295 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene MADE_R0004 on replicon NC_011138
Organism: Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_011138  MADE_R0004  5S ribosomal RNA  100 
 
 		 122 bp  242  2e-62  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.73386  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_R0022  5S ribosomal RNA  97.54 
 
 		 122 bp  218  2e-55  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.0120854  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_R0003  5S ribosomal RNA  96.72 
 
 		 122 bp  210  6e-53  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.491574  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_R0009  5S ribosomal RNA  96.72 
 
 		 122 bp  210  6e-53  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.0303882  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_R0052  5S ribosomal RNA  96.72 
 
 		 122 bp  210  6e-53  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.137017  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_R0018  5S ribosomal RNA  96.72 
 
 		 122 bp  210  6e-53  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  decreased coverage  0.00138845  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_R0012  5S ribosomal RNA  88.5 
 
 		 116 bp  121  3.9999999999999996e-26  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_R0020  5S ribosomal RNA  88.5 
 
 		 116 bp  121  3.9999999999999996e-26  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_R0027  5S ribosomal RNA  88.5 
 
 		 116 bp  121  3.9999999999999996e-26  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_R0079  5S ribosomal RNA  88.5 
 
 		 116 bp  121  3.9999999999999996e-26  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.0560482  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00199  5S ribosomal RNA  94.52 
 
 		 117 bp  113  1.0000000000000001e-23  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00374  5S ribosomal RNA  94.52 
 
 		 117 bp  113  1.0000000000000001e-23  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_R0005  5S ribosomal RNA  87.61 
 
 		 116 bp  113  1.0000000000000001e-23  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.751826  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00247  5S ribosomal RNA  94.52 
 
 		 117 bp  113  1.0000000000000001e-23  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00193  5S ribosomal RNA  94.52 
 
 		 117 bp  113  1.0000000000000001e-23  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00472  5S ribosomal RNA  94.52 
 
 		 117 bp  113  1.0000000000000001e-23  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00326  5S ribosomal RNA  94.52 
 
 		 117 bp  113  1.0000000000000001e-23  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_03717  5S ribosomal RNA  94.52 
 
 		 117 bp  113  1.0000000000000001e-23  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_06827  5S ribosomal RNA  94.52 
 
 		 117 bp  113  1.0000000000000001e-23  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_03612  5S ribosomal RNA  94.52 
 
 		 117 bp  113  1.0000000000000001e-23  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_01013  5S ribosomal RNA  94.52 
 
 		 117 bp  113  1.0000000000000001e-23  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_R0100  5S ribosomal RNA  93.42 
 
 		 116 bp  111  4.0000000000000004e-23  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.390638  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I3114r  5S ribosomal RNA  95.52 
 
 		 120 bp  109  2e-22  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I3139r  5S ribosomal RNA  95.52 
 
 		 120 bp  109  2e-22  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.604121  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I3094r  5S ribosomal RNA  95.52 
 
 		 120 bp  109  2e-22  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_R0106  5S ribosomal RNA  90.11 
 
 		 116 bp  109  2e-22  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I3091r  5S ribosomal RNA  95.52 
 
 		 120 bp  109  2e-22  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.211097  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_R0105  5S ribosomal RNA  90.11 
 
 		 116 bp  109  2e-22  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I3073r  5S ribosomal RNA  95.52 
 
 		 120 bp  109  2e-22  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  unclonable  0.00000752328  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I3084r  5S ribosomal RNA  95.52 
 
 		 120 bp  109  2e-22  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  unclonable  0.00000384102  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2069a  5S ribosomal RNA  95.52 
 
 		 124 bp  109  2e-22  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I3109r  5S ribosomal RNA  95.52 
 
 		 120 bp  109  2e-22  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.0264558  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_rna091  5S ribosomal RNA  95.52 
 
 		 121 bp  109  2e-22  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.010484  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I3182r  5S ribosomal RNA  95.52 
 
 		 120 bp  109  2e-22  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.175468  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I3186r  5S ribosomal RNA  95.52 
 
 		 120 bp  109  2e-22  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.713865  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I3210r  5S ribosomal RNA  95.52 
 
 		 121 bp  109  2e-22  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_R0172  5S ribosomal RNA  91.36 
 
 		 116 bp  105  3e-21  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_R0006  5S ribosomal RNA  91.36 
 
 		 116 bp  105  3e-21  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_R0018  5S ribosomal RNA  91.36 
 
 		 116 bp  105  3e-21  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.156618  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_R0011  5S ribosomal RNA  91.36 
 
 		 116 bp  105  3e-21  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_R0023  5S ribosomal RNA  91.36 
 
 		 116 bp  105  3e-21  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_R0021  5S ribosomal RNA  91.36 
 
 		 116 bp  105  3e-21  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_R0039  5S ribosomal RNA  91.36 
 
 		 116 bp  105  3e-21  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_R0031  5S ribosomal RNA  91.36 
 
 		 116 bp  105  3e-21  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.897464  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_R0162  5S ribosomal RNA  91.36 
 
 		 116 bp  105  3e-21  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_R0178  5S ribosomal RNA  91.36 
 
 		 116 bp  105  3e-21  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_R0088  5S ribosomal RNA  91.36 
 
 		 116 bp  105  3e-21  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_R0003  5S ribosomal RNA  91.36 
 
 		 116 bp  105  3e-21  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  hitchhiker  0.00000111098  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_4208  5S ribosomal RNA  92.11 
 
 		 120 bp  103  1e-20  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  0.0120342  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A0632  5S ribosomal RNA  92.11 
 
 		 116 bp  103  1e-20  Yersinia pestis Angola  Bacteria  hitchhiker  0.000577559  normal  0.0755258 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_R0061  5S ribosomal RNA  90.48 
 
 		 116 bp  103  1e-20  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  0.488897 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A3398  5S ribosomal RNA  92 
 
 		 116 bp  101  4e-20  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  0.495724  normal  1 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A1923  5S ribosomal RNA  92 
 
 		 116 bp  101  4e-20  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  0.0302252  normal  0.557773 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_R0103  5S ribosomal RNA  92 
 
 		 116 bp  101  4e-20  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.01129  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I3096r  5S ribosomal RNA  94.03 
 
 		 121 bp  101  4e-20  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A0131  5S ribosomal RNA  92 
 
 		 116 bp  101  4e-20  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  0.0232542  normal  0.0763062 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_4192  5S ribosomal RNA  92 
 
 		 120 bp  101  4e-20  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  hitchhiker  0.00523056  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_4282  5S ribosomal RNA  92 
 
 		 120 bp  101  4e-20  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  hitchhiker  0.000174776  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_4290  5S ribosomal RNA  92 
 
 		 120 bp  101  4e-20  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  hitchhiker  0.00943464  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_4300  5S ribosomal RNA  92 
 
 		 116 bp  101  4e-20  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  0.0179371  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_R0104  5S ribosomal RNA  92 
 
 		 116 bp  101  4e-20  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  hitchhiker  0.0033867  n/a   
 
 
-
 
NC_013457  VEA_rna010  5S ribosomal RNA  94.03 
 
 		 121 bp  101  4e-20  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_R0038  5S ribosomal RNA  92 
 
 		 116 bp  101  4e-20  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_R0010  5S ribosomal RNA  92 
 
 		 116 bp  101  4e-20  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.137185  normal  0.0100238 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_R0106  5S ribosomal RNA  92 
 
 		 116 bp  101  4e-20  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.0633136  hitchhiker  0.000000553763 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_rna154  5S ribosomal RNA  94.03 
 
 		 121 bp  101  4e-20  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A0630  5S ribosomal RNA  92 
 
 		 116 bp  101  4e-20  Yersinia pestis Angola  Bacteria  hitchhiker  0.000525893  normal  0.0738312 
 
 
-
 
NC_011313  VSAL_II1115r  5S ribosomal RNA  94.03 
 
 		 120 bp  101  4e-20  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.155986  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A0472  5S ribosomal RNA  92 
 
 		 116 bp  101  4e-20  Yersinia pestis Angola  Bacteria  hitchhiker  0.0000566634  normal  0.0381897 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A0016  5S ribosomal RNA  92 
 
 		 116 bp  101  4e-20  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  0.0354565  normal  1 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_4196  5S ribosomal RNA  92 
 
 		 120 bp  101  4e-20  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  hitchhiker  0.0000940838  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_4262  5S ribosomal RNA  92 
 
 		 120 bp  101  4e-20  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  0.0215297  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_4218  5S ribosomal RNA  92 
 
 		 120 bp  101  4e-20  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  hitchhiker  0.00106979  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_R0099  5S ribosomal RNA  92 
 
 		 116 bp  101  4e-20  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.0795663  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A3468  5S ribosomal RNA  92 
 
 		 116 bp  101  4e-20  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  0.119898  normal  1 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_R0101  5S ribosomal RNA  92 
 
 		 116 bp  101  4e-20  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.068415  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I3078r  5S ribosomal RNA  94.03 
 
 		 120 bp  101  4e-20  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  unclonable  0.00000647094  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_R0102  5S ribosomal RNA  92 
 
 		 116 bp  101  4e-20  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.907318  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_R0004  5S ribosomal RNA  92 
 
 		 115 bp  101  4e-20  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.843382  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_R0012  5S ribosomal RNA  92 
 
 		 115 bp  101  4e-20  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_rna023  5S ribosomal RNA  94.03 
 
 		 121 bp  101  4e-20  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_rna035  5S ribosomal RNA  94.03 
 
 		 121 bp  101  4e-20  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_rna042  5S ribosomal RNA  94.03 
 
 		 121 bp  101  4e-20  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_rna046  5S ribosomal RNA  94.03 
 
 		 121 bp  101  4e-20  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_rna054  5S ribosomal RNA  94.03 
 
 		 121 bp  101  4e-20  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  hitchhiker  0.00000122961  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_rna060  5S ribosomal RNA  94.03 
 
 		 121 bp  101  4e-20  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_rna077  5S ribosomal RNA  94.03 
 
 		 121 bp  101  4e-20  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  hitchhiker  0.00000940353  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_rna082  5S ribosomal RNA  94.03 
 
 		 121 bp  101  4e-20  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_rna089  5S ribosomal RNA  94.03 
 
 		 121 bp  101  4e-20  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.011168  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_R0082  5S ribosomal RNA  92 
 
 		 116 bp  101  4e-20  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.295466  normal  0.150061 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_R0019  5S ribosomal RNA  92 
 
 		 116 bp  101  4e-20  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.0647157  hitchhiker  0.00427171 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_R0101  5S ribosomal RNA  92 
 
 		 116 bp  101  4e-20  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.0880096  normal  0.361912 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_R0095  5S ribosomal RNA  92 
 
 		 116 bp  101  4e-20  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.0491414  hitchhiker  0.003638 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_R0023  5S ribosomal RNA  90.12 
 
 		 120 bp  97.6  6e-19  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_R0146  5S ribosomal RNA  90 
 
 		 115 bp  95.6  2e-18  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.163233  hitchhiker  0.000349999 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_R0003  5S ribosomal RNA  90 
 
 		 115 bp  95.6  2e-18  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  0.130665 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_R0095  5S ribosomal RNA  90 
 
 		 115 bp  95.6  2e-18  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_R0009  5S ribosomal RNA  90 
 
 		 115 bp  95.6  2e-18  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00131424 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_R0130  5S ribosomal RNA  90 
 
 		 115 bp  95.6  2e-18  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.360206  hitchhiker  0.00734042 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_R0141  5S ribosomal RNA  90 
 
 		 115 bp  95.6  2e-18  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  0.0893526 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>