295 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Patl_R0079 on replicon NC_008228
Organism: Pseudoalteromonas atlantica T6c



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008228  Patl_R0012  5S ribosomal RNA  100 
 
 		 116 bp  230  6e-59  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_R0020  5S ribosomal RNA  100 
 
 		 116 bp  230  6e-59  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_R0027  5S ribosomal RNA  100 
 
 		 116 bp  230  6e-59  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_R0079  5S ribosomal RNA  100 
 
 		 116 bp  230  6e-59  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.0560482  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_R0005  5S ribosomal RNA  99.14 
 
 		 116 bp  222  9.999999999999999e-57  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.751826  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A0016  5S ribosomal RNA  89.38 
 
 		 116 bp  129  2.0000000000000002e-28  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  0.0354565  normal  1 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_R0099  5S ribosomal RNA  89.38 
 
 		 116 bp  129  2.0000000000000002e-28  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.0795663  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A3468  5S ribosomal RNA  89.38 
 
 		 116 bp  129  2.0000000000000002e-28  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  0.119898  normal  1 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_R0052  5S ribosomal RNA  89.38 
 
 		 122 bp  129  2.0000000000000002e-28  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.137017  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A3398  5S ribosomal RNA  89.38 
 
 		 116 bp  129  2.0000000000000002e-28  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  0.495724  normal  1 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A0630  5S ribosomal RNA  89.38 
 
 		 116 bp  129  2.0000000000000002e-28  Yersinia pestis Angola  Bacteria  hitchhiker  0.000525893  normal  0.0738312 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A0131  5S ribosomal RNA  89.38 
 
 		 116 bp  129  2.0000000000000002e-28  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  0.0232542  normal  0.0763062 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_4262  5S ribosomal RNA  89.38 
 
 		 120 bp  129  2.0000000000000002e-28  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  0.0215297  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_4290  5S ribosomal RNA  89.38 
 
 		 120 bp  129  2.0000000000000002e-28  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  hitchhiker  0.00943464  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_4300  5S ribosomal RNA  89.38 
 
 		 116 bp  129  2.0000000000000002e-28  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  0.0179371  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_4282  5S ribosomal RNA  89.38 
 
 		 120 bp  129  2.0000000000000002e-28  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  hitchhiker  0.000174776  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_4218  5S ribosomal RNA  89.38 
 
 		 120 bp  129  2.0000000000000002e-28  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  hitchhiker  0.00106979  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_4196  5S ribosomal RNA  89.38 
 
 		 120 bp  129  2.0000000000000002e-28  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  hitchhiker  0.0000940838  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A1923  5S ribosomal RNA  89.38 
 
 		 116 bp  129  2.0000000000000002e-28  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  0.0302252  normal  0.557773 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_R0101  5S ribosomal RNA  89.38 
 
 		 116 bp  129  2.0000000000000002e-28  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.068415  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_R0103  5S ribosomal RNA  89.38 
 
 		 116 bp  129  2.0000000000000002e-28  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.01129  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_R0104  5S ribosomal RNA  89.38 
 
 		 116 bp  129  2.0000000000000002e-28  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  hitchhiker  0.0033867  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_R0102  5S ribosomal RNA  89.38 
 
 		 116 bp  129  2.0000000000000002e-28  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.907318  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A0472  5S ribosomal RNA  89.38 
 
 		 116 bp  129  2.0000000000000002e-28  Yersinia pestis Angola  Bacteria  hitchhiker  0.0000566634  normal  0.0381897 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_4192  5S ribosomal RNA  89.38 
 
 		 120 bp  129  2.0000000000000002e-28  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  hitchhiker  0.00523056  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_R0010  5S ribosomal RNA  88.5 
 
 		 116 bp  121  3.9999999999999996e-26  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.137185  normal  0.0100238 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_R0082  5S ribosomal RNA  88.5 
 
 		 116 bp  121  3.9999999999999996e-26  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.295466  normal  0.150061 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_R0019  5S ribosomal RNA  88.5 
 
 		 116 bp  121  3.9999999999999996e-26  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.0647157  hitchhiker  0.00427171 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_R0095  5S ribosomal RNA  88.5 
 
 		 116 bp  121  3.9999999999999996e-26  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.0491414  hitchhiker  0.003638 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_R0009  5S ribosomal RNA  88.5 
 
 		 122 bp  121  3.9999999999999996e-26  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.0303882  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_R0003  5S ribosomal RNA  88.5 
 
 		 122 bp  121  3.9999999999999996e-26  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.491574  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_R0018  5S ribosomal RNA  88.5 
 
 		 122 bp  121  3.9999999999999996e-26  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  decreased coverage  0.00138845  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_R0004  5S ribosomal RNA  88.5 
 
 		 122 bp  121  3.9999999999999996e-26  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.73386  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_R0022  5S ribosomal RNA  88.5 
 
 		 122 bp  121  3.9999999999999996e-26  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.0120854  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_R0106  5S ribosomal RNA  88.5 
 
 		 116 bp  121  3.9999999999999996e-26  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_R0105  5S ribosomal RNA  88.5 
 
 		 116 bp  121  3.9999999999999996e-26  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_R0100  5S ribosomal RNA  88.5 
 
 		 116 bp  121  3.9999999999999996e-26  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.390638  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_R0106  5S ribosomal RNA  88.5 
 
 		 116 bp  121  3.9999999999999996e-26  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.0633136  hitchhiker  0.000000553763 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_R0006  5S ribosomal RNA  92.77 
 
 		 116 bp  117  6e-25  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.166515  hitchhiker  0.0000000146471 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_R0009  5S ribosomal RNA  92.77 
 
 		 116 bp  117  6e-25  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.845766  hitchhiker  0.000000221219 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_R0038  5S ribosomal RNA  87.61 
 
 		 116 bp  113  1.0000000000000001e-23  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_R0101  5S ribosomal RNA  87.61 
 
 		 116 bp  113  1.0000000000000001e-23  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.0880096  normal  0.361912 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_4208  5S ribosomal RNA  87.61 
 
 		 120 bp  113  1.0000000000000001e-23  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  0.0120342  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A0632  5S ribosomal RNA  87.61 
 
 		 116 bp  113  1.0000000000000001e-23  Yersinia pestis Angola  Bacteria  hitchhiker  0.000577559  normal  0.0755258 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_R0095  5S ribosomal RNA  92.5 
 
 		 115 bp  111  4.0000000000000004e-23  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_R0146  5S ribosomal RNA  92.5 
 
 		 115 bp  111  4.0000000000000004e-23  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.163233  hitchhiker  0.000349999 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_R0163  5S ribosomal RNA  92.5 
 
 		 115 bp  111  4.0000000000000004e-23  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_R0141  5S ribosomal RNA  92.5 
 
 		 115 bp  111  4.0000000000000004e-23  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  0.0893526 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_R0130  5S ribosomal RNA  92.5 
 
 		 115 bp  111  4.0000000000000004e-23  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.360206  hitchhiker  0.00734042 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_R0157  5S ribosomal RNA  92.5 
 
 		 115 bp  111  4.0000000000000004e-23  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.884697  normal  0.0459109 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_R0151  5S ribosomal RNA  92.5 
 
 		 115 bp  111  4.0000000000000004e-23  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  0.325051 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_R0012  5S ribosomal RNA  92.5 
 
 		 115 bp  111  4.0000000000000004e-23  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  0.486509 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_R0009  5S ribosomal RNA  92.5 
 
 		 115 bp  111  4.0000000000000004e-23  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00131424 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_R0003  5S ribosomal RNA  92.5 
 
 		 115 bp  111  4.0000000000000004e-23  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  0.130665 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_R0022  5S ribosomal RNA  91.57 
 
 		 116 bp  109  2e-22  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00178956 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_R0019  5S ribosomal RNA  91.57 
 
 		 116 bp  109  2e-22  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  hitchhiker  0.00000123433  hitchhiker  0.00199747 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_R0136  5S ribosomal RNA  91.57 
 
 		 116 bp  109  2e-22  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00131567 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_R0154  5S ribosomal RNA  91.57 
 
 		 116 bp  109  2e-22  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000000904892 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_R0147  5S ribosomal RNA  91.57 
 
 		 116 bp  109  2e-22  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  0.139148 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I3096r  5S ribosomal RNA  89.47 
 
 		 121 bp  109  2e-22  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_R0163  5S ribosomal RNA  91.57 
 
 		 116 bp  109  2e-22  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  hitchhiker  0.000112315  hitchhiker  0.0000000360962 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_R0054  5S ribosomal RNA  91.57 
 
 		 116 bp  109  2e-22  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.38637  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_R0160  5S ribosomal RNA  91.57 
 
 		 116 bp  109  2e-22  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  hitchhiker  0.00816321  hitchhiker  0.0000000341185 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_R0081  5S ribosomal RNA  91.57 
 
 		 132 bp  109  2e-22  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_R0023  5S ribosomal RNA  92.41 
 
 		 120 bp  109  2e-22  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_R0017  5S ribosomal RNA  91.57 
 
 		 116 bp  109  2e-22  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  hitchhiker  0.00000137691  hitchhiker  0.00185628 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_R0014  5S ribosomal RNA  91.57 
 
 		 116 bp  109  2e-22  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.0199784  hitchhiker  0.000422489 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_R0003  5S ribosomal RNA  91.57 
 
 		 116 bp  109  2e-22  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004347  SO_r013  5S ribosomal RNA  91.25 
 
 		 120 bp  103  1e-20  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_r016  5S ribosomal RNA  91.25 
 
 		 120 bp  103  1e-20  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_r019  5S ribosomal RNA  91.25 
 
 		 120 bp  103  1e-20  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_r022  5S ribosomal RNA  91.25 
 
 		 120 bp  103  1e-20  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_r025  5S ribosomal RNA  91.25 
 
 		 120 bp  103  1e-20  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_R0003  5S ribosomal RNA  91.25 
 
 		 116 bp  103  1e-20  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.530292  hitchhiker  0.00148458 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_R0011  5S ribosomal RNA  91.25 
 
 		 116 bp  103  1e-20  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.0219912  normal  0.295401 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_R0141  5S ribosomal RNA  91.25 
 
 		 116 bp  103  1e-20  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  0.232232 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_R0003  5S ribosomal RNA  91.25 
 
 		 116 bp  103  1e-20  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.377147  hitchhiker  0.00225756 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_R0011  5S ribosomal RNA  91.25 
 
 		 116 bp  103  1e-20  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00932419 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_R0018  5S ribosomal RNA  91.25 
 
 		 116 bp  103  1e-20  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  0.374169 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_R0024  5S ribosomal RNA  91.25 
 
 		 116 bp  103  1e-20  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  hitchhiker  0.000358593  normal  0.0497188 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_R0028  5S ribosomal RNA  91.25 
 
 		 116 bp  103  1e-20  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  0.966911 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_R0075  5S ribosomal RNA  91.25 
 
 		 116 bp  103  1e-20  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  0.110925 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_R0121  5S ribosomal RNA  91.25 
 
 		 116 bp  103  1e-20  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  0.676383 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_R0139  5S ribosomal RNA  91.25 
 
 		 116 bp  103  1e-20  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_R0142  5S ribosomal RNA  91.25 
 
 		 116 bp  103  1e-20  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_R0003  5S ribosomal RNA  91.25 
 
 		 120 bp  103  1e-20  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.95198  hitchhiker  0.000000732867 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_R0011  5S ribosomal RNA  91.25 
 
 		 120 bp  103  1e-20  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.410694  normal  0.754666 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_R0018  5S ribosomal RNA  91.25 
 
 		 120 bp  103  1e-20  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000000011379 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_R0073  5S ribosomal RNA  91.25 
 
 		 120 bp  103  1e-20  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.568148  normal  0.279617 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_R0118  5S ribosomal RNA  91.25 
 
 		 120 bp  103  1e-20  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_R0128  5S ribosomal RNA  91.25 
 
 		 120 bp  103  1e-20  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  0.875771 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_R0130a  5S ribosomal RNA  91.25 
 
 		 120 bp  103  1e-20  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  hitchhiker  0.00000239315  normal  0.0771518 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_R0132  5S ribosomal RNA  91.25 
 
 		 120 bp  103  1e-20  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  hitchhiker  0.00000272918  normal  0.0785427 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_R0138  5S ribosomal RNA  91.25 
 
 		 120 bp  103  1e-20  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_R0141  5S ribosomal RNA  91.25 
 
 		 120 bp  103  1e-20  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_R0102  5S ribosomal RNA  91.25 
 
 		 121 bp  103  1e-20  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.0313304  normal  0.0786224 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_R0114  5S ribosomal RNA  91.25 
 
 		 132 bp  103  1e-20  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.0473719  hitchhiker  0.000221991 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_R0120  5S ribosomal RNA  91.25 
 
 		 121 bp  103  1e-20  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  0.0534587 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_R0123  5S ribosomal RNA  91.25 
 
 		 121 bp  103  1e-20  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.719987  normal  0.315089 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2069a  5S ribosomal RNA  91.25 
 
 		 124 bp  103  1e-20  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>