552  phosphoribulokinase/uridine kinase family protein  70.14 
 
 		 289 aa  439  9.999999999999999e-123  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3825  phosphoribulokinase/uridine kinase family protein  70.14 
 
 		 289 aa  439  9.999999999999999e-123  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.0698789  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0357  phosphoribulokinase  70.14 
 
 		 289 aa  439  9.999999999999999e-123  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.556787  normal  1 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3637  phosphoribulokinase/uridine kinase family protein  70.14 
 
 		 289 aa  439  9.999999999999999e-123  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000784787 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002280  Phosphoribulokinase  70.83 
 
 		 289 aa  438  9.999999999999999e-123  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3782  phosphoribulokinase  69.44 
 
 		 289 aa  437  1e-121  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.161348  normal  0.0134674 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0668  phosphoribulokinase  73.01 
 
 		 295 aa  434  1e-121  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E3730  phosphoribulokinase/uridine kinase family protein  69.79 
 
 		 289 aa  436  1e-121  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0587  phosphoribulokinase  73.26 
 
 		 295 aa  433  1e-120  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  0.537809 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_4030  Phosphoribulokinase  68.29 
 
 		 289 aa  427  1e-119  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3851  Phosphoribulokinase  68.29 
 
 		 289 aa  428  1e-119  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.392591  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3124  phosphoribulokinase  73.01 
 
 		 295 aa  429  1e-119  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.0788952  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3867  phosphoribulokinase  72.66 
 
 		 295 aa  430  1e-119  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3507  phosphoribulokinase  73.52 
 
 		 295 aa  430  1e-119  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.102153  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0371  Phosphoribulokinase  68.31 
 
 		 289 aa  426  1e-118  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3290  phosphoribulokinase  72.47 
 
 		 298 aa  427  1e-118  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.803958  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0876  Phosphoribulokinase  71.97 
 
 		 295 aa  424  1e-118  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0888  phosphoribulokinase  71.97 
 
 		 295 aa  424  1e-118  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.255062  normal  1 
 
 
-
 
NC_004347  SO_0878  phosphoribulokinase  71.63 
 
 		 295 aa  422  1e-117  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0734  phosphoribulokinase  71.97 
 
 		 295 aa  424  1e-117  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3288  phosphoribulokinase  71.97 
 
 		 295 aa  424  1e-117  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.679184  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3400  phosphoribulokinase/uridine kinase  71.97 
 
 		 295 aa  424  1e-117  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3486  phosphoribulokinase  71.97 
 
 		 295 aa  424  1e-117  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0295  Phosphoribulokinase  67.36 
 
 		 289 aa  424  1e-117  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.810338  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0853  phosphoribulokinase  71.97 
 
 		 295 aa  423  1e-117  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_3188  phosphoribulokinase  71.78 
 
 		 290 aa  419  1e-116  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  hitchhiker  0.00000000476604  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_3002  phosphoribulokinase  71.78 
 
 		 295 aa  416  9.999999999999999e-116  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.0191198  normal  1 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A0562  phosphoribulokinase  60.69 
 
 		 290 aa  366  1e-100  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  unclonable  0.000000247732  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1512  phosphoribulokinase/uridine kinase  59.79 
 
 		 294 aa  365  1e-100  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  hitchhiker  0.00000087167  decreased coverage  0.0000773868 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2404  phosphoribulokinase  61.17 
 
 		 292 aa  363  2e-99  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.154071  n/a   
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6493  phosphoribulokinase  58.08 
 
 		 290 aa  363  2e-99  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  0.0819827 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_0536  phosphoribulokinase  61.05 
 
 		 290 aa  362  4e-99  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  unclonable  0.00207145  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_0693  Phosphoribulokinase  61.05 
 
 		 290 aa  362  4e-99  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  unclonable  0.00000000130691  unclonable  0.000000000121362 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3754  phosphoribulokinase  59.11 
 
 		 294 aa  362  4e-99  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_5952  phosphoribulokinase  58.08 
 
 		 290 aa  362  5.0000000000000005e-99  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  0.0178204 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1049  phosphoribulokinase  58.97 
 
 		 295 aa  361  7.0000000000000005e-99  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  decreased coverage  0.0000381881  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1498  Phosphoribulokinase  58.62 
 
 		 291 aa  361  1e-98  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.95909  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2833  phosphoribulokinase  58.97 
 
 		 292 aa  360  1e-98  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.313018  normal  1 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1983  phosphoribulokinase  58.42 
 
 		 294 aa  357  1.9999999999999998e-97  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.784052  normal  1 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_3240  Phosphoribulokinase  57.29 
 
 		 296 aa  352  2.9999999999999997e-96  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  unclonable  0.000000913358  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3025  Phosphoribulokinase  57.73 
 
 		 292 aa  352  5e-96  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.0147784  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_2826  phosphoribulokinase  56.36 
 
 		 290 aa  351  8e-96  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  unclonable  0.0000000000454104  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3627  phosphoribulokinase/uridine kinase  56.7 
 
 		 290 aa  350  2e-95  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.694975  normal  0.715068 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2447  phosphoribulokinase  57.43 
 
 		 295 aa  350  2e-95  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  hitchhiker  0.00000000190521  normal  1 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2449  phosphoribulokinase  57.04 
 
 		 290 aa  350  2e-95  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.671024  normal  0.517835 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A1482  phosphoribulokinase  55.9 
 
 		 291 aa  350  2e-95  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  0.793248 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1392  phosphoribulokinase  57.93 
 
 		 292 aa  348  8e-95  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA3051  phosphoribulokinase  57.53 
 
 		 292 aa  347  1e-94  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_5125  Phosphoribulokinase  56.4 
 
 		 291 aa  343  2e-93  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_2566  Phosphoribulokinase  55.93 
 
 		 296 aa  342  2.9999999999999997e-93  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  unclonable  0.00000019145  hitchhiker  0.00547345 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A2789  phosphoribulokinase  55.17 
 
 		 292 aa  341  7e-93  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.23487  normal  1 
 
 
-
 
NC_009976  P9211_09761  phosphoribulokinase  55.52 
 
 		 300 aa  340  2e-92  Prochlorococcus marinus str. MIT 9211  Bacteria  normal  1  normal  0.0122412 
 
 
-
 
NC_008820  P9303_17331  phosphoribulokinase  55.37 
 
 		 300 aa  338  5.9999999999999996e-92  Prochlorococcus marinus str. MIT 9303  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_0822  phosphoribulokinase  54.3 
 
 		 291 aa  337  9.999999999999999e-92  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.60628  n/a   
 
 
-
 
NC_008819  NATL1_08251  phosphoribulokinase  54.33 
 
 		 300 aa  336  1.9999999999999998e-91  Prochlorococcus marinus str. NATL1A  Bacteria  normal  0.298725  normal  0.584517 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6400  phosphoribulokinase  53.95 
 
 		 291 aa  336  2.9999999999999997e-91  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_0561  Phosphoribulokinase  54.24 
 
 		 297 aa  336  3.9999999999999995e-91  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  unclonable  0.00000638489  n/a   
 
 
-
 
NC_007335  PMN2A_0193  phosphoribulokinase  54.33 
 
 		 300 aa  334  9e-91  Prochlorococcus marinus str. NATL2A  Bacteria  normal  0.0908262  n/a   
 
 
-
 
NC_007516  Syncc9605_1864  phosphoribulokinase  54.36 
 
 		 300 aa  334  1e-90  Synechococcus sp. CC9605  Bacteria  normal  0.712466  normal  1 
 
 
-
 
NC_008816  A9601_08491  phosphoribulokinase  53.36 
 
 		 298 aa  332  4e-90  Prochlorococcus marinus str. AS9601  Bacteria  normal  0.314125  n/a   
 
 
-
 
NC_008817  P9515_07961  phosphoribulokinase  53.51 
 
 		 299 aa  332  4e-90  Prochlorococcus marinus str. MIT 9515  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009091  P9301_08461  phosphoribulokinase  53.36 
 
 		 298 aa  332  4e-90  Prochlorococcus marinus str. MIT 9301  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1051  phosphoribulokinase  54.33 
 
 		 291 aa  331  9e-90  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.382948  normal  1 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_2693  phosphoribulokinase/uridine kinase  54.3 
 
 		 290 aa  330  2e-89  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.091078  normal  1 
 
 
-
 
NC_007513  Syncc9902_0789  phosphoribulokinase  53.87 
 
 		 300 aa  330  2e-89  Synechococcus sp. CC9902  Bacteria  normal  0.0104023  n/a   
 
 
-
 
NC_007577  PMT9312_0793  phosphoribulokinase  53.18 
 
 		 299 aa  329  3e-89  Prochlorococcus marinus str. MIT 9312  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1914  phosphoribulokinase  53.77 
 
 		 291 aa  329  3e-89  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  0.469914 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0948  phosphoribulokinase  53.98 
 
 		 291 aa  328  6e-89  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_1192  Phosphoribulokinase  52.07 
 
 		 304 aa  327  2.0000000000000001e-88  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.0642635 
 
 
-
 
NC_007959  Nham_4047  phosphoribulokinase/uridine kinase  53.26 
 
 		 290 aa  326  3e-88  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.762728  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_3753  phosphoribulokinase  53.26 
 
 		 290 aa  326  3e-88  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.917457  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_2898  phosphoribulokinase  53.61 
 
 		 291 aa  325  8.000000000000001e-88  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.40634  normal  0.065685 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0910  phosphoribulokinase  53.63 
 
 		 290 aa  319  3e-86  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_0320  phosphoribulokinase/uridine kinase  51.9 
 
 		 286 aa  315  4e-85  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.562289  n/a   
 
 
-
 
NC_009620  Smed_3921  phosphoribulokinase  50.52 
 
 		 289 aa  314  9.999999999999999e-85  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_2281  phosphoribulokinase  51.9 
 
 		 286 aa  313  1.9999999999999998e-84  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  hitchhiker  0.00866934  normal  0.0119473 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3554  phosphoribulokinase  53.68 
 
 		 288 aa  312  3.9999999999999997e-84  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_1696  phosphoribulokinase  50.86 
 
 		 290 aa  310  2e-83  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.197903  normal  1 
 
 
-
 
NC_007494  RSP_3267  phosphoribulokinase  50.17 
 
 		 292 aa  303  2.0000000000000002e-81  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_4000  phosphoribulokinase  50.17 
 
 		 292 aa  303  2.0000000000000002e-81  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.286911  normal  1 
 
 
-
 
NC_009430  Rsph17025_4016  hypothetical protein  49.83 
 
 		 292 aa  303  2.0000000000000002e-81  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>