298 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene VIBHAR_00472 on replicon NC_009783
Organism: Vibrio harveyi ATCC BAA-1116



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_009783  VIBHAR_00472  5S ribosomal RNA  100 
 
 
117 bp  232  2e-59  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00199  5S ribosomal RNA  100 
 
 
117 bp  232  2e-59  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_03717  5S ribosomal RNA  99.15 
 
 
117 bp  224  4e-57  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00374  5S ribosomal RNA  99.15 
 
 
117 bp  224  4e-57  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_03612  5S ribosomal RNA  99.15 
 
 
117 bp  224  4e-57  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00326  5S ribosomal RNA  99.15 
 
 
117 bp  224  4e-57  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00193  5S ribosomal RNA  99.15 
 
 
117 bp  224  4e-57  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_06827  5S ribosomal RNA  99.15 
 
 
117 bp  224  4e-57  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00247  5S ribosomal RNA  99.15 
 
 
117 bp  224  4e-57  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_01013  5S ribosomal RNA  99.15 
 
 
117 bp  224  4e-57  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_rna023  5S ribosomal RNA  97.44 
 
 
121 bp  208  2e-52  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_rna035  5S ribosomal RNA  97.44 
 
 
121 bp  208  2e-52  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_rna042  5S ribosomal RNA  97.44 
 
 
121 bp  208  2e-52  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_rna046  5S ribosomal RNA  97.44 
 
 
121 bp  208  2e-52  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_rna060  5S ribosomal RNA  97.44 
 
 
121 bp  208  2e-52  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_rna089  5S ribosomal RNA  97.44 
 
 
121 bp  208  2e-52  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.011168  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_rna154  5S ribosomal RNA  97.44 
 
 
121 bp  208  2e-52  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_rna054  5S ribosomal RNA  96.58 
 
 
121 bp  200  6e-50  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  hitchhiker  0.00000122961  n/a   
 
 
-
 
NC_013457  VEA_rna010  5S ribosomal RNA  96.58 
 
 
121 bp  200  6e-50  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_rna082  5S ribosomal RNA  96.58 
 
 
121 bp  200  6e-50  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_rna077  5S ribosomal RNA  96.58 
 
 
121 bp  200  6e-50  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  hitchhiker  0.00000940353  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_rna091  5S ribosomal RNA  96.58 
 
 
121 bp  200  6e-50  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.010484  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_03610  5S ribosomal RNA  95.69 
 
 
117 bp  190  5e-47  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2069a  5S ribosomal RNA  94.83 
 
 
124 bp  174  2.9999999999999996e-42  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2712  5S ribosomal RNA  93.16 
 
 
121 bp  161  5e-38  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.000024444  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2805  5S ribosomal RNA  93.16 
 
 
121 bp  161  5e-38  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  0.143607  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2547  5S ribosomal RNA  93.16 
 
 
121 bp  161  5e-38  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  0.29025  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2456  5S ribosomal RNA  92.31 
 
 
124 bp  153  1e-35  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2325  5S ribosomal RNA  92.31 
 
 
123 bp  153  1e-35  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I3073r  5S ribosomal RNA  92.31 
 
 
120 bp  153  1e-35  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  unclonable  0.00000752328  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I3114r  5S ribosomal RNA  92.31 
 
 
120 bp  153  1e-35  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I3091r  5S ribosomal RNA  92.31 
 
 
120 bp  153  1e-35  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.211097  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I3186r  5S ribosomal RNA  92.31 
 
 
120 bp  153  1e-35  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.713865  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I3139r  5S ribosomal RNA  92.31 
 
 
120 bp  153  1e-35  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.604121  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2071  5S ribosomal RNA  92.31 
 
 
124 bp  153  1e-35  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I3094r  5S ribosomal RNA  92.31 
 
 
120 bp  153  1e-35  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I3084r  5S ribosomal RNA  92.31 
 
 
120 bp  153  1e-35  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  unclonable  0.00000384102  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I3109r  5S ribosomal RNA  92.31 
 
 
120 bp  153  1e-35  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.0264558  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I3210r  5S ribosomal RNA  92.31 
 
 
121 bp  153  1e-35  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I3182r  5S ribosomal RNA  92.31 
 
 
120 bp  153  1e-35  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.175468  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2334  5S ribosomal RNA  92.31 
 
 
124 bp  153  1e-35  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.00000925408  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A0246  5S ribosomal RNA  92.31 
 
 
121 bp  153  1e-35  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  0.25142  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I3078r  5S ribosomal RNA  91.45 
 
 
120 bp  145  3e-33  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  unclonable  0.00000647094  n/a   
 
 
-
 
NC_011313  VSAL_II1115r  5S ribosomal RNA  91.45 
 
 
120 bp  145  3e-33  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.155986  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I3096r  5S ribosomal RNA  91.15 
 
 
121 bp  137  7.000000000000001e-31  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_R0052  5S ribosomal RNA  96.43 
 
 
122 bp  135  3e-30  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.137017  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_R0018  5S ribosomal RNA  97.3 
 
 
122 bp  131  4.0000000000000003e-29  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  decreased coverage  0.00138845  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_R0022  5S ribosomal RNA  97.3 
 
 
122 bp  131  4.0000000000000003e-29  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.0120854  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_R0009  5S ribosomal RNA  97.3 
 
 
122 bp  131  4.0000000000000003e-29  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.0303882  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_R0003  5S ribosomal RNA  97.3 
 
 
122 bp  131  4.0000000000000003e-29  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.491574  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_R0029  5S ribosomal RNA  91.18 
 
 
115 bp  123  9.999999999999999e-27  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  unclonable  0.00000731174 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_R0004  5S ribosomal RNA  94.52 
 
 
122 bp  113  1.0000000000000001e-23  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.73386  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_R0064  5S ribosomal RNA  94.29 
 
 
115 bp  107  6e-22  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.050836  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_R0097  5S ribosomal RNA  94.29 
 
 
115 bp  107  6e-22  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_R0013  5S ribosomal RNA  94.29 
 
 
115 bp  107  6e-22  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.843481  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_R0092  5S ribosomal RNA  94.29 
 
 
115 bp  107  6e-22  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_R0074  5S ribosomal RNA  94.29 
 
 
115 bp  107  6e-22  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.201415  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_R0100  5S ribosomal RNA  94.29 
 
 
115 bp  107  6e-22  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_R0075  5S ribosomal RNA  94.29 
 
 
115 bp  107  6e-22  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_R0076  5S ribosomal RNA  94.29 
 
 
115 bp  107  6e-22  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.189132  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_R0073  5S ribosomal RNA  94.29 
 
 
115 bp  107  6e-22  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_R0084  5S ribosomal RNA  94.29 
 
 
115 bp  107  6e-22  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_R0094  5S ribosomal RNA  94.29 
 
 
115 bp  107  6e-22  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_R0081  5S ribosomal RNA  94.29 
 
 
115 bp  107  6e-22  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.874244  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_R0005  5S ribosomal RNA  87.72 
 
 
116 bp  107  6e-22  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  normal  0.251445 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_R0009  5S ribosomal RNA  87.72 
 
 
116 bp  107  6e-22  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_R0017  5S ribosomal RNA  87.72 
 
 
116 bp  107  6e-22  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_R0034  5S ribosomal RNA  87.72 
 
 
116 bp  107  6e-22  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_R0004  5S ribosomal RNA  94.29 
 
 
115 bp  107  6e-22  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.0280909  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_R0061  5S ribosomal RNA  87.72 
 
 
116 bp  107  6e-22  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  normal  0.488897 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_R0101  5S ribosomal RNA  87.72 
 
 
116 bp  107  6e-22  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_R0104  5S ribosomal RNA  87.72 
 
 
116 bp  107  6e-22  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0076366 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_R0108  5S ribosomal RNA  87.72 
 
 
116 bp  107  6e-22  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  normal  0.329988 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_R0031  5S ribosomal RNA  94.29 
 
 
115 bp  107  6e-22  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.693332  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_R0089  5S ribosomal RNA  87.61 
 
 
116 bp  105  2e-21  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_004347  SO_r013  5S ribosomal RNA  91.14 
 
 
120 bp  101  4e-20  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_r016  5S ribosomal RNA  91.14 
 
 
120 bp  101  4e-20  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_r019  5S ribosomal RNA  91.14 
 
 
120 bp  101  4e-20  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_RNA48  5S ribosomal RNA  87.39 
 
 
115 bp  101  4e-20  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.929438  normal  0.303665 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_RNA70  5S ribosomal RNA  87.39 
 
 
115 bp  101  4e-20  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_RNA79  5S ribosomal RNA  87.39 
 
 
115 bp  101  4e-20  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal  0.0223502 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_RNA8  5S ribosomal RNA  87.39 
 
 
115 bp  101  4e-20  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_R16  5S ribosomal RNA  87.39 
 
 
115 bp  101  4e-20  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.14569  normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_R45  5S ribosomal RNA  87.39 
 
 
115 bp  101  4e-20  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.161753  normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_R5  5S ribosomal RNA  87.39 
 
 
115 bp  101  4e-20  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.378855  normal  0.842536 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_R0134  5S ribosomal RNA  91.14 
 
 
116 bp  101  4e-20  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.00025818  hitchhiker  0.00693749 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_R0138  5S ribosomal RNA  91.14 
 
 
116 bp  101  4e-20  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_R0141  5S ribosomal RNA  91.14 
 
 
116 bp  101  4e-20  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  normal  0.232232 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_R0003  5S ribosomal RNA  91.14 
 
 
116 bp  101  4e-20  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.377147  hitchhiker  0.00225756 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_R0011  5S ribosomal RNA  91.14 
 
 
116 bp  101  4e-20  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00932419 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_R0018  5S ribosomal RNA  91.14 
 
 
116 bp  101  4e-20  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  normal  0.374169 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_R0024  5S ribosomal RNA  91.14 
 
 
116 bp  101  4e-20  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  hitchhiker  0.000358593  normal  0.0497188 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_R0028  5S ribosomal RNA  91.14 
 
 
116 bp  101  4e-20  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  normal  0.966911 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_R0075  5S ribosomal RNA  91.14 
 
 
116 bp  101  4e-20  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  normal  0.110925 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_R0121  5S ribosomal RNA  91.14 
 
 
116 bp  101  4e-20  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  normal  0.676383 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_R0139  5S ribosomal RNA  91.14 
 
 
116 bp  101  4e-20  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_R0142  5S ribosomal RNA  91.14 
 
 
116 bp  101  4e-20  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_R0003  5S ribosomal RNA  91.14 
 
 
120 bp  101  4e-20  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.95198  hitchhiker  0.000000732867 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_R0018  5S ribosomal RNA  91.14 
 
 
120 bp  101  4e-20  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0000000011379 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_R0007  5S ribosomal RNA  91.14 
 
 
121 bp  101  4e-20  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>