124 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene BURPS1710b_2880 on replicon NC_007434
Organism: Burkholderia pseudomallei 1710b



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_006348  BMA_tRNA-Cys-2  tRNA-Cys  100 
 
 
74 bp  147  4.0000000000000006e-34  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.0528288  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_2880  tRNA-Cys  100 
 
 
74 bp  147  4.0000000000000006e-34  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I1743  tRNA-Cys  100 
 
 
74 bp  147  4.0000000000000006e-34  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.0319496  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A2453  tRNA-Cys  100 
 
 
74 bp  147  4.0000000000000006e-34  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.287104  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A2828  tRNA-Cys  100 
 
 
74 bp  147  4.0000000000000006e-34  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.0221727  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_2765  tRNA-Cys  100 
 
 
74 bp  147  4.0000000000000006e-34  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.0332395  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_2825  tRNA-Cys  100 
 
 
74 bp  147  4.0000000000000006e-34  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_1776  tRNA-Cys  100 
 
 
74 bp  147  4.0000000000000006e-34  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  hitchhiker  0.00638418  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_AR0055  tRNA-Cys  98.65 
 
 
74 bp  139  1e-31  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0117277  normal 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_R0022  tRNA-Cys  98.65 
 
 
74 bp  139  1e-31  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.230202  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_R0038  tRNA-Cys  98.65 
 
 
74 bp  139  1e-31  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  hitchhiker  0.0035978  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_R0036  tRNA-Cys  98.65 
 
 
74 bp  139  1e-31  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.423302  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_R0048  tRNA-Cys  98.65 
 
 
74 bp  139  1e-31  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  hitchhiker  0.0059965  normal  0.349002 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_R0038  tRNA-Cys  98.65 
 
 
74 bp  139  1e-31  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_R0038  tRNA-Cys  98.65 
 
 
74 bp  139  1e-31  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.292986  normal 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_R0037  tRNA-Cys  98.65 
 
 
74 bp  139  1e-31  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.348473  normal  0.348376 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_AR0046  tRNA-Cys  98.59 
 
 
71 bp  133  6e-30  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.0953188  normal  0.971333 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_R0046  tRNA-Cys  97.3 
 
 
74 bp  131  2.0000000000000002e-29  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_R0037  tRNA-Cys  95.95 
 
 
74 bp  123  6e-27  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.489649  normal 
 
 
-
 
NC_006349  BMAA_tRNA-Cys-1  tRNA-Cys  91.89 
 
 
74 bp  99.6  9e-20  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.0689793  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A2614  tRNA-Cys  91.89 
 
 
74 bp  99.6  9e-20  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.0276643  n/a   
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_0176  tRNA-Cys  91.89 
 
 
74 bp  99.6  9e-20  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.370505  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_0453  tRNA-Cys  91.89 
 
 
74 bp  99.6  9e-20  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.0341701  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A1473  tRNA-Cys  91.89 
 
 
74 bp  99.6  9e-20  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.0135539  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A1386  tRNA-Cys  91.89 
 
 
74 bp  99.6  9e-20  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A1123  tRNA-Cys  91.89 
 
 
74 bp  99.6  9e-20  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.416759  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_R0060  tRNA-Cys  90.54 
 
 
74 bp  91.7  2e-17  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.0916033  normal 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_R0020  tRNA-Cys  90.54 
 
 
74 bp  91.7  2e-17  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.26604  normal  0.28588 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_R0024  tRNA-Cys  90.54 
 
 
74 bp  91.7  2e-17  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_R0012  tRNA-Cys  90.54 
 
 
74 bp  91.7  2e-17  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.245718  normal 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_R0012  tRNA-Cys  94.64 
 
 
74 bp  87.7  3e-16  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.0384692  normal 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_R0009  tRNA-Cys  94.64 
 
 
74 bp  87.7  3e-16  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.705692  normal  0.0935108 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_R0033  tRNA-Cys  89.19 
 
 
74 bp  83.8  0.000000000000005  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.109964  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_R0016  tRNA-Cys  87.84 
 
 
74 bp  75.8  0.000000000001  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.47627  normal  0.431701 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_AR0038  tRNA-Cys  87.84 
 
 
74 bp  75.8  0.000000000001  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  normal  0.0670203 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_R0050  tRNA-Cys  87.84 
 
 
74 bp  75.8  0.000000000001  Enterobacter sp. 638  Bacteria  unclonable  0.00000000242266  normal 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_R0019  tRNA-Cys  87.84 
 
 
74 bp  75.8  0.000000000001  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.644685  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_R0047  tRNA-Cys  87.84 
 
 
74 bp  75.8  0.000000000001  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.314349  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_AR0036  tRNA-Cys  95.56 
 
 
74 bp  73.8  0.000000000005  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2286  hypothetical protein  95.56 
 
 
462 bp  73.8  0.000000000005  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  hitchhiker  0.00240664  hitchhiker  0.00043215 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_R0038  tRNA-Cys  95.56 
 
 
74 bp  73.8  0.000000000005  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.0112511  hitchhiker  0.000384671 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_R0028  tRNA-Cys  95.56 
 
 
74 bp  73.8  0.000000000005  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.194864  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lppt35  tRNA-Cys  95.35 
 
 
74 bp  69.9  0.00000000008  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lplt35  tRNA-Cys  95.35 
 
 
74 bp  69.9  0.00000000008  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_t00030  tRNA-Cys  86.49 
 
 
74 bp  67.9  0.0000000003  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  hitchhiker  0.00000465953  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_R0045  tRNA-Cys  86.49 
 
 
74 bp  67.9  0.0000000003  Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000000913492  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RS04005  tRNA-Cys  90.74 
 
 
74 bp  67.9  0.0000000003  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  hitchhiker  0.0000662406  normal  0.319269 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_AR0026  tRNA-Cys  89.66 
 
 
74 bp  67.9  0.0000000003  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.285214  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_R0014  tRNA-Cys  86.49 
 
 
74 bp  67.9  0.0000000003  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_R0037  tRNA-Cys  86.49 
 
 
74 bp  67.9  0.0000000003  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.659023  normal  0.593785 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_R0024  tRNA-Cys  86.49 
 
 
74 bp  67.9  0.0000000003  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.85349  decreased coverage  0.000572692 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B1177  tRNA-Cys  86.49 
 
 
74 bp  67.9  0.0000000003  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  unclonable  0.00000000000000957331  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_R0050  tRNA-Cys  86.49 
 
 
74 bp  67.9  0.0000000003  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.019086  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A2099  tRNA-Cys  86.49 
 
 
74 bp  67.9  0.0000000003  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  unclonable  0.0000000300865  normal  0.0154301 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_2682  tRNA-Cys  86.49 
 
 
74 bp  67.9  0.0000000003  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  unclonable  0.0000000012319  normal  0.0455137 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A1300  tRNA-Cys  86.49 
 
 
74 bp  67.9  0.0000000003  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  unclonable  0.00000293612  hitchhiker  0.000000418527 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C2158  tRNA-Cys  86.49 
 
 
74 bp  67.9  0.0000000003  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  unclonable  0.0000095495  hitchhiker  0.000000000143723 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A4670  tRNA-Cys  86.49 
 
 
74 bp  67.9  0.0000000003  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  5.8536599999999995e-21  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_5038  tRNA-Cys  86.49 
 
 
74 bp  67.9  0.0000000003  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000304834  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A2106  tRNA-Cys  86.49 
 
 
74 bp  67.9  0.0000000003  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  unclonable  0.00000475423  hitchhiker  1.49698e-16 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_R0056  tRNA-Cys  86.49 
 
 
74 bp  67.9  0.0000000003  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  decreased coverage  0.00141577  normal 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_R0050  tRNA-Cys  86.49 
 
 
74 bp  67.9  0.0000000003  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  hitchhiker  0.000000510343  normal 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_1273  tRNA-Cys  86.49 
 
 
74 bp  67.9  0.0000000003  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  unclonable  0.0000000000324929  hitchhiker  0.000536522 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E0984  tRNA-Cys  86.49 
 
 
74 bp  67.9  0.0000000003  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000000166451  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_R0021  tRNA-Cys  93.33 
 
 
74 bp  65.9  0.000000001  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_R0041  tRNA-Cys  88.33 
 
 
74 bp  63.9  0.000000005  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00034808 
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_R0018  tRNA-Cys  93.02 
 
 
74 bp  61.9  0.00000002  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  normal  0.0117925 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_0856  tRNA-Cys  93.02 
 
 
76 bp  61.9  0.00000002  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.569143  n/a   
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_1032  tRNA-Cys  93.02 
 
 
71 bp  61.9  0.00000002  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A0925  tRNA-Cys  93.02 
 
 
74 bp  61.9  0.00000002  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_R0031  tRNA-Cys  87.93 
 
 
74 bp  60  0.00000007  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  decreased coverage  0.000180821  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_R0039  tRNA-Cys  85.14 
 
 
74 bp  60  0.00000007  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal  0.217901 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_R0041  tRNA-Cys  91.11 
 
 
74 bp  58  0.0000003  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.283149  normal  0.794533 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_R0025  tRNA-Cys  92.5 
 
 
71 bp  56  0.000001  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010816  BLD_t0007  tRNA-Cys  88.46 
 
 
71 bp  56  0.000001  Bifidobacterium longum DJO10A  Bacteria  decreased coverage  0.000000892535  n/a   
 
 
-
 
NC_013721  HMPREF0424_1384  tRNA-Cys  94.29 
 
 
74 bp  54  0.000005  Gardnerella vaginalis 409-05  Bacteria  n/a    normal  0.0550643 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_AR0035  tRNA-Cys  86.21 
 
 
74 bp  52  0.00002  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_R0071  tRNA-Cys  86.21 
 
 
74 bp  52  0.00002  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  hitchhiker  0.00981637  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_R0038  tRNA-Cys  90.48 
 
 
74 bp  52  0.00002  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.206737  normal 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_R0045  tRNA-Cys  83.78 
 
 
74 bp  52  0.00002  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  normal  0.155229 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_R0047  tRNA-Cys  83.78 
 
 
74 bp  52  0.00002  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.603755  normal  0.101389 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_R0001  tRNA-Cys  100 
 
 
74 bp  50.1  0.00007  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_R0035  tRNA-Cys  90 
 
 
71 bp  48.1  0.0003  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  hitchhiker  0.0037171  hitchhiker  0.000312186 
 
 
-
 
NC_008309  HS_tCys01  tRNA-Cys  85.45 
 
 
77 bp  46.1  0.001  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_R0057  tRNA-Cys  83.1 
 
 
71 bp  46.1  0.001  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.680669  normal  0.429541 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_rna22  tRNA-Cys  87.23 
 
 
74 bp  46.1  0.001  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_t042  tRNA-Cys  96.15 
 
 
74 bp  44.1  0.004  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_R0056  tRNA-Cys  96.15 
 
 
74 bp  44.1  0.004  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.432315  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_R0071  tRNA-Cys  96.15 
 
 
74 bp  44.1  0.004  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.0114475  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_R0090  tRNA-Cys  96.15 
 
 
74 bp  44.1  0.004  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  hitchhiker  0.00230411  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_R0080  tRNA-Cys  96.15 
 
 
74 bp  44.1  0.004  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  hitchhiker  0.0000246163  normal  0.0500468 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_R0090  tRNA-Cys  96.15 
 
 
74 bp  44.1  0.004  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  hitchhiker  0.000000152195  normal  0.0212765 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_R0068  tRNA-Cys  96.15 
 
 
74 bp  44.1  0.004  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  hitchhiker  0.000602799  normal  0.450807 
 
 
-
 
NC_009035  Sbal_t02  tRNA-Cys  96.15 
 
 
74 bp  44.1  0.004  Shewanella baltica OS155  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_R0046  tRNA-Cys  96.15 
 
 
74 bp  44.1  0.004  Shewanella baltica OS155  Bacteria  hitchhiker  0.0000220142  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_R0094  tRNA-Cys  96.15 
 
 
74 bp  44.1  0.004  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.0242696  normal  0.386091 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_R0096  tRNA-Cys  96.15 
 
 
74 bp  44.1  0.004  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  hitchhiker  0.00280984  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_R0099  tRNA-Cys  96.15 
 
 
74 bp  44.1  0.004  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  hitchhiker  0.00219559  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_R0103  tRNA-Cys  96.15 
 
 
74 bp  44.1  0.004  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  hitchhiker  0.00197165  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_R0070  tRNA-Cys  96.15 
 
 
74 bp  44.1  0.004  Shewanella baltica OS195  Bacteria  decreased coverage  0.0000013606  normal  0.202636 
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>