18 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rpic12D_R0007 on replicon NC_012856
Organism: Ralstonia pickettii 12D



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_012856  Rpic12D_R0007  tRNA-Cys  100 
 
 		 76 bp  151  3e-35  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.305224  normal  0.390037 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_R0005  tRNA-Cys  98.68 
 
 		 76 bp  143  7e-33  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  0.627398 
 
 
-
 
NC_003295  RS04829  tRNA-Cys  97.37 
 
 		 76 bp  135  1.9999999999999998e-30  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.927375  normal  0.141722 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_R0002  tRNA-Cys  86.84 
 
 		 75 bp  63.9  0.000000005  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003295  RS04005  tRNA-Cys  88.16 
 
 		 74 bp  63.9  0.000000005  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  hitchhiker  0.0000662406  normal  0.319269 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_AR0001  tRNA-Cys  85.53 
 
 		 75 bp  56  0.000001  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_AR0036  tRNA-Cys  87.1 
 
 		 74 bp  52  0.00002  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2286  hypothetical protein  87.1 
 
 		 462 bp  52  0.00002  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  hitchhiker  0.00240664  hitchhiker  0.00043215 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_R0038  tRNA-Cys  87.1 
 
 		 74 bp  52  0.00002  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.0112511  hitchhiker  0.000384671 
 
 
-
 
NC_006369  lplt35  tRNA-Cys  87.5 
 
 		 74 bp  48.1  0.0003  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_AR0026  tRNA-Cys  85.53 
 
 		 74 bp  48.1  0.0003  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.285214  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lppt35  tRNA-Cys  87.5 
 
 		 74 bp  48.1  0.0003  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_1032  tRNA-Cys  92.11 
 
 		 71 bp  44.1  0.005  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A0925  tRNA-Cys  92.11 
 
 		 74 bp  44.1  0.005  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_R0018  tRNA-Cys  86.21 
 
 		 74 bp  44.1  0.005  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  1  normal  0.0117925 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_0856  tRNA-Cys  86.21 
 
 		 76 bp  44.1  0.005  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.569143  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_R0028  tRNA-Cys  86.21 
 
 		 74 bp  44.1  0.005  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.194864  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_60570  tRNA-Cys  86.21 
 
 		 71 bp  44.1  0.005  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.109168  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>