54 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rmet_R0002 on replicon NC_007973
Organism: Cupriavidus metallidurans CH34



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007973  Rmet_R0002  tRNA-Cys  100 
 
 		 75 bp  149  1.0000000000000001e-34  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_AR0001  tRNA-Cys  97.33 
 
 		 75 bp  133  6e-30  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_AR0036  tRNA-Cys  93.44 
 
 		 74 bp  89.7  8e-17  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_R0038  tRNA-Cys  93.44 
 
 		 74 bp  89.7  8e-17  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.0112511  hitchhiker  0.000384671 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2286  hypothetical protein  93.44 
 
 		 462 bp  89.7  8e-17  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  hitchhiker  0.00240664  hitchhiker  0.00043215 
 
 
-
 
NC_003295  RS04005  tRNA-Cys  90.67 
 
 		 74 bp  85.7  0.000000000000001  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  hitchhiker  0.0000662406  normal  0.319269 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_AR0026  tRNA-Cys  90.67 
 
 		 74 bp  85.7  0.000000000000001  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.285214  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_R0028  tRNA-Cys  92.98 
 
 		 74 bp  81.8  0.00000000000002  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.194864  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_R0009  tRNA-Cys  90.16 
 
 		 74 bp  73.8  0.000000000005  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.705692  normal  0.0935108 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_R0021  tRNA-Cys  91.23 
 
 		 74 bp  73.8  0.000000000005  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_R0012  tRNA-Cys  90.16 
 
 		 74 bp  73.8  0.000000000005  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.0384692  normal  1 
 
 
-
 
NC_006368  lppt35  tRNA-Cys  90.91 
 
 		 74 bp  69.9  0.00000000008  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lplt35  tRNA-Cys  90.91 
 
 		 74 bp  69.9  0.00000000008  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_R0033  tRNA-Cys  90.74 
 
 		 74 bp  67.9  0.0000000003  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.109964  n/a   
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_1032  tRNA-Cys  89.47 
 
 		 71 bp  65.9  0.000000001  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A0925  tRNA-Cys  89.47 
 
 		 74 bp  65.9  0.000000001  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_R0041  tRNA-Cys  89.47 
 
 		 74 bp  65.9  0.000000001  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.283149  normal  0.794533 
 
 
-
 
NC_003295  RS04829  tRNA-Cys  86.84 
 
 		 76 bp  63.9  0.000000005  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.927375  normal  0.141722 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_R0007  tRNA-Cys  86.84 
 
 		 76 bp  63.9  0.000000005  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.305224  normal  0.390037 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_R0038  tRNA-Cys  89.29 
 
 		 74 bp  63.9  0.000000005  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.206737  normal  1 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_R0001  tRNA-Cys  89.09 
 
 		 74 bp  61.9  0.00000002  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_R0031  tRNA-Cys  86.89 
 
 		 74 bp  58  0.0000003  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  decreased coverage  0.000180821  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_R0005  tRNA-Cys  85.53 
 
 		 76 bp  56  0.000001  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  0.627398 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_R0071  tRNA-Cys  87.04 
 
 		 74 bp  52  0.00002  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  hitchhiker  0.00981637  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_R0007  tRNA-Cys  87.04 
 
 		 74 bp  52  0.00002  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_AR0035  tRNA-Cys  87.04 
 
 		 74 bp  52  0.00002  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_R0036  tRNA-Cys  88.89 
 
 		 74 bp  50.1  0.00007  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.423302  n/a   
 
 
-
 
NC_011761  AFE_0856  tRNA-Cys  85.96 
 
 		 76 bp  50.1  0.00007  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.569143  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_R0038  tRNA-Cys  88.89 
 
 		 74 bp  50.1  0.00007  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_R0038  tRNA-Cys  88.89 
 
 		 74 bp  50.1  0.00007  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.292986  normal  1 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_R0037  tRNA-Cys  88.89 
 
 		 74 bp  50.1  0.00007  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.348473  normal  0.348376 
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_R0018  tRNA-Cys  85.96 
 
 		 74 bp  50.1  0.00007  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  1  normal  0.0117925 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_60570  tRNA-Cys  85.96 
 
 		 71 bp  50.1  0.00007  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.109168  n/a   
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_R0040  tRNA-Cys  85.96 
 
 		 74 bp  50.1  0.00007  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0101122 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_R0038  tRNA-Cys  88.89 
 
 		 74 bp  50.1  0.00007  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  hitchhiker  0.0035978  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_R0022  tRNA-Cys  88.89 
 
 		 74 bp  50.1  0.00007  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.230202  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_R0048  tRNA-Cys  88.89 
 
 		 74 bp  50.1  0.00007  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  hitchhiker  0.0059965  normal  0.349002 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_R0034  tRNA-Cys  85.96 
 
 		 74 bp  50.1  0.00007  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  0.786637  normal  0.65843 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_R0036  tRNA-Cys  85.96 
 
 		 74 bp  50.1  0.00007  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  1  normal  0.0579773 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_AR0055  tRNA-Cys  88.89 
 
 		 74 bp  50.1  0.00007  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0117277  normal  1 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_R0046  tRNA-Cys  88.89 
 
 		 74 bp  50.1  0.00007  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_AR0046  tRNA-Cys  88.89 
 
 		 71 bp  50.1  0.00007  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.0953188  normal  0.971333 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_R0028  tRNA-Cys  90 
 
 		 71 bp  48.1  0.0003  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.398617  normal  0.905496 
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_R0030  tRNA-Cys  85.71 
 
 		 74 bp  48.1  0.0003  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA_tRNA-Cys-1  tRNA-Cys  85.45 
 
 		 74 bp  46.1  0.001  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.924194  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_R0025  tRNA-Cys  91.43 
 
 		 71 bp  46.1  0.001  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_R0022  tRNA-Cys  88.1 
 
 		 74 bp  44.1  0.004  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_R0037  tRNA-Cys  85.19 
 
 		 74 bp  44.1  0.004  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.0501912  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_R0038  tRNA-Cys  85.19 
 
 		 74 bp  44.1  0.004  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.28254  normal  1 
 
 
-
 
NC_007798  NSE_0150  tRNA-Cys  85.19 
 
 		 71 bp  44.1  0.004  Neorickettsia sennetsu str. Miyayama  Bacteria  normal  0.977632  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_R0042  tRNA-Cys  85.19 
 
 		 74 bp  44.1  0.004  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.217311  normal  0.0105918 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I3170t  tRNA-Cys  85.19 
 
 		 71 bp  44.1  0.004  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.0586308  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_R0045  tRNA-Cys  85.19 
 
 		 74 bp  44.1  0.004  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.0596059  normal  1 
 
 
-
 
NC_007984  BCI_0242  tRNA-Cys  85.19 
 
 		 71 bp  44.1  0.004  Baumannia cicadellinicola str. Hc (Homalodisca coagulata)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>