117 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rpic_R0009 on replicon NC_010682
Organism: Ralstonia pickettii 12J



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_010682  Rpic_R0009  tRNA-Cys  100 
 
 		 74 bp  147  4.0000000000000006e-34  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.705692  normal  0.0935108 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_R0012  tRNA-Cys  100 
 
 		 74 bp  147  4.0000000000000006e-34  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.0384692  normal  1 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_AR0036  tRNA-Cys  95.95 
 
 		 74 bp  123  6e-27  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2286  hypothetical protein  95.95 
 
 		 462 bp  123  6e-27  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  hitchhiker  0.00240664  hitchhiker  0.00043215 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_R0038  tRNA-Cys  95.95 
 
 		 74 bp  123  6e-27  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.0112511  hitchhiker  0.000384671 
 
 
-
 
NC_003295  RS04005  tRNA-Cys  93.24 
 
 		 74 bp  107  4e-22  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  hitchhiker  0.0000662406  normal  0.319269 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_AR0026  tRNA-Cys  93.24 
 
 		 74 bp  107  4e-22  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.285214  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lppt35  tRNA-Cys  96.72 
 
 		 74 bp  105  1e-21  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lplt35  tRNA-Cys  96.72 
 
 		 74 bp  105  1e-21  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_R0028  tRNA-Cys  92.86 
 
 		 74 bp  99.6  9e-20  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.194864  n/a   
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_1032  tRNA-Cys  92.54 
 
 		 71 bp  93.7  5e-18  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A0925  tRNA-Cys  92.54 
 
 		 74 bp  93.7  5e-18  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_R0021  tRNA-Cys  91.43 
 
 		 74 bp  91.7  2e-17  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA_tRNA-Cys-2  tRNA-Cys  94.64 
 
 		 74 bp  87.7  3e-16  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.0528288  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_2880  tRNA-Cys  94.64 
 
 		 74 bp  87.7  3e-16  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I1743  tRNA-Cys  94.64 
 
 		 74 bp  87.7  3e-16  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.0319496  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A2453  tRNA-Cys  94.64 
 
 		 74 bp  87.7  3e-16  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.287104  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A2828  tRNA-Cys  94.64 
 
 		 74 bp  87.7  3e-16  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.0221727  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_2765  tRNA-Cys  94.64 
 
 		 74 bp  87.7  3e-16  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.0332395  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_2825  tRNA-Cys  94.64 
 
 		 74 bp  87.7  3e-16  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_1776  tRNA-Cys  94.64 
 
 		 74 bp  87.7  3e-16  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  hitchhiker  0.00638418  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_R0033  tRNA-Cys  97.92 
 
 		 74 bp  87.7  3e-16  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.109964  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_R0041  tRNA-Cys  90 
 
 		 74 bp  83.8  0.000000000000005  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.283149  normal  0.794533 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_AR0046  tRNA-Cys  92.86 
 
 		 71 bp  79.8  0.00000000000008  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.0953188  normal  0.971333 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_AR0055  tRNA-Cys  92.86 
 
 		 74 bp  79.8  0.00000000000008  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0117277  normal  1 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_R0022  tRNA-Cys  92.86 
 
 		 74 bp  79.8  0.00000000000008  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.230202  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_R0038  tRNA-Cys  92.86 
 
 		 74 bp  79.8  0.00000000000008  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  hitchhiker  0.0035978  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_R0036  tRNA-Cys  92.86 
 
 		 74 bp  79.8  0.00000000000008  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.423302  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_R0048  tRNA-Cys  92.86 
 
 		 74 bp  79.8  0.00000000000008  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  hitchhiker  0.0059965  normal  0.349002 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_R0038  tRNA-Cys  92.86 
 
 		 74 bp  79.8  0.00000000000008  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_R0038  tRNA-Cys  92.86 
 
 		 74 bp  79.8  0.00000000000008  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.292986  normal  1 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_R0037  tRNA-Cys  92.86 
 
 		 74 bp  79.8  0.00000000000008  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.348473  normal  0.348376 
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_R0018  tRNA-Cys  91.53 
 
 		 74 bp  77.8  0.0000000000003  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  1  normal  0.0117925 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_0856  tRNA-Cys  91.53 
 
 		 76 bp  77.8  0.0000000000003  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.569143  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_R0031  tRNA-Cys  87.84 
 
 		 74 bp  75.8  0.000000000001  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  decreased coverage  0.000180821  n/a   
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_R0040  tRNA-Cys  88.57 
 
 		 74 bp  75.8  0.000000000001  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0101122 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_R0002  tRNA-Cys  90.16 
 
 		 75 bp  73.8  0.000000000005  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_R0038  tRNA-Cys  93.88 
 
 		 74 bp  73.8  0.000000000005  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.206737  normal  1 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_R0025  tRNA-Cys  93.88 
 
 		 71 bp  73.8  0.000000000005  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_t37  tRNA-Cys  88.24 
 
 		 74 bp  71.9  0.00000000002  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.0453949  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_RNA44  tRNA-Cys  88.24 
 
 		 74 bp  71.9  0.00000000002  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.0803701  normal  0.198135 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_R49  tRNA-Cys  88.24 
 
 		 74 bp  71.9  0.00000000002  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.334136 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_R0046  tRNA-Cys  91.07 
 
 		 74 bp  71.9  0.00000000002  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_R0071  tRNA-Cys  93.75 
 
 		 74 bp  71.9  0.00000000002  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  hitchhiker  0.00981637  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_R0050  tRNA-Cys  88.24 
 
 		 74 bp  71.9  0.00000000002  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.458136  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2631  tRNA-Cys  88.24 
 
 		 76 bp  71.9  0.00000000002  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.0106712  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_R0073  tRNA-Cys  88.24 
 
 		 74 bp  71.9  0.00000000002  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.091827  normal  0.542101 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_R0049  tRNA-Cys  88.24 
 
 		 74 bp  71.9  0.00000000002  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  0.650084 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_R0001  tRNA-Cys  93.62 
 
 		 74 bp  69.9  0.00000000008  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_R0037  tRNA-Cys  90.91 
 
 		 74 bp  69.9  0.00000000008  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.489649  normal  1 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_rna22  tRNA-Cys  92.16 
 
 		 74 bp  69.9  0.00000000008  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_60570  tRNA-Cys  88.06 
 
 		 71 bp  69.9  0.00000000008  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.109168  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_AR0001  tRNA-Cys  88.71 
 
 		 75 bp  67.9  0.0000000003  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_AR0035  tRNA-Cys  92 
 
 		 74 bp  67.9  0.0000000003  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_t59  tRNA-Cys  87.69 
 
 		 71 bp  65.9  0.000000001  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.23444  normal  0.0400691 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_30720  tRNA-Cys  87.69 
 
 		 71 bp  65.9  0.000000001  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.100485  hitchhiker  0.00000662167 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_R0044  tRNA-Cys  88.52 
 
 		 74 bp  65.9  0.000000001  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.583033  normal  0.0240701 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_R0027  tRNA-Cys  93.18 
 
 		 72 bp  63.9  0.000000005  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  0.258268  normal  1 
 
 
-
 
NC_008578  Acel_R0040  tRNA-Cys  93.18 
 
 		 72 bp  63.9  0.000000005  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  0.29176  normal  0.285834 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_R0036  tRNA-Cys  93.18 
 
 		 72 bp  63.9  0.000000005  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.601784  normal  0.0254396 
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_R0030  tRNA-Cys  91.67 
 
 		 74 bp  63.9  0.000000005  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3267  tRNA-Cys  85.14 
 
 		 74 bp  60  0.00000007  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_R0034  tRNA-Cys  85.71 
 
 		 74 bp  60  0.00000007  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  0.786637  normal  0.65843 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_R0007  tRNA-Cys  90 
 
 		 74 bp  60  0.00000007  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_R0036  tRNA-Cys  85.71 
 
 		 74 bp  60  0.00000007  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  1  normal  0.0579773 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_R0039  tRNA-Cys  90 
 
 		 74 bp  60  0.00000007  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  decreased coverage  0.00215479  normal  1 
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_R0031  tRNA-Cys  91.3 
 
 		 74 bp  60  0.00000007  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA_tRNA-Cys-1  tRNA-Cys  86.89 
 
 		 74 bp  58  0.0000003  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.924194  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA_tRNA-Cys-1  tRNA-Cys  92.68 
 
 		 74 bp  58  0.0000003  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.0689793  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A2614  tRNA-Cys  92.68 
 
 		 74 bp  58  0.0000003  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.0276643  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_R0037  tRNA-Cys  89.8 
 
 		 74 bp  58  0.0000003  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_0176  tRNA-Cys  92.68 
 
 		 74 bp  58  0.0000003  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.370505  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_0453  tRNA-Cys  92.68 
 
 		 74 bp  58  0.0000003  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.0341701  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A1473  tRNA-Cys  92.68 
 
 		 74 bp  58  0.0000003  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.0135539  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A1386  tRNA-Cys  92.68 
 
 		 74 bp  58  0.0000003  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A1123  tRNA-Cys  92.68 
 
 		 74 bp  58  0.0000003  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.416759  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_R0044  tRNA-Cys  89.8 
 
 		 74 bp  58  0.0000003  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.373232 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_R0054  tRNA-Cys  89.8 
 
 		 74 bp  58  0.0000003  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  0.762647 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I3170t  tRNA-Cys  89.8 
 
 		 71 bp  58  0.0000003  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.0586308  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_R0035  tRNA-Cys  92.5 
 
 		 71 bp  56  0.000001  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  hitchhiker  0.0037171  hitchhiker  0.000312186 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_R0068  tRNA-Cys  89.58 
 
 		 74 bp  56  0.000001  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.505859  hitchhiker  0.00111076 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_R0037  tRNA-Cys  89.36 
 
 		 74 bp  54  0.000005  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.0501912  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_R0017  tRNA-Cys  88 
 
 		 74 bp  52  0.00002  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  0.899409 
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_10760  tRNA-Cys  94.12 
 
 		 71 bp  52  0.00002  Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  normal  0.0456446  n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_R0030  tRNA-Cys  87.76 
 
 		 74 bp  50.1  0.00007  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_R0015  tRNA-Cys  87.76 
 
 		 74 bp  50.1  0.00007  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_R0045  tRNA-Cys  85.25 
 
 		 74 bp  50.1  0.00007  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.34247  normal  0.204665 
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_14033  tRNA-Cys  85.25 
 
 		 74 bp  50.1  0.00007  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  hitchhiker  0.000000000415175  normal  1 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_6040  tRNA-Cys  87.76 
 
 		 74 bp  50.1  0.00007  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_R0022  tRNA-Cys  87.76 
 
 		 74 bp  50.1  0.00007  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  0.0186532 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_R0022  tRNA-Cys  85.25 
 
 		 74 bp  50.1  0.00007  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_14870  tRNA-Cys  88.64 
 
 		 72 bp  48.1  0.0003  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.688505  normal  1 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_R0016  tRNA-Cys  85 
 
 		 74 bp  48.1  0.0003  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.0855316  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_R0015  tRNA-Cys  85 
 
 		 74 bp  48.1  0.0003  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.414864  normal  1 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_R0019  tRNA-Cys  85 
 
 		 74 bp  48.1  0.0003  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_R0015  tRNA-Cys  85 
 
 		 74 bp  48.1  0.0003  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_R0026  tRNA-Cys  96.43 
 
 		 71 bp  48.1  0.0003  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  1  normal  0.619128 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_R0045  tRNA-Cys  88.64 
 
 		 72 bp  48.1  0.0003  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009953  Sare_R0025  tRNA-Cys  96.43 
 
 		 71 bp  48.1  0.0003  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000398428 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_R0023  tRNA-Cys  86.27 
 
 		 74 bp  46.1  0.001  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.125865  normal  0.298031 
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>