61 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Lferr_R0018 on replicon NC_011206
Organism: Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_011761  AFE_0856  tRNA-Cys  100 
 
 		 76 bp  147  4.0000000000000006e-34  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.569143  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_R0018  tRNA-Cys  100 
 
 		 74 bp  147  4.0000000000000006e-34  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  1  normal  0.0117925 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_R0021  tRNA-Cys  94.59 
 
 		 74 bp  115  1.0000000000000001e-24  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_R0028  tRNA-Cys  93.24 
 
 		 74 bp  107  4e-22  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.194864  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lppt35  tRNA-Cys  93.24 
 
 		 74 bp  107  4e-22  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lplt35  tRNA-Cys  93.24 
 
 		 74 bp  107  4e-22  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A0925  tRNA-Cys  92.96 
 
 		 74 bp  101  2e-20  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_1032  tRNA-Cys  92.96 
 
 		 71 bp  101  2e-20  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RS04005  tRNA-Cys  92.86 
 
 		 74 bp  99.6  9e-20  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  hitchhiker  0.0000662406  normal  0.319269 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_AR0026  tRNA-Cys  92.86 
 
 		 74 bp  99.6  9e-20  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.285214  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_R0041  tRNA-Cys  90.54 
 
 		 74 bp  91.7  2e-17  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.283149  normal  0.794533 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_R0040  tRNA-Cys  89.19 
 
 		 74 bp  83.8  0.000000000000005  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0101122 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_AR0036  tRNA-Cys  90 
 
 		 74 bp  83.8  0.000000000000005  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_R0038  tRNA-Cys  90 
 
 		 74 bp  83.8  0.000000000000005  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.0112511  hitchhiker  0.000384671 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2286  hypothetical protein  90 
 
 		 462 bp  83.8  0.000000000000005  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  hitchhiker  0.00240664  hitchhiker  0.00043215 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_R0012  tRNA-Cys  91.53 
 
 		 74 bp  77.8  0.0000000000003  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.0384692  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_R0009  tRNA-Cys  91.53 
 
 		 74 bp  77.8  0.0000000000003  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.705692  normal  0.0935108 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_R0036  tRNA-Cys  87.84 
 
 		 74 bp  75.8  0.000000000001  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  1  normal  0.0579773 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_R0034  tRNA-Cys  87.84 
 
 		 74 bp  75.8  0.000000000001  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  0.786637  normal  0.65843 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_R0038  tRNA-Cys  87.84 
 
 		 74 bp  75.8  0.000000000001  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.206737  normal  1 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_R0001  tRNA-Cys  87.84 
 
 		 74 bp  75.8  0.000000000001  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_R0031  tRNA-Cys  88.41 
 
 		 74 bp  73.8  0.000000000005  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_R0071  tRNA-Cys  86.49 
 
 		 74 bp  67.9  0.0000000003  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  hitchhiker  0.00981637  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_R0033  tRNA-Cys  90.74 
 
 		 74 bp  67.9  0.0000000003  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.109964  n/a   
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_R0030  tRNA-Cys  86.96 
 
 		 74 bp  65.9  0.000000001  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_60570  tRNA-Cys  89.47 
 
 		 71 bp  65.9  0.000000001  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.109168  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA_tRNA-Cys-2  tRNA-Cys  93.02 
 
 		 74 bp  61.9  0.00000002  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.0528288  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_R0068  tRNA-Cys  86.57 
 
 		 74 bp  61.9  0.00000002  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.505859  hitchhiker  0.00111076 
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_2880  tRNA-Cys  93.02 
 
 		 74 bp  61.9  0.00000002  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_1776  tRNA-Cys  93.02 
 
 		 74 bp  61.9  0.00000002  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  hitchhiker  0.00638418  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_2825  tRNA-Cys  93.02 
 
 		 74 bp  61.9  0.00000002  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A2828  tRNA-Cys  93.02 
 
 		 74 bp  61.9  0.00000002  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.0221727  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A2453  tRNA-Cys  93.02 
 
 		 74 bp  61.9  0.00000002  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.287104  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_2765  tRNA-Cys  93.02 
 
 		 74 bp  61.9  0.00000002  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.0332395  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I1743  tRNA-Cys  93.02 
 
 		 74 bp  61.9  0.00000002  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.0319496  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_R0031  tRNA-Cys  85.51 
 
 		 74 bp  58  0.0000003  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  decreased coverage  0.000180821  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_R0025  tRNA-Cys  92.5 
 
 		 71 bp  56  0.000001  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_AR0055  tRNA-Cys  90.7 
 
 		 74 bp  54  0.000005  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0117277  normal  1 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_R0037  tRNA-Cys  90.7 
 
 		 74 bp  54  0.000005  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.348473  normal  0.348376 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_R0022  tRNA-Cys  90.7 
 
 		 74 bp  54  0.000005  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.230202  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_R0038  tRNA-Cys  90.7 
 
 		 74 bp  54  0.000005  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.292986  normal  1 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_R0038  tRNA-Cys  90.7 
 
 		 74 bp  54  0.000005  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  hitchhiker  0.0035978  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_R0038  tRNA-Cys  90.7 
 
 		 74 bp  54  0.000005  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_R0048  tRNA-Cys  90.7 
 
 		 74 bp  54  0.000005  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  hitchhiker  0.0059965  normal  0.349002 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_AR0035  tRNA-Cys  85.07 
 
 		 74 bp  54  0.000005  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_AR0046  tRNA-Cys  90.7 
 
 		 71 bp  54  0.000005  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.0953188  normal  0.971333 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_R0036  tRNA-Cys  90.7 
 
 		 74 bp  54  0.000005  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.423302  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RS04829  tRNA-Cys  87.93 
 
 		 76 bp  52  0.00002  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.927375  normal  0.141722 
 
 
-
 
NC_002977  MCA_tRNA-Cys-1  tRNA-Cys  83.78 
 
 		 74 bp  52  0.00002  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.924194  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_AR0001  tRNA-Cys  86.21 
 
 		 75 bp  52  0.00002  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2631  tRNA-Cys  83.78 
 
 		 76 bp  52  0.00002  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.0106712  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_R0044  tRNA-Cys  83.78 
 
 		 74 bp  52  0.00002  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.583033  normal  0.0240701 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_R0002  tRNA-Cys  85.96 
 
 		 75 bp  50.1  0.00007  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_R0070  tRNA-Cys  93.75 
 
 		 74 bp  48.1  0.0003  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_R0035  tRNA-Cys  90 
 
 		 71 bp  48.1  0.0003  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  hitchhiker  0.0037171  hitchhiker  0.000312186 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_R0046  tRNA-Cys  88.37 
 
 		 74 bp  46.1  0.001  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_30720  tRNA-Cys  83.1 
 
 		 71 bp  46.1  0.001  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.100485  hitchhiker  0.00000662167 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_R0005  tRNA-Cys  86.21 
 
 		 76 bp  44.1  0.004  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  0.627398 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_R0037  tRNA-Cys  100 
 
 		 74 bp  44.1  0.004  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.489649  normal  1 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_R0022  tRNA-Leu  100 
 
 		 88 bp  44.1  0.004  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  0.0559105  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_R0007  tRNA-Cys  86.21 
 
 		 76 bp  44.1  0.004  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.305224  normal  0.390037 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>