91 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Namu_R0035 on replicon NC_013235
Organism: Nakamurella multipartita DSM 44233



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_013235  Namu_R0035  tRNA-Cys  100 
 
 
71 bp  141  1.9999999999999998e-32  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  hitchhiker  0.0037171  hitchhiker  0.000312186 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_R0034  tRNA-Cys  93.75 
 
 
71 bp  95.6  1e-18  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000000000000888056 
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_13880  tRNA-Cys  93.75 
 
 
74 bp  95.6  1e-18  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  0.0819816  n/a   
 
 
-
 
NC_008541  Arth_R0036  tRNA-Cys  93.75 
 
 
71 bp  95.6  1e-18  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.381254  n/a   
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_R0035  tRNA-Cys  93.75 
 
 
71 bp  95.6  1e-18  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_R0023  tRNA-Cys  94.34 
 
 
74 bp  81.8  0.00000000000002  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.125865  normal  0.298031 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_R0030  tRNA-Cys  94.34 
 
 
71 bp  81.8  0.00000000000002  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0000324699 
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_15500  tRNA-Cys  94.34 
 
 
74 bp  81.8  0.00000000000002  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  hitchhiker  0.00141573  normal 
 
 
-
 
NC_013174  Jden_R0042  tRNA-Cys  94.34 
 
 
74 bp  81.8  0.00000000000002  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  0.532077  normal  0.0630788 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_R0029  tRNA-Cys  94.34 
 
 
71 bp  81.8  0.00000000000002  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00980526 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_R0040  tRNA-Cys  94.34 
 
 
71 bp  81.8  0.00000000000002  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  hitchhiker  0.00117723  hitchhiker  0.00882366 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_16770  tRNA-Cys  94.34 
 
 
71 bp  81.8  0.00000000000002  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  0.196388  normal  0.0588163 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_R0042  tRNA-Cys  92.45 
 
 
71 bp  73.8  0.000000000005  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  hitchhiker  0.000509201  n/a   
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_10760  tRNA-Cys  92.45 
 
 
71 bp  73.8  0.000000000005  Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  normal  0.0456446  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_R0039  tRNA-Cys  92.45 
 
 
71 bp  73.8  0.000000000005  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  hitchhiker  0.00256025  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_R0039  tRNA-Cys  92.45 
 
 
71 bp  73.8  0.000000000005  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.259846  hitchhiker  0.000510746 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_R0042  tRNA-Cys  92.45 
 
 
74 bp  73.8  0.000000000005  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.0178543  normal  0.586426 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_R0045  tRNA-Cys  92.45 
 
 
71 bp  73.8  0.000000000005  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.0629972  normal  0.01712 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_R0031  tRNA-Cys  92.45 
 
 
71 bp  73.8  0.000000000005  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_R0028  tRNA-Cys  92.45 
 
 
71 bp  73.8  0.000000000005  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.0259946  normal  0.0657688 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_R0031  tRNA-Cys  92.45 
 
 
74 bp  73.8  0.000000000005  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  normal  0.541634 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_R0024  tRNA-Cys  92.45 
 
 
71 bp  73.8  0.000000000005  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.500819  normal  0.307833 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_R0038  tRNA-Cys  89.06 
 
 
74 bp  71.9  0.00000000002  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_R0050  tRNA-Cys  87.32 
 
 
74 bp  69.9  0.00000000007  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal  0.313439 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_R0018  tRNA-Cys  87.32 
 
 
74 bp  69.9  0.00000000007  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  normal  0.146139 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_4322  tRNA-Cys  87.32 
 
 
74 bp  69.9  0.00000000007  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.990872  n/a   
 
 
-
 
NC_009380  Strop_R0026  tRNA-Cys  90.57 
 
 
71 bp  65.9  0.000000001  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  normal  0.619128 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_R0025  tRNA-Cys  90.57 
 
 
71 bp  65.9  0.000000001  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.083387  hitchhiker  0.000430374 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_R0031  tRNA-Cys  90.57 
 
 
74 bp  65.9  0.000000001  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.931849  normal  0.0536152 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_R0025  tRNA-Cys  90.57 
 
 
71 bp  65.9  0.000000001  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000398428 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_16740  tRNA-Cys  90.57 
 
 
71 bp  65.9  0.000000001  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  0.186273  normal  0.0595565 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_R0035  tRNA-Cys  90.57 
 
 
71 bp  65.9  0.000000001  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.81784  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_R0025  tRNA-Cys  95.12 
 
 
71 bp  65.9  0.000000001  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_R0030  tRNA-Cys  85.92 
 
 
74 bp  61.9  0.00000002  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.737492  normal 
 
 
-
 
NC_013124  Afer_R0026  tRNA-Cys  88.89 
 
 
74 bp  60  0.00000007  Acidimicrobium ferrooxidans DSM 10331  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_14033  tRNA-Cys  89.8 
 
 
74 bp  58  0.0000003  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  hitchhiker  0.000000000415175  normal 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_R0016  tRNA-Cys  89.8 
 
 
74 bp  58  0.0000003  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.0855316  n/a   
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_R0045  tRNA-Cys  89.8 
 
 
74 bp  58  0.0000003  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.34247  normal  0.204665 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_R0015  tRNA-Cys  89.8 
 
 
74 bp  58  0.0000003  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_R0022  tRNA-Cys  89.8 
 
 
74 bp  58  0.0000003  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_R0037  tRNA-Cys  89.8 
 
 
74 bp  58  0.0000003  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.0501912  n/a   
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_R0019  tRNA-Cys  89.8 
 
 
74 bp  58  0.0000003  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_R0015  tRNA-Cys  89.8 
 
 
74 bp  58  0.0000003  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.414864  normal 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_4323  tRNA-OTHER  92.5 
 
 
74 bp  56  0.000001  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_R0012  tRNA-Cys  92.5 
 
 
74 bp  56  0.000001  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.0384692  normal 
 
 
-
 
NC_006369  lplt35  tRNA-Cys  92.5 
 
 
74 bp  56  0.000001  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lppt35  tRNA-Cys  92.5 
 
 
74 bp  56  0.000001  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_R0009  tRNA-Cys  92.5 
 
 
74 bp  56  0.000001  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.705692  normal  0.0935108 
 
 
-
 
NC_013165  Shel_11970  tRNA-Cys  90.7 
 
 
74 bp  54  0.000004  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  hitchhiker  0.0000107852  normal  0.103801 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_6040  tRNA-Cys  84.51 
 
 
74 bp  54  0.000004  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_R0028  tRNA-Cys  92.31 
 
 
74 bp  54  0.000004  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.194864  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_R0033  tRNA-Cys  92.31 
 
 
74 bp  54  0.000004  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.109964  n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_R0030  tRNA-Cys  84.51 
 
 
74 bp  54  0.000004  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_R0038  tRNA-Cys  92.31 
 
 
74 bp  54  0.000004  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.0112511  hitchhiker  0.000384671 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2286  hypothetical protein  92.31 
 
 
462 bp  54  0.000004  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  hitchhiker  0.00240664  hitchhiker  0.00043215 
 
 
-
 
NC_003295  RS04005  tRNA-Cys  92.31 
 
 
74 bp  54  0.000004  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  hitchhiker  0.0000662406  normal  0.319269 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_AR0036  tRNA-Cys  92.31 
 
 
74 bp  54  0.000004  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_AR0026  tRNA-Cys  92.31 
 
 
74 bp  54  0.000004  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.285214  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_R0021  tRNA-Cys  92.31 
 
 
74 bp  54  0.000004  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_R0022  tRNA-Cys  86.79 
 
 
71 bp  50.1  0.00007  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.0650599  normal  0.0120275 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_R0025  tRNA-Cys  86.79 
 
 
71 bp  50.1  0.00007  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_R0022  tRNA-Cys  86.79 
 
 
71 bp  50.1  0.00007  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_R0037  tRNA-Cys  87.76 
 
 
74 bp  50.1  0.00007  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_R0041  tRNA-OTHER  86.79 
 
 
71 bp  50.1  0.00007  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  normal  0.442208 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_R0037  tRNA-Cys  90.24 
 
 
74 bp  50.1  0.00007  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.489649  normal 
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_1776  tRNA-Cys  90 
 
 
74 bp  48.1  0.0003  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  hitchhiker  0.00638418  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_2825  tRNA-Cys  90 
 
 
74 bp  48.1  0.0003  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_2880  tRNA-Cys  90 
 
 
74 bp  48.1  0.0003  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I1743  tRNA-Cys  90 
 
 
74 bp  48.1  0.0003  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.0319496  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_2765  tRNA-Cys  90 
 
 
74 bp  48.1  0.0003  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.0332395  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A2828  tRNA-Cys  90 
 
 
74 bp  48.1  0.0003  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.0221727  n/a   
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_1032  tRNA-Cys  90 
 
 
71 bp  48.1  0.0003  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A0925  tRNA-Cys  90 
 
 
74 bp  48.1  0.0003  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA_tRNA-Cys-2  tRNA-Cys  90 
 
 
74 bp  48.1  0.0003  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.0528288  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A2453  tRNA-Cys  90 
 
 
74 bp  48.1  0.0003  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.287104  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_R0018  tRNA-Cys  90 
 
 
74 bp  48.1  0.0003  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  normal  0.0117925 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_R0038  tRNA-Cys  90 
 
 
74 bp  48.1  0.0003  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.206737  normal 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_0856  tRNA-Cys  90 
 
 
76 bp  48.1  0.0003  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.569143  n/a   
 
 
-
 
NC_003912  CJE_tRNA-Cys-1  tRNA-Cys  91.43 
 
 
74 bp  46.1  0.001  Campylobacter jejuni RM1221  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008787  CJJ81176_1757  tRNA-Cys  91.43 
 
 
74 bp  46.1  0.001  Campylobacter jejuni subsp. jejuni 81-176  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_R0018  tRNA-Cys  90.7 
 
 
75 bp  46.1  0.001  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009707  JJD26997_1980  tRNA-Cys  91.43 
 
 
74 bp  46.1  0.001  Campylobacter jejuni subsp. doylei 269.97  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012039  Cla_1543  tRNA-Cys  91.43 
 
 
71 bp  46.1  0.001  Campylobacter lari RM2100  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_R0028  tRNA-Cys  91.18 
 
 
71 bp  44.1  0.004  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.398617  normal  0.905496 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_R0002  tRNA-Cys  85.19 
 
 
74 bp  44.1  0.004  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013721  HMPREF0424_1384  tRNA-Cys  100 
 
 
74 bp  44.1  0.004  Gardnerella vaginalis 409-05  Bacteria  n/a    normal  0.0550643 
 
 
-
 
NC_013204  Elen_R0027  tRNA-Cys  88.1 
 
 
74 bp  44.1  0.004  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  hitchhiker  0.000000465456  normal  0.0215874 
 
 
-
 
NC_013203  Apar_R0032  tRNA-Cys  88.1 
 
 
74 bp  44.1  0.004  Atopobium parvulum DSM 20469  Bacteria  normal  normal  0.492449 
 
 
-
 
NC_013170  Ccur_07200  tRNA-Cys  88.1 
 
 
74 bp  44.1  0.004  Cryptobacterium curtum DSM 15641  Bacteria  decreased coverage  0.00000170104  normal  0.867766 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_R0052  tRNA-Glu  100 
 
 
76 bp  44.1  0.004  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.699751  n/a   
 
 
-
 
NC_010816  BLD_t0007  tRNA-Cys  100 
 
 
71 bp  44.1  0.004  Bifidobacterium longum DJO10A  Bacteria  decreased coverage  0.000000892535  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>